Venuspriya at 09:09, 12 January 2018

2018-01-12T09:09:43Z

Jayashree: Created page with " {| border=1 ! Time ! Narration |- | | 00:01 | Chimeraஐ பயன்படுத்தி, '''Structureஐ கையாளுதல்'''..."

2017-12-04T09:19:11Z

Created page with " {| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | | 00:01 | Chimeraஐ பயன்படுத்தி, '''Structureஐ கையாளுதல்'''..."

New page

{| border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| | 00:01
| Chimeraஐ பயன்படுத்தி, '''Structureஐ கையாளுதல்''' குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.

|-
| |00:06
| இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது, Chimera windowவில், ஒரு structureஐ திறப்பது.

|-
| |00:12
| Structureஐ நகர்த்தி, சுழற்றி, மற்றும் zoom செய்வது. Scale மற்றும் clip . Displayஐ மாற்றுவது.

|-
| |00:20
| இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு இளங்கலை உயிர்வேதியியல் தெரிந்து இருக்க வேண்டும், அல்லது, கட்டமைப்பு உயிரியல் பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும்.

|-
| | 00:29
| இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்வதற்கு, நான், '''Ubuntu Linux''' OS பதிப்பு14.04 '''Chimera''' பதிப்பு1.10.2, '''Mozilla Firefox''' browser 35.0, மற்றும், ஒரு இணையதள இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன்.

|-
| | 00:47
| '''UCSF Chimera''', molecular structureகளின், interactive காட்ச்சிப்படுத்துதலுக்கும், ஆய்வுக்குமான ஒரு software ஆகும்.

|-
| | 00:55
| San Franciscoவில் இருக்கின்ற, California பல்கலைக்கழகத்தின், '''Resource for Biocomputing, Visualization and Informatics'''ஆல், '''Chimera''', உருவாக்கப்படுகிறது.

|-
| |01:05
| மேலும் விவரங்கள், கொடுக்கப்பட்டுள்ள இணைப்பில் இருக்கின்றன.

|-
| | 01:09
| '''Chimera''' windowஐ தொடங்க, desktopல் இருக்கின்ற, '''Chimera''' iconஐ , க்ளிக் அல்லது டபுள்-க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 01:16
| ஒரு '''Rapid access''' interface திறக்கிறது.

|-
| |01:20
| நீங்கள் அடிக்கடி பயன்படுத்துகின்ற, data மற்றும் toolகளை அணுக, '''Rapid access''' window அனுமதிக்கிறது.

|-
| | 01:27
| Windowவின், கீழ் வலது மூலையில் இருக்கின்ற, lightning bolt iconஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 01:32
| இது, '''graphics''' windowஐ காட்டும். '''3D structure'''கள், மற்றும், மற்ற data, இந்த windowவில் காட்டப்படுகிறது.

|-
| | 01:40
| Lightning bolt iconஐ க்ளிக் செய்து, இரண்டு windowகளுக்கு இடையே toggle செய்யவும்.

|-
| | 01:45
| இப்போது, '''graphics''' windowக்கு திரும்பச் செல்கிறேன்.

|-
| | 01:48
| '''Chimera'''வில் இருக்கின்ற, பல வேலைகளை, இரண்டு methodகளை பயன்படுத்தி, நிறைவேற்றலாம்.

|-
| | 01:53
| முதலாவது, ''Chimera''' windowவின் மேல் இருக்கின்ற, '''menu bar'''ஐ பயன்படுத்தி செய்வது.

|-
| | 01:59
| மற்றொன்று, '''command line'''ல், '''command'''களை enter செய்வது.

|-
| | 02:03
| '''Command line'''ஐ காட்ட, '''Favorites''' menuஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 02:06
| கீழே scroll செய்து, '''command line''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 02:10
| '''Chimera''' windowவின் கீழ், ஒரு '''command''' dialog box தோன்றுகிறது.

|-
| | 02:15
| ஒரு குறிப்பிட்ட வேலைக்கான'''Command'''கள், text boxல் எழுதப்பட வேண்டும்.

|-
| | 02:21
| பின்வரும் டுடோரியல்களில், இந்த அம்சத்தைப் பற்றி மேலும் கற்போம்.

|-
| |02:25
| Windowவின் அளவை மாற்ற, windowவின் ஏதேனும் ஒரு மூலையை இழுக்கவும்.

|-
| | 02:30
| இப்போது, ஒரு '''protein''' structureஐ எப்படி திறப்பது என்று காண்போம்.

|-
| | 02:34
| அதை, 3 வழிகளில் நீங்கள் செய்யலாம். நீங்கள் இணையத்துடன் இணைக்கப்பட்டிருந்தால், '''File''' menuஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 02:40
| கீழே scroll செய்து, “'''Fetch by ID'''” optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 02:45
| திரையில், ஒரு dialog box தோன்றுகிறது.

|-
| | 02:48
| Structureஐ பெற, பல்வேறு databaseகளுடன் நீங்கள் இணைத்துக்கொள்ளலாம்.

|-
| | 02:53
| விளக்கத்திற்கு, ஒரு '''protein''' structureஐ காட்ட நான் விரும்புகிறேன்.

|-
| | 02:58
| Optionகளில் இருந்து, நான் '''PDB '''ஐ தேர்ந்தெடுக்கிறேன். நீங்கள் காட்ட உத்தேசித்துள்ள, '''protein''' moleculeன், 4 எழுத்து, '''PDB code'''ஐ டைப் செய்யவும்.

|-
| | 03:08
| நான், '''1zik''' (one z i k) என டைப் செய்கிறேன்.

|-
| | 03:12
| இது, '''Leucine zipper '''proteinக்கான, '''pdb''' code ஆகும். '''Fetch ''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| |03:19
| முன்னிருப்பாக, display window வில், '''protein'''னின், ribbon display ஒன்று தோன்றும்.

|-
| | 03:25
| ஒரு structureஐ பெற, ஒரு '''command'''ஐயும் நாம் டைப் செய்யலாம்.

|-
| | 03:29
| '''command line''' text boxல், டைப் செய்க: “'''open 1zik'''”

|-
| | 03:35
| Display windowவில், structureஐ திறக்க, '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
| | 03:40
| நீங்கள் இணையத்துடன் இணைக்கப்படாமல் இருந்தால், ஏற்கனவே தரவிறக்கப்பட்ட, '''pdb''' fileஐ , நீங்கள் திறக்கலாம்.

|-
| | 03:46
| திரையில் உள்ள, structureஐ clear செய்ய: ''Favorites''' menuவில், கீழே scroll செய்து, '''Model Panel''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 03:55
| ஒரு ''' Model Panel''' dialog box திறக்கிறது.

|-
| | 03:58
| '''Model id'''க்ளிக் செய்து, பின், '''Close''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 04:04
| '''Model panel '''windowஐ மூடவும்.

|-
| | 04:07
| இப்போது, ஒரு '''PDB''' fileஐ எப்படி தரவிறக்குவது என்று நான் விளக்குகிறேன்.

|-
| | 04:12
| '''PDB''' fileஐ தரவிறக்க, உங்களுக்கு ஒரு இணைய இணைப்பு தேவை.

|-
| | 04:17
| '''File''' menuவில், கீழே scroll செய்து, “'''Fetch by ID'''” optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 04:23
| ஒரு dialog box திறக்கிறது.

|-
| | 04:26
| Dialog boxன் கீழுக்கு scroll செய்யவும்.

|-
| | 04:30
| '''web page''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 04:33
| '''PDB database''' web பக்கம், browserல் திறக்கிறது.

|-
| | 04:37
| '''Protein'''க்கான, '''pdb''' code உங்களுக்கு தெரிந்தால், கொடுக்கப்பட்டுள்ள text boxல், டைப் செய்யவும். அல்லது, '''protein'''னின் பெயரை டைப் செய்யவும்.

|-
| | 04:46
| '''leucine zipper''' க்கான, '''pdb''' code, எனக்குத் தெரியும். அதனால், நான், text boxல் என “'''1zik”''' என டைப் செய்கிறேன்.

|-
| | 04:54
| '''Go''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 04:57
| பக்கத்தின் கீழுக்கு scroll செய்யவும்.

|-
| | 04:59
| பக்கத்தின், வலது மூலையில் இருக்கின்ற, '''Download files''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 05:06
| Drop-down menuவில் இருந்து, '''PDB-file-text''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 05:12
| ஒரு dialog box தோன்றுகிறது.

|-
| | 05:14
| '''Save File''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 05:17
| '''Ok''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 05:20
| தரவிறக்கப்பட்ட'''pdb''' file, இப்போது, '''Downloads''' folderல் சேமிக்கப்படும்.

|-
| | 05:25
| '''Chimera''' windowக்கு திரும்பவும்.

|-
| | 05:27
| Dialog boxஐ மூடவும்.

|-
| | 05:30
| ஏற்கனவே தரவிறக்கப்பட்ட '''pdb''' fileஐ திறக்க, '''File'''லில், '''Open '''optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 05:37
| '''Downloads''' folderக்கு செல்லவும். '''1zik.pdb''' fileஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 05:44
| “'''Open'''” பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 05:47
| Panelலில், '''leucine zipper'''ன் ஒரு model காட்டப்படுகிறது.

|-
| | 05:51
| முன்னிருப்பாக, இரண்டு '''peptide chain'''களும், சாம்பல் நிற ribbonகளாக காட்டப்படுகின்றன.

|-
| | 05:57
| Panelலில் structureஐ நகர்த்த, mouse பட்டனை பயன்படுத்தவும்.

|-
| | 06:01
| சுழற்றுவதற்கு, இடது mouse பட்டன்.

|-
| | 06:04
| நடு mouse பட்டன், '''xy translation'''ஐ கட்டுப்படுத்துகிறது.

|-
| | 06:08
| சிறிதாக்க, அல்லது, பெரிதாக்க, வலது பட்டன், அல்லது, mouse சக்கரம்.

|-
| | 06:13
| Structureன் interactive scaling, அல்லது, clippingக்கு: '''Favorites menu.'''வில் இருந்து, '''Side View''' optionஐ பயன்படுத்தவும்.

|-
| | 06:20
| ஒரு '''viewing window ''' திறக்கிறது.

|-
| | 06:22
| Structureன் ஒரு சிறிய வடிவம், windowவில் காட்டப்படுகிறது.

|-
| | 06:27
| இடது பக்கம் இருக்கின்ற, மஞ்சள் நிற சதுரம், பார்வையாளரின் கண்ணின் இடத்தை குறியீட்டுக்காட்டுகிறது.

|-
| | 06:32
| இடது mouse பட்டனை பயன்படுத்தி, சிறிய சதுரத்தை நகர்த்த முயற்சிக்கவும்.

|-
| | 06:36
| அதை கிடைமட்டமாக இழுத்து, '''scale factor'''ஐ சரிசெய்யவும்.

|-
| | 06:41
| கண்ணின் இடத்தை டபுள்-க்ளிக் செய்வது, camera modeஐ மாற்றுவதற்கான ஒரு menuஐ காட்டுகிறது.

|-
| | 06:46
| '''clipping planes''', அதாவது, இரண்டு செங்குத்தான வரிகளை, இடது mouse பட்டனை பயன்படுத்தி நகர்த்தவும்.

|-
| | 06:53
| ஆய்வு செய்வதற்கு, windowவில், மேலும் பல viewing controlகள் இருக்கின்றன.

|-
| | 06:58
| '''Viewing window.'''ஐ மூடவும்.

|-
| | 07:01
| இப்போது, இந்த structureஐ கையாளக் கற்போம்.

|-
| | 07:04
| முதல் படி, நீங்கள் மாற்ற விரும்பும் structureன் பகுதியை தேர்ந்தெடுக்க வேண்டும்.

|-
| | 07:09
| இப்போதைக்கு, முழு '''protein''' structureஐயும், '''atom'''களாக காட்ட நான் விரும்புகிறேன்.

|-
| | 07:15
| Menu barல் இருக்கின்ற, '''Select''' menuஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 07:19
| Menu barல் இருக்கின்ற, '''Select''' menu, structureன் தனிப்பட்ட componentகளை தேர்ந்தெடுக்க, நம்மை அனுமதிக்கும்.

|-
| | 07:25
| '''chain, element, residue, ligand''' போன்றவை.

|-
| | 07:31
| எனினும், “'''Select'''” menuல் இருந்து, எதுவும் தேர்ந்தெடுக்கப்படவில்லை எனில், நாம் முழு structureஐயும் மாற்ற விரும்புகிறோம் என்று பொருள்படும்.

|-
| | 07:39
| இப்போது, '''Actions''' menuக்கு சென்று, optionகளில் இருந்து, '''atoms/bonds'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 07:46
| Sub-menuவில் இருந்து, '''show '''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 07:49
| திரையில், atomகள், மற்றும், structureன் பகுதியையும், ribbonகளாக நாம் காண்கிறோம்.

|-
| | 07:55
| இப்போது, ribbonகளை நீக்க, '''Action''' menuவில் இருந்து, ribbonsஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 08:00
| பின், '''hide''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 08:03
| முழு structureஉம், இப்போது, sticks displayஆக காட்டப்படுகிறது.

|-
| | 08:08
| இப்போது, structureஐ மேலும் சிறிது கையாள, தொடர்ந்து செயல்படுவோம்.

|-
| | 08:13
| பின்வரும் படிகள், அதை, ball மற்றும் stick displayஆக மாற்றும்.

|-
| | 08:18
| '''Actions''' menuஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 08:21
| Atoms/bondsக்கு scroll செய்யவும்.

|-
| | 08:24
| Sub-menuவில் இருந்து, '''ball and stick'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 08:28
| Structure, '''hydrogen''' atomகள் இல்லாதிருப்பதை கவனிக்கவும்.

|-
| | 08:33
| Hydrogen atomகளை சேர்க்க, '''Tools''' menuவில், கீழே scroll செய்யவும்.

|-
| | 08:37
| '''Structure Editing'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 08:40
| Sub-menuவில் இருந்து, '''Add hydrogens''' optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 08:45
| Dialog-boxல், காட்டப்பட்டுள்ளபடி, தேர்ந்தெடுப்புகளை செய்யவும்.

|-
| | 08:49
| '''OK''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 08:52
| Structure, இப்போது, '''hydrogen''' atomகளுடன் காட்டப்படுவதை கவனிக்கவும்.

|-
| | 08:57
| வழக்கமாக, ஒரு '''protein'''னின் structure, நீரின் moleculeகளுடன், தொடர்பு கொண்டிருக்கிறது.

|-
| | 09:02
| நீரின் moleculeகளை மறைக்க, '''Select '''menuக்கு சென்று, '''Residue'''க்கு scroll செய்து, '''HOH''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| |09:13
| திரையை கவனிக்கவும்; எல்லா நீர் moleculeகளும் முன்னிலைப்படுத்தப்படுகின்றன.

|-
| | 09:18
| '''Actions''' menuக்கு செல்லவும். '''Atoms\bonds'''க்கு scroll செய்து, '''hide''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 09:26
| இது, நீரின் moleculeகளை, structureல் இருந்து மறைக்கும்.

|-
| | 09:30
| Menu barல் இருக்கின்ற, '''Presets''' option, displayஐ மாற்ற, மேலும் சில optionகளை கொண்டிருக்கிறது.

|-
| | 09:36
| '''Interactive 1''' optionஐ நீங்கள் க்ளிக் செய்தால்: structure, ribbonகளாக காட்டப்படும், மற்றும், இரண்டு '''peptide chain'''களும், வெவ்வேறு நிறங்களில் காட்டப்படும்.

|-
| | 09:45
| '''Interactive 2''', structureஐ , '''atoms''' displayக்கு மாற்றும்.

|-
| | 09:50
| '''Interactive 1''' displayக்கு திரும்பிச் செல்லவும்.

|-
| | 09:53
| '''Peptide chain'''களின் நிறத்தை, விருப்பத்திற்க்கேற்பவும் நாம் மாற்றலாம்.

|-
| | 09:57
| '''Select''' menuவில், கீழே scroll செய்து, Sub-menuவில் இருந்து, '''chain A'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 10:02
| Chain A, இப்போது, முன்னிலைப்படுத்தப்பட்டுள்ளது.

|-
| | 10:05
| '''Actions''' menuக்கு செல்லவும். Colorக்கு scroll செய்து, மஞ்சளை தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
| | 10:11
| Chain A, இப்போது, மஞ்சள் நிறத்தில் காட்டப்படுகிறது.

|-
| | 10:15
| தேர்ந்தெடுப்பை clear செய்ய, keyboardல், '''CTRL''' keyஐ அழுத்திக்கொண்டே இருக்கவும்.பின், '''Chimera''' windowவின், காலி இடைவெளியை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 10:23
| இத்துடன், நாம் இந்த டுடோரியலின் முடிவுக்கு வந்துவிட்டோம்.

|-
| | 10:26
| '''Chimera''' windowல் இருந்து வெளியேற, '''File '''menuக்கு சென்று, '''Quit''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
| | 10:32
| சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, '''Chimera''' windowவில் ஒரு structureஐ திறப்பது, '''protein''' structureகளுக்கான, '''PDB''' fileஐ தரவிறக்குவது,

|-
| | 10:43
| Structureஐ நகர்த்தி, சுழற்றி, மற்றும் zoom செய்வது. Scale மற்றும் clip.

|-
| |10:49
| Menu barல் இருக்கின்ற, menuக்களை பயன்படுத்தி, displayஐ மாற்றுவது.

|-
| | 10:53
| நீரின் moleculeகளை நீக்குவது. மற்றும், '''hydrogen'''களை சேர்ப்பது.

|-
| |10:57
| பயிற்சியாக, '''PDB''' databaseல் இருந்து, '''Leucine zipper'''ன் '''pdb''' fileஐ தரவிறக்கவும்.

|-
| | 11:04
| '''File''' menuல் இருக்கின்ற, '''Open''' optionஐ பயன்படுத்தி, '''pdb''' fileஐ , '''Chimera''' windowவில் திறக்கவும்.

|-
| | 11:10
| Atomகளின் displayஐ , '''wire'''க்கும், எல்லா '''aromatic ring'''களையும், '''disk'''களாக மாற்றவும்.

|-
| | 11:16
| நிறைவுபெற்ற உங்கள் பயிற்சி, பின்வருமாறு காணப்படும்.

|-
| | 11:21
| பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.

|-
| | 11:26
| அதை தரவிறக்கிக் காணவும்.

|-
| | 11:28
| ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது.

|-
| | 11:34
| மேலும் விவரங்களுக்கு, எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.

|-
| | 11:38
| ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது.

|-
| | 11:44
| மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.

|-
| |11:48
| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.
|-
|}

@@ Line 462: / Line 462: @@
 |-
 | | 09:53
-| '''Peptide chain'''களின் நிறத்தை,  விருப்பத்திற்க்கேற்பவும் நாம் மாற்றலாம்.
+| '''Peptide chain'''களின் நிறத்தை,  விருப்பத்திற்க்கேற்பவும் மாற்றலாம்.
 |-
@@ Line 550: / Line 550: @@
 |-
 | |11:48
-| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.
+| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி
 |-
 |}

UCSF-Chimera/C2/Structure-Manipulation/Tamil - Revision history

Venuspriya at 09:09, 12 January 2018

Jayashree: Created page with " {| border=1 ! Time ! Narration |- | | 00:01 | Chimeraஐ பயன்படுத்தி, '''Structureஐ கையாளுதல்'''..."