Shruti arya: Created page with " {| border=1 ! Time ! Narration |- | | 00:01 | | Chimera का उपयोग करके 'Structure Manipulation' पर इस ट्..."

2017-12-23T17:35:34Z

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! <center>Narration</center>

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| | 00:01
| | Chimera का उपयोग करके 'Structure Manipulation' पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है

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| |00:06
| | इस ट्यूटोरियल में हम Chimera विंडो पर संरचना खोलना सीखेंगे
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| |00:12
| | संरचना को चलाना, घुमाना और ज़ूम करना, स्केल और क्लिप करना और डिस्प्ले को बदलना

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| |00:20
| | इस ट्यूटोरियल का अनुसरण करने के लिए आपको स्नातक स्तर की 'Biochemistry' का ज्ञान होना चाहिए या ‘Structural Biology’ से परिचित होना चाहिए

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| | 00:29
| | इस ट्यूटोरियल को रिकॉर्ड करने के लिए मैं उपयोग कर रही हूँ 'Ubuntu Linux’ OS वर्जन 14.04 और Chimera वर्जन 1.10.2 'Mozilla Firefox' ब्राउज़र 35.0 और एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन

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| | 00:47
| | 'UCSF Chimera' आणविक संरचनाओं और पारस्परिक विज़ुलाइज़ेशन के लिए एक सॉफ्टवेर है

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| | 00:55
| |'Chimera' कैलिफ़ोर्निया यूनिवर्सिटी,सेन फ्रांसिस्को में 'Resource for Biocomputing, Visualization and Informatics' द्वारा विकसित किया गया है

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| |01:05
| | ज्यादा जानकारी दिए गए लिंक पर उपलब्ध है

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| | 01:09
| | ‘Chimera’ विंडो को शुरू करने के लिए डेस्कटॉप के 'Chimera' आइकन पर डबल क्लिक करें

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| | 01:16
| | एक 'Rapid access' इंटरफ़ेस खुलती है

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| |01:20
| | 'Rapid access' विंडो आपको बहुधा प्रयोग किये गए डाटा और टूल्स एक्सेस करने देती है

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| | 01:27
| | विंडो के निचले दायें कोने में 'lightning bolt' आइकन पर क्लिक करें

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| | 01:32
| | यह विंडो 'graphics' दर्शायेगा, '3D structures' और अन्य डाटा इस विंडो पर दिखाई देते हैं

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| | 01:40
| | 'lightning bolt' आइकन पर क्लिक करके दो विन्डोज़ के बीच टॉगल कर सकते हैं

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| | 01:45
| | अब मैं 'graphics' विंडो पर वापस जाती हूँ

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| | 01:48
| |'Chimera' में अनेक कार्य दो तरीकों से पूरे किये जाते हैं

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| | 01:53
| | पहला, 'menu bar' का उपयोग करके, जो कि 'Chimera' विंडो के ऊपरी हिस्से में स्थित है

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| | 01:59
| | दूसरा, 'command line' पर कमांड्स देकर

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| | 02:03
| | 'command line' दिखाने के लिए 'Favorites' मेनू पर क्लिक करें

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| | 02:06
| | ऊपर से नीचे जाएँ और 'command line' विकल्प पर क्लिक करें

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| | 02:10
| | एक 'command' डायलॉग बॉक्स विंडो के निचले हिस्से में दिखाई देता है

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| | 02:15
| | किसी खास कार्य के लिए 'commands' टेक्स्ट बॉक्स में लिखे जाने होते हैं

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| | 02:21
| | हम इस विशेषता के बारे में और अधिक आने वाले ट्यूटोरियल्स में सीखेगें

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| |02:25
| | विंडो को छोटा या बड़ा करने के लिए विंडो के किसी भी कोने को पकड़कर खींचें
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| | 02:30
| | अब देखें कि एक 'protein' संरचना को कैसे खोलते हैं

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| | 02:34
| | आप इसे तीन प्रकार से कर सकते हैं, यदि आप इन्टरनेट से जुड़े हैं तो 'File' मेनू पर क्लिक करें

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| | 02:40
| | ऊपर से नीचे जाएँ और 'Fetch by ID' विकल्प पर क्लिक करें

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| | 02:45
| | स्क्रीन पर एक डायलॉग बॉक्स खुलता है

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| | 02:48
| | संरचना को निकलने के लिए आप अनेकों डेटाबेसेस को कनेक्ट कर सकते हैं

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| | 02:53
| | प्रदर्शन के लिए, मैं एक 'protein' संरचना दिखाना चाहती हूँ

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| | 02:58
| | मैं विकल्पों से 'PDB' चुनुगीं, आप जिस 'protein' अणु को दर्शाना चाहते हैं उसका चार अक्षर 'PDB code' टाइप करें

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| | 03:08
| | मैं '1zik' (one z i k) टाइप करुँगी

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| | 03:12
| | ये 'Leucine zipper' प्रोटीन के लिए 'pdb' कोड है, 'Fetch' बटन पर क्लिक करें

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| |03:19
| | डिफ़ॉल्ट रूप से, प्रदर्शन विंडो पर 'protein' का एक रिबन प्रदर्शन दिखाई देगा

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| | 03:25
| | हम संरचना को निकालने के लिए 'command' भी टाइप कर सकते हैं

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| | 03:29
| |'command line' टेक्स्ट बॉक्स में 'open 1zik' टाइप करें

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| | 03:35
| | प्रदर्शन विंडो पर संरचना खोलने के लिए 'Enter' दबाएँ

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| | 03:40
| | इन्टरनेट से ना जुड़े होने पर आप पहले से ही डाउनलोड की हुई 'pdb' फाइल खोल सकते हैं

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| | 03:46
| | स्क्रीन पर मौजूद संरचना को मिटाने के लिए: 'Favorites' मेनू में ऊपर से नीचे जाएँ और 'Model Panel' विकल्प पर क्लिक करें

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| | 03:55
| | 'Model Panel' डायलॉग बॉक्स खुलता है

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| | 03:58
| | 'model id' पर क्लिक करें, इसके बाद 'Close' विकल्प पर क्लिक करें

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| | 04:04
| | 'model panel' विंडो को बंद कर दें

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| | 04:07
| | अब मैं दिखाउंगी कि 'PDB' फाइल को कैसे डाउनलोड किया जाता है

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| | 04:12
| | आपको 'PDB' फाइल डाउनलोड करने के लिए एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन की जरुरत पड़ती है

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| | 04:17
| | 'File' मेनू में ऊपर से नीचे जाएँ और 'Fetch by ID' विकल्प पर क्लिक करें

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| | 04:23
| | एक डायलॉग बॉक्स खुलता है

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| | 04:26
| | डायलॉग बॉक्स में ऊपर से नीचे तक जाएँ

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| | 04:30
| | 'web page' बटन पर क्लिक करें

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| | 04:33
| | 'PDB database' वेब पेज ब्राउज़र में खुलता है

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| | 04:37
| | यदि आप 'protein' के लिए 'pdb' कोड जानते हैं तो इसे दिए गए टेक्स्ट बॉक्स में टाइप करें या फिर 'protein' का नाम टाइप करें

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| | 04:46
| | मैं 'leucine zipper' के लिए 'pdb' कोड जानती हूँ अतः मैं टेक्स्ट बॉक्स में ‘1zik’ टाइप करुँगी

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| | 04:54
| | 'Go' बटन पर क्लिक करें

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| | 04:57
| | पेज पर ऊपर से नीचे जाएँ

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| | 04:59
| | पेज के दाहिने कोने में स्थित 'Download files' बटन पर क्लिक करें
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| | 05:06
| | ड्रॉप-डाउन मेनू से 'PDB-file-text' विकल्प पर क्लिक करें

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| | 05:12
| | एक डायलॉग बॉक्स दिखाई देता है

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| | 05:14
| | 'Save File' विकल्प पर क्लिक करें

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| | 05:17
| | 'Ok' बटन पर क्लिक करें

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| | 05:20
| | डाउनलोड की गयी 'pdb' फाइल अब 'Downloads' फोल्डर में सेव की जाएगी

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| | 05:25
| | 'Chimera' विंडो पर वापस जाएँ

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| | 05:27
| | डायलॉग बॉक्स को बंद करें

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| | 05:30
| | पहले से ही डाउनलोड की गयी 'pdb' फाइल को खोलने के लिए 'File' में 'Open' विकल्प पर क्लिक करें
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| | 05:37
| | फोल्डर पर जाएँ, '1zik.pdb' फाइल चुनें

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| | 05:44
| | 'Open' बटन पर क्लिक करें

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| | 05:47
| | पैनल पर 'leucine zipper' का मॉडल प्रदर्शित होता है

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| | 05:51
| | डिफ़ॉल्ट रूप से, दो 'peptide chains' ग्रे रिबंस की तरह प्रदर्शित होती हैं

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| | 05:57
| | संरचना को पैनल पर लाने के लिए माउस बटन का उपयोग करें

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| | 06:01
| | रोटेशन के लिए बायाँ माउस बटन

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| | 06:04
| | मध्य माउस बटन 'xy translation' नियंत्रित करता है

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| | 06:08
| | दायाँ माउस बटन या माउस व्हील ज़ूम इन या ज़ूम आउट करने के लिए

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| | 06:13
| | संरचना की पारस्परिक स्केलिंग और क्लिपिंग के लिए: 'Favorites menu' से 'Side View' विकल्प का उपयोग करें

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| | 06:20
| | एक 'viewing window' खुलती है

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| | 06:22
| | संरचना का एक छोटा प्रारूप विंडो पर खुलता है

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| | 06:27
| | बायीं तरफ पीला वर्ग दर्शक की आंख की स्थिति दर्शाता है

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| | 06:32
| | छोटे वर्ग को बाएं माउस बटन का उपयोग करके चलने की कोशिश करें

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| | 06:36
| | इसको क्षैतिज स्थिति में खींचते हुए 'scale factor' समायोजित करें

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| | 06:41
| | आंख की स्थिति को डबल क्लिक करने से कैमरा मोड बदलने का मेनू प्रदर्शित होता है

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| | 06:46
| | 'clipping planes' अर्थात दो उर्ध्वाधर रेखाओं को बाएं माउस बटन का उपयोग करके चलायें

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| | 06:53
| | विंडो पर और भी प्रदर्शन नियंत्रण हैं जिन्हें आप जाँच सकते हैं
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| | 06:58
| | 'viewing window' को बंद करें

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| | 07:01
| | अब हम संरचना में परिवर्तन करना सीखेंगे

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| | 07:04
| | स्टेप संरचना के उस भाग को चुनना होता है जिसमें हम संशोधन करना चाहते हैं

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| | 07:09
| | अभी के लिए, मैं पूरी 'protein' संरचना को 'atoms' की तरह दर्शाना चाहती हूँ
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| | 07:15
| | मेनू बार में 'Select' मेनू पर क्लिक करें

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| | 07:19
| | मेनू बार में '''Select''' मेनू हमें संरचना के अलग-अलग भाग चुनने देता है
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| | 07:25
| | जैसे कि 'chain, element, residue, ligand' आदि
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| | 07:31
| | तथापि, यदि '''Select''' मेनू से कुछ भी नही चुना जाता तो इसका मतलब है कि हमें पूरी संरचना में संशोधन करना है

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| | 07:39
| | अब 'Actions' मेनू पर जाएँ और विकल्पों से 'atoms/bonds' चुनें

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| | 07:46
| | सब-मेनू से 'show’ पर क्लिक करें

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| | 07:49
| | हम स्क्रीन पर परमाणुओं और संरचना के भागों को रिबंस की तरह भी देखते हैं
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| | 07:55
| | अब रिबंस को मिटने के लिए '''Action''' मेनू से रिबंस को चुनें

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| | 08:00
| | फिर 'hide' विकल्प पर क्लिक करें

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| | 08:03
| | अब पूरी संरचना स्टिक्स डिस्प्ले की तरह दिखाई देती है

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| | 08:08
| | अब संरचना का संशोधन थोड़ा और करते हैं

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| | 08:13
| | निम्न स्टेप्स इसे बॉल और स्टिक्स डिस्प्ले में बदल देंगे

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| | 08:18
| | 'Actions' मेनू पर क्लिक करें

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| | 08:21
| | ऊपर से नीचे ‘atoms/bonds’ पर जाएँ

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| | 08:24
| | सब-मेनू से '''ball and stick''' चुनें

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| | 08:28
| | ध्यान दें की संरचना बिना हाइड्रोजन परमाणुओं के है

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| | 08:33
| | हाइड्रोजन परमाणुओं को जोड़ने के लिए 'Tools' मेनू में ऊपर से नीचे जाएँ

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| | 08:37
| | 'Structure Editing' पर क्लिक करें

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| | 08:40
| | सब-मेनू से 'Add hydrogens' विकल्प चुनें

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| | 08:45
| | डायलॉग बॉक्स में दर्शाए गए की तरह चुनाव करें

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| | 08:49
| | 'OK' बटन पर क्लिक करें

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| | 08:52
| | देखें की अब संरचना 'hydrogen' परमाणुओं के साथ दिखाई देती है

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| | 08:57
| | सामान्यतः 'protein' संरचना जल अणुओं के साथ जुड़ी होती है

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| | 09:02
| | जल अणुओं को छिपाने के लिए 'Select ' मेनू पर जाएँ, फिर 'Residue' पर ऊपर से नीचे जाएँ, 'HOH' विकल्प पर क्लिक करें
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| |09:13
| | स्क्रीन को देखें, सभी जल अणु हाईलाइट हो गये हैं

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| | 09:18
| | 'actions' मेनू पर जाएँ, फिर ऊपर से नीचे 'Atoms\bonds' पर जाएँ और 'hide' विकल्प पर क्लिक करें

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| | 09:26
| | ये संरचना से जल अणुओं को छिपा देगा

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| | 09:30
| | मेनू बार के 'Presets' विकल्प में डिस्प्ले को बदलने के लिए कुछ और भी विकल्प होते हैं
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| | 09:36
| |जब आप 'Interactive 1' विकल्प पर क्लिक करते हैं: संरचना रिबंस और भिन्न रंगों में दोनों 'peptide chains' में दिखाई देती है

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| | 09:45
| | 'Interactive 2' डिस्प्ले को 'atoms' में बदल देगा
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| | 09:50
| | 'Interactive 1' डिस्प्ले पर वापस जाएँ

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| | 09:53
| | हम चयनपुर्वक 'peptide chains' का रंग भी बदल सकते हैं
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| | 09:57
| | 'Select' मेनू में ऊपर से नीचे जाएँ और सब-मेनू से 'chain A' चुनें
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| | 10:02
| |'chain A' अब हाईलाइट हो जाती है

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| | 10:05
| |'Actions' मेनू पर जाएँ फिर कलर पर जाएँ, पीला चुनें
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| | 10:11
| | ‘चेन A’ अब पीले रंग में दिखाई देती है

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| | 10:15
| | चुनाव को हटाने के लिए 'CTRL' की को दबाएँ और 'Chimera' विंडो पर खाली जगह में क्लिक करें

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| | 10:23
| | अब हम इस ट्यूटोरियल के अंत में आ गए हैं
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| | 10:26
| | 'Chimera' विंडो से निकलने के लिए, 'File' मेनू पर जाएँ और 'Quit' विकल्प पर क्लिक करें
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| | 10:32
| | इसे सारांशित करते हैं, इन ट्यूटोरियल में हमने 'Chimera' विंडो में संरचना को खोलना व संरचनाओं के लिए फाइल डाउनलोड करना सीखा है

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| | 10:43
| | संरचना को चलाना, घुमाना और ज़ूम करना, स्केल और क्लिप करना
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| |10:49
| | मेनू बार में मेनूज़ उपयोग करके डिस्प्ले बदलना
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| | 10:53
| | जल अणुओं को हटाना और 'hydrogens' जोड़ना

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| |10:57
| | नियत कार्य के लिए 'PDB' डेटाबेस से 'Leucine zipper' की 'pdb' फाइल डाउनलोड करें
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| | 11:04
| |'File' मेनू में 'Open' विकल्प का उपयोग करके 'Chimera' विंडो पर 'pdb' फाइल खोलें
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| | 11:10
| | परमाणुओं के डिस्प्ले को 'wire' में और सभी 'aromatic rings' को 'disks' में बदलें
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| | 11:16
| | आपका पूर्ण नियत कार्य निम्न प्रकार दिखेगा
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| | 11:21
| | निम्न लिंक का वीडीयो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है

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| | 11:26
| | कृपया इसको डाउनलोड करें और देखें

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| | 11:28
| | स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टीम कार्यशालाएं चलाती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को सर्टिफिकेट देती है

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| | 11:34
| | ज्यादा जानकारी के लिए हमें लिखें

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| | 11:38
| | स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट NMEICT, MHRD, भारत सरकार द्वारा वित्त-पोषित है

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| | 11:44
| | इस मिशन पर अधिक जानकारी दिए हुए लिंक पर उपलब्ध है

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| |11:48
| | आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ, हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद

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UCSF-Chimera/C2/Structure-Manipulation/Hindi - Revision history

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