Sakinashaikh at 11:57, 13 April 2018

2018-04-13T11:57:03Z

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! <center>Narration</center>

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| 00:01
| Chimera का उपयोग करके 'Picking and Selection' पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है

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| 00:06
| इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे परमाणुओं और 'residues' के लिए लेबल्स दिखाना

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| 00:12
| 'Select menu' का प्रयोग करके या 'Picking' द्वारा परमाणुओं और 'residues' को चुनना

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| 00:17
| 'residues' का रंग और प्रदर्शन बदलना

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| 00:21
| परमाणुओं को जोड़ना, मिटाना या बदलना, बॉन्ड्स को घुमाना

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| 00:27
| डिस्प्ले विंडो पर एक से अधिक मॉडल खोलें. मॉडल को चुने और मूव करें

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| 00:34
| इस ट्यूटोरियल का अनुसरण करने के लिए आपको स्नातक स्तर की 'Biochemistry' का ज्ञान होना चाहिए

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| 00:40
| या 'structural biology' से परिचित होना चाहियें, सम्बंधित ट्यूटोरियल्स के लिए कृपया हमारी वेब साईट पर जाएँ

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| 00:47
| इस ट्यूटोरियल को रिकॉर्ड करने के लिए मैं 'Ubuntu Operating System' वर्जन 14.04 का उपयोग कर रही हूँ

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| 00:52
| 'Chimera' वर्जन 1.10.2

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| 00:57
| 'Mozilla firefox' ब्राउज़र 35.0

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| 01:01
| और एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन

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| 01:04
| यहाँ मैंने एक 'Chimera window' खोली है

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| 01:07
|'rapid access window' पर, अभी उपयोग किये डेटा की सूची से '1zik ' पर क्लिक करें

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| 01:15
| 'graphics window' पर 'Leucine zipper' का एक मॉडल खुलता है

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| 01:20
| किसी संरचना के अलग अलग अवयवों जैसे कि: रेज़िडियु, परमाणु, बॉन्ड्स आदि में 'Chimera' में उपलब्ध टूल्स प्रयोग करके संशोधन किया जा सकता है

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| 01:31
| पहला स्टेप चुनाव करना होता है

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| 01:34
| चुनने के भिन्न भिन्न तरीके होते हैं: मेनू बार में 'Select' मेनू का प्रयोग करके

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| 01:40
| 'graphics' विंडो से 'Picking'

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| 01:43
| कमांड लाइन पर कमांड टाइप करके, या 'Favorites' मेनू में उपस्थित 'Model Panel' और 'Sequence' विकप्ल चुनकर

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| 01:53
| chimera विंडो पर वापस जाएँ

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| 01:55
| 'Leucine zipper' मोटिफ 'leucine' रेज़िडियु का पीरिऑडिक दोहराव से बनता है

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| 02:02
| अब मैं दर्शाउंगी कि इस संरचना में उपस्थित 'leucine' को किस प्रकार हाईलाइट करना है

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| 02:08
| प्रीसेट मेनू से 'interactive 2' विकल्प चुनें

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| 02:12
| यह संरचना को परमाणु प्रदर्शन में बदल देता है| 'Select' मेनू से 'Residue' विकप्ल चुनिए

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| 02:20
| सब-मेनू में बहुत से विकल्प हैं

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| 02:23
| एमिनो एसिड केटेगरी मेनू में एमिनो एसिड्स इस प्रकार वर्गित हैं: 'aliphatic', 'aromatic', 'hydrophobic', 'polar' इत्यादि

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| 02:34
| इस संरचना में उपस्थित एमिनो एसिड रेज़ीडियुज़ की सूची मानक एमिनो एसिड मेनू में उपलब्ध है

'leucine' पर क्लिक करें

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| 02:42
| सारे 'leucine' रेज़ीडियुज़ अब हाईलाइट हो जाते हैं

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| 02:46
| 'actions' मेनू पर क्लिक करें और 'color' चुनें

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| 02:49
| मैं रंगों की सूची से पीला चुनुंगी, सभी 'leucines' अब पीले रंग में प्रदर्शित हैं

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| 02:57
| चुनाव को हटाने के लिए 'Select' मेनू पर क्लिक करें, उसके बाद 'Clear selection' विकप्ल पर क्लिक करें

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| 03:03
| ‘Leucine’ 'hydrophobic' होने के कारण प्रोटीन के 'hydrophobic' कोष में भरा होता है

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| 03:09
| प्रीसेट विकल्प का प्रयोग करके प्रदर्शन को रिबंस में बदलें, 'Interactive 1’ पर क्लिक करें

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| 03:17
| स्क्रीन से रेज़िडियु चुनने के लिए: कर्सर को संरचना के ऊपर घुमायें

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| 03:22
| पहचान सकने वाली जानकारी के साथ एक 'pop-up balloon' दिखाई देता है

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| 03:26
| इसमें 'residue' का नाम, नंबर और चेन जैसी जानकारी होती है

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| 03:32
| जब आप कर्सर चलाते हैं तो 'balloon' अद्रश्य हो जाता है

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| 03:36
| कर्सर को चेन A के पहले 'residue' पर लायें, वह 'arginine' है

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| 03:41
| कीबोर्ड की CTRL की (key) को दबाएँ रखें और माउस के बाएं बटन को क्लिक करें
CTRL की को छोड़ें

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| 03:49
| 'residue' की रूपरेखा हाईलाइट होती है| डिफ़ॉल्ट रूप से चुनाव हरे रंग में रूपरेखित होता है

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| 03:57
| यदि आप एक से ज्यादा चुनना चाहते हैं; कीबोर्ड की CTRL और shift दोनों की को दबाएँ रखें

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| 04:04
| पेप्टाइड चेन पर माउस को घुमायें| जो 'residues' आप चुनना चाहते हैं उस पर क्लिक करें

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| 04:10
| कीबोर्ड से CTRL और shift दोनों कीज़ को छोड़ें

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| 04:14
| अब आपने रेज़िडियु को संशोधन के लिए चुन लिया है

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| 04:18
|'Actions' मेनू से एक विकप्ल चुने| 'Actions' मेनू पर क्लिक करें

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| 04:23
| उदहारण के लिए, परमाणुओं को दर्शाने के लिए 'atoms/bonds' चुनें
'Show' पर क्लिक करें

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| 04:30
| चुने हुए रेज़ीडियुज़ अब परमाणुओं के प्रदर्शन में दिखाई देतें है, चुनाव को क्लियर करें

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| 04:36
| हम 'Picking' से संरचना में उपस्थित परमाणुओं या बॉन्ड्स में परिवर्तन कर सकते हैं

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| 04:42
| कर्सर को एक ऑब्जेक्ट जैसे एक परमाणु या बॉन्ड पर रखें

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| 04:47
| यह अपनी लेबल की जानकारी एक 'atomspec balloon' में दिखायेगा

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| 04:52
| परमाणु के लिए 'Atomspec balloon' में ऐसी जानकारी होती है जैसे: 'Residue' का नाम, नंबर, चेन और परमाणु का नाम

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| 05:01
| परमाणु को चुनने के लिए कीबोर्ड की CTRL की(key) को दबाएँ रखें

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| 05:06
| CTRL की को दबाये रखते समय उस परमाणु पर क्लिक करें जिसे आप बदलना चाहते हों

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| 05:11
| परमाणु अब हाईलाइट हो जाता है, परमाणु में संशोधन करने के लिए CTRL की को दबाकर रखते हुए परमाणु पर डबल क्लिक करें
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| 05:20
| 'context menu' विकल्पों के साथ खुलता है

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| 05:24
| 'Modify-atom' विकल्प पर क्लिक करें| CTRL की छोड़ें |

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| 05:30
| 'Build Structure' विंडो खुलती है

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| 05:33
| चुने हुए परमाणु को बदलते हैं अर्थात नाइट्रोजन को मिथायल ग्रुप में

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| 05:38
| 'Build Structure' विंडो मे ‘element’ में ‘carbon’, ‘bonds’ में 4 और ‘apply’ बटन पर क्लिक करें

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| 05:49
| पेनल को देखें

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| 05:51
| मिथायल ग्रुप अब मौजूदा संरचना में जुड़ गया है
विंडो बंद कर दें

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| 05:57
| बॉन्ड्स को घुमाने का भी एक विकल्प है
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| 06:00
| जिस बॉन्ड को आप घुमाना चाहते हैं उसके ऊपर कर्सर को घुमायें

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| 06:04
| बॉन्ड से सम्बंधित जानकारी 'atomspec balloon' में दिखाई देती है

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| 06:09
| बॉन्ड चुनने के लिए कर्सर को बॉन्ड पर रखें

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| 06:13
| CTRL की को दबाकर रखें | माउस के बाएं बटन को क्लिक करें

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| 06:18
| चुना गया बॉन्ड अब हाईलाइट हो जाता है | CTRL की को दबाकर रखते हुए बॉन्ड पर डबल क्लिक करें

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| 06:26
| कीबोर्ड पर CTRL की को छोड़ें

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| 06:29
| 'context-menu' खुलता है, 'rotate bond' विकल्प पर क्लिक करें

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| 06:35
| स्क्रीन पर 'Build Structure' डायलॉग बॉक्स दिखाई देता है

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| 06:39
| डायलॉग बॉक्स में उपस्थित रोटेटिंग टूल को क्लिक और रोटेट करें

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| 06:46
| पैनल को देखें, चुना गया बॉन्ड अब घूम रहा है

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| 06:51
| जब आप वांछित कोण पर पहुँच जाएँ तो घुमाना बंद कर दें, डायलॉग बॉक्स बंद करें

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| 06:57
| चुनाव हटा दें | हम चेन्स को हाईलाइट करने के लिए टूल मेनू के 'Sequence' विकल्प का भी उपयोग कर सकते हैं

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| 07:05
| टूल्स मेनू में नीचे जाएँ और 'Sequence' विकल्प पर क्लिक करें

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| 07:10
| सब-मेनू से 'Sequence' चुने

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| 07:13
| 'Show model sequence' डायलॉग बॉक्स दिखाई देता है

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| 07:17
| यदि आप चेन A को चुनना चाहते हैं तो चेन A पर क्लिक करें | उसके बाद 'show' पर क्लिक करें

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| 07:23
| स्क्रीन पर एमिनो एसिड सीक्वेंस के साथ एक अन्य डायलॉग बॉक्स दिखाई देता है

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| 07:28
| ‘amino acid residues' सिंगल अक्षर की तरह प्रस्तुत होते हैं

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| 07:34
| चुनने के लिए सीक्वेंस पर क्लिक करें

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| 07:37
| पैनल को देखें| 'Chain A' अब हाईलाइट हो जाती है

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| 07:41
| विंडो बंद करने के लिए ‘Quit’ पर क्लिक करें

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| 07:44
| 'Actions menu' पर जाएँ, नीचे 'Color' पर जाएँ | पीले विकल्प पर क्लिक करें|

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| 07:50
| 'Chain A' पीले रंग में है| चुनाव को हटाएँ

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| 07:55
| हम 'Chimera window' पर एक से ज्यादा संरचनाएं खोल सकते हैं

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| 07:59
| दूसरी संरचना खोलने के लिए: फाइल मेनू में ऊपर से नीचे जाएँ

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| 08:03
| 'Fetch by ID' पर क्लिक करें

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| 08:06
| 'Fetch structure by ID' डायलॉग बॉक्स खुलता है

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| 08:11
| 'PDB' विकल्प चुनें | फिर 4 अक्षर 'PDB code' टाइप करें
उदहारण के लिए, 'human insulin' निकालने के लिए, 4ex1 टाइप करें

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| 08:23
| fetch बटन पर क्लिक करें

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| 08:25
| पैनल पर दो प्रोटीन संरचनायें एक दुसरे के ऊपर आ जाती हैं
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| 08:29
| दो क दुसरे पर आई संरचनाओं को अलग करने के लिए: हमें एक मॉडल को चयनपुर्वक पैनल पर लाना होता है

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| 08:36
| 'favorites' मेनू उपयोग करके 'Command line' खोलें

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| 08:39
| 'Command line' विंडो के निचले हिस्से में दिखाई देती है

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| 08:43
| मॉडल ज़ीरो को अनचेक करने के लिए क्लिक करें, जो 'leucine zipper' को प्रदर्शित करता है

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| 08:48
| कर्सर को 'insulin' संरचना पर लायें: माउस का मध्य बटन दबाएँ

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| 08:54
| फिर मॉडल को पैनल पर इच्छित जगह तक लाने के लिए खींचें
माउस बटन को छोड़ें

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| 09:01
| मॉडल को चयनपुर्वक स्क्रीन से हटाने के लिए: 'Favorites' मेनू का उपयोग करके मॉडल पैनल खोलें

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| 09:08
| 'Model Panel' डायलॉग बॉक्स दिखता है

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| 09:11
| जिस मॉडल को आप हटाना चाहते हैं उसे 'model ID' पर क्लिक करके चुनें

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| 09:16
| जैसे कि मैं स्क्रीन से 'insulin' मॉडल हटाना चाहती हूँ

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| 09:21
| 'model ID' पर क्लिक करें| क्लोज विकल्प पर क्लिक करें

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| 09:26
| पैनल को देखें| 'insulin' का मॉडल स्क्रीन से हट गया है

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| 09:32
| मॉडल पैनल विंडो को बंद करें

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| 09:34
| हम इस ट्यूटोरियल के अंत में आ गए हैं

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| 09:37
| जो हमने सिखा है उसे सारांशित करते हैं

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| 09:40
| इस ट्यूटोरियल में हमने परमाणुओं’ और 'residues' को लेबल करना सीखा

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| 09:46
| 'Select menu' का प्रयोग करके या 'Picking' द्वारा परमाणुओं और रेज़ीडियुज़ को चुनना

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| 09:51
| 'residues' का रंग और प्रदर्शन बदलना

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| 09:55
| परमाणुओं को जोड़ना , मिटाना या बदलना , बॉन्ड्स को घुमाना

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| 10:00
| डिस्प्ले विंडो पर एक से अधिक मॉडल खोलना | मॉडल को चुनना और मूव करना

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| 10:06
| नियत कार्य के लिए chimera विंडो पर 'human insulin', 'pdb code 4ex1' की संरचना खोलें,

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| 10:14
| सभी 'hydrophobic' एमिनो एसिड्स 'residues' को नीले रंग में रंगें

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| 10:19
| सभी 'polar residues' को लाल रंग में रंगें

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| 10:23
| आपका पूरा नियत कार्य निम्न प्रकार दिखना चाहिए

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| 10:29
| निम्न लिंक पर उपलब्ध वीडीयो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है
कृपया इसको डाउनलोड करके देखें

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| 10:36
| स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टीम कार्यशालाएं चलाती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को प्रमाणपत्र देती है
अधिक जानकारी के लिए हमें लिखें

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| 10:45
| स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट NMEICT, MHRD, भारत सरकार द्वारा वित्तपोषित है
इस मिशन पर अधिक जानकारी दिए हुए लिंक पर उपलब्ध है

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| 10:55
| आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ, हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद

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 | 'Select menu' का प्रयोग करके या 'Picking' द्वारा परमाणुओं और रेज़ीडियुज़ को चुनना
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UCSF-Chimera/C2/Picking-and-Selection/Hindi - Revision history

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