PoojaMoolya at 10:25, 28 October 2020

2020-10-28T10:25:07Z

Priyacst at 07:15, 28 November 2017

2017-11-28T07:15:44Z

Jayashree: Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- ||00:01 | '''Jmolலில், enzymeகளின் 3D Modelகள்''' குறித்த இந்த டுடோர..."

2017-11-02T04:41:55Z

Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- ||00:01 | '''Jmolலில், enzymeகளின் 3D Modelகள்''' குறித்த இந்த டுடோர..."

New page

{| border=1
|| '''Time'''
|| '''Narration'''

|-
||00:01
| '''Jmolலில், enzymeகளின் 3D Modelகள்''' குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.

|-
||00:08
| இந்த டுடோரியலில், நாம் கற்கப்போவது: '''Jmol panel'''லில், '''Human Pancreatic Hexokinase'''ன் structure ஐ '''load''' செய்வது

|-
||00:16
| Secondary structureன் displayஐ மாற்றுவது

|-
||00:20
| Active siteல், '''amino acid residue'''க்களை முன்னிலைப்படுத்துவது

|-
||00:25
| Enzymeன், '''substrate''' மற்றும் '''cofactor'''களை முன்னிலைப்படுத்துவது

|-
||00:30
| மற்றும், '''protein'''க்கான '''Ramachandran plot'''ஐ பார்ப்பது.

|-
||00:35
| இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, அடிப்படை உயிர்வேதியியல் உங்களுக்கு தெரிந்து இருக்க வேண்டும்.

|-
||00:41
| மற்றும், '''Jmol Application window'''வின் அடிப்படைoperationகள், பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும்.

|-
||00:46
| '''Jmol Application''' தொடரில் இருக்கின்ற, '''Proteins and Macromolecules''' டுடோரியலை பார்க்கவும்.

|-
||00:53
| அது பின்வரும் இணைப்பில் உள்ளது.

|-
||00:57
| இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்வதற்கு, நான்: * '''Ubuntu''' Operating System பதிப்பு'''12.04'''

|-
||01:05
||'''Jmol''' பதிப்பு '''12.2.2'''.

|-
||01:08
||'''Java''' பதிப்பு '''7''' மற்றும் * '''Mozilla Firefox browser''' '''22.0'''ஐ பயன்படுத்துகிறேன்.

|-
||01:16
| '''Jmol window'''ஐ திறந்து, '''hexokinase''' enzymeன் structureஐ '''load''' செய்யவும்.

|-
||01:22
| நான் '''internet''' ஐ இணைத்திருக்கிறேன். அதனால், '''PDB website'''ல் இருந்து, structureஐ நேரடியாக நான் '''load''' செய்வேன்.

|-
||01:28
| அதைச் செய்ய, '''File''' menuஐ திறக்கவும். Scroll down செய்து, '''Get PDB''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
||01:37
| திரையில், ஒரு '''Input''' dialogue-box தோன்றுகிறது. '''Hexokinase'''க்கான, நான்கு எழுத்து '''PDB code''', அதாவது, '''3IDH'''ஐ text-box ல் டைப் செய்யவும்.

|-
||01:50
| இந்த code, '''Protein Data Bank''' வலைதளத்தில் இருந்து பெறப்பட்டது.

|-
||01:55
| உங்களுக்கு இணைய இணைப்பு இல்லையெனில்: tool barல் இருக்கின்ற, '''Open a file''' iconஐ பயன்படுத்தி, existing '''pdb''' file ஐ திறக்கவும்.

|-
||02:06
| '''Ok''' பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
||02:09
| '''Glucokinase''' எனவும் அழைக்கப்படுகின்ற, '''hexokinase'''ன் , 3D structure, திரையில் திறக்கிறது.

|-
||02:16
| '''File''' menuஐ பயன்படுத்தி, '''Console''' windowஐ திறக்கவும்.

|-
||02:21
| '''Console'''லில் காட்டப்பட்டுள்ளபடி, panelலில் இருக்கின்ற structure, substrate '''Glucose'''உடன் கூடிய, '''Human Pancreatic Glucokinase'''க்கானது.

|-
||02:31
| Consoleஐ மூடவும்.

|-
||02:34
| Panelலில், '''hexokinase'''ன் '''ball and stick''' modelஐ நாம் கொண்டிருக்கிறோம்.

|-
||02:40
| Panelலில், '''protein model'''லில் இருந்து, water moleculeகளை நீக்கவும்.

|-
||02:44
| Jmol டுடோரியல், '''Proteins and macromolecules'''ல், இந்த செயல்முறை விரிவாக விளக்கப்பட்டுள்ளது.

|-
||02:53
| '''Hexokinase''' Enzymeஐ பற்றி-

|-
||02:56
| '''Hexokinase''', 465 amino acidகளைக் கொண்ட, ஒரு '''monomeric protein''' ஆகும்.

|-
||03:02
| அது இரண்டு '''domain'''களை கொண்டிருக்கிறது. ஒரு பெரிய domain, மற்றும் ஒரு சிறியdomain .

|-
||03:07
| இந்த '''enzyme'''க்கான '''active-site''', இரண்டு doaminகளுக்கு இடையே உள்ள '''cleft'''ல் உள்ளது.

|-
||03:14
| '''Hexokinase'''க்கான active-site, 3 '''amino acid residue'''க்களை கொண்டிருக்கிறது: '''204'''ல் '''Aspergine''', '''231''' இடத்தில்'''Aspergine''', மற்றும் '''256'''ல் '''Glutamic acid'''.

|-
||03:30
|'''Alpha-D-Glucose''', இந்த enzyme க்கான '''substrate''' ஆகும்.

|-
||03:34
| இப்போது, Jmol panel க்கு திரும்பச் செல்வோம்.

|-
||03:38
| Enzymeகளின் component களான, '''Substrate, Cofactors''' அல்லது '''Amino acid residue'''க்களை, active siteல், நாம் தேர்ந்தெடுத்து முன்னிலைப்படுத்த முடியும்.

|-
|| 03:49
| ஒரு குறிப்பிட்ட componentஐ தேர்ந்தெடுக்க, ரைட்-க்ளிக்கை பயன்படுத்தி, pop-up menuஐ திறக்கவும்.

|-
||03:55
| '''Select''' optionக்கு scroll down செய்யவும்.

|-
||03:57
| '''Proteins''' sub-menuவில் இருந்து, '''By Residue name'''ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
||04:04
| இங்கு தனிப்பட்ட, '''amino acid residue'''க்கள் பட்டியலிடப்பட்டிருக்கும்.

|-
||04:10
| Amino acidஐ தேர்ந்தெடுக்க, அதன் பெயரை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
||04:14
| மேலும், amino acidக்கள், பின்வரும் தலைப்புகளின் கீழ், ஒரு குழுவாக்கப்பட்டிருக்கின்றன: '''Polar''', '''Non-polar''', '''Basic''', '''Acidic''', '''Uncharged''' போன்ற சில.

|-
||04:26
| '''Hetero''' menuவில், metal ion '''potassium''' மற்றும் '''substrate glucose''', பட்டியலிடப்பட்டுள்ளன.

|-
||04:34
| '''Substrate binding site'''ஐ எளிதாக கண்டுபிடிக்க, enzymeன் displayஐ நாம் மாற்றலாம்.

|-
||04:41
| Proteinனின், atomகளின், display மற்றும் நிறத்தை நாம் மாற்றுவோம்.

|-
||04:46
| Pop-up menuஐ திறக்கவும். '''Select'''க்கு சென்று, '''Protein''' optionக்கு scroll down செய்யவும். '''All'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
||04:55
| மீண்டும், Pop-up menuஐ திறக்கவும். முதலில், '''Style''', பின், '''Scheme'''க்கு scroll down செய்யவும். பின், '''Sticks''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
||05:05
| இப்போது, panelலில், proteinஐ , '''sticks''' displayவில் கொண்டிருக்கிறோம்.

|-
||05:11
| இப்போது, நிறத்தை மாற்ற, மீண்டும், Pop-up menuஐ திறக்கவும். '''Color''' >> '''Atoms'''க்கு சென்று, '''Blue''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
||05:23
| திரையில், '''hexokinase'''ன் modelஐ , நீல நிறத்திலும், '''sticks''' displayவிலும் நாம் கொண்டிருக்கிறோம்.

|-
||05:30
| Cleftல், '''ball and stick''' displayல், substrate '''Alfa-D-Glucose'''ஐ உற்று நோக்கவும்.

|-
||05:38
| Substrateஐ முன்னிலைப்படுத்த- Pop-up menuஐ திறக்கவும். முதலில், '''Select''', பின், '''Hetero'''க்கு செல்லவும். பின், '''GLC-ALFA-D-GLUCOSE'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
||05:52
| மீண்டும், Pop-up menuஐ திறக்கவும். '''Style''' >> '''Scheme'''க்கு scroll down செய்யவும். பின், '''Sticks''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
||06:00
| நிறத்தை மாற்ற- மீண்டும், Pop-up menuஐ திறக்கவும். '''Color''' >> '''Atoms'''க்கு செல்லவும். பின், '''White''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
||06:12
| '''Substrate'''ன் இடம் தெளிவாக முன்னிலைப்படுத்தப்பட்ட, '''hexokinase'''ன் model, panelலில் இருக்கிறது.

|-
||06:20
| Amino acidகளை முன்னிலைப்படுத்த, active siteல், அவற்றின் நிறத்தை நாம் மாற்றலாம்.

|-
||06:26
| அதற்கு, '''Console''' windowவில், நாம் commandகளை டைப் செய்ய வேண்டும்.

|-
||06:32
| முன்பு கூறியது போல், active-siteல் உள்ள amino acidகள்: இடம் 204ல் '''Aspergine''', இடம் 231ல் '''Aspergine''', மற்றும், இடம் 256ல் '''Glutamic acid'''.

|-
||06:50
| '''File menu'''ஐ பயன்படுத்தி, '''console window'''ஐ திறக்கவும். '''Console'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
||06:57
| Console windowஐ பெரிதுபடுத்த, நான் '''Kmag''' Screen magnifierஐ பயன்படுத்துகிறேன்.

|-
||07:03
| $ (dollar) promptல், டைப் செய்க: '''"select"''', சதுர அடைப்புக்குறிகளினுள், aspergineக்கு '''"Asn"''', அடைப்புக்குறியை மூடவும், '''"204"''', அதாவது, இடம், semicolon '''"color atoms orange"'''.

|-
||07:25
| '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
||07:27
| '''Aspargine residue'''ன் atomகள், இப்போது, செம்மஞ்சள் நிறத்தில் இருப்பதை கவனிக்கவும்.

|-
||07:33
| Key boardல், up-arrow பட்டனை அழுத்தி, commandஐ '''edit''' செய்யவும்.

|-
||07:39
| Amino acidன் இடத்தை, '''231'''க்கு edit செய்து, atomகளின் நிறத்தை, சிவப்பிற்கு மாற்றவும்.

|-
||07:48
| '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
||07:51
| மீண்டும், up-arrow key ஐ அழுத்தி, amino acidன் பெயரை, '''GLU'''க்கு, அதாவது, '''glutamic acid'''க்கும், மற்றும், இடத்தை, '''256'''க்கும்,

|-
||08:06
| மற்றும், atomகளின் நிறத்தை, பச்சைக்கும் மாற்றி, பின், '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
||08:13
| '''Substrate'''உடன் கூடிய, '''hexokinase'''ன், '''3D model''', மற்றும், active site, panelலில் முன்னிலைப்படுத்தப்பட்டுள்ளது.

|-
||08:23
| Modelலில் , '''potassium''' atom, ஊதா நிறத்தில் இங்கு, முன்னிலைப்படுத்தி காட்டப்பட்டுள்ளது.

|-
||08:30
| Jmolலில், ஒரு குறிப்பிட்ட proteinக்கு, '''ramachandran plot'''களையும் நாம் காட்டலாம்.

|-
||08:36
| Consoleலில், dollar($) prompt ல் டைப் செய்க: '''plot ramachandran'''

|-
||08:45
| '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
||08:47
| திரையில், '''hexokinase'''க்கான, ஒரு '''ramachandran plot'''ஐ நாம் கொண்டிருக்கிறோம்.

|-
||08:54
| Databaseல் இருந்து, '''pdb file'''களை பயன்படுத்தி, வெவ்வேறு enzymeகளை '''load''' செய்ய முயற்சிக்கவும்.

|-
||09:00
| Secondary structureன் displayஐ மாற்றவும்.

|-
||09:04
| சுருங்கச் சொல்ல. இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது: PDB codeஐ பயன்படுத்தி, '''Human Pancreatic Hexokinase'''ன் structure ஐ '''load''' செய்வது.

|-
||09:14
| Secondary structureன் displayஐ மாற்றவது.

|-
||09:17
| Active siteல், '''amino acid residue'''க்களை முன்னிலைப்படுத்துவது.

|-
||09:21
| Enzymeன், '''substrate''' மற்றும் '''cofactor'''களை முன்னிலைப்படுத்துவது.

|-
||09:25
| மற்றும், '''protein'''களுக்கான '''ramachandran plot'''ஐ பார்ப்பது.

|-
||09:30
| பயிற்சியாக: Jmol panelலில், enzyme '''Lysozyme'''ன், dot pdb file ஐ செய்யவும்.

|-
||09:38
| Enzyme க்கு கட்டுண்ட substrateஐ முன்னிலைப்படுத்தவும்.

|-
||09:42
| Active siteல் இருக்கின்ற, amino acidகளை, முன்னிலைப்படுத்தவும்.

|-
||09:46
| சிறு குறிப்பு: '''Lysozyme'''ன் '''pdb''' fileஐ , '''PDB database'''ல் இருந்து பெறவும்.

|-
||09:52
| இந்த URLலில் இருக்கும் வீடியோவை காணவும்.

|-
||09:56
| அது, '''Spoken Tutorial''' திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.

|-
||10:00
| உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில்,அதை தரவிறக்கி காணவும்.

|-
||10:04
| ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு

|-
||10:07
| செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, சான்றிதழ்கள் தருகிறது.

|-
||10:10
| மேலும் விவரங்களுக்கு எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.

|-
||10:14
| '''Spoken tutorial''' திட்டம், '''Talk to a Teacher''' திட்டத்தின் ஒரு பகுதியாகும்.

|-
||10:19
| இதற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின்,National Mission on Education through ICT, MHRD, மூலம் கிடைக்கிறது.

|-
||10:25
| மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.

|-
||10:30
| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.

|}

@@ Line 69: / Line 69: @@
 |-
 ||01:37
-| திரையில், ஒரு '''Input''' dialogue-box  தோன்றுகிறது.  '''Hexokinase'''க்கான, நான்கு எழுத்து '''PDB code''', அதாவது, '''3IDH'''ஐ text-box ல் டைப் செய்யவும்.
+| திரையில், ஒரு '''Input''' dialog-box  தோன்றுகிறது.  '''Hexokinase'''க்கான, நான்கு எழுத்து '''PDB code''', அதாவது, '''3IDH'''ஐ text-box ல் டைப் செய்யவும்.
 |-

@@ Line 377: / Line 377: @@
 |-
 ||10:30
-| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம்  செய்தது ஜெயஸ்ரீ.
+| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம்  செய்தது ஜெயஸ்ரீ குரல் கொடுத்தது சண்முகப்பிரியா.
 |}

Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Tamil - Revision history

PoojaMoolya at 10:25, 28 October 2020

Priyacst at 07:15, 28 November 2017

Jayashree: Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- ||00:01 | '''Jmolலில், enzymeகளின் 3D Modelகள்''' குறித்த இந்த டுடோர..."