Biopython/C2/Writing-Sequence-Files/Sanskrit - Revision history

Sandhya.np14 at 14:05, 16 August 2019

2019-08-16T14:05:03Z

Sandhya.np14 at 13:57, 16 August 2019

2019-08-16T13:57:08Z

NaveenBhat at 05:50, 15 August 2019

2019-08-15T05:50:14Z

Udayana: Created page with " {|Border=1 |'''Time''' |'''Narration''' |- | 00:01 | सर्वेभ्यः नमस्काराः । ''''Writing Sequence Files''' इति अनुशिक..."

2019-08-13T15:25:05Z

Created page with " {|Border=1 |'''Time''' |'''Narration''' |- | 00:01 | सर्वेभ्यः नमस्काराः । ''''Writing Sequence Files''' इति अनुशिक..."

New page

{|Border=1
|'''Time'''
|'''Narration'''

|-
| 00:01
| सर्वेभ्यः नमस्काराः । ''''Writing Sequence Files''' इति अनुशिक्षणं प्रति भवतां स्वागतम् ।

|-
| 00:07
| अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं : 'सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्’ निर्माणम्,

|-
| 00:13
| सिक्वेन्स् फ़ैल् लेखनम्
|-
| 00:15
| ’फैल् फार्म्याट्स्' परिवर्तनम्

|-
| 00:19
| तथा, एकस्मिन् फैल्मध्ये तेषां दैर्घ्यानुसारं विभजनं (sort), एतेषां विषये ज्ञानं प्राप्नुमः ।
|-
| 00:23
| एतत् अनुशिक्षम् अनुसर्तुं भवतां,

|-
| 00:27
| पदवीपूर्व-जीवरसायनशास्त्रम् अथवा बयोइन्फर्म्याटिक्स्

|-
| 00:31
| तथा प्राथमिक Python (पैथन्) प्रोग्रामिङ्ग् ज्ञानमावश्यकम् ।

|-
| 00:34
| दत्तायां पर्चन्यां पैथन् अनुशिक्षणं पश्यन्तु ।

|-
| 00:38
| एतत् अनुशिक्षणं रेकार्ड् कर्तुं, अहं '''Ubuntu OS''' 14.10 तम-आवृत्तिः,

|-
| 00:45
| '''Python''' 2.7.8 तम-आवृत्तिः,

|-
| 00:48
| '''Ipython interpreter''' (ऐ पैथन् इन्टर्प्रिटर्) 2.3.0 तम-आवृत्तिः, '''Biopython''' 1.64 तम-आवृत्तिः इत्येतेषाम् उपयोगं करोमि। .
|-
| 00:55
| एकस्याः सञ्चिकायाःपठनार्थं वयं, '''parse''' तथा '''read''' फङ्क्षन् एतावता पठितवन्तः ।

|-
| 01:03
| अस्मिन् अनुशिक्षणे एकस्यां सञ्चिकायां सीक्वेन्स् लेखितुं '''write''' 'फङ्क्षन्' कथम् उपयुज्यते,

|-
| 01:09
| तथा '''Convert''' फङ्क्षन् उपयुज्य अनेकानि 'फैल् फार्म्याट्स् ' एकस्मात् अन्यं प्रति परिवर्तयितुं वयं पठामः ।
|-
| 01:16
| '''write''' फङ्क्षन् कथम् उपयोक्तव्यमिति अहमिदानीम् पाठयामि ।

|-
| 01:20
| प्रोटीन् सीक्वेन्स् इत्यनेन सह अत्र एका टेक्स्ट्-सञ्चिका वर्तते ।

|-
| 01:24
| 'इन्सुलिन् प्रोटीन्’ सीक्वेन्स् अत्र दर्शितम् ।

|-
| 01:28
| सञ्चिका, '''GI''' अक्सेषन् सङ्ख्या (GI accession number) तथा '''description''' निर्देशयुक्ता अपि अस्ति ।

|-
| 01:36
| वयमिदानीम् एतत् सीक्वेन्स् निमित्तं '''FASTA ''' फार्म्याट्-मध्ये एकां सञ्चिकां रचयामः ।

|-
| 01:41
| अत्र, 'सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्’ निर्माणं प्रथमस्तरीयम् ।

|-
| 01:45
| 'सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्स्’ अधिकृत्य अधिकं विवरणम् :

|-
| 01:49
| एतत् 'सीक्वेन्स् इन्पुट्/औट्पुट् इण्टर्-फेस्’-निमित्तं बेसिक् डेटा टैप् अस्ति ।

|-
| 01:55
| 'सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्’ मध्ये, सीक्वेन्स्, '''identifier''' तथा '''description''' इत्यादयः अधिकवैशिष्ट्यसम्बद्धविषयाः सन्ति ।
|-
| 02:04
| '''Ctrl, Alt''' तथा '''t''' इत्येतेषाम् एकस्मिन् काले नोदनद्वारा टर्मिनल् उद्घाटयन्तु ।

|-
| 02:10
| प्राम्प्ट् मध्ये, एवं टण्कयित्वा : '''ipython''' , '''Enter''' नुदन्तु ।

|-
| 02:15
| प्राम्प्ट् मध्ये, अधोनिर्दिष्टानि वाक्यानि टण्कयन्तु ।

|-
| 02:18
| from Bio dot Seq माड्यूल्, import Seq क्लास्

|-
| 02:24
| from Bio dot SeqRecord माड्यूल्, import Sequence Record क्लास्

|-
| 02:31
| तदनन्तरं , from Bio dot Alphabet माड्यूल्,, import generic protein क्लास्

|-
| 02:38
| तदनन्तरम् अहं सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट् '''record1''' इति वेरियेबल् मध्ये सेव् करोमि ।

|-
| 02:45
| टेक्स्ट्-सञ्चिकातः, सीक्वेन्स्, id (ऐडि) तथा '''description''' कापि कृत्वा तान् टर्मिनल्-मध्ये प्रतिवाक्यं पेस्ट् कुर्वन्तु ।

|-
| 02:56
| '''Enter''' नुदन्तु ।

|-
| 02:58
| औट्पुट् दर्शयितुं '''record1''' इति टण्कयन्तु ।

|-
| 03:02
| '''Enter''' नुदन्तु ।.

|-
| 03:04
| औट्पुट्, 'इन्सुलिन् प्रोटीन्' सीक्वेन्स्, सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट् इति दर्शयति ।

|-
| 03:10
| एतत् सीक्वेन्स् इत्येतत् '''id''' तथा '''description''' सहितं दर्शयति ।

|-
| 03:13
| उपरि सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्, '''FASTA''' फैल् इव परिवर्तयितुं वयं ''' write ''' फङ्क्षन् उपयोगं कुर्मः ।

|-
| 03:21
| '''Bio package''' तः '''SeqIO module''' इम्पोर्ट् कुर्वन्तु ।
|-
| 03:26
| अनन्तरं, सीक्वेन्स् आब्जेक्ट् '''FASTA''' फैल्-रूपेण परिवर्तयितुं 'कमाण्ड् लैन्' इत्येतत् '''write''' फङ्क्षन्-सह टण्कयन्तु ।

|-
| 03:40
| '''write''' फङ्क्षन्, 3 'आर्ग्युमेण्ट्स्' स्वीकरोति ।

|-
| 03:44
| आदौ, सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्- स्टोर् करण-वेरियबल् अस्ति ।

|-
| 03:49
| द्वितीयं, '''FASTA''' सञ्चिकायाः लेखनीयं सञ्चिकायाः नाम अस्ति ।

|-
| 03:54
| तृतीयं, लेखननिमित्तम् आवश्यकं फैल् फार्म्याट् भवति । '''Enter''' नुदन्तु ।

|-
| 03:58
| औट्पुट् एकम् इति दर्शयति । तन्नाम, अस्माभिः एकं सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट् - FASTA फैल्-रूपेण परिवर्तितम् ।
|-
| 04:07
| FASTA फ़ार्म्याट्-मध्ये वर्तमानं फ़ैल् '''home''' फ़ोल्डर् मध्ये "example.fasta" इति सेव् कृतम् अस्ति ।

|-
| 04:13
| अत्र भवद्भिः जागरूकतया भाव्यम् । यदि औट्पुट् समाननाम्ना अस्ति चेत् एतत् तस्य उपरि एव लिखति ।

|-
| 04:18
| फ़ैल् द्रष्टुं '''home''' फोल्डर् – मध्ये फ़ैल् प्रति नेविगेट् कुर्वन्तु ।

|-
| 04:24
| एतां सञ्चिकां टेक्स्ट्-एडिटर् मध्ये उद्घाटयन्तु ।

|-
| 04:27
| प्रोटीन् सीक्वेन्स् इदानीं, FASTA फार्म्याट्-मध्ये वर्तते ।

|-
| 04:31
| टेक्स्ट्-एडिटर् पिदधतु ।
|-
| 04:33
| बहूनि ‘बयोइन्फर्म्याटिक्स्’ साधनानि, अनेकानि इन्पुट् फैल् फार्म्याट्स् स्वीकरोति ।

|-
| 04:38
| अतः, कदाचित् सीक्वेन्स् फैल् फार्म्याट्स् मध्ये परस्परपरिवर्तनम् अवश्यकम् ।

|-
| 04:44
| '''SeqIO''' माड्यूल्-मध्ये '''convert''' फङ्क्षन्स् उपयुज्य फैल् परिवर्तनं अस्माभिः कर्तुं शक्यते ।
|-
| 04:50
| दर्शयितुम्, अहं काञ्चित् '''GenBank''' सञ्चिकां 'FASTA' सञ्चिकारूपेण परिवर्तयामि ।

|-
| 04:55
| मम '''home''' फोल्डर् मध्ये, किञ्चन '''GenBank''' सञ्चिका वर्तते ।
|-
| 04:59
| अहं एतत् किञ्चन टेक्स्ट्-एडिटर्-द्वारा उद्घाटयामि ।

|-
| 05:02
| सञ्चिका, '''GenBank''' (जेन् ब्याङ्क्) फार्म्याट् मध्ये, '''HIV genome''' (एच्ऐवि जीनोम्)युक्तम् अस्ति ।

|-
| 05:07
| एषा 'जेन् ब्याङ्क्’ सञ्चिका , 'जीनोम्' मध्ये वर्तमानानां सर्वेषां जीन् सम्बद्धविवरणानि, सञ्चिकायाः प्रथमभागे वहति ।

|-
| 05:14
| अनन्तरम्, एतत् पूर्णं ‘जीनोम्’ सीक्वेन्स्-युक्तमस्ति ।
|-
| 05:18
| टेक्स्ट्-एडिटर् पिदधतु । टर्मिनल्-मध्ये अधोनिर्दिष्टानि वाक्यानि टण्कयन्तु ।
|-
| 05:23
| अत्र, '''convert''' फङ्क्षन्, 'जेन् ब्याङ्क्' सञ्चिकायां विद्यमानं सम्पूर्णं 'जिनोम्’ सीक्वेन्स् 'FASTA' फैल् रूपेण परिवर्तयति ।'''Enter''' नुदन्तु ।

|-
| 05:33
| 'FASTA' फार्म्याट्-मध्ये वर्तमान-नूतनसञ्चिका, इदानीं '''home''' फोल्डर्-मध्ये, 'HIV.fasta' इति सेव् कृता वर्तते ।

|-
| 05:39
| नेविगेट् कृत्वा एतां सञ्चिकां प्रति गत्वा टेक्स्ट्-एडिटर् मध्ये उद्घाटयन्तु ।

|-
| 05:46
| टेक्स्ट्-एडिटर् पिदधतु ।

|-
| 05:49
| वयं '''convert''' फङ्क्षन् उपयुज्य सरलतया फैल् फार्म्याट् परिवर्तनं कर्तुं शक्नुमः । परन्तु तत् परिमितं भवति ।

|-
| 05:56
| कानिचन फार्म्याट्स् लेखितुं, अन्य-फार्म्याट्-मध्ये अविद्यमानविषयाः आवश्यकाः ।
|-
| 06:02
| उदाहरणार्थं : वयं 'GenBank सञ्चिकां FASTA सञ्चिकाम् इव परिवर्तयितुं शक्यते, किन्तु, अस्य व्यतिरिक्तरूपेण (रिवर्स्) कर्तुं न शक्यते ।

|-
| 06:09
| तथैव, वयमेकां 'FASTQ' सञ्चिकां, 'FASTA' सञ्चिकारूपेण परिवर्तयितुं शक्नुमः । परन्तु, व्यतिरिक्ततया कर्तुं न शक्यते ।

|-
| 06:15
| '''convert''' फङ्क्षन् अधिकृत्य अधिकविवरणार्थं, '''help''' कमाण्ड् टण्कयन्तु ।

|-
| 06:21
| '''Enter''' नुदन्तु ।

|-
| 06:24
| प्राम्प्ट् प्रति गन्तुं , की बोर्ड् मध्ये 'q' नुदन्तु ।
|-
| 06:28
| '''GenBank''' फार्म्याट्-मध्ये 'एच्ऐवि जीनोम्’ तः, पृथक् जीन्स् वयं बहिः निःसारयितुं शक्नुमः ।

|-
| 06:35
| एतानि प्रत्येकं जीन्स् 'FASTA' अथवा अन्य-फार्म्याट्-मध्ये सेव् कर्तुं शक्यते ।

|-
| 06:41
| एतदर्थं प्राम्प्ट्-मध्ये अधोनिर्दिष्टं कोड् टण्कयन्तु ।

|-
| 06:47
| एतत् कोड्, सर्वं प्रत्येकं '''CDS''' (सिडिएस्) जीन्स् सीक्वेन्स् , तेषां '''id''' तथा जीन् नाम अपि कस्याञ्चित् सञ्चिकायां लिखति ।

|-
| 06:56
| एषा सञ्चिका, भवतां '''home''' फोल्डर्-मध्ये, "HIV_geneseq.fasta" इति सेव् कृता वर्तते । '''Enter''' नुदन्तु ।

|-
| 07:07
| भवतां 'बयोपैथन्' टूल् उपयुज्य, सञ्चिकायां रेकार्ड्स्, तेषां दैर्घ्यानुसारं विभक्तुं शक्यते ।

|-
| 07:12
| अत्र, अहं “hemoglobin.fasta” इति FASTA सञ्चिकाम् उद्घाटयामि । एतत् षट्-रेकार्ड्-युक्तम् अस्ति ।
|-
| 07:19
| प्रत्येकं रेकार्ड् दैर्घ्यं विभिन्नम् अस्ति ।

|-
| 07:23
| अत्यन्तं दीर्घं रेकार्ड् आदौ स्थापयितुम् अधोनिर्दिष्टानि वाक्यानि टण्कयन्तु ।

|-
| 07:27
| विभक्त (sorted ) सीक्वेन्स्-युक्ता नूतनसञ्चिका "sorted_hemoglobin.fasta" इति, भवतां '''home''' फोल्डर् मध्ये सेव् कृतं भवति ।

|-
| 07:38
| लघुरेकार्ड्स् आदौ स्थापयितुं, '''records.sort''' कमाण्ड् लैन्-मध्ये, आर्ग्यूमेंट्स् व्यतिरेकेण (रिवर्स्-रूपेण) स्थापयन्तु ।

|-
| 07:45
| सङ्क्षेपेण, अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट् निर्मातुं,

|-
| 07:51
| 'सीक्वेन्स् इन्पुट्/औट्पुट्' माड्यूल् '''write''' फङ्क्षन् उपयुज्य, सीक्वेन्स् सञ्चिकां लेखितुं,

|-
| 07:58
| '''convert''' फङ्क्षन् उपयुज्य , सीक्वेन्स् फैल् फार्म्याट् परिवर्तयितुं,

|-
| 08:03
| तथा,फैल्- मध्ये रेकार्ड्स् तेषां दैर्घ्यानुसारं विभक्तुं च पठितवन्तः ।

|-
| 08:07
| गृहकार्यनिमित्तम् -

|-
| 08:09
|HIV 'जेनोमिक्' सीक्वेन्स् तः, 4587 तः 5165 स्थानेषु, जीन् "HIV1gp3" (एच्ऐवि 1 जिपि 3) एक्स्ट्राक्ट् कुर्वन्तु ।

|-
| 08:21
| अस्य अनुशिक्षणस्य कोड् सञ्चिकायां, "HIV.gb" सञ्चिका योजिता अस्ति ।

|-
| 08:28
| भवतां समाप्तं गृहकार्यम् अधोनिर्दिष्ट-कोड्-युक्तं भवति ।
|-
| 08:43
| अस्यां पर्चन्यां वर्तमानं वीडियो स्पोकन् ट्युटोरियल् योजनां विवृणोति ।

|-
|08:48
| कृपया एतत् डौन्लोड् कृत्वा पश्यतु । स्पोकन् ट्युटोरियल् प्राजेक्ट् गणः कार्यशालाः सञ्चालयति तथा आन्लैन् परीक्षाः अपि चालयति । उत्तीर्णेभ्यः प्रमाणपत्रं च यच्छति ।

|-
|08:57
| अधिकविवरणार्थम् अस्माकं सम्पर्कं कुर्वन्तु ।

|-
|09:00
| स्पोकन् ट्युटोरियल् योजना राष्ट्रियसाक्षरतामिषन् ICT, MHRD द्वारा भारतसर्वकारस्य सहयोगं प्राप्तवती अस्ति ।

|-
|09:06
| अस्याः योजनायाः विषये अधिकं विवरणम् अत्र पर्चन्याम् उपलभ्यते ।

|-
| 09:10
| अस्य अनुशिक्षणस्य अनुवादकः डा. उदयन हेगडे, प्रवाचकः श्री नवीन भट्, उप्पिनपट्टनम् । धन्यवादाः ।
|}

@@ Line 266: / Line 266: @@
 | 06:09
 | तथैव, वयमेकां 'FASTQ' सञ्चिकां, 'FASTA' सञ्चिकारूपेण परिवर्तयितुं शक्नुमः । परन्तु, व्यतिरिक्ततया कर्तुं न शक्यते ।
 |-
@@ Line 364: / Line 363: @@
 |08:57
 | अधिकविवरणार्थम् अस्माकं सम्पर्कं कुर्वन्तु ।
 |-

@@ Line 97: / Line 97: @@
 |-
 | 02:04
-| '''Ctrl, Alt''' तथा '''t''' इत्येतेषाम् एकस्मिन् काले नोदनद्वारा टर्मिनल् उद्घाटयन्तु ।
+| '''Ctrl, Alt''' तथा '''T''' इत्येतेषाम् एकस्मिन् काले नोदनद्वारा टर्मिनल् उद्घाटयन्तु ।
 |-
@@ Line 118: / Line 118: @@
 | 02:31
 | तदनन्तरं , from Bio dot Alphabet माड्यूल्,, import generic protein क्लास्
 |-

@@ Line 21: / Line 21: @@
 |-
 | 00:19
-| तथा, एकस्मिन् फैल्मध्ये तेषां दैर्घ्यानुसारं विभजनं (sort), एतेषां विषये ज्ञानं प्राप्नुमः ।
+| तथा, एकस्मिन् फैल्-मध्ये तेषां दैर्घ्यानुसारं विभजनं (sort), एतेषां विषये ज्ञानं प्राप्नुमः ।
 |-
 | 00:23
@@ Line 48: / Line 48: @@
 |-
 | 00:48
-| '''Ipython interpreter''' (ऐ पैथन् इन्टर्प्रिटर्) 2.3.0 तम-आवृत्तिः,  '''Biopython''' 1.64  तम-आवृत्तिः इत्येतेषाम् उपयोगं करोमि। .
+| '''Ipython interpreter''' (ऐ पैथन् इन्टर्प्रिटर्) 2.3.0 तम-आवृत्तिः,  '''Biopython''' 1.64  तम-आवृत्तिः इत्येतेषाम् उपयोगं करोमि ।
 |-
 | 00:55
-| एकस्याः सञ्चिकायाःपठनार्थं वयं, '''parse''' तथा '''read''' फङ्क्षन् एतावता पठितवन्तः ।
+| एकस्याः सञ्चिकायाः पठनार्थं वयं, '''parse''' तथा '''read''' फङ्क्षन् एतावता पठितवन्तः ।
 |-
@@ Line 126: / Line 126: @@
 |-
 | 02:45
-| टेक्स्ट्-सञ्चिकातः, सीक्वेन्स्, id (ऐडि) तथा '''description''' कापि कृत्वा तान् टर्मिनल्-मध्ये प्रतिवाक्यं पेस्ट् कुर्वन्तु ।
+| टेक्स्ट्-सञ्चिकातः, सीक्वेन्स्, id (ऐडि) तथा '''description''' कोपि कृत्वा तान् टर्मिनल्-मध्ये प्रतिवाक्यं पेस्ट् कुर्वन्तु ।
 |-
@@ Line 262: / Line 262: @@
 |-
 | 06:02
-| उदाहरणार्थं : वयं 'GenBank सञ्चिकां FASTA सञ्चिकाम् इव परिवर्तयितुं शक्यते, किन्तु, अस्य व्यतिरिक्तरूपेण (रिवर्स्) कर्तुं न शक्यते ।
+| उदाहरणार्थं : वयं 'GenBank सञ्चिकां FASTA सञ्चिकाम् इव परिवर्तयितुं शक्नुमः, किन्तु, अस्य व्यतिरिक्तरूपेण (रिवर्स्) कर्तुं न शक्नुमः ।
 |-