Kaushik Datta at 07:13, 16 August 2016

2016-08-16T07:13:11Z

Satarupadutta at 14:45, 12 August 2016

2016-08-12T14:45:19Z

Kaushik Datta: Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- ||00:01 ||'''Jmol''' এ '''3D Models of Enzymes''' এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের..."

2015-05-26T07:00:07Z

Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- ||00:01 ||'''Jmol''' এ '''3D Models of Enzymes''' এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের..."

New page

{| border=1
|| '''Time'''
|| '''Narration'''

|-
||00:01
||'''Jmol''' এ '''3D Models of Enzymes''' এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।

|-
||00:08
|| এই টিউটোরিয়ালে আমরা '''Jmol''' প্যানেলে '''Human Pancreatic Hexokinase''' এর কাঠামো লোড করা সম্পর্কে শিখব।

|-
||00:16
||সেকেন্ডারি কাঠামোর ডিসপ্লে পরিবর্তন করা।

|-
||00:20
||সক্রিয় সাইটে অ্যামিনো অ্যাসিডের অবশিষ্ট হাইলাইট করা।

|-
||00:25
|| এনজাইমের স্তর এবং সহ উত্পাদক হাইলাইট করা।

|-
||00:30
|| প্রোটিনের জন্য '''Ramachandran''' প্লট দেখানো।

|-
||00:35
|| টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে মৌলিক বায়ো-কেমিস্ট্রি সম্পর্কে জানতে হবে।

|-
||00:41
||'''Jmol''' অ্যাপ্লিকেশন উইন্ডো থেকে মৌলিক অপারেশনের সাথে পরিচিত থাকতে হবে।

|-
||00:46
||'''Jmol''' এপ্লিকেশন শৃঙ্খলায় '''Proteins and Macromolecules''' টিউটোরিয়ালটি দেখুন।

|-
||00:53
||এটি নিম্নলিখিত লিঙ্কে উপলব্ধ।

|-
||00:57
||টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি, উবুন্টু অপারেটিং সিস্টেম সংস্করণ '''12.04'''.

|-
||01:05
||'''Jmol''' সংস্করণ '''12.2.2'''.

|-
||01:08
|| জাভা সংস্করণ '''7''' এবং মোজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার '''22.0'''.

|-
||01:16
||'''Jmol''' উইন্ডো খুলুন এবং '''hexokinase''' এনজাইমের কাঠামো লোড করুন।

|-
||01:22
||আমি ইন্টারনেটের সাথে সংযুক্ত, তাই আমি '''PDB''' ওয়েবসাইট থেকে সরাসরি কাঠামো লোড করব।

|-
||01:28
|| এটি করতে, '''File''' মেনু খুলুন, নীচে স্ক্রোল করুন এবং '''Get PDB''' বিকল্পে টিপুন।

|-
||01:37
||স্ক্রিনে একটি ইনপুট ডায়ালগ বাক্স দেখায়। '''hexokinase''' এর জন্য চার অক্ষরের '''PDB''' কোড লিখুন, যা হল টেক্সট বাক্সে '''3IDH'''.

|-
||01:50
||এই কোড '''Protein Data Bank''' ওয়েবসাইট থেকে উপলব্ধ।

|-
||01:55
|| আপনার কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ না থাকলে টুল বারে '''open a file''' আইকন ব্যবহার করে বিদ্যমান '''pdb''' ফাইল খুলুন।

|-
||02:06
|| '''OK''' বোতামে টিপুন।

|-
||02:09
|| পর্দায় প্রদর্শিত '''hexokinase''' এর '''3D''' কাঠামো '''glucokinase''' হিসাবেও পরিচিত।

|-
||02:16
|| '''File''' মেনু থেকে কনসোল উইন্ডো খুলুন।

|-
||02:21
||কনসোলে দেখানো, প্যানেলের কাঠামো '''Glucose''' সাব্সট্রেটের সাথে '''Human Pancreatic Glucokinase''' এর জন্য।

|-
||02:31
||কনসোল বন্ধ করুন।

|-
||02:34
||প্যানেলে '''hexokinase''' এর '''ball and stick''' মডেল রয়েছে।
|-
||02:40
||প্যানেলে '''protein''' মডেল থেকে জলের অনু সরিয়ে দিন।

|-
||02:44
||এই প্রক্রিয়া '''Jmol''' এর '''Proteins and macromolecules''' টিউটোরিয়ালে বিস্তারিতভাবে আলোচনা করা হয়েছে।

|-
||02:53
||'''Hexokinase''' এনজাইম সম্পর্কে।

|-
||02:56
|| '''Hexokinase''' হল '''465''' অ্যামিনো অ্যাসিডের একটি মনোমেরিক প্রোটিন।

|-
||03:02
|| এর দুটি ডোমেন রয়েছে, একটি বড় ডোমেন এবং একটি ছোট ডোমেন।

|-
||03:07
|| এই এনজাইমের জন্য সক্রিয় সাইট দুটি ডোমেনের মাঝের ছিদ্রে স্থিত।
|-
||03:14
|| '''hexokinase''' এর জন্য সক্রিয় সাইটে '''3''' টি অ্যামিনো অ্যাসিডের অবশিষ্টাংশ রয়েছে। '''204''' এ '''Aspergine''', '''231''' এ '''Aspergine''' এবং '''256''' এ '''Glutamic''' অ্যাসিড।

|-
||03:30
||'''Alpha-D-Glucose''' এই এনজাইমের জন্য সাব্সট্রেটস।

|-
||03:34
||এখন আমাদের '''Jmol''' প্যানেলে ফিরে যাই।
|-
||03:38
||আমরা এইরকম এনজাইমের কম্পোনেন্ট নির্বাচন এবং হাইলাইট করতে পারি: সক্রিয় সাইটে '''Substrate, Cofactors''' বা '''Amino acid''' রেসিডিউ।
|-
|| 03:49
||একটি নির্দিষ্ট কম্পোনেন্ট নির্বাচন করতে ডান ক্লিক ব্যবহার করে পপ-আপ মেনু খুলুন।

|-
||03:55
|'''Select''' বিকল্পে স্নীচে স্ক্রোল করুন।

|-
||03:57
||সাব-মেনু থেকে '''Proteins''' এবং '''By Residue name''' নির্বাচন করুন।

|-
||04:04
||এখানে পৃথক অ্যামিনো অ্যাসিডের রেসিডিউ তালিকাভুক্ত রয়েছে।

|-
||04:10
||এটি নির্বাচন করতে অ্যামিনো অ্যাসিডের নামে টিপুন।

|-
||04:14
||এছাড়াও অ্যামাইনো অ্যাসিড এইরকম হেডিং এর নীচে সারিবদ্ধ রয়েছে: '''Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged''' ইত্যাদি।
|-
||04:26
||'''Hetero''' মেনুতে তালিকাভুক্ত রয়েছে মেটাল আয়ন পটাসিয়াম এবং গ্লুকোজ সাব্সট্রেট।
|-
||04:34
||সাব্সট্রেট বাইন্ডিং সাইট সহজে সনাক্ত করতে এনজাইমের ডিসপ্লে পরিবর্তন করতে পারি।
|-
||04:41
||প্রোটিনের পরমাণুর ডিসপ্লে এবং রঙ পরিবর্তন করি।
|-
||04:46
||পপ-আপ মেনু খুলুন, '''Select''' এ যান এবং '''Protein''' বিকল্পে স্ক্রোল করুন। '''All''' এ টিপুন।
|-
||04:55
||আবার পপ-আপ মেনু খুলুন, '''Style''' এ স্ক্রোল করুন এবং তারপর '''Scheme''' এ। '''Sticks''' বিকল্পে টিপুন।
|-
||05:05
||এখন আমরা প্যানেলে রয়েছি, প্রোটিন '''sticks''' ডিসপ্লেতে রয়েছে।

|-
||05:11
|এখন রঙ পরিবর্তন করতে আবার পপ-আপ মেনু খুলুন। '''Color, Atoms''' এ যান, এবং '''Blue''' বিকল্পে টিপুন।
|-
||05:23
||আমাদের স্ক্রিনে নীল রঙের '''hexokinase''' এর মডেল '''sticks''' ডিসপ্লেতে রয়েছে।
|-
||05:30
||ক্লেফ্টে '''ball and stick''' ডিসপ্লেতে '''Alfa-D-Glucose''' সাব্সট্রেট লক্ষ্য করুন।
|-
||05:38
||সাব্সট্রেট লক্ষনীয় করতে, পপ-আপ মেনু খুলুন, '''Select''' এ যান এবং তারপর '''Hetero''' এবং '''GLC-ALFA-D-GLUCOSE''' এ টিপুন।
|-
||05:52
||আবার পপ-আপ মেনু খুলুন, '''Style''' এবং '''Scheme''' এ স্ক্রল করুন এবং '''Sticks''' বিকল্পে টিপুন।

|-
||06:00
||রঙ পরিবর্তন করতে আবার পপ-আপ মেনু খুলুন, '''Color''' এবং '''Atoms''' এ যান এবং '''White''' বিকল্পে টিপুন।
|-
||06:12
||প্যানেলে এটি সাব্সট্রেটের সাথে পরিষ্কারভাবে লক্ষনীয় করা '''hexokinase''' এর মডেল।
|-
||06:20
||আমরা এগুলি লক্ষনীয় করতে সক্রিয় সাইটে অ্যামাইনো অ্যাসিডের রঙ পরিবর্তন করতে পারি।

|-
||06:26
||এটি করতে, আমাদের কনসোল উইন্ডোতে কমান্ড লিখতে হবে।

|-
||06:32
||আগে উল্লিখিত সক্রিয় সাইটে জড়িত অ্যামিনো অ্যাসিড '''Aspergine, 204''' এ, '''Aspergine, 231''' এ এবং '''Glutamic acid, 256''' এ রয়েছে।
|-
||06:50
|| '''File''' মেনু থেকে কনসোল উইন্ডো খুলুন। '''Console''' এ টিপুন।

|-
||06:57
||আমি কনসোল উইন্ডো বড় করতে '''Kmag''' স্ক্রীন ম্যাগনিফায়ার ব্যবহার করছি।

|-
||07:03
||'''$''' প্রম্পটে লিখুন: '''select''' বর্গাকার বন্ধনীতে '''aspergine''' এর জন্য '''Asn''' বন্ধনী বন্ধ করুন '''204''' অর্থাৎ স্থান সেমিকোলন '''color atoms orange'''.

|-
||07:25
||এন্টার টিপুন।

|-
||07:27
||লক্ষ্য করুন যে '''aspargine''' রেসিডিউয়ের পরমাণু এখন কমলা রঙে রয়েছে।
|-
||07:33
||কী বোর্ডে আপ অ্যারো বোতাম টিপুন এবং কমান্ড এডিট করুন।

|-
||07:39
||অ্যামাইনো অ্যাসিডের স্থান '''231''' এ এডিট করুন এবং পরমাণুর রঙ লালে বদলান।
|-
||07:48
||এন্টার টিপুন।
|-
||07:51
||আপ অ্যারো কী টিপুন এবং আবার এবং অ্যামাইনো অ্যাসিডের নাম '''GLU''' তে বদলান যা হল গ্লুটামিক অ্যাসিড এবং তার স্থান '''256''' এ।

|-
||08:06
||পরমাণুর রঙ সবুজে এবং এন্টার টিপুন।
|-
||08:13
|| প্যানেলে লক্ষনীয় সক্রিয় সাইট এবং সাব্সট্রেটের সাথে '''hexokinase''' একটি '''3D''' মডেল রয়েছে।
|-
||08:23
||এছাড়াও এখানে মডেলে লক্ষ্যনীয় বেগুনী রঙে থাকা পটাসিয়াম পরমাণু রয়েছে।
|-
||08:30
||এছাড়াও আমরা '''jmol''' এ একটি বিশেষ প্রোটিনের জন্য '''ramachandran''' প্লট দেখাতে পারি।
|-
||08:36
||কনসোলে, '''$''' প্রম্পটে লিখুন '''plot ramachandran'''

|-
||08:45
||এন্টার টিপুন।
|-
||08:47
||স্ক্রিনে '''hexokinase''' এর জন্য '''ramachandran''' প্লট রয়েছে।
|-
||08:54
||ডাটাবেস থেকে পিডিবি ফাইল দ্বারা বিভিন্ন এনজাইম লোড করার চেষ্টা করুন।

|-
||09:00
||সেকেন্ডারি স্ট্রাকচারের ডিসপ্লে পরিবর্তন করুন।
|-
||09:04
||সংক্ষিপ্তকরণ করি। এই টিউটোরিয়ালে শিখেছি পিডিবি কোড ব্যবহার করে '''Human Pancreatic Hexokinase''' এর লোড স্ট্রাকচার।

|-
||09:14
|| সেকেন্ডারি স্ট্রাকচারের ডিসপ্লে পরিবর্তন করা।

|-
||09:17
|| সক্রিয় সাইটে অ্যামাইনো অ্যাসিডের রেসিডিউ লক্ষনীয় করা।
|-
||09:21
||এনজাইমের সাব্সট্রেট এবং কো-ফ্যাক্টর লক্ষনীয় করা।

|-
||09:25
||এবং প্রোটিনের জন্য '''ramachandran plot''' দেখা।
|-
||09:30
||নির্দেশিত কাজ হিসাবে '''Jmol''' প্যানেলে '''Lysozyme''' এনজাইমের ডট পিডিবি ফাইল লোড করুন।

|-
||09:38
|| এনজাইমে আবদ্ধ সাব্সট্রেট লক্ষনীয় করুন।

|-
||09:42
|| সক্রিয় সাইটে অ্যামাইনো অ্যাসিড লক্ষনীয় করুন।

|-
||09:46
||ইঙ্গিত: পিডিবি ডাটাবেস থেকে '''Lysozyme''' এর পিডিবি ফাইল প্রাপ্ত করুন।

|-
||09:52
||এই '''URL''' এ উপলব্ধ ভিডিওটি দেখুন।

|-
||09:56
||এটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে বোঝায়।

|-
||10:00
||ভাল ব্যান্ডউইডথ না থাকলে ভিডিওটি ডাউনলোড করে দেখুন।

|-
||10:04
|| স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল

|-
||10:07
||কর্মশালার আয়োজন করে এবং প্রশংসাপত্র দেয়।

|-
||10:10
||বিস্তারিত তথ্যের জন্য আমাদের কাছে লিখুন।
|-
||10:14
||স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প '''Talk to a Teacher''' প্রকল্পের অংশবিশেষ।

|-
||10:19
||এটি ভারত সরকারের '''ICT, MHRD''' এর জাতীয় শিক্ষা মিশন দ্বারা সমর্থিত।

|-
||10:25
|| এই বিষয়ে বিস্তারিত তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।

|-
||10:30
||আমি কৌশিক দত্ত টিউটোরিয়ালটি অনুবাদ করেছি। ধন্যবাদ।

@@ Line 347: / Line 347: @@
 |-
 ||10:30
-||আমি কৌশিক দত্ত টিউটোরিয়ালটি অনুবাদ করেছি। ধন্যবাদ।
+||আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। ধন্যবাদ।

@@ Line 343: / Line 343: @@
 |-
 ||10:25
-|| এই বিষয়ে বিস্তারিত তথ্য এই লিঙ্কে  প্রাপ্তিসাধ্য।
+|| এই বিষয়ে বিস্তারিত তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
 |-
 ||10:30
 ||আমি কৌশিক দত্ত টিউটোরিয়ালটি অনুবাদ করেছি। ধন্যবাদ।

Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Bengali - Revision history

Kaushik Datta at 07:13, 16 August 2016

Satarupadutta at 14:45, 12 August 2016

Kaushik Datta: Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- ||00:01 ||'''Jmol''' এ '''3D Models of Enzymes''' এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের..."