Shivanigada: Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | 00:01 | નમસ્તે મિત્રો.''' CellDesigner’'''ના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિ..."

2017-11-07T10:38:33Z

Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | 00:01 | નમસ્તે મિત્રો.''' CellDesigner’'''ના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિ..."

New page

{| border=1
|| '''Time'''
|| '''Narration'''

|-
| 00:01
| નમસ્તે મિત્રો.''' CellDesigner’'''ના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ '''‘Customizing Diagram Layout’''' માં તમારું સ્વાગત છે.

|-
| 00:08
| આ ટ્યૂટોરિઅલમાં , આપણે શીખીશું કે કેવી રીતે : '''Reaction line'''નો '''color, shape''' અને '''width''' બદલી શકાય,

|-
| 00:19
| '''Reaction line'''માં '''Anchor points''' ઉમેરવા , '''Components'''ને સંરેખિત કરવા, '''Reaction ids''' બતાવવા / છુપાવવા.

|-
| 00:30
| આપણે આ પણ શીખીશું કે કેવી રીતે : '''Components'''માં '''Notes'''(નોંધ) ઉમેરવી, '''Protein'''ને એડિટ કરવું, '''information''' ને એડિટ કરવી.

|-
|00:39
| અને ડાઇગ્રામનું '''bird’s eye view''' મેળવવું.

|-
| 00:44
| આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા, હું '''Ubuntu Linux OS 14.04''' ,'''CellDesigner version 4.3''' અને '''Java version 1.7'''નો ઉપયોગ કરી રહી છું.

|-
| 01:01
| આ ટ્યૂટોરિઅલને સમજવા તમે undergraduate ''' Biochemistry'''ના અને '''CellDesigner ''' ઇન્ટરફેઝના પરિચિત હોવા જરૂરી છો.

|-
| 01:12
| જો તમે ન જાણતા હોવ,તો તેને સંબંધિત ''' CellDesigner tutorials''' અમારી વેબસાઈટ ‘’’www.spoken-tutorial.org’’’ ઉપર ઉપલબ્ધ છે.

|-
| 01:20
| તો ચાલુ શરૂઆત કરીએ.

|-
| 01:22
| અગાઉના ટ્યૂટોરિઅલ્સમાંના એક માટે અભ્યાસ હતો કે - '''Methionine Biosynthesis''' માટે એક '''process diagram ''' બનાવવો.

|-
| 01:32
| હું તે જ ડાયગ્રામને અહીં ઉદાહરણ તરીકે વાપરી રહી છું . અને તેને કેવી રીતે કસ્ટમાઇઝ(ફેરફાર કરવા) કરવું તે તમને સમજાવીશ.

|-
| 01:43
| ચોલો તો મને '''CellDesigner''' ઇન્ટરફેઝ ઉપર જતા રહેવા દો.

|-
| 01:47
| અહીં તમે જે જોઈ રહ્યા છો તે '''Methionine Biosynthesis''' માટે નો '''process diagram ''' છે.

|-
| 01:53
| અહીં તમે આ ટ્યૂટોરિઅલને અટકાવી દો અને જે '''Methionine Biosynthesis process diagram ''' તમે બનાવ્યો છે તે ખોલો.

|-
| 02:01
| જો તમારી પાસે સેવ કરેલી ફાઈલ ન હોય તો તમને આપવામાં આવેલ '''code file'''ને ખોલી શકો છો.

|-
| 02:08
| તો ચાલો હું આ '''diagram'''માં ફેરફાર કરવાનું શરુ કરું.

|-
| 02:12
| ચાલો પાછા ''' Cell designer '''ઇન્ટરફેઝ ઉપર જઈએ.

|-
| 02:16
| હું '''Reaction line'''ના '''width અને color''' બદલવાથી શરુ કરું .

|-
| 02:22
| તે કરવા માટે , હું ''' Homoserine ''' અને '''Succinyl homoserine''' વચ્ચેના '''State Transition'''ને સિલેક્ટ કરી રહી છું .

|-
| 02:30
| હવે '''main menu''' બારમાંના “'''Component'''” ઉપર જાઓ.

|-
| 02:35
| અને “'''Change color & shape'''” વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 02:39
| અથવા તો , તમે '''Reaction line''' ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરો અને “'''Change color & shape'''” વિકલ્પ સિલેક્ટ કરો.

|-
| 02:47
|   “'''Change color & shape”''' નામનો ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે .

|-
| 02:53
| થોડી જાડી '''Reaction line''' માટે ,'''Line Width '''ને 1.0 થી ઉચ્ચ સંખ્યામાં બદલો .

|-
| 03:02
| હું તેને બદલીને 3.0 કરીશ.

|-
| 03:06
| '''Reaction line'''નો રંગ બદલવા ,''' Color panel''' ઉપર જાઓ.

|-
| 03:12
| ''' Color panel''' માં એક '''color wheel''' દેખાય છે,જેમાં હેન્ડલ જેવું પોઇન્ટર છે.

|-
| 03:19
| પોઇન્ટરને ક્લિક કરી પકડી રાખો અને પછી તમને યોગ્ય ગમતો રંગ સિલેક્ટ કરવા તેને ગોળ ફેરવો.

|-
| 03:25
| હું ભૂરા રંગનો એક શેડ પસંદ કરીશ.

|-
| 03:28
| ત્યાર બાદ , ''''color triangle''''ની અંદર ક્યાંય પણ ક્લિક કરો.

|-
| 03:34
| ત્યાર બાદ, આ નાનું સર્કલ ક્લિક કરો અને આ પોઇન્ટર તરફ ડ્રોપ કરો.

|-
| 03:40
| બધા જ ફેરફારો કાર્ય બાદ , '''Apply''' ઉપર ક્લિક કરો અને પછી '''Ok''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 03:48
| ધ્યાનથી જુઓ આ '''Reaction line ''' હવે થોડી જાડી દેખાય છે અને તેનો રંગ ભૂરા શેડનો દેખાય છે.

|-
| 03:55
| ત્યાર બાદ આપણે શીખીશું કે '''Reaction line''' ઉપર '''Anchor points ''' કેવી રીતે ઉમેરવા.

|-
| 04:01
| અને એન્કર પોઇન્ટ શા માટે '''Reaction lines''' ના ફરતે ફરવા માટે ઉપયોગી છે.
|-
| 04:09
| તેમને વ્યવસ્થિત આકાર આપવા અને '''draw area''' ઉપર તેમને વ્યવસ્થિત સ્થિતિમાં મુકવા.

|-
| 04:16
| ચાલો '''CellDesigner interface''' ઉપર પાછા આવીએ .

|-
| 04:20
| કોઈ પણ '''Reaction line''' સિલેક્ટ કરો.

|-
| 04:23
| હું'''Homoserine''' અને '''Succinyl Homoserine''' વચ્ચેની તે જ '''State Transition reaction line''' સિલેક્ટ કરીશ.

|-
| 04:31
| કર્સર દ્વારા, આ લાઈન ઉપર, એ ચોક્કસ સ્થળ પસંદ કરો જ્યાં '''Anchor point''' મુકાવો જોઈએ.

|-
|   04:39
| ચોક્કસ પોઇન્ટનું સિલેક્શન કાર્ય પછી , રાઈટ - ક્લિક કરી અને '''Add Anchor Point''' સિલેક્ટ કરો.

|-
|   04:47
|   તમે '''Reaction line''' ઉપર પાસાં કરેલા ચોક્કસ સ્થળે એક નવો '''Anchor point''' ઉમેરાયેલો જોઈ શકશો.

|-
| 04:55
| ચાલો હું તમને બતાઉં કે એક રિએક્શન લાઈનમાં ફેરફાર કરવા '''Anchor Points ''' કેવી રીતે મદદ કરે છે.

|-
|   05:03
| ચાલો હું એક નવી વીન્ડો ખોલું અને તેને નામ આપું '''Anchor''' અને ''' OK''' ઉપર ક્લિક કરું.

|-
|   05:11
| હવે '''GTP/GDP''' માટે આ આઇકોન ઉપર ક્લિક કરીએ.

|-
| 05:18
| અને '''draw''' વિસ્તાર ઉપર ક્યાંય પણ ક્લિક કરીએ.

|-
| 05:22
| ''' Reaction line''' ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ અને ''' Add Anchor point''' ઉપર ક્લિક કરીએ.

|-
| 05:29
| ''' Reaction line'''ને '''draw''' વિસ્તારમાં ક્યાં પણ ડ્રેગ કરો અને ડ્રોપ કરો.

|-
| 05:37
| ત્યાર બાદ આપણે જોઈશું કે આ કમ્પોનંટ્સને '''draw area''' ઉપર કેવી રીતે '''align''' કરવા.

|-
| 05:44
| ચાલો આપણે પાછા ''' Methionine biosynthesis process diagram''' વીન્ડોવ ઉપર જઈએ.

|-
| 05:50
| પ્રકાશિત થયેલ '''Reaction line''' ને અનચેક કરવા '''draw area''' ઉપર ક્યાંય પણ ક્લિક કરીએ.

|-
| 05:56
| હવે , ''''Shift'''' કી ને પડકી રાખો અને '''draw area'''માં રહેલ વિવિધ '''Species''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 06:04
| '''Edit''' મેનુ ઉપર જાઓ , નીચે સ્ક્રોલ કરો અને '''Alignment'''ને સિલેક્ટ કરો અને પછી '''Alignment type''' ઉપર ક્લિક કરો .

|-
| 06:15
| વૈકલ્પિક રીતે ટૂલબાર ઉપરના આઇકોન '''Alignment ''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 06:21
| ટૂલ બાર ઉપરના અન્ય બીજા '''Alignment''' વિકલ્પો તમારી જાતે શોધો.

|-
| 06:27
| ચાલો આપણે આ '''alignment''' ને હવે '''undo''' કરીએ અને આગળ વધીએ.

|-
| 06:31
| જ્યારે '''Reaction''' ઉપર કામ કરતા હોઈએ ત્યારે , '''process diagram''' ઉપર આપણે '''Reaction ids '''ને કેવી રીતે '''show/hide''' કરી શકીએ ?

|-
| 06:39
| ચાલો તે શીખીએ.

|-
| 06:41
| ''''View'''' ઉપર જઈએ , નીચે સ્ક્રોલ કરીએ અને ''''Show Reaction Id''''ને અનચેક કરીએ.

|-
| 06:48
| જુઓ હવે '''draw area''' ઉપરના રિએક્શનને સંબંધિત '''Reaction ids''' દેખાશે નહીં.

|-
| 06:55
| જો તમારે આ '''Reaction Id'''ને બતાવવા હોય તો આ પ્રમાણે કરો.

|-
| 07:01
| ''''View'''' ઉપર જાઓ , નીચે સ્ક્રોલ કરો અને ''''Show Reaction Id'''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
|   07:08
| '''draw area''' ઉપર '''reactions'''ને સંબંધિત '''Reaction ids''' દ્રશ્યમાન થઇ જશે.

|-
| 07:15
| '''draw area''' ઉપર આપણે બધા '''Components''' (Compartment, Species or Reaction) માં નોટ્સ(નોંધણીઓ) પણ ઉમેરી શકીએ છીએ.

|-
|   07:21
| ચાલો શીખીએ કે તે કેવી રીતે કરાય.

|-
| 07:24
| '''draw area''' ઉપરના એક '''Species''' ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ.

|-
|   07:28
| હું '''CoA''' ઉપર ક્લિક કરીશ.

|-
| 07:32
| નીચે સ્ક્રોલ કરો અને ‘'''Species Notes'''’ ઉપર ક્લિક કરો .

|-
| 07:35
| એક '''Pop Up''' મેનુ દૃશ્યમાન થાય છે.

|-
|   07:38
| એક ''''Species Notes'''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે . '''Species'''ને સંબંધિત લખાણ ટાઈપ કરો.

|-
|   07:46
| હું આ મુજબ ટાઈપ કરીશ.

|-
| 07:49
| ''''OK'''' ક્લિક કરીએ.

|-
| 07:51
| ધ્યાનથી જુઓ કે '''Notes Area'''માં '''notes information ''' દેખાય છે.

|-
| 07:58
| વૈકલ્પિક રીતે એક '''Species'''માં નોટ્સ ઉમેરવા , '''draw area''' ઉપર તે '''Species''' ને ક્લિક કરો.

|-
| 08:06
| હું ''' Succinate''' ઉપર ક્લિક કરીશ.

|-
| 08:09
| પછી , '''Edit Notes''' ટેબ ઉપર ક્લિક કરો , જે '''CellDesigner ''' વીન્ડોવના નીચે જમણી બાજુના ખૂણામાં છે.

|-
| 08:18
| એક પૉપ અપ વીન્ડોવ ખુલશે.

|-
| 08:21
| '''Species'''-ને સંબંધિત લખાણ ટાઈપ કરો.

|-
| 08:25
| હું ટાઈપ કરીશ અને ''''OK'''' ઉપર ક્લિક કરીશ.

|-
| 08:30
| તે જ પ્રમાણે આપણે '''Protein'''ને પણ એડિટ કરી શકીએ.

|-
| 08:35
| તે કરવા '''draw area''' ઉપરના આ કમ્પોનન્ટ ઉપર રાઈટ ક્લિક કરો.

|-
| 08:40
| હું '''Homoserine succinyl transferase''' ઉપર ક્લિક કરીશ.

|-
| 08:46
| નીચે સ્ક્રોલ કરો અને '''Edit Protein'''ને ક્લિક કરો.

|-
| 08:51
| '''Protein''' નામનું એક ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર દેખાશે.

|-
| 08:55
| '''name box'''માં '''Protein '''નું નામ એન્ટર કરો.

|-
| 09:00
| હું '''name box'''માં ટાઈપ કરીશ '''O-succinyltransferase '''.

|-
| 09:06
| '''‘Update’''' ઉપર ક્લિક કરો અને ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો.

|-
| 09:11
| આપણે '''Protein'''માં '''regions''' પણ ઉમેરી શકીએ.

|-
| 09:15
| '''draw area''' ઉપર રહેલ એક '''Protein''' ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરો.

|-
| 09:19
| હું '''O-succinyltransferase.''' ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીશ.

|-
| 09:24
| નીચે સ્ક્રોલ કરો અને '''Edit Protein''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 09:29
| એક ડાયલોગ બોક્સ,'''Protein''' સ્ક્રીન ઉપર દેખાય છે.

|-
| 09:33
| ‘'''residues/regions'''’ ટેબ નીચે, ''''Add'''' બટન ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 09:40
| ડાયલોગ બોક્સ-''' ModificationResidue/Bindingregion'''માં :

|-
| 09:46
| ડ્રોપ ડાઉન મેનુમાંથી '''‘Type’''' ને ‘'''Binding region''' તરીકે સિલેક્ટ કરીએ.

|-
| 09:52
| આવશ્યક વેલ્યુ પર કર્સર ખસેડીને સાઈઝ અને એન્ગલ બદલો.

|-
| 09:59
| તેના ડેમો તરીકે, હું '''Size '''ને 15 અને '''Angle''' ને 38 સિલેક્ટ કરીશ.

|-
| 10:09
| પછી ‘'''Close'''’ ઉપર ક્લિક કરીએ.

|-
| 10:12
| '''Update''' ઉપર ક્લિક કરીએ.

|-
| 10:14
| અને આ બોક્સને બંધ કરીએ.

|-
| 10:17
| જો કે આપણને '''Methionine Biosynthesis '''માં '''region''' ઉમેરવાની જરૂર નથી એટલે હું આ ફેરફારોને '''undo''' કરું છું.

|-
| 10:25
| ત્યાર બાદ માહિતીઓને કેવી રીતે એડિટ કરાય તે શીખીએ .

|-
| 10:30
| '''draw area''' ઉપર રહેલા '''component ''' ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ.

|-
| 10:33
| હું ''' Homoserine ''' ઉપર ક્લિક કરીશ.

|-
| 10:37
| નીચે સ્ક્રોલ કરો અને ‘'''Edit Information’''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 10:41
| સ્ક્રીન ઉપર '''‘Edit Information’''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.

|-
| 10:46
| ડાયલોગ બોક્સમાં આ મુજબ કરો '''- ''' ‘'''state'''’ ટેબની નીચે '''Open''' ને સિલેક્ટ કરો.

|-
| 10:54
| ‘'''prefix'''’ ટેબ નીચેના '''mt. '''ને સિલેક્ટ કરો.

|-
| 10:59
| '''‘label’ ''' ટેબ નીચેના '''dna.'''ને સિલેક્ટ કરો.

|-
| 11:04
| '''‘Ok’.''' ઉપર ક્લિક કરો.

|-
| 11:07
| તમે '''draw area''' ઉપર દેખાઈ રહેલી માહિતી '''mt:dna''' જોઈ શકો છો.

|-
| 11:15
| હું '''Edit Information'''ને undo કરીશ કારણકે મને તેની '''Methionine Biosynthesis'''માં જરૂર નથી.

|-
| 11:23
| કેટલાક કેસીસમાં , '''process diagram''' અટપટો(જટિલ) હોય શકે છે.

|-
| 11:28
| આવા કેસીસમાં , '''Bird's eye view''' મદદરૂપ થાય છે કારણકે તેનાથી મોટા મોડેલની અંદર નેવિગેટ કરવું અનુકૂળ રહે છે.

|-
| 11:37
| આઇકોન '''Bird's eye view ''' ઉપર ક્લિક કરીએ.

|-
| 11:41
| લાલ ચોરસને '''Bird’s Eye View'''ની અંદર લઇ જાઓ.

|-
| 11:46
| નોંધ લો કે '''draw area'''ઉપર દેખાતું દૃશ્ય તે મુજબ ખસે છે.

|-
| 11:52
| તો અહીં આપણું આ ટ્યૂટોરિઅલ સમાપ્ત થાય છે.

|-
| 11:56
| ચાલો સારાંશ જોઈએ. આ ટ્યૂટોરિઅલમાં,આપણે શીખ્યા કે કેવી રીતે : '''Reaction line'''ના color, shape અને width બદલી શકાય

|-
| 12:07
| '''Reaction line'''માં '''Anchor points''' ઉમેરતા , '''Components'''ને સંરેખિત કરતા, '''Reaction ids''' બતાડતાં / છુપાવતા.

|-
| 12:18
| આપણે આ પણ શીખ્યા કે કેવી રીતે - '''Components'''માં '''Notes'''(નોંધ) ઉમેરવી.

|-
| 12:23
| '''Protein'''ને એડિટ કરવું, '''information''' ને એડિટ કરવી.

|-
| 12:27
| ડાયગ્રામનું એકદમ બારીકાઇ('''Bird’s Eye View ''')થી નિરીક્ષણ કરવું.

|-
| 12:32
| અભ્યાસ માટે CellDesignerના ટૂલ્સની મદદથી '''Glycolysis Process Diagram''' બનાવો.

|-
| 12:41
| '''Reaction line'''ના જુદા જુદા આકારો(shapes) શોધો.

|-
| 12:47
| આ લિંક :'''www.spoken-tutorial.org''' ઉપરનો વિડીયો નિહાળો તે આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ યોજના વિષે માહિતી આપે છે.

|-
| 12:52
| જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ન હોય તો તમે તેને ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.

|-
| 12:57
| સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે.જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે.

|-
| 13:06
| વધુ માહિતી માટે અમને અહીં લખો : [mail માટે :contact@spoken-tutorial.org]

|-
| 13:13
| સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટ એ ટોક ટુ અ ટીચર યોજનાનો એક ભાગ છે. જે આઇસીટી,એમએચઆરડી,ભારત સરકાર દ્વારા શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધારભૂત છે. આ ઉપર વધુ માહિતી ’’’’spoken hyphen tutorial dot org slash NMEICT hyphen Intro ’’’ ઉપર ઉપલબ્ધ છે.

|-
| 13:29
| અનુવાદ કરનાર હું છું શિવાની ગડા. આભાર.

|}

CellDesigner/C3/Customizing-Diagram-Layout/Gujarati - Revision history

Shivanigada at 10:50, 7 November 2017

Shivanigada: Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | 00:01 | નમસ્તે મિત્રો.''' CellDesigner’'''ના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિ..."