Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Nepali - Revision history

PoojaMoolya at 13:00, 24 April 2017

2017-04-24T13:00:30Z

PoojaMoolya at 09:17, 21 April 2017

2017-04-21T09:17:18Z

Mandira at 20:59, 14 March 2017

2017-03-14T20:59:23Z

Mandira: Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- ||00:01 ||नमस्कार सबैलाई, '''3D Models of Enzymes in Jmol ''' ट्युटोरियलमा..."

2017-03-14T20:58:44Z

Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- ||00:01 ||नमस्कार सबैलाई, '''3D Models of Enzymes in Jmol ''' ट्युटोरियलमा..."

New page

{| border=1
|| '''Time'''
|| '''Narration'''
|-
||00:01
||नमस्कार सबैलाई, '''3D Models of Enzymes in Jmol ''' ट्युटोरियलमा स्वागत छ
|-
||00:08
||यो ट्युटोरियलमा हामी सिक्ने छौं: * '''जेमोल प्यानल''' मा '''Human Pancreatic Hexokinase''' को संरचना '''लोड''' गर्न
|-
||00:16
||*सेकन्डरी संरचनाको डिस्प्ले बदल्न
|-
||00:20
||* एक्टिभ साइटमा '''amino acid residue''' हाइलाइट गर्न
|-
||00:25
||*इन्जाइमको '''substrate''' र '''cofactor''' हरु हाइलाइट गर्न
|-
||00:30
||* र प्रोटिनको '''Ramachandran plot''' हेर्न

|-
||00:35
||यो ट्युटोरियल अनुसरण गर्न तपाईसँग बायोकेमिस्ट्रीको आधारभूत ज्ञान हुनुपर्छ
|-
||00:41
||र '''Jmol Application window''' का कार्यहरुसँग परिचित हुनुपर्छ

|-
||00:46
||'''जेमोल एप्लिकेसन''' शृंखलाको '''Proteins and Macromolecules''' ट्युटोरियल हेर्नुहोस्

|-
||00:53
||यो तलको लिंकमा उपलब्ध छ
|-
||00:57
||यो ट्युटोरियल रेकर्ड गर्न, म प्रयोग गर्दैछुँ: * '''उबुन्टु''' अपरेटिंग सिस्टम संस्करण ''' १२.०४'''
|-
||01:05
||* '''Jmol''' संस्करण '''१२.२.२'''
|-
||01:08
||* '''Java''' संस्करण '''७''' र * '''मोजिल्ला फायरफक्स ब्राउजर''' '''२२.०'''
|-
||01:16
|| '''जेमोल विन्डो''' खोलौं र '''hexokinase''' इन्जाइमको संरचना लोड गरौँ
|-
||01:22
||मसँग '''इन्टरनेट''' उपलब्ध छ, त्यसैले संरचना सिधै '''PDB website''' बाट '''लोड''' गर्दैछुँ
|-
||01:28
||यसो गर्न '''File''' मेनु खोलौं र तल स्क्रोल गरी '''Get PDB''' विकल्पमा क्लिक गरौँ
|-
||01:37
||स्क्रिनमा एउटा '''Input''' डाइलग-बक्स देखापर्छ, टेक्स्टबक्समा '''hexokinase''' को चार अक्षरको '''PDB code''' पढौं जुन, '''3IDH''' रहेको छ
|-
||01:50
||यो कोड '''Protein Data Bank''' वेबसाइटबाट लिइएको हो
|-
||01:55
||यदि तपाईसँग राम्रो इन्टरनेट जडान छैन भने टूलबारको '''Open a file''' आइकन प्रयोग गरी हालको '''pdb''' फाइल प्रयोग गरौँ
|-
||02:06
|| '''OK''' बटनमा क्लिक गरौँ
|-
||02:09
||स्क्रिनमा देखिएको '''hexokinase''' को '''3D''' संरचनालाई '''glucokinase''' पनि भनिन्छ
|-
||02:16
||'''File''' मेनु प्रयोग गरी '''Console''' विन्डो खोलौं
|-
||02:21
|| '''Console''' मा देखाए झैँ प्यानलमा रहेको संरचना '''Human Pancreatic Glucokinase''' को साथै सब्स्ट्रेट '''Glucose''' को हो
|-
||02:31
||कन्सोल बन्द गरौँ
|-
||02:34
||प्यानलमा, हामीसँग '''hexokinase''' को '''ball and stick''' मोडल छ
|-
||02:40
||प्यानलको '''protein model'''बाट वाटर मलिक्युल हटाउ
|-
||02:44
||यो प्रक्रिया जेमोल ट्युटोरियल '''Proteins and macromolecules''' मा अझ बिस्तृत रुपमा बर्णन गरिएको छ
|-
||02:53
|| '''hexokinase''' इन्जाइमको बारेमा-
|-
||02:56
|| '''Hexokinase''' ४६५ एमिनो एसिडको एउटा '''monomeric protein''' हो
|-
||03:02
||यसमा दुई '''डोमेन''' हरु हुन्छन, एउटा ठुलो '''डोमेन''' र एउटा सानो '''डोमेन'''
|-
||03:07
||यो '''इन्जाइम'''को '''एक्टिभ-साइट''' दुई डोमेन बीचको '''cleft''' मा रहेको हुन्छ
|-
||03:14
|| '''hexokinase''' को एक्टिभ साइटमा ३ एमिनो एसिड रेसिड्युहरु हुन्छन्: '''204''' मा '''Aspergine''', '''231''' मा '''Aspergine''' र '''256''' मा '''Glutamic acid'''
|-
||03:30
||यो इन्जाइमको '''सब्सट्रेट''' '''Alpha-D-Glucose''' हो
|-
||03:34
||अब, जेमोल प्यानलमा फर्कौं
|-
||03:38
||हामी इन्जाइमहरु छान्न र त्यसका कम्पोनेन्टहरु हाइलाइट गर्न सक्छौं जस्तै: एक्टिभ साइटको '''Substrate, Cofactors''' वा '''Amino acid residues'''
|-
|| 03:49
||कुनै निश्चित कम्पोनेन्ट छान्न राइट-क्लिक गरी पप-अप मेनु खोलौं
|-
||03:55
|तल '''Select''' विकल्पमा जाऊ
|-
||03:57
||सब-मेनु '''Proteins''' मा '''By Residue name''' छानौं
|-
||04:04
||यहाँ हामीसँग हरेक एमिनो एसिड रेसिड्युहरु सुचिकृत रहेका छन्
|-
||04:10
||एमिनो एसिड छान्न यसको नाममा क्लिक गरौँ
|-
||04:14
||एमिनोएसिडहरु यी शिर्षकमा सुचिकृत हुन्छन्: '''Polar''', '''Non-polar''', '''Basic''', '''Acidic''', '''Uncharged''' आदि
|-
||04:26
|| '''Hetero''' मेनुमा मेटल आयोन '''potassium''' र '''substrate glucose''' सुचिकृत छन्
|-
||04:34
||हामी '''सब्सट्रेट बाइन्डिंग साइट''' सजिलै पत्ता लगाउन '''इन्जाइम''' को डिस्प्ले परिवर्तन गर्न सक्छौं
|-
||04:41
||अब प्रोटिनको डिस्प्ले र एटमहरुको रंग बदलौं
|-
||04:46
||पप-अप मेनु खोलौं, '''Select''' मा जाऊ र '''Protein''' विकल्पमा स्क्रोल गरी '''All''' मा क्लिक गरौँ
|-
||04:55
||पुन: पप-अप मेनु क्लिक गरौँ, '''Style''' मा स्क्रोल गरौँ अनि '''Scheme''' र '''Sticks''' विकल्पमा क्लिक गरौँ
|-
||05:05
||अब हामीसँग प्यानलमा प्रोटिन '''sticks''' डिस्प्लेमा छ
|-
||05:11
|अब, रंग परिवर्तन गर्न- पुन: पप-अप मेनु खोलौं र '''Color''', '''Atoms''' र '''Blue''' विकल्पमा क्लिक गरौँ
|-
||05:23
||स्क्रिनमा हामीसँग निलो रंगमा '''hexokinase''' को मोडल '''sticks''' डिस्प्लेमा छ
|-
||05:30
||क्लेफ्टमा '''Alfa-D-Glucose''' सब्सट्रेट '''ball and stick''' डिस्प्लेमा हेरौं
|-
||05:38
||सब्सट्रेट हाइलाइट गर्न – पप-अप मेनु खोलौं र '''Select''' मा जाऊ अनि '''Hetero''' मा गएर '''GLC-ALFA-D-GLUCOSE''' क्लिक गरौँ
|-
||05:52
||पप-अप मेनुमा जाऊ र '''Style''' अनि '''Scheme''' मा स्क्रोल गरी '''Sticks''' विकल्पमा क्लिक गरौँ
|-
||06:00
||रंग बदल्न – पप-अप मेनु खोलौं र '''Color''' मा जाऊ अनि '''Atoms''' र '''White''' विकल्पमा क्लिक गरौँ
|-
||06:12
||प्यानलमा '''hexokinase''' को मोडल छ र '''substrate''' को स्थान प्रष्ट रुपमा हाइलाइट गरिएको छ
|-
||06:20
||हामी एमिनो एसिडको एक्टिभ साइटहरु बदली तिनीहरुको रंग बदल्न सक्छौं
|-
||06:26
||यसो गर्न, हामीले '''Console''' विन्डोमा कमाण्डहरु टाइप गर्नुपर्छ
|-
||06:32
||पहिले उल्लेख गरे अनुसार, एक्टिभ साइटमा संलग्न एमिनो एसिडहरु हुन्: '''Aspergine''' 204 मा, '''Aspergine''' 231 मा र '''Glutamic acid''' 256 मा
|-
||06:50
|| '''File मेनु''' प्रयोग गरी '''कन्सोल विन्डो''' खोलौं, '''Console''' मा क्लिक गरौँ
|-
||06:57
||म कन्सोल विन्डो ठुलो पर्न '''Kmag''' स्क्रिन म्याग्नीफायर प्रयोग गर्दैछुँ
|-
||07:03
|| $ (डलर)प्रम्प्टमा टाईप गरौँ: '''"select"''' दोहोरो उद्दरण भित्र ब्राकेट '''"Asn"''' एस्परजिनको लागि ब्राकेट बन्द गरौँ, '''"204"''' मतलब स्थान '''सेमिकोलन''' '''"color atoms orange"'''
|-
||07:25
|| '''Enter''' थिचौं
|-
||07:27
||अहिले सुन्तला रंगमा रहेको '''aspargine residue''' एटमहरु हेरौं
|-
||07:33
||किबोर्डको अप-एरो बटन थिचौं र कमाण्ड '''एडिट''' गरौँ
|-
||07:39
||एमिनो एसिडको स्थान '''231''' मा बदलौं र एटमको रंग रातोमा बदलौं
|-
||07:48
|| '''इन्टर''' थिचौं
|-
||07:51
||पुन: अप एरो कि थिचौं र एमिनो एसिडको नाम '''GLU''' मतलब, '''glutamic acid''' मा बदलौं र स्थानमा '''256''' राखौं
|-
||08:06
||एटमको रंग हरियोमा बदलौं र '''Enter''' थिचौं
|-
||08:13
||हामीसँग प्यानलमा सब्सट्रेट सहितको '''hexokinase''' को '''3D मोडल''' छ र एक्टिभ साइट हाइलाइट गरिएको छ
|-
||08:23
||यहाँ देखाए झैँ मोडलमा '''potassium''' एटम प्याजी रंगमा देखिन्छ
|-
||08:30
||हामी जेमोलमा कुनै निश्चित प्रोटिनको लागि '''ramachandran plot''' पनि देखाउन सक्छौं
|-
||08:36
||कन्सोलमा डलर($) प्रम्प्टमा टाइप गरौँ: '''plot ramachandran'''
|-
||08:45
|| '''इन्टर''' थिचौं
|-
||08:47
||हामीसँग '''hexokinase''' को '''ramachandran plot''' छ
|-
||08:54
||डेटाबेसको '''pdb फाइलहरु''' प्रयोग गरी विभिन्न इन्जाइमहरु लोड गरौँ
|-
||09:00
||सेकेण्डरी संरचनाको डिस्प्ले परिवर्तन गरौँ
|-
||09:04
||संक्षेपमा हेरौं, यो ट्युटोरियलमा हामीले * PDB कोड प्रयोग गरी '''Human Pancreatic Hexokinase''' को संरचना '''लोड''' गर्न सिक्यौं
|-
||09:14
||* सेकन्डरी संरचनाको डिस्प्ले परिवर्तन गर्न
|-
||09:17
||* एक्टिभ साइटको '''एमिनो एसिड रेसिड्यु''' हरु हाइलाइट गर्न
|-
||09:21
||* '''इन्जाइम''' को '''सब्सट्रेट''' र '''cofactor''' हाइलाइट गर्न
|-
||09:25
||र प्रोटिनहरुको लागि '''ramachandran''' प्लट कोर्न
|-
||09:30
||कार्यको रुपमा: जेमोल प्यानलमा '''Lysozyme''' इन्जाइमको डट pdb फाइल लोड गर्नुहोस्
-
||09:38
|| इन्जाइममा रहेको सब्सट्रेट हाइलाइट गर्नुहोस्
|-
||09:42
||एक्टिभ साइटको एमिनो एसिड हाइलाइट गर्नुहोस्
|-
||09:46
||हिन्ट: '''PDB database''' बाट '''Lysozyme''' को '''pdb''' फाइल प्राप्त गरौँ
|-
||09:52
||तलको लिंकमा उपलब्ध भिडियो हेर्नुहोस्
|-
||09:56
||यसले '''स्पोकन ट्युटोरियल''' प्रोजेक्टको सार दिन्छ
|-
||10:00
||यदि तपाईसँग राम्रो ब्याण्डविड्थ छैन भने डाउनलोड गरी हेर्न सक्नुहुन्छ
|-
||10:04
||स्पोकन ट्युटोरियल प्रोजेक्ट टिमले
|-
||10:07
|| कार्यशाला संचालन गर्छ र प्रमाणपत्र वितरण गर्छ
|-
||10:10
||बिस्तृत जानकारीको लागि हामीलाई सम्पर्क गर्नुहोस्
|-
||10:14
|| '''स्पोकन ट्युटोरियल''' प्रोजेक्ट '''टक टु अ टिचर''' प्रोजेक्टको एक भाग हो
|-
||10:19
||यसलाई नेशनल मिसन अन एजुकेसन थ्रु आइसीटी, MHRD, भारत सरकारको सहयोग रहेको छ
|-
||10:25
||यो मिसन सम्बन्धि थप जानकारी तलको लिंकमा उपलब्ध छ
|-
||10:30
||म मन्दिरा थापा बिदा हुदैछुँ, सहभागिताको लागि धन्यवाद, नमस्कार
|-
|}

@@ Line 27: / Line 27: @@
 ||00:41
 ||र '''Jmol Application window''' का कार्यहरुसँग परिचित हुनुपर्छ
 |-
 ||00:46
 ||'''जेमोल एप्लिकेसन''' शृंखलाको '''Proteins and Macromolecules''' ट्युटोरियल हेर्नुहोस्
 |-
 ||00:53
@@ Line 111: / Line 109: @@
 ||हामी इन्जाइमहरु छान्न र त्यसका कम्पोनेन्टहरु हाइलाइट गर्न सक्छौं जस्तै: एक्टिभ साइटको  '''Substrate, Cofactors''' वा '''Amino acid residues'''
 |-
-|| 03:49
+||03:49
 ||कुनै निश्चित कम्पोनेन्ट छान्न राइट-क्लिक गरी पप-अप मेनु खोलौं
 |-

@@ Line 10: / Line 10: @@
 |-
 ||00:16
-||*सेकन्डरी संरचनाको डिस्प्ले बदल्न
+||सेकन्डरी संरचनाको डिस्प्ले बदल्न
 |-
 ||00:20
-||* एक्टिभ साइटमा '''amino acid residue''' हाइलाइट गर्न
+|| एक्टिभ साइटमा '''amino acid residue''' हाइलाइट गर्न
 |-
 ||00:25
-||*इन्जाइमको '''substrate''' र '''cofactor''' हरु हाइलाइट गर्न
+||इन्जाइमको '''substrate''' र '''cofactor''' हरु हाइलाइट गर्न
 |-
 ||00:30
-||* र प्रोटिनको '''Ramachandran plot''' हेर्न
+|| र प्रोटिनको '''Ramachandran plot''' हेर्न
 |-
@@ Line 40: / Line 40: @@
 |-
 ||01:05
-||* '''Jmol''' संस्करण '''१२.२.२'''
+|| '''Jmol''' संस्करण '''१२.२.२'''
 |-
 ||01:08
-||* '''Java''' संस्करण '''७''' र  * '''मोजिल्ला फायरफक्स ब्राउजर''' '''२२.०'''
+|| '''Java''' संस्करण '''७''' र  * '''मोजिल्ला फायरफक्स ब्राउजर''' '''२२.०'''
 |-
 ||01:16
@@ Line 235: / Line 235: @@
 |-
 ||09:14
-||* सेकन्डरी संरचनाको डिस्प्ले परिवर्तन गर्न
+|| सेकन्डरी संरचनाको डिस्प्ले परिवर्तन गर्न
 |-
 ||09:17
-||* एक्टिभ साइटको '''एमिनो एसिड रेसिड्यु''' हरु हाइलाइट गर्न
+|| एक्टिभ साइटको '''एमिनो एसिड रेसिड्यु''' हरु हाइलाइट गर्न
 |-
 ||09:21
-||* '''इन्जाइम''' को '''सब्सट्रेट''' र '''cofactor''' हाइलाइट गर्न
+|| '''इन्जाइम''' को '''सब्सट्रेट''' र '''cofactor''' हाइलाइट गर्न
 |-
 ||09:25

@@ Line 248: / Line 248: @@
 ||09:30
 ||कार्यको रुपमा: जेमोल प्यानलमा '''Lysozyme''' इन्जाइमको डट pdb फाइल लोड गर्नुहोस्
+|-
 ||09:38
 || इन्जाइममा रहेको सब्सट्रेट हाइलाइट गर्नुहोस्