Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Hindi - Revision history

Shruti arya at 06:33, 11 May 2015

2015-05-11T06:33:38Z

Shruti arya: Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- ||00:01 || नमस्कार। 'Jmol' में 'एन्ज़ाइम्स के 3D मॉडल्स' पर इ..."

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Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- ||00:01 || नमस्कार। 'Jmol' में 'एन्ज़ाइम्स के 3D मॉडल्स' पर इ..."

New page

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|| '''Time'''
|| '''Narration'''

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||00:01
|| नमस्कार। 'Jmol' में 'एन्ज़ाइम्स के 3D मॉडल्स' पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है।

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||00:08
|| इस ट्यूटोरियल में, हम 'Jmol पैनल' पर 'Human Pancreatic Hexokinase' के स्ट्रक्चर को लोड करना सीखेंगे।

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||00:16
|| सेकेंडरी स्ट्रक्चर के डिस्प्ले को संशोधित करना।

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||00:20
|| एक्टिव यानी सक्रीय साइट पर अमिनो एसिड रेसीड्यूस को हाईलाइट करना।

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||00:25
|| एन्ज़ाइम के सबस्ट्रेट और को-फैक्टर्स को हाईलाइट करना।

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||00:30
|| और प्रोटीन के लिए 'Ramachandran plot' को देखना।

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||00:35
|| इस ट्यूटोरियल के लिए आपको बेसिक बायोकेमिस्ट्री का ज्ञान होना चाहिए।

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||00:41
|| और 'Jmol एप्लीकेशन विंडो' के बेसिक ऑपरेशंस के साथ परिचित होना चाहिए।

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||00:46
|| कृपया Jmol एप्लीकेशन के क्रम में 'Proteins और Macromolecules' ट्यूटोरियल को देखें।

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||00:53
|| यह निम्न लिंक पर उपलब्ध है।

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||00:57
|| इस ट्यूटोरियल को रिकॉर्ड करने के लिए मैं उपयोग कर रही हूँ 'उबन्टु' ऑपरेटिंग सिस्टम वर्शन 12.04

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||01:05
|| 'Jmol' वर्शन 12.2.2.

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||01:08
|| 'Java' वर्शन 7 और 'Mozilla फायरफॉक्स ब्राउज़र' 22.0

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||01:16
|| Jmol विंडो खोलें और 'hexokinase' एन्ज़ाइम का स्ट्रक्चर लोड करें।

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||01:22
|| मैं 'इंटरनेट' से जुडी हुई हूँ, इसलिए मैं स्ट्रक्चर को सीधे 'PDB वेबसाइट' से लोड करुँगी।

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||01:28
|| ऐसा करने के लिए, 'File' मेन्यू खोलें, नीचे जाएँ और 'Get PDB' विकल्प पर क्लिक करें।

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||01:37
|| स्क्रीन पर एक इनपुट डायलॉग बॉक्स दिखता है। टेक्स्ट बॉक्स में 'hexokinase' के लिए चार अक्षर का 'PDB कोड' '3IDH' टाइप करें।

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||01:50
|| यह कोड 'Protein Data Bank' वेबसाइट से प्राप्त किया गया था।

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||01:55
|| अगर आपके पास कार्यकारी इंटरनेट कनैक्शन नहीं है तो टूल बार पर 'open a file' आइकन प्रयोग करके मौजूदा 'pdb' फाइल खोलें।

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||02:06
|| 'OK' बटन पर क्लिक करें।

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||02:09
|| 'hexokinase' का 3D स्ट्रक्चर जिसे 'glucokinase' भी कहते हैं स्क्रीन पर खुलता है।

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||02:16
|| 'File' मेन्यू प्रयोग करके कंसोल विंडो खोलें।

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||02:21
|| जैसा कंसोल पर प्रदर्शित है, पैनल पर सब्स्ट्रेट 'Glucose' के साथ 'Human Pancreatic Glucokinase' के लिए स्ट्रक्चर है।

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||02:31
|| कंसोल को बंद करें।

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||02:34
|| पैनल पर हमारे पास 'hexokinase' का बॉल और स्टिक मॉडल है।

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||02:40
|| पैनल पर 'प्रोटीन मॉडल' से 'water molecules' को हटायें।

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||02:44
|| यह प्रक्रिया Jmol ट्यूटोरियल 'Proteins और macromolecules' में विस्तार में समझायी गयी है।

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||02:53
|| 'hexokinase' एन्ज़ाइम के बारे में

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||02:56
|| 'Hexokinase' 465 अमीनो एसिड्स का मोनोमेरिक प्रोटीन है।

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||03:02
|| यह दो 'डोमेन्स', एक बड़ा 'डोमेन' और एक छोटा 'डोमेन' रखता है।

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||03:07
|| इस एन्ज़ाइम के लिए 'active-site' दो डोमेन्स के बीच क्लेफ्ट यानी दरार में स्थित होता है।

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||03:14
|| 'hexokinase' के लिए एक्टिव-साइट 3 अमीनो एसिड रेसीड्यूस रखता है: 204 पर 'Aspergine', पोज़िशन 231 पर 'Aspergine' और 256 पर 'Glutamic acid'

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||03:30
|| 'Alpha-D-Glucose' इस एन्ज़ाइम के लिए सब्स्ट्रेट है।

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||03:34
|| अब Jmol पैनल पर वापस जाते हैं।

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||03:38
|| हम एक्टिव साइट पर एन्ज़ाइम्स के घटकों जैसे : सब्स्ट्रेट, कोफैक्टर्स या अमीनो एसिड रेसीड्यूस को हाईलाइट या चुन सकते हैं।

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|| 03:49
|| एक विशेष घटक को चुनने के लिए राइट क्लिक प्रयोग करके पॉप-अप मेन्यू खोलें।

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||03:55
| 'Select' विकल्प तक नीचे जाएँ।

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||03:57
|| सब-मेन्यू से, 'Proteins', 'By Residue name' चुनें।

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||04:04
|| यहाँ अलग-अलग अमीनो एसिड्स सूचीबद्ध हैं।

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||04:10
|| इसको चुनने के लिए अमीनो एसिड के नाम पर क्लिक करें।

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||04:14
|| अमीनो एसिड्स शीर्षकों जैसे 'Polar', 'Non-polar', 'Basic', 'Acidic', 'Uncharged' आदि के अंतर्गत वर्गीकृत भी किये गए हैं।

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||04:26
|| मेटल आयन 'potassium' और 'substrate glucose' 'Hetero' मेन्यू में सूचीबद्ध हैं।

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||04:34
|| हम सब्स्ट्रेट बाइंडिंग साइट को आसानी से ढूँढने के लिए एन्ज़ाइम के डिस्प्ले को संशोधित कर सकते हैं।

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||04:41
|| अब हम प्रोटीन के परमाणुओं के रंग और डिस्प्ले को बदलते हैं।

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||04:46
|| पॉप-अप मेन्यू खोलें, 'Select' पर जाएँ और 'Protein' विकल्प तक नीचे जाएँ। 'All' पर क्लिक करें।

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||04:55
|| दोबारा पॉप-अप मेन्यू खोलें, 'Style' तक जाएँ, फिर 'Scheme' तक जाएँ।
और 'Sticks' विकल्प पर क्लिक करें।

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||05:05
|| अब हमारे पास पैनल पर प्रोटीन 'sticks' डिस्प्ले में है।

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||05:11
| अब रंग बदलने के लिए, दोबारा पॉप-अप मेन्यू खोलें, 'Color', 'Atoms' पर जाएँ, और 'Blue' विकल्प पर क्लिक करें।

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||05:23
|| हमारे पास स्क्रीन पर 'hexokinase' का मॉडल ब्लू रंग में और स्टिकस डिस्प्ले में है।

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||05:30
|| सब्स्ट्रेट को देखें, क्लेफ्ट में 'Alfa-D-Glucose' बॉल और स्टिक डिस्प्ले में है।

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||05:38
|| सब्स्ट्रेट को हाईलाइट करने के लिए, पॉप-अप मेन्यू खोलें, 'Select' पर जाएँ, फिर 'Hetero' और 'GLC-ALFA-D-GLUCOSE' पर क्लिक करें।

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||05:52
|| पॉप-अप मेन्यू पर दोबारा क्लिक करें, 'Style' तक नीचे जाएँ, 'Scheme' और 'Sticks' विकल्प पर क्लिक करें।

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||06:00
|| रंग बदलने के लिए, दोबारा पॉप-अप मेन्यू खोलें, 'Color' , 'Atoms' पर जाएँ और 'White' विकल्प पर क्लिक करें।

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||06:12
|| पैनल पर स्पष्ट रूप से हाईलाइट किये हुए सब्सट्रेट की पोज़ीशन के साथ 'hexokinase' का मॉडल है।

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||06:20
|| हम अमीनो एसिड्स को हाईलाइट करने के लिए सक्रिय साइट पर उनका रंग बदल सकते हैं।

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||06:26
|| ऐसा करने के लिए, हमें कंसोल विंडो पर 'कमांड' टाइप करना है।

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||06:32
|| जैसा पहले उल्लिखित है सक्रिय साइट पर शामिल अमीनो एसिड्स हैं पोज़ीशन 204 पर 'Aspergine', पोज़ीशन 231 पर 'Aspergine' और 256 पर 'Glutamic acid'

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||06:50
|| 'File menu' प्रयोग करके कंसोल विंडो खोलें। 'Console' पर क्लिक करें।

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||06:57
|| मैं कंसोल विंडो को मैग्नीफाई करने के लिए 'Kmag' स्क्रीन मैग्नीफायर का प्रयोग कर रही हूँ।

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||07:03
|| $ प्रांप्ट पर टाइप करें: 'select स्क्वायर ब्रैकेट में aspergine के लिए Asn ब्रैकेट बंद करें, 204 जो पोज़ीशन है सेमीकोलन color atoms orange'

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||07:25
|| एंटर दबाएं।

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||07:27
|| ध्यान दें कि 'aspargine' रेसीड्यू के परमाणु अब ऑरेंज रंग में हैं।

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||07:33
|| कीबोर्ड पर अप एरो बटन दबाएं और कमांड को एडिट करें।

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||07:39
|| अमीनो एसिड की पोज़ीशन को 231 और परमाणुओं के रंग को रेड से एडिट करें।

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||07:48
|| एंटर दबाएं।

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||07:51
|| दोबारा अप एरो की दबाएं और अमीनो एसिड के नाम को GLU जोकि 'glutamic acid' है और पोज़ीशन को 256 से एडिट करें।

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||08:06
|| परमाणुओं का रंग ग्रीन और एंटर दबाएं।

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||08:13
|| पैनल पर हमारे पास सब्स्ट्रेट और हाईलाइट की हुई सक्रिय साइट के साथ 'hexokinase' का 3D मॉडल है।

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||08:23
|| यहाँ पर्पल रंग में दिखाया गया 'potassium' परमाणु भी मॉडल में हाईलाइट किया हुआ है।

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||08:30
|| हम jmol में एक विशिष्ट प्रोटीन के लिए 'ramachandran plots' भी दिखा सकते हैं।

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||08:36
|| कंसोल पर, $ प्रांप्ट पर टाइप करें 'plot ramachandran'

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||08:45
|| एंटर दबाएं।

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||08:47
|| स्क्रीन पर हमारे पास 'hexokinase' के लिए 'ramachandran plot' है।

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||08:54
|| डेटाबेस से 'pdb files' प्रयोग करके भिन्न एन्ज़ाइम्स लोड करने की कोशिश करें।

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||09:00
|| सेकेंडरी स्ट्रक्चर के डिस्प्ले को बदलें।

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||09:04
|| इसको सारांशित करते है, इस ट्यूटोरियल में हमने सीखा, PDB प्रयोग करके ह्यूमन पैन्क्रीऐटिक हेक्सोकाइनेस (Hexokinase) के स्ट्रक्चर को लोड करना।

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||09:14
|| सेकेंडरी स्ट्रक्चर के डिस्प्ले को संशोधित करना।

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||09:17
|| एक्टिव साइट पर अमीनो एसिड रेसीड्यूस को हाईलाइट करना।

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||09:21
||* सब्स्ट्रेट और एन्ज़ाइम के कोफैक्टर्स को हाईलाइट करना।

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||09:25
|| और प्रोटीन्स के लिए 'ramachandran' प्लॉट्स देखना।

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||09:30
|| नियत कार्य में: Jmol पैनल पर एन्ज़ाइम 'Lysozyme' की डॉट pdb फाइल लोड करें।

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||09:38
|| एन्ज़ाइम से जुड़े सब्स्ट्रेट को हाईलाइट करें।

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||09:42
|| सक्रिय साइट पर अमीनो एसिड्स को हाईलाइट करें।

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||09:46
|| हिंट: 'PDB डेटाबेस' से 'Lysozyme' की 'pdb' फाइल प्राप्त करें।

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||09:52
|| इस URL पर उपलब्ध वीडिओ देखें।

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||09:56
|| यह स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है।

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||10:00
|| अच्छी बैंडविड्थ न मिलने पर आप इसे डाउनलोड करके देख सकते हैं।

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||10:04
|| स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टीम:

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||10:07
|| कार्यशालाएं चलाती है और प्रमाणपत्र वितरित करते हैं।

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||10:10
|| अधिक जानकारी के लिए, कृपया हमें लिखें।

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||10:14
|| स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टॉक टू अ टीचर प्रोजेक्ट का हिस्सा है।

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||10:19
|| यह भारत सरकार के एम एच आर डी के आई सी टी के माध्यम से राष्ट्रीय साक्षरता मिशन द्वारा समर्थित है।

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||10:25
|| इस मिशन पर अधिक जानकारी इस लिंक पर उपलब्ध है।

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||10:30
|| आई आइ टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद।
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 ||00:16
-|| सेकेंडरी स्ट्रक्चर के डिस्प्ले को संशोधित करना।
+|| सेकेंडरी स्ट्रक्चर के डिस्प्ले को संशोधित करना सीखेंगे।
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 ||00:20
-|| एक्टिव यानी सक्रीय साइट पर अमिनो एसिड रेसीड्यूस को हाईलाइट करना।
+|| एक्टिव यानी सक्रीय साइट पर अमिनो एसिड रेसीड्यूस को हाईलाइट करना सीखेंगे।
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 ||00:25
-|| एन्ज़ाइम के सबस्ट्रेट और को-फैक्टर्स को हाईलाइट करना।
+|| एन्ज़ाइम के सबस्ट्रेट और को-फैक्टर्स को हाईलाइट करना सीखेंगे।
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 ||00:30
-|| और प्रोटीन के लिए 'Ramachandran  plot' को देखना।
+|| और प्रोटीन के लिए 'Ramachandran  plot' को देखना सीखेंगे।
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 ||02:44
-|| यह प्रक्रिया Jmol ट्यूटोरियल 'Proteins और macromolecules' में विस्तार में समझायी गयी है।
+|| यह प्रक्रिया Jmol ट्यूटोरियल 'Proteins and macromolecules' में विस्तार में समझायी गयी है।
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 ||03:07
-|| इस एन्ज़ाइम के लिए 'active-site' दो डोमेन्स के बीच क्लेफ्ट यानी दरार में स्थित होता है।
+|| इस एन्ज़ाइम के लिए 'सक्रिय-साइट' दो डोमेन्स के बीच क्लेफ्ट यानी दरार में स्थित होता है।
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 ||03:14
-|| 'hexokinase' के लिए एक्टिव-साइट 3 अमीनो एसिड रेसीड्यूस रखता है: 204 पर 'Aspergine', पोज़िशन 231 पर 'Aspergine' और 256 पर 'Glutamic acid'
+|| 'hexokinase' के लिए सक्रिय-साइट 3 अमीनो एसिड रेसीड्यूस रखता है: 204 पर 'Aspergine', पोज़िशन 231 पर 'Aspergine' और 256 पर 'Glutamic acid'
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 ||03:38
-|| हम एक्टिव साइट पर एन्ज़ाइम्स के घटकों जैसे : सब्स्ट्रेट, कोफैक्टर्स या अमीनो एसिड रेसीड्यूस को हाईलाइट या चुन सकते हैं।
+|| हम सक्रिय साइट पर एन्ज़ाइम्स के घटकों जैसे : सब्स्ट्रेट, कोफैक्टर्स या अमीनो एसिड रेसीड्यूस को हाईलाइट या चुन सकते हैं।
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 ||05:23
-|| हमारे पास स्क्रीन पर 'hexokinase' का मॉडल ब्लू रंग में और स्टिकस डिस्प्ले में है।
+|| हमारे पास स्क्रीन पर 'hexokinase' का मॉडल ब्लू रंग में और स्टिक्स डिस्प्ले में है।
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 ||06:32
 || जैसा पहले उल्लिखित है सक्रिय साइट पर शामिल अमीनो एसिड्स हैं पोज़ीशन 204 पर 'Aspergine', पोज़ीशन 231 पर 'Aspergine' और 256 पर 'Glutamic acid'
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 ||09:17
-|| एक्टिव साइट पर अमीनो एसिड रेसीड्यूस को हाईलाइट करना।
+|| सक्रिय साइट पर अमीनो एसिड रेसीड्यूस को हाईलाइट करना।
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