Prena: Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- || 00:01 | ഹലോ എല്ലാവർക്കും.'''3D Models of Enzymes in Jmol '''. ഈ ട്യൂട്ടോ..."

2018-02-06T15:52:05Z

Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- || 00:01 | ഹലോ എല്ലാവർക്കും.'''3D Models of Enzymes in Jmol '''. ഈ ട്യൂട്ടോ..."

New page

{| border=1
|| '''Time'''
|| '''Narration'''

|-
|| 00:01
| ഹലോ എല്ലാവർക്കും.'''3D Models of Enzymes in Jmol '''. ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം.

|-
|| 00:08
| ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ നമ്മൾ പഠിക്കും:'''Jmol panel''' " '''Human Pancreatic Hexokinase''' ജെമോൾ പാനലിൽ '' '

|-
|| 00:16
|| സെക്കണ്ടറി ഘടനയുടെ ഡിസ്പ്ലേ പരിഷ്ക്കരിക്കുക

|-
|| 00:20
|| ഹൈലൈറ്റ് '''amino acid residue'''ആക്റ്റീവ് സൈറ്റിൽ.

|-
|| 00:25
| '''substrate''' '''cofactor'''എന്നിവ ഹൈലൈറ്റ്' ചെയുക

|-
|| 00:30
|'''protein'''. ന്റെ '''Ramachandran plot''' കാണുക.

|-
|| 00:35
| ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ പിന്തുടരുന്നതിന്, നിങ്ങൾ അടിസ്ഥാന ബയോ കെമിസ്റ്ററി അറിഞ്ഞിരിക്കണം

|-
|| 00:41
| '''Jmol Application window'''. ൽ നിന്നും അടിസ്ഥാന പ്രവർത്തനങ്ങളെ പരിചയപ്പെടുത്തുക.

|-
|| 00:46
| '' 'Jmol Application' '' പരമ്പരയിലെ'''Proteins and Macromolecules''' യും ട്യൂട്ടോറിയൽ കാണുക.

|-
|| 00:53
|| ഇത് താഴെക്കാണുന്ന ലിങ്കിലാണ്.

|-
|| 00:57
|| ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ രേഖപ്പെടുത്താൻ ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു:* '' 'ഉബുണ്ടു' '' ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റം പതിപ്പ് '' '12 .04' ''

|-
|| 01:05
|| '' 'ജെമോള്' '' പതിപ്പ് '' '.2.2.2' ''.

|-
|| 01:08
| 'ജാവ' '' പതിപ്പ് '' '7' '', * '' 'മോസില്ല ഫയർഫോക്സ് ബ്രൌസർ' '' '' '22.0' ''.

|-
|| 01:16
| '''Jmol window''' ഒപ്പം ''hexokinase''' എൻസൈം ഘടന '''load''' ചെയുക

|-
|| 01:22
| 'ഇന്റർനെറ്റ്' '' എന്ന പേരിലാണ് ഞാൻ ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നത്. അതുകൊണ്ട്, '''PDB website'''.ൽ നിന്ന് ഈ ഘടന ഞാൻ നേരിട്ട് ലോഡ് ചെയ്യും.

|-
|| 01:28
| അങ്ങനെ ചെയ്യുന്നതിന്, '''File''' മെനു തുറന്ന് സ്ക്രോൾ ചെയ്ത്'''Get PDB''' ഓപ്ഷൻ നേടുക.

|-
|| 01:37
| '' ഒരു '' ഇൻപുട്ട് '' 'ഡയലോഗ് ബോക്സ് സ്ക്രീനിൽ കാണുന്നു. ടെക്സ്റ്റ് ബോക്സിൽ '' '3IDH' '' എന്ന ഹെഡൊക്കിനസിനു വേണ്ടി നാലു് '''PDB code'''ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.

|-
|| 01:50
| '''Protein Data Bank''' വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്നും ഈ കോഡ് ലഭിച്ചു.

|-
|| 01:55
| നിങ്ങൾക്ക് ഒരു വർക്ക് ഇൻറർനെറ്റ് കണക്ഷൻ ഇല്ലെങ്കിൽ:ടൂൾ ബാറിലെ'''Open a file''' ഐക്കൺ ഉപയോഗിച്ച് നിലവിലുള്ള '''pdb''' ഫയൽ തുറക്കുക.

|-
|| 02:06
| 'OK' 'ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.

|-
|| 02:09
| '''glucokinase''' എന്നറിയപ്പെടുന്ന '''hexokinase''' യുടെ 3D ഘടന സ്ക്രീനിൽ തുറക്കുന്നു.

|-
|| 02:16
| '''File''' മെനു ഉപയോഗിച്ച് '''Console''' വിൻഡോ തുറക്കുക.

|-
|| 02:21
| '''Console''', ൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നതുപോലെ, ''''Human Pancreatic Glucokinase'''കൂടാതെ സുബ്സ്ട്രാറെ '''Glucose'''.

|-
|| 02:31
| കണ്സോള് ക്ലോസെ ചെയുക
|-
|| 02:34
| പാനലിൽ, '''hexokinase''' ന്റെ '''ball and stick''' മോഡൽ ഉണ്ട്.

|-
|| 02:40
| '''protein model''' നിന്ന് ജലത്തിന്റെ തന്മാത്രകളെ നീക്കം ചെയ്യുക.

|-
|| 02:44
|| ഈ പ്രക്രിയ വിശദമായി വിശദീകരിച്ചിരിക്കുന്നു, ജമാൽ ടുട്ടോറിയൽ''Proteins and macromolecules'''.

|-
|| 02:53
|| എന്നെക്കുറിച്ച് '' 'hexokinase' '' എൻസൈം-

|-
|| 02:56
| 465 അമിനോ ആസിഡുകളുടെ ഒരു '''monomeric protein''' ആണ് '''Hexokinase'''

|-
|| 03:02
| ഇതിന് രണ്ട് ഡൊമെയ്നുകൾ ഉണ്ട്. ഒരു വലിയ ഡൊമെയ്നും ഒരു ചെറിയ ഡൊമെയ്നും ഉണ്ട്.

|-
|| 03:07
| '' 'ഈ' '' എൻസൈം'''active-site''' ആണ് രണ്ട് ഡൊമൈനുകൾ തമ്മിൽ '''cleft''' എന്ന സ്ഥാനത്താണ്.

|-
|| 03:14
|| '' 'Hexokinase' '' ന് വേണ്ടിയുള്ള സജീവ സൈറ്റിന് 3 ' '''amino acid residue'''s:' '''Aspergine''' '''204''', ൽ '''Aspergine''' പൊസിഷൻ '''231'''ൽ '''Glutamic acid''' '''256'''ൽ .

|-
|| 03:30
||'''Alpha-D-Glucose''' ഈ എൻസൈമിനുള്ള '''substrate''' ആണ്.

|-
|| 03:34
|| ഇപ്പോൾ, നമുക്ക് Jmol പാനലിലേക്ക് തിരികെ പോകാം.

|-
|| 03:38
| സജീവതാ സൈറ്റിൽ ഉപഗ്രഹം, സഹകാരികൾ അല്ലെങ്കിൽ അമിനോ ആസിഡ് അവശിഷ്ടങ്ങൾ തുടങ്ങിയ എൻസൈമുകളുടെ ഘടകങ്ങൾ നമുക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കുകയും എടുത്തു കാണിക്കുകയും ചെയ്യാം.

|-
|| 03:49
| ഒരു പ്രത്യേക ഘടകം തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിന് - വലത്-ക്ലിക്ക് ഉപയോഗിച്ച് പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറക്കുക.

|-
|| 03:55
| '''Select''' ഓപ്ഷൻ സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക.

|-
|| 03:57
| സബ് -മെനു , '''Proteins''', '''By Residue name''' തിരഞ്ഞെടുക്കുക.

|-
|| 04:04
| ഇവിടെ നമുക്ക് വ്യക്തിഗതമായ '''amino acid residue'''sഉണ്ട്.

|-
|| 04:10
| അത് തിരഞ്ഞെടുക്കാനായി അമിനോ ആസിഡിന്റെ പേര് ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
|-
|| 04:14
| '''Polar''', '''Non-polar''', '''Basic''', '''Acidic''', '''Uncharged''' etc. മറ്റെല്ലാ നിൽക്കുന്ന അമിനോ ആസിഡുകൾ ''' തുടങ്ങിയവ.

|-
|| 04:26
| '' 'Hetero' 'എന്ന മെനുവിൽ ലിസ്റ്റ് ചെയ്ത മെറ്റൽ അയോൺ '''potassium''' '''substrate glucose'''.ആണ്.

|-
|| 04:34
| '''substrate binding site'''.എളുപ്പത്തിൽ കണ്ടെത്താൻ '''enzyme''' പ്രദർശനം നമുക്ക് മാറ്റാവുന്നതാണ്.

|-
|| 04:41
| നമുക്ക് പ്രോട്ടന്റെ ആറ്റങ്ങളുടെ ഡിസ്പ്ലേയും വർണ്ണവും മാറ്റാം.

|-
|| 04:46
| പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറക്കുക, '''Select''' ചെയ്ത'''Protein'''ഓപ്ഷൻ സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക. '''All'''.എന്നതിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.

|-
|| 04:55
| പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറക്കുക'''Style''', '''Scheme''' എന്നിവിടങ്ങളിലേക്ക് സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക, തുടർന്ന് '''Sticks''' ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.

|-
|| 05:05
| ഇപ്പോൾ നമ്മൾ പാനലിൽ,'''Sticks'''ഡിസ്പ്ലേയിൽ പ്രോട്ടീൻ ഉണ്ട്.

|-
|| 05:11
| ഇപ്പോൾ, കളർ മാറ്റാൻ, വീണ്ടും പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറന്ന്,'''Color''' >> '''Atoms''' എന്നതിലേക്ക് പോയി'''Blue''' ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.

|-
|| 05:23
| '''hexokinase''' നീല നിറത്തിലും'''sticks''' ഡിസ്പ്ലേയിലും നമുക്ക് സ്ക്രീനിൽ കാണാം.

|-
|| 05:30
| '''Alfa-D-Glucose''''''ball and stick''' ഡിസ്പ്ലേ സ്പ്രേറ്റിൽ സൂക്ഷിക്കുക.

|-
|| 05:38
| ഉപവിഭാഗം ഹൈലൈറ്റ് ചെയ്യുന്നതിനായി പോപ്-അപ്പ് മെനു തുറക്കാൻ '''Select''', '''Hetero''' യിൽ പോയി എന്നിട്ട് , '''GLC-ALFA-D-GLUCOSE'''.എന്നിവയിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.

|-
|| 05:52
| പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറക്കുക, '''Style''' >> '''Scheme''' ലേക്ക് സ്ക്രോൾ ചെയ്ത് '''Sticks''' ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.

|-
|| 06:00
| കളർ മാറ്റാൻ - വീണ്ടും പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറക്കാൻ, '''Color''' >> '''Atoms''' എന്നതിലേക്ക് താഴേക്ക് പോയി' '''White''' ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.

|-
|| 06:12
|| '''substrate''' സ്ഥാനത്ത്' '' hexokinase '' ന്റെ മാതൃക വ്യക്തമാണ്.

|-
|| 06:20
| സജീവ സ്ഥലത്ത് ഹൈലൈറ്റുചെയ്യാൻ നമുക്ക് അമിനോ ആസിഡുകളുടെ നിറം മാറ്റാം.

|-
|| 06:26
| അങ്ങനെ ചെയ്യുന്നതിന്, '' 'കൺസോൾ വിൻഡോയിൽ കമാൻഡുകൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യണം.

|-
|| 06:32
| മുമ്പ് സൂചിപ്പിച്ചതുപോലെ, സജീവ സ്ഥലത്ത് ഉൾപ്പെടുന്ന അമിനോ ആസിഡുകൾ, അസെർഗൈൻ 204 സ്ഥാനത്ത്, അപ്പെർഗിൻ 231 സ്ഥാനത്തും 256 ന് ഗ്ലൂറ്റമിക് ആസിഡും ആണ്.
|-
|| 06:50
|| '''File menu'''.ഉപയോഗിച്ച് '' 'കൺസോൾ വിൻഡോ തുറക്കുക. '''Console'''. ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.

|-
|| 06:57
|| ഞാൻ '''Kmag''' ഉപയോഗിക്കുന്നു. കൺസോൾ ജാലകം വലുതാക്കാൻ സ്ക്രീൻ മാഗ്നിഫയർ.

|-
|| 07:03
| $ {ഡോളർ} പ്രോംപ്റ്റിൽ, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:'''"select"''' within square brackets '''"Asn"''' for aspergine close the bracket, '''"204"''' i.e the position semicolon '''"color atoms orange"'

|-
|| 07:25
|| '' 'എന്റർ' '' പ്രസ്ചെയ്യുക.

|-
|| 07:27
| '' 'Aspargine residue' '' ന്റെ ആറ്റം ഇന്നത്തെ ഓറഞ്ച് കളറിൽ സൂക്ഷിക്കുക.

|-
|| 07:33
| കീ ബോർഡിലെ അപ്-അമ്പ് ബട്ടൺ അമർത്തുകകമാൻഡ് എഡിറ്റ്' ചെയുക

|-
|| 07:39
|| അമിനോ അമ്ലത്തിന്റെ സ്ഥാനം '''231'''ആറ്റത്തിന്റെ നിറം ചുവപ്പായി മാറ്റുക.

|-
|| 07:48
|| '' 'എന്റർ' '' പ്രസ്ചെയ്യുക.

|-
|| 07:51
| അമർത്തുക അമ്പ് അമ്പ് കീ അമർത്തി അമിനോ ആസിഡിന്റെ പേര് '''GLU''', അതായത്' '''glutamic acid''''', 256 '' 'മുതൽ' ''

|-
|| 08:06
|| ഉം, ആറ്റങ്ങളുടെ നിറവും പച്ചയും '' 'Enter' ''അമർത്തുക.

|-
|| 08:13
|| പാനലിലുള്ളത്'''substrate''' ഉള്ള' '' hexokinase '' 'ന്റെ''''3D model''' സജീവ സൈറ്റിനെ ഹൈലൈറ്റ് ചെയ്തിട്ടുണ്ട്.

|-
|| 08:23
| ഈ മാതൃകയിൽ ഹൈലൈറ്റ് ചെയ്തിരിക്കുന്നത് '''potassium''' ആണ്.

|-
|| 08:30
| Jmol ലെ ഒരു പ്രത്യേക പ്രോട്ടീനുമായി നമുക്ക്'''ramachandran plots''' കാണിക്കാം.

|-
| 08:36
| കൺസോളിൽ ഡോളർ ($) പ്രോംപ്റ്റിൽ, ടൈപ്പുചെയ്യുക:'''plot ramachandran'''
|-
|| 08:45
|| അമർത്തുക '' 'Enter' ''.

|-
| 08:47
| സ്ക്രീനിൽ നമുക്ക്'''hexokinase''' ന്യേ '''ramachandran plots''' ഉണ്ട്.
|-
|| 08:54
| '' 'ഡാറ്റാബേസിൽ നിന്ന് '''pdb files''' ഉപയോഗിച്ച് വിവിധ എൻസൈമുകളിൽ'''load''' ചെയ്യാൻ ശ്രമിക്കൂക.

|-
|| 09:00
| സെക്കണ്ടറി സ്ടരുകർ പ്രദർശനം മാറ്റുക.

|-
|| 09:04
| സംഗ്രഹിക്കാം. ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ, ഞങ്ങൾ പഠിച്ചത്:'''Human Pancreatic Hexokinase''' പി.ഡി.ബി കോഡ് ഉപയോഗിച്ചു സ്ട്രക്ച്ചർ '''Load''' ചെയുക .

|-
|| 09:14
|| സെക്കണ്ടറിസ്ട്രക്ച്ചർ പ്രദർശനം പരിഷ്ക്കരിക്കുക.

|-
|| 09:17
|| ഹൈലൈറ്റ്'''amino acid residue''' ആക്റ്റീവ് സൈറ്റിൽ.

|-
|| 09:21
| '''enzyme'''. ന്റെ '''substrate''' '''cofactor'''sഎന്നീ ഹൈലൈറ്റ് ചെയുക

|-
|| 09:25
||പ്രോട്ടെൻ ന്റെ '''ramachandran'''പ്ലോട്ട്.

|-
|| 09:30
|| ഒരു അസൈൻമെന്റ്:Jmol പാനലിലെ '' 'Lysozyme' '' എന്ന എൻസൈം ഡോട്ട് പിഡിബി ഫയൽ ലോഡ് ചെയ്യുക.

|-
|| 09:38
|| എൻസൈമിലേക്ക് ബന്ധിപ്പിച്ചിട്ടുള്ള അടിത്തറയെ ഹൈലൈറ്റ് ചെയ്യുക.

|-
|| 09:42
|| സജീവ സൈറ്റിലെ അമിനോ ആസിഡുകളെ ഹൈലൈറ്റ് ചെയ്യുക.

|-
|| 09:46
|| സൂചന:'' 'പിഡിബി ഡാറ്റാബേസിലെ '''Lysozyme'''ന്റെe '''pdb'''യൽ നേടുക.

|-
|| 09:52
| ഈ URL ൽ ലഭ്യമായ വീഡിയോ കാണുക.

|-
|| 09:56
| '' 'സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പദ്ധതി' 'സംഗ്രഹിക്കുന്നു.

|-
|| 10:00
| നിങ്ങൾക്ക് നല്ല ബാൻഡ് വിഡ്ത്ത് ഇല്ലെങ്കിൽ, ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണാവുന്നതാണ്.

|-
|| 10:04
| സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്ട് ടീം

|-
|| 10:07
| ശില്പശാലകൾ നടത്തി സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ വിതരണം ചെയ്യുന്നു.

|-
|| 10:10
| കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, ദയവായി ഞങ്ങൾക്ക് എഴുതുക.

|-
|| 10:14
|| '' 'സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്റ്റ്' '' ടോക്ക് ടു എ ടീച്ചർ '' പദ്ധതിയുടെ ഭാഗമാണ്.

|-
|| 10:19
| ഇത് ഐസിടി, എം എച്ച് ആര് ഡി, ഇന്ത്യാ ഗവണ്മെന്റിന്റെ നാഷണല് മിഷന് ഓണ് എഡ്യൂക്കേഷന് പിന്തുണ നല്കുന്നു.

|-
|| 10:25
| ഈ മിഷനെ കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ ഈ ലിങ്കിലുണ്ട്.

|-
|| 10:30
|| ഇത് 'ഐഐടി ബോംബെ'യിൽ നിന്ന് വിജി നായർ ആണ്. പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി.
|-
|}

Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Malayalam - Revision history

Prena: Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- || 00:01 | ഹലോ എല്ലാവർക്കും.'''3D Models of Enzymes in Jmol '''. ഈ ട്യൂട്ടോ..."