Satarupadutta: Created page with " {| border=1 ! Time ! Narration |- | | 00:01 | | Chimera দ্বারা Structure Manipulation এর টিউটোরিয়া..."

2018-02-14T06:38:18Z

Created page with " {| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | | 00:01 | | Chimera দ্বারা Structure Manipulation এর টিউটোরিয়া..."

New page

{| border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| | 00:01
| | Chimera দ্বারা Structure Manipulation এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।

|-
| |00:06
| | এখানে আমরা Chimera উইন্ডোতে কাঠামো খোলা শিখব।

|-
| |00:12
| | কাঠামো সরানো, ঘোরানো এবং জুম করা। স্কেল এবং ক্লিপ করা এবং ডিসপ্লে বদলানো।

|-
| |00:20
| | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে স্নাতক স্তরের Biochemistry বা Structural Biology এর সাথে পরিচিত হতে হবে।

|-
| | 00:29
| | টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি উবুন্টু লিনাক্স OS সংস্করণ 14.04 এবং Chimera সংস্করণ 1.10.2,

মোজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 35.0 এবং কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।

|-
| | 00:47
| |UCSF Chimera আণবিক কাঠামোর বিশ্লেষণ এবং ইন্টারেক্টিভ ভিজুয়ালাইজেশনের জন্য একটি সফটওয়্যার।

|-
| | 00:55
| |Chimera সান ফ্রান্সিস্কোতে ক্যালিফোর্নিয়া ইউনিভার্সিটির Resource for Biocomputing, Visualization and Informatics দ্বারা বিকশিত।

|-
| |01:05
| | অধিক তথ্য প্রদত্ত লিঙ্কে উপলব্ধ।

|-
| | 01:09
| | Chimera উইন্ডো শুরু করতে, ডেস্কটপে Chimera আইকনে ডাবল ক্লিক করুন।

|-
| | 01:16
| | একটি Rapid access ইন্টারফেস খোলে।

|-
| |01:20
| | Rapid access উইন্ডো আপনার ঘন ঘন ব্যবহৃত ডেটা এবং টুল অ্যাক্সেস করতে দেয়।

|-
| | 01:27
| | উইন্ডোর নীচে ডান কোণে lightning bolt আইকনে ক্লিক করুন।

|-
| | 01:32
| |এটি গ্রাফিক্স উইন্ডো দেখাবে। 3D structures এবং অন্যান্য তথ্য এই উইন্ডোতে দেখায়।

|-
| | 01:40
| | lightning bolt আইকনে ক্লিক করে দুটি উইন্ডোর মাঝে টগল করুন।

|-
| | 01:45
| |এখন graphics উইন্ডোতে ফিরে যাই।

|-
| | 01:48
| | Chimera তে অনেক কাজ দুটি উপায়ে সম্পন্ন করা হয়।

|-
| | 01:53
| |প্রথমে menu bar দ্বারা যা Chimera উইন্ডোর উপরের অংশে স্থিত।

|-
| | 01:59
| |দ্বিতীয়ত command line এ কমান্ড লিখে।

|-
| | 02:03
| | command line দেখাতে Favorites মেনুতে ক্লিক করুন।

|-
| | 02:06
| |নীচে স্ক্রোল করুন এবং command line বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| | 02:10
| |একটি command ডায়লগ বাক্স উইন্ডোর নীচের অংশে দেখায়।

|-
| | 02:15
| | একটি নির্দিষ্ট কাজের জন্য command টেক্সট বাক্সে লেখা হবে।

|-
| | 02:21
| |আমরা এই বৈশিষ্ট্য সম্পর্কে পরবর্তী টিউটোরিয়ালে আরও শিখব।

|-
| |02:25
| | উইন্ডোর আকার বদলাতে, উইন্ডোর যে কোনো একটি কোণা টানুন।

|-
| | 02:30
| | এখন দেখি যে protein কাঠামো কিভাবে খোলে।

|-
| | 02:34
| |এটি 3 টি উপায়ে করতে পারেন। ইন্টারনেটের সাথে যুক্ত থাকলে File মেনুতে ক্লিক করুন।

|-
| | 02:40
| | নীচে স্ক্রোল করুন এবং Fetch by ID বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| | 02:45
| |স্ক্রীনে একটি ডায়ালগ বাক্স খোলে।

|-
| | 02:48
| |কাঠামোটি আনয়ন করতে আপনি বিভিন্ন ডেটাবেসে জুড়তে পারেন।

|-
| | 02:53
| | প্রদর্শন করতে, আমি একটি protein কাঠামো দেখাতে চাই।

|-
| | 02:58
| | আমি বিকল্প থেকে PDB চয়ন করব. আপনি যে protein অণু দেখাতে চান তার 4 অক্ষরের PDB code লিখুন।

|-
| | 03:08
| | আমি 1zik (one z i k) লিখব।

|-
| | 03:12
| |এটি Leucine zipper প্রোটিনের জন্য pdb কোড। Fetch বোতামে ক্লিক করুন।

|-
| |03:19
| | ডিফল্টভাবে, protein এর একটি রিবন প্রদর্শন ডিসপ্লে উইন্ডোতে দেখাবে।

|-
| | 03:25
| | আমরা কাঠামো আনতে একটি command ও লিখতে পারি।

|-
| | 03:29
| |command line টেক্সট বাক্সে open 1zik লিখুন।

|-
| | 03:35
| |ডিসপ্লে উইন্ডোতে কাঠামো খুলতে এন্টার টিপুন।

|-
| | 03:40
| | ইন্টারনেটের সাথে যুক্ত না থাকায় আপনি ইতিমধ্যে ডাউনলোড করা pdb ফাইল খুলতে পারেন।

|-
| | 03:46
| |স্ক্রীনে স্থিত কাঠামো মুছে ফেলতে Favorites মেনু নীচে স্ক্রোল করুন এবং Model Panel বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| | 03:55
| |Model Panel ডায়লগ বাক্স খোলে।

|-
| | 03:58
| |model id তে ক্লিক করুন, তারপর Close বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| | 04:04
| |model panel উইন্ডোটি বন্ধ করুন।

|-
| | 04:07
| | এখন আমি একটি PDB ফাইল ডাউনলোড করা দেখাবো।

|-
| | 04:12
| | PDB ফাইল ডাউনলোড করতে একটি ইন্টারনেট সংযোগ প্রয়োজন।

|-
| | 04:17
| |File মেনুতে নীচে স্ক্রোল করুন এবং Fetch by ID বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| | 04:23
| |একটি ডায়ালগ বাক্স খোলে।

|-
| | 04:26
| |ডায়লগ বাক্সের নীচে স্ক্রোল করুন।

|-
| | 04:30
| |web page বোতামে ক্লিক করুন।

|-
| | 04:33
| | PDB database ওয়েব পেজ ব্রাউজারে খোলে।

|-
| | 04:37
| |আপনি protein এর জন্য pdb কোড জানলে এটি প্রদত্ত টেক্সট বাক্সে লিখুন বা protein এর নাম লিখুন।

|-
| | 04:46
| |আমি leucine zipper এর জন্য pdb কোড জানি, তাই আমি টেক্সট বাক্সে 1zik লিখব।

|-
| | 04:54
| |Go বোতামে ক্লিক করুন।

|-
| | 04:57
| | পৃষ্ঠাটি স্ক্রোল করুন।

|-
| | 04:59
| |পৃষ্ঠার ডানদিকে স্থিত Download files বোতামে ক্লিক করুন।

|-
| | 05:06
| |ড্রপ-ডাউন মেনু থেকে PDB-file-text বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| | 05:12
| | একটি ডায়লগ বাক্স দেখায়।

|-
| | 05:14
| |Save File বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| | 05:17
| |Ok বোতামে ক্লিক করুন।

|-
| | 05:20
| |ডাউনলোড করা pdb ফাইল এখন Downloads ফোল্ডারে সংরক্ষিত হবে।

|-
| | 05:25
| | Chimera উইন্ডোতে ফিরে যান।

|-
| | 05:27
| |ডায়ালগ বাক্সটি বন্ধ করুন।

|-
| | 05:30
| |ইতিমধ্যে ডাউনলোড করা pdb ফাইল খুলতে File এ Open বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| | 05:37
| |Downloads ফোল্ডারে যান। 1zik.pdb ফাইল চয়ন করুন।

|-
| | 05:44
| |Open বোতামে ক্লিক করুন।
|-
| | 05:47
| | প্যানেলে leucine zipper এর একটি মডেল দেখায়।

|-
| | 05:51
| |ডিফল্টরূপে, দুটি peptide chains ধূসর ফিতা হিসাবে প্রদর্শিত হয়।

|-
| | 05:57
| | প্যানেলে কাঠামো আনতে মাউস বোতাম ব্যবহার করুন।

|-
| | 06:01
| |ঘূর্ণনের জন্য বাম মাউস বোতাম

|-
| | 06:04
| |মাঝারি মাউস বোতাম xy translation নিয়ন্ত্রণ করে।

|-
| | 06:08
| |ডান মাউস বোতাম বা মাউস হুইল জুম ইন বা জুম আউট করতে।

|-
| | 06:13
| | কাঠামোর ইন্টারেক্টিভ স্কেলিং এবং ক্লিপিং এর জন্য: Favorites menu থেকে Side View বিকল্প ব্যবহার করুন।

|-
| | 06:20
| | একটি viewing window খোলে।

|-
| | 06:22
| |কাঠামোর একটি ছোট সংস্করণ উইন্ডোতে খোলে।

|-
| | 06:27
| |বাম দিকের হলুদ বর্গ দর্শকের চোখের স্থিতি বোঝায়।

|-
| | 06:32
| |বাম মাউস বোতাম দ্বারা ছোট বর্গ সরানোর চেষ্টা করুন।

|-
| | 06:36
| |এটি অনুভূমিকভাবে টেনে এনে scale factor সমন্বয় করুন।

|-
| | 06:41
| | চোখের স্থিতিতে ডাবল ক্লিক করলে ক্যামেরা মোড বদলানোর মেনু দেখায়।

|-
| | 06:46
| |clipping planes অর্থাৎ দুটি উল্লম্ব লাইন বাম মাউস বোতাম ব্যবহার করে চালান।

|-
| | 06:53
| | উইন্ডোতে আরো ভিউইং কন্ট্রোল রয়েছে যা আপনি যাচাই করতে পারেন।

|-
| | 06:58
| |viewing window বন্ধ করুন।

|-
| | 07:01
| | এখন এই কাঠামো বদলানো শিখব।

|-
| | 07:04
| | প্রথম ধাপ হল আপনার সংশোধন করার কাঠামো চয়ন করা।

|-
| | 07:09
| |এখন, আমি সম্পূর্ণ protein কাঠামো atoms হিসাবে দেখাতে চাই।

|-
| | 07:15
| | মেনু বারে Select মেনুতে ক্লিক করুন।

|-
| | 07:19
| |মেনু বারের Select মেনু আমাদের কাঠামোর ভিন্ন অংশ চয়নের অনুমতি দেয়।

|-
| | 07:25
| |যেমন chain, element, residue, ligand ইত্যাদি।
|-
| | 07:31
| | Select মেনু থেকে কিছু চয়ন করা না হলে এর মানে আমাদের সম্পূর্ণ কাঠামো সংশোধন করতে হবে।

|-
| | 07:39
| |এখন Actions মেনুতে যান এবং বিকল্প থেকে atoms/bonds চয়ন করুন।

|-
| | 07:46
| |সাব-মেনু থেকে show তে ক্লিক করুন।

|-
| | 07:49
| | আমরা স্ক্রীনে পরমাণু এবং কাঠামোর অংশ ফিতা হিসাবে দেখি।

|-
| | 07:55
| |এখন ফিতা সরাতে Action মেনু থেকে ফিতা চয়ন করুন।

|-
| | 08:00
| |তারপর hide বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| | 08:03
| |এখন সম্পূর্ণ কাঠামো স্টিক ডিসপ্লে হিসাবে দেখায়।

|-
| | 08:08
| | এখন কাঠামোর আরেকটু সংশোধন করি।

|-
| | 08:13
| |নিম্ন ধাপ এটিকে ball and stick ডিসপ্লেতে বদলায়।

|-
| | 08:18
| | Actions মেনুতে ক্লিক করুন।

|-
| | 08:21
| |atoms/bonds এ স্ক্রোল করুন।

|-
| | 08:24
| |সাব-মেনু থেকে ball and stick চয়ন করুন।

|-
| | 08:28
| |লক্ষ্য করুন কাঠামো হাইড্রোজেন পরমাণু ছাড়া রয়েছে।

|-
| | 08:33
| |হাইড্রোজেন পরমাণু জুড়তে, Tools মেনুতে স্ক্রোল করুন।

|-
| | 08:37
| |Structure Editing এ ক্লিক করুন।

|-
| | 08:40
| |সাব-মেনু থেকে Add hydrogens বিকল্প চয়ন করুন।

|-
| | 08:45
| | ডায়লগ বাক্সে, প্রদর্শন হিসাবে চয়ন করুন।

|-
| | 08:49
| |OK বোতামে ক্লিক করুন।

|-
| | 08:52
| |এখন কাঠামো hydrogen পরমাণু সহ দেখাচ্ছে।

|-
| | 08:57
| | সাধারণত protein এর কাঠমো জল অণুর সাথে যুক্ত হয়।

|-
| | 09:02
| |জলের অণু লুকোতে Select মেনুতে যান, Residue তে স্ক্রোল করুন, HOH বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| |09:13
| | স্ক্রীনটি দেখুন; সকল জলের অণু এখন লক্ষণীয়।

|-
| | 09:18
| |actions মেনুতে যান, Atoms\bonds তে স্ক্রোল করুন এবং hide বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| | 09:26
| |এটি কাঠামো থেকে জলের অণু লুকিয়ে রাখে।

|-
| | 09:30
| | মেনু বারের Presets বিকল্পতে ডিসপ্লে বদলাতে আরো কিছু বিকল্প রয়েছে।

|-
| | 09:36
| |আপনি Interactive 1 বিকল্পে ক্লিক করলে: কাঠামো ফিতা এবং বিভিন্ন peptide chains ভিন্ন রঙে দেখায়।

|-
| | 09:45
| |Interactive 2 কাঠামো atoms ডিসপ্লেতে বদলাবে।

|-
| | 09:50
| | Interactive 1 ডিসপ্লেতে ফিরে যান।

|-
| | 09:53
| | আমরা নির্বাচনযোগ্যভাবে peptide chains এর রঙও বদলাতে পারি।

|-
| | 09:57
| |Select নীচে স্ক্রোল করুন এবং সাব-মেনু থেকে chain A চয়ন করুন।

|-
| | 10:02
| |chain A এখন লক্ষণীয় হয়।

|-
| | 10:05
| |Actions মেনুতে যান তারপর কলরে স্ক্রোল করুন, হলুদ চয়ন করুন।

|-
| | 10:11
| |Chain A এখন হলুদ রঙে দেখায়।

|-
| | 10:15
| | চয়ন মুছে ফেলতে কীবোর্ডে CTRL কী ধরে থাকুন এবং Chimera উইন্ডোতে ফাঁকা স্থানে ক্লিক করুন।

|-
| | 10:23
| | আমরা টিউটোরিয়ালের শেষে এসেছি।

|-
| | 10:26
| |Chimera উইন্ডো থেকে প্রস্থান করতে File মেনুতে যান এবং Quit বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| | 10:32
| | সংক্ষিপ্তকরণ করি, এখানে Chimera উইন্ডোতে কাঠামো খোলা এবং প্রোটিন কাঠামোর জন্য পিডিবি ফাইল ডাউনলোড করা শিখেছি।

|-
| | 10:43
| | কাঠামোটি সরানো, ঘোরানো এবং জুম করা। স্কেল এবং ক্লিপ করা।

|-
| |10:49
| | মেনু বারে মেনু ব্যবহার করে ডিসপ্লে বদলানো।

|-
| | 10:53
| |জলের অণু সরানো এবং hydrogens যোগ করা।

|-
| |10:57
| | অনুশীলনীর জন্য PDB ডেটাবেস থেকে Leucine zipper এর pdb ফাইল ডাউনলোড করুন।

|-
| | 11:04
| |File মেনুতে Open বিকল্প দ্বারা Chimera উইন্ডোতে pdb ফাইল খুলুন।

|-
| | 11:10
| |পরমাণুর ডিসপ্লে wire এ এবং সকল aromatic rings কে disks এ বদলান।

|-
| | 11:16
| |আপনার সম্পন্ন কাজ নিম্নরূপ দেখাবে।

|-
| | 11:21
| |নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়।

|-
| | 11:26
| |এটি ডাউনলোড করে দেখুন।

|-
| | 11:28
| | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।

|-
| | 11:34
| |অধিক জানতে আমাদের লিখুন।

|-
| | 11:38
| | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।

|-
| | 11:44
| | এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।

|-
| |11:48
| | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

|}

UCSF-Chimera/C2/Structure-Manipulation/Bengali - Revision history

Satarupadutta: Created page with "­ {| border=1 ! Time ! Narration |- | | 00:01 | | Chimera দ্বারা Structure Manipulation এর টিউটোরিয়া..."

Satarupadutta: Created page with " {| border=1 ! Time ! Narration |- | | 00:01 | | Chimera দ্বারা Structure Manipulation এর টিউটোরিয়া..."