Priyacst at 06:37, 2 May 2017

2017-05-02T06:37:51Z

Priyacst: Created page with " {|Border=1 ! Time ! Narration |- |00:01 | வணக்கம். '''Sequence fileகளை எழுதுவது''' குறித்..."

2017-03-15T06:49:51Z

Created page with " {|Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- |00:01 | வணக்கம். '''Sequence fileகளை எழுதுவது''' குறித்..."

New page

{|Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
|00:01
| வணக்கம். '''Sequence fileகளை எழுதுவது''' குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.

|-
|00:07
| இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: '''Sequence Record Object'''களை உருவாக்குவது

|-
|00:13
| Sequence fileகளை எழுதுவது

|-
|00:15
| '''file format'''களுக்கு இடையே மாறுவது

|-
|00:19
| மற்றும், fileன் '''record'''களை நீளத்தின் அடிப்படையில் sort செய்வது.

|-
|00:23
| இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள, பின்வருவன பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும்.

|-
|00:27
| இளங்கலை Biochemistry அல்லது Bioinformatics ,

|-
|00:31
| மற்றும், அடிப்படை ''' Python''' programming.

|-
|00:34
| கொடுக்கப்பட்டுள்ள இணைப்பில் உள்ள '''Python''' டுடோரியல்களை பார்க்கவும்.

|-
|00:38
| இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய, நான் பயன்படுத்துவது: '''Ubuntu OS''' பதிப்பு 14.10

|-
|00:45
| '''Python''' பதிப்பு 2.7.8

|-
|00:48
| '''Ipython interpreter''' பதிப்பு 2.3.0 மற்றும் '''Biopython''' பதிப்பு 1.64

|-
|00:55
| Fileலின் contentகளை read செய்ய, '''parse''' மற்றும் '''read''' '''function'''களை, பயன்படுத்த முன்பு நாம் கற்றுக் கொண்டோம்.

|-
|01:03
| இந்த டுடோரியலில், fileக்கு sequenceகளை எழுத, '''write''' functionஐ எப்படி பயன்படுத்துவது,

|-
|01:09
| மற்றும், பல்வேறு '''file format'''களுக்கு இடையே ஆன inter-conversionக்கு, '''Convert''' functionஐ பயன்படுத்தக் கற்போம்.

|-
|01:16
| இப்போது, '''write''' functionஐ எப்படி பயன்படுத்துவது என்று காட்டுகிறேன்.

|-
|01:20
| இங்கு protein sequenceஉடன் கூடிய ஒரு text file உள்ளது.

|-
|01:24
| இங்கு காட்டப்பட்டிருக்கும் sequence, '''insulin protein''' ஆகும்.

|-
|01:28
| '''GI accession number''' பற்றிய தகவலையும் , '''description'''ஐயும் இந்த file கொண்டிருக்கும்.

|-
|01:36
| இந்த sequenceக்கு, '''FASTA''' formatல், ஒரு fileஐ நாம் இப்போது உருவாக்குவோம்.

|-
|01:41
| முதலாவது படி, '''sequence record object'''ஐ உருவாக்குவது.

|-
|01:45
| Sequence Record Objectகள் பற்றி மேலும் தகவல்:

|-
|01:49
| '''Sequence input/output interface'''க்கு அடிப்படை data type இதுவே.

|-
|01:55
| Sequence record objectல், '''identifier'''கள் மற்றும் விளக்கங்கள் போன்ற உயர் நிலை அம்சங்களுடன், ஒரு sequence இணைக்கப்படுகிறது.

|-
|02:04
| '''Terminal'''ஐ திறக்க, '''Ctrl, Alt''' மற்றும் '''t''' keyகளை ஒன்றாக அழுத்தவும்.

|-
|02:10
| Promptல் டைப் செய்க: ''ipython", பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|02:15
| பின்வரும் வரிகளை, Promptல் டைப் செய்க.

|-
|02:18
| '''from Bio dot Seq module import Seq class'''.

|-
|02:24
| '''from Bio dot SeqRecord module import Sequence Record class'''

|-
|02:31
| அடுத்து, '''from Bio dot Alphabet module import generic protein class'''.

|-
|02:38
| அடுத்து, variable '''record1'''ல், sequence record objectஐ நான் சேமிக்கிறேன்.

|-
|02:45
| Text fileல் இருந்து, '''sequence, id''' மற்றும் '''description'''ஐ, '''Copy''' செய்து, terminalலின் மீது, அதற்கான வரிகளில் ''' '''paste''' செய்யவும்.

|-
|02:56
| '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|02:58
| Outputஐ காண, டைப் செய்க: '''record1'''.

|-
|03:02
| '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|03:04
| '''Insulin protein''' sequenceஐ, '''sequence record '''objectஆக output காட்டுகிறது.

|-
|03:10
| அது, '''id''' மற்றும் '''description'''உடன், sequenceஐயும் காட்டுகிறது.

|-
|03:21
| '''Bio '''packageல் இருந்து, '''Seq IO''' moduleஐ import செய்யவும்.

|-
|03:26
| அடுத்து, sequence objectஐ, '''FASTA''' fileஆக மாற்ற, '''write''' functionஉடன், '''command line'''ஐ டைப் செய்யவும்.

|-
|03:40
| '''Write '''function, 3 '''argument'''களை எடுத்துக் கொள்கிறது.

|-
|03:44
| முதலாவது, '''sequence record object'''ஐ சேமிக்கின்ற variable ஆகும்.

|-
|03:49
| இரண்டாவது, '''FASTA''' fileஐ எழுதுவதற்கான, fileன் பெயராகும்.

|-
|03:54
| மூன்றாவது, எழுதுவதற்கான file format ஆகும். '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|03:58
| Output, ஒன்று. அதாவது, நாம் ஒரு '''sequence record object'''ஐ, ஒரு '''FASTA''' fileஆக மாற்றியிருக்கிறோம் எனக் காட்டுகிறது.

|-
|04:07
| '''FASTA''' formatல் இருக்கும் file, '''home''' folderல், "example.fasta" என சேமிக்கப்படுகிறது.

|-
|04:13
| எச்சரிக்கையாக இருங்கள். அதே பெயரைக் கொண்ட, ஏற்கெனவே உள்ள file மீது, output over-write ஆகிவிடும்.

|-
|04:18
| Fileஐ காண, '''home''' folderல் இருக்கும் அந்த fileக்கு செல்லவும்.

|-
|04:24
| இந்த fileஐ '''text editor'''ல் திறக்கவும்.

|-
|04:27
| Protein sequence, இப்போது '''FASTA''' formatல் உள்ளது.

|-
|04:31
| '''Text-editor'''ஐ மூடவும்.

|-
|04:33
| பல '''bioinformatics''' கருவிகள், வெவ்வேறு input file formatகளை எடுத்துக் கொள்கின்றன.

|-
|04:38
| அதனால், சில சமயங்களில், sequence file formatகளுக்கு இடையே inter-convert செய்ய வேண்டிய அவசியம் ஏற்படுகிறது.

|-
|04:44
| '''SeqIO module'''லில், ''' convert '''functionஐ பயன்படுத்தி, file conversionகளை நாம் செய்யலாம்.

|-
|04:50
| செயல் விளக்கத்திற்கு, ஒரு '''GenBank''' fileஐ, ஒரு '''FASTA''' fileஆக மாற்றுகிறேன்.

|-
|04:55
| என் '''home''' folderல், ஒரு '''GenBank''' file உள்ளது.

|-
|04:59
| அதை text editorல் திறக்கிறேன்.

|-
|05:02
| '''GenBank''' formatல், '''HIV genome'''ஐ இந்த file கொண்டுள்ளது.

|-
|05:07
| இந்த '''GenBank''' fileன் முதல் பகுதியில், '''genome'''ல் உள்ள எல்லா '''gene'''களின் விளக்கங்களும் உள்ளன.

|-
|05:14
| ஒரு முழு '''genome''' sequence, இதனை பின்தொடர்கிறது.

|-
|05:18
| Text-editorஐ மூடவும். Terminalலில், பின்வரும் வரிகளை டைப் செய்யவும்.

|-
|05:23
| இங்கு, '''convert''' function, '''GenBank''' fileலில் இருக்கும், முழு '''genome''' sequenceஐ, '''FASTA''' fileஆக மாற்றுகிறது.

|-
|05:33
| '''FASTA''' formatல் இருக்கும் புது file, இப்போது, '''HIV.fasta''' என, '''home''' folderல் சேமிக்கப்படுகிறது.

|-
|05:39
| இந்த fileக்கு சென்று, அதை text editorல் திறக்கவும்.

|-
|05:46
| Text-editorஐ மூடவும்.

|-
|05:49
| '''Convert''' functionஐ பயன்படுத்தி, எளிதாக file formatகளை மாற்ற முடிந்தாலும், அதற்கு வரம்புகள் உள்ளன.

|-
|05:56
| சில formatகளை எழுதுவதற்கு, மற்ற formatகளில் இல்லாத தகவல்கள் தேவைப்படுகின்றன.

|-
|06:02
| உதாரணத்திற்கு: ஒரு '''GenBank''' fileஐ, ஒரு '''FASTA''' fileஆக மாற்ற முடியும், ஆனால், அதை reverse செய்ய முடியாது.

|-
|06:09
| அதே போல், ஒரு '''FASTQ''' fileஐ, ஒரு '''FASTA''' fileஆக மாற்ற முடியும், ஆனால், அதை reverse செய்ய முடியாது.

|-
|06:15
| '''Convert''' function பற்றிய மேலும் தகவல்களுக்கு, '''help''' commandஐ டைப் செய்யவும்.

|-
|06:21
| '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|06:24
| Promptக்கு திரும்ப, key boardல், 'q'ஐ அழுத்தவும்.

|-
|06:28
| '''HIV genome'''ல் இருந்து, தனிப்பட்ட '''gene'''களை, '''GenBank''' formatல் extract செய்யலாம்.

|-
|06:35
| இந்த தனிப்பட்ட '''gene'''களை, '''FASTA''' அல்லது வேறு எந்த formatலும் சேமிக்கலாம்.

|-
|06:41
| இதற்கு, '''Prompt'''ல் பின்வரும் codeஐ டைப் செய்க.

|-
|06:47
| இந்த code, எல்லா தனிப்பட்ட '''CDS''' gene sequenceகள், அதன் idகள் மற்றும், '''gene'''ன் பெயர் ஆகியவற்றை, ஒரு fileலில் எழுதும்.

|-
|06:56
| இந்த file, உங்கள் '''home''' folderல், “HIV_geneseq.fasta” என சேமிக்கப்படுகிறது. '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|07:07
| '''Biopython''' கருவிகளை பயன்படுத்தி, ஒரு fileலில் உள்ள recordகளை நீளத்தின் அடிப்படையில் sort செய்யலாம்.

|-
|07:12
| இங்கு, ஆறு recordகளை கொண்டுள்ள, “hemoglobin.fasta” என்ற FASTA fileஐ நான் திறந்துள்ளேன்.

|-
|07:19
| ஒவ்வொரு '''record'''உம் வெவ்வேறு நீளத்தை கொண்டிருக்கிறது.

|-
|07:23
| நீளமான recordஐ முதலில் வைத்து, ஒழுங்குபடுத்த, பின்வரும் வரிகளை டைப் செய்யவும்.

|-
|07:27
| sort செய்யப்பட்ட sequenceகளை கொண்ட புது file, உங்கள் '''home''' folderல், "sorted_hemoglobin.fasta" என சேமிக்கப்படும்.

|-
|07:38
| குறுகிய recordகளுக்கு, முதலில், '''records.sort''' command lineல் உள்ள argumentகளை
reverse செய்யவும்.

|-
|07:46
| சுருங்கசொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது: Sequence Record Objectகளை உருவாக்குவது

|-
|07:51
| '''Sequence Input/Output''' moduleன், ''' write''' functionஐ பயன்படுத்தி, Sequence fileகளை எழுதுவது.

|-
|07:58
| '''Convert''' functionஐ பயன்படுத்தி, '''sequence file format'''களுக்கு இடையே மாறுவது.

|-
|08:03
| மற்றும், fileலில் உள்ள recordகளை நீளத்தின் அடிப்படையில் sort செய்வது.

|-
|08:07
| பயிற்சியாக-HIV '''genomic''' sequenceல் இருந்து, gene "HIV1gp3"ஐ, positionகள் 4587ல் இருந்து 5165 வரை '''extract''' செய்வது.

|-
|08:21
| இந்த டுடோரியலின் code fileகளினுள், “HIV.gb” file சேர்க்கப்படுகிறது.

|-
|08:28
| நீங்கள் செய்த பயிற்சி பின்வரும் codeஐ பெற்றிருக்கும்.

|-
|08:43
| பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கி காணவும்.

|-
|08:49
| ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது.

|-
|08:57
| மேலும் விவரங்களுக்கு எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.

|-
|09:00
| இதற்கு ஆதரவு இந்திய அரசாங்கத்தின் National Mission on Education through ICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது.

|-
|09:06
| மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.

|-
|09:10
| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஶீ. குரல் கொடுத்தது..... நன்றி.

|}

@@ Line 1: / Line 1: @@
 {|Border=1
 ! <center>Time</center>
@@ Line 50: / Line 49: @@
 |-
 |00:48
-| '''Ipython interpreter'''  பதிப்பு 2.3.0  மற்றும் '''Biopython''' பதிப்பு 1.64
+| '''Ipython interpreter'''  பதிப்பு 2.3.0  மற்றும் '''Biopython''' பதிப்பு 1.64.
 |-
@@ Line 166: / Line 165: @@
 |-
 |03:44
-| முதலாவது,  '''sequence record object'''ஐ சேமிக்கின்ற variable ஆகும்.
+| முதலாவது,  '''sequence record object'''ஐ சேமிக்கும் variable ஆகும்.
 |-
@@ Line 330: / Line 329: @@
 |-
 |07:38
-| குறுகிய recordகளுக்கு,  முதலில்,  '''records.sort''' command lineல் உள்ள argumentகளை
+| குறுகிய recordகளுக்கு,  முதலில்,  '''records.sort''' command lineல் உள்ள argumentகளை reverse செய்யவும்.
 reverse செய்யவும்.
 |-
@@ Line 339: / Line 337: @@
 |-
 |07:51
-| '''Sequence Input/Output''' moduleன்,  ''' write''' functionஐ பயன்படுத்தி,  Sequence fileகளை எழுதுவது.
+| '''Sequence Input/Output''' moduleன்,  ''' write''' functionஐ பயன்படுத்தி,  Sequence fileகளை எழுதுவது
 |-
 |07:58
-| '''Convert''' functionஐ பயன்படுத்தி,  '''sequence file format'''களுக்கு இடையே மாறுவது.
+| '''Convert''' functionஐ பயன்படுத்தி,  '''sequence file format'''களுக்கு இடையே மாறுவது
 |-
@@ Line 351: / Line 349: @@
 |-
 |08:07
-| பயிற்சியாக-HIV '''genomic''' sequenceல் இருந்து,  gene "HIV1gp3"ஐ,   positionகள் 4587ல் இருந்து 5165 வரை '''extract''' செய்வது.
+| பயிற்சியாக-HIV '''genomic''' sequenceல் இருந்து,  gene "HIV1gp3"ஐ,   positionகள் 4587ல் இருந்து 5165 வரை '''extract''' செய்யவும்.
 |-
@@ Line 363: / Line 361: @@
 |-
 |08:43
-| பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.  அதை தரவிறக்கி காணவும்.
+|இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.  அதை தரவிறக்கி காணவும்.
 |-
@@ Line 375: / Line 373: @@
 |-
 |09:00
-| இதற்கு ஆதரவு இந்திய அரசாங்கத்தின் National Mission on Education  through ICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது.
+| இந்திய அரசாங்கத்தின் National Mission on Education  through ICT, MHRD  இதற்கு ஆதரவு அளிக்கிறது.
 |-
@@ Line 383: / Line 381: @@
 |-
 |09:10
-| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது  ஜெயஶீ. குரல் கொடுத்தது..... நன்றி.
+| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது  ஜெயஶீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேயில் இருந்து பிரியா. நன்றி.
 |}

Biopython/C2/Writing-Sequence-Files/Tamil - Revision history

Priyacst at 06:37, 2 May 2017

Priyacst: Created page with " {|Border=1 ! Time ! Narration |- |00:01 | வணக்கம். '''Sequence fileகளை எழுதுவது''' குறித்..."