Biopython/C2/Writing-Sequence-Files/Marathi - Revision history

PoojaMoolya at 07:14, 11 April 2017

2017-04-11T07:14:14Z

Ranjana: Created page with "{|Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 |नमस्कार. |- | 00:02 | '''Writing Sequence Files''' वरील ट्यूटो..."

2017-01-10T07:36:47Z

Created page with "{|Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 |नमस्कार. |- | 00:02 | '''Writing Sequence Files''' वरील ट्यूटो..."

New page

{|Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
|नमस्कार.

|-
| 00:02
| '''Writing Sequence Files''' वरील ट्यूटोरियल मध्ये आपले स्वागत.

|-
| 00:07
| ह्या ट्यूटोरियल मध्ये, आपण शिकणार आहोत: '''Sequence Record Objects''' कसे तयार करणे.

|-
| 00:13
|* सीक्वेन्स फाइल्स कसे लिहीणे

|-
| 00:15
|* '''file formats''' दरम्यान कसे रुपांतर करणे

|-
| 00:19
|* आणि, लांबी द्वारे फाइल मध्ये रेकॉर्ड्स कसे सॉर्ट करणे.

|-
| 00:23
| ह्या ट्यूटोरियलचे अनुसरण करण्यासाठी तुम्हाला

|-
| 00:27
| अंडर ग्रॅज्युएट बायोकेमिस्ट्री किंवा बायोइन्फर्मेटिक्स आणि मूलभूत '''Python''' प्रोग्रँमिंग माहीत असले पाहिजे.

|-
| 00:34
| दिलेल्या लिंक वरील '''Python''' ट्यूटोरियल्स पहा.

|-
| 00:38
| हा ट्यूटोरियल रेकॉर्ड करण्यासाठी, मी '''Ubuntu OS''' वर्जन 14.10

|-
| 00:45
|* '''Python''' वर्जन 2.7.8

|-
| 00:48
|* '''Ipython interpreter''' वर्जन 2.3.0 आणि '''Biopython''' वर्जन 1.64.

|-
| 00:55
| आपण पुर्वी फाइलचे कॉंटेंट्स वाचण्यास पार्स आणि रीड फंक्शन्स बद्दल शिकलो आहोत.

|-
|01:03
| ह्या ट्यूटोरियल मध्ये, आपण फाइल मध्ये सीक्वेन्सेस लिहिण्यास '''write''' फंक्शन कसे वापरावे हे शिकू.

|-
| 01:09
| आणि, विविध '''file formats''' दरम्यान इंटर-कन्व्हरशन साठी '''Convert''' फंक्शन वापरु.

|-
| 01:16
| आता मी '''write''' फंक्शन कसे वापरावे हे दाखवते.

|-
| 01:20
| येथे एक प्रोटीन सीक्वेन्स सह टेक्स्ट फाइल आहे.

|-
|01:24
| येथे '''insulin protein''' सीक्वेन्स दर्शविले आहे.

|-
|01:28
| तसेच फाइल कडे '''GI accession number''' आणि '''description''' म्हणून माहिती आहे.

|-
|01:36
| आता आपण '''FASTA''' फॉर्मॅट मध्ये ह्या सीक्वेन्स साठी एक फाइल तयार करूया.

|-
|01:41
| प्रथम स्टेप '''sequence record object''' तयार करण्याची आहे.

|-
| 01:45
| सीक्वेन्स रेकॉर्ड ऑब्जेक्ट्स बद्दल अधिक माहिती:

|-
|01:49
| हे '''sequence input/output interface''' साठी मूलभूत डेटा टाइप आहे.

|-
|01:55
| सीक्वेन्स रेकॉर्ड ऑब्जेक्ट मध्ये, एक सीक्वेन्स उच्च पातळीच्या वैशिष्ट्यांशी संबंधित आहे जसे की '''identifiers''' आणि '''descriptions''' .

|-
|02:04
| '''Ctrl, Alt''' आणि '''t''' किज दाबून टर्मिनल उघडा.

|-
| 02:10
| प्रॉंप्ट वर टाइप करा: '''ipython''', एंटर दाबा.

|-
|02:15
| प्रॉंप्ट वर खालील ओळी टाइप करा:

|-
|02:18
|'''from Bio dot Seq module import Seq class'''.

|-
|02:24
|'''from Bio dot SeqRecord module import Sequence Record class'''

|-
|02:31
| पुढे, '''from Bio dot Alphabet module import generic protein class'''.

|-
|02:38
| पुढे, मी '''record1''' वेरियबल मध्ये सीक्वेन्स रेकॉर्ड ऑब्जेक्ट सेव्ह करेल.

|-
|02:45
| टेक्स्ट फाइल मधून '''sequence, id''' आणि '''description''' कॉपी करून टर्मिनल वर संबंधित ओळींमध्ये त्यांना पेस्ट करा.

|-
|02:56
| एंटर दाबा.

|-
| 02:58
| आउटपुट पाहण्यासाठी टाइप करा: '''record1'''.

|-
|03:02
| एंटर दाबा.

|-
|03:04
| आउटपुट, '''sequence record''' ऑब्जेक्ट म्हणून '''insulin protein''' सीक्वेन्सला दाखवते.

|-
|03:10
| ते '''id''' आणि '''description''' सह सीक्वेन्सला दाखवते.

|-
| 03:13
| आपण '''FASTA''' फाइल मध्ये वरील सीक्वेन्स रेकॉर्ड ऑब्जेक्ट रुपांतरित करण्यासाठी '''write''' फंक्शन वापरुया.

|-
|03:21
| '''Bio''' पॅकेज मधून '''SeqIO module''' इम्पोर्ट करू.

|-
|03:26
| पुढे, '''FASTA''' फाइल मध्ये सीक्वेन्स ऑब्जेक्टला रुपांतरित करण्यासाठी '''write''' फंक्शन सह कमांड लाइन टाइप करा.

|-
|03:40
| '''write''' फंक्शन, 3 '''arguments''' घेते.

|-
|03:44
| प्रथम वेरियबल जे '''sequence record object''' ला संचित करते.

|-
|03:49
| दुसरा '''FASTA''' फाइल लिहिण्यासाठी फाइलचे नाव आहे.

|-
|03:54
| तिसरा फाइल फॉर्मॅट लिहिण्यासाठी आहे. एंटर दाबा.

|-
| 03:58
| आउटपुट दाखवते की, आपण '''FASTA''' फाइल मध्ये एक '''sequence record object''' ला रुपांतरित केले आहे.

|-
|04:07
| '''FASTA''' फॉर्मॅट मधील फाइल, "example.fasta" म्हणून होम फोल्डर मध्ये सेव्ह केलेली आहे.

|-
|04:13
| मी तुम्हाला सल्ला देते,

|-
|04:14
| आउटपुट, त्याच नावाच्या कोणत्याही पूर्वीच्या अस्तित्वातील फाइलला ओवर-राइट करेल.

|-
| 04:18
| फाइल पाहण्यासाठी, '''home''' फोल्डर मध्ये फाइलला नॅविगेट करा.

|-
|04:24
| ही फाइल 'टेक्स्ट एडिटर' मध्ये उघडा.

|-
|04:27
| प्रोटीन सीक्वेन्स, आता '''FASTA''' फॉर्मॅट मध्ये आहे.

|-
|04:31
| 'टेक्स्ट एडिटर' बंद करा.

|-
| 04:33
| अनेक '''bioinformatics''' टूल्स विविध इनपुट फाइल फॉरमॅट्स घेतात.

|-
|04:38
| त्यामुळे, कधी कधी सीक्वेन्स फाइल फॉरमॅट्स यांमधील रुपांतरित करण्याची गरज आहे.

|-
|04:44
| आपण '''SeqIO module''' मध्ये '''convert''' फंक्शन वापरुन फाइल्सना रुपांतर करू शकतो.

|-
| 04:50
| प्रात्यक्षिकेसाठी, मी '''FASTA''' फाइल मध्ये '''GenBank''' फाइलला रुपांतर करेल.

|-
|04:55
| माझ्या होम फोल्डर मध्ये '''GenBank''' फाइल आहे.

|-
|04:59
| मी हे टेक्स्ट एडिटर मध्ये उघडते.

|-
|05:02
| '''GenBank''' फॉर्मॅट फाइल मध्ये '''HIV genome''' चा समावेश आहे.

|-
|05:07
| ह्या '''GenBank''' फाइलच्या पहिल्या भागात, '''genome''' मधील सर्व '''genes''' चे वर्णन केले आहेत.

|-
|05:14
| हे पूर्णपणे '''genome''' सीक्वेन्स द्वारे अनुसरले आहे.

|-
|05:18
| टेक्स्ट एडिटर बंद करा.

|-
| 05:19
| टर्मिनल वर खालील ओळी टाइप करा.

|-
|05:23
| येथे एक '''convert''' फंक्शन आहे जे '''GenBank''' फाइल मधील उपस्थित '''genome''' सीक्वेन्सला पूर्णपणे '''FASTA''' फाइल मध्ये रुपांतरित करतो. एंटर दाबा.

|-
|05:33
| '''FASTA''' फॉर्मॅट मधील नवीन फाइल, 'होम' फोल्डर मध्ये '''HIV.fasta''' म्हणून सेव्ह केले आहे.

|-
| 05:39
| फाइलला नॅविगेट करून टेक्स्ट एडिटर मध्ये उघडा.

|-
|05:46
| टेक्स्ट एडिटर बंद करा.

|-
|05:49
| जरी हे खरे असेल, तर आपण सहज '''convert''' फंक्शन वापरुन फाइल फॉरमॅट्स रूपांतरित करू शकतो, त्यांना काही मर्यादा आहेत.

|-
|05:56
| काही फॉरमॅट्स लिहितांना माहिती आवश्यक आहे, जे इतर फाइल फॉरमॅट्स मध्ये नसते.

|-
|06:02
| उदाहरणार्थ: आपण '''FASTA''' फाइल मध्ये '''GenBank''' फाइलला रुपांतर करू शकतो, आपण ते उलट करू शकत नाही.

|-
|06:09
| त्याचप्रमाणे, आपण '''FASTA''' फाइल मध्ये '''FASTQ''' फाइल चालू करू शकतो, पण उलट करू शकत नाही.

|-
|06:15
| '''convert''' फंक्शन विषयी अधिक माहितीसाठी, '''help''' कमांड टाइप करा.

|-
|06:21
| एंटर दाबा.

|-
|06:24
| प्रॉंप्ट वर परत जाण्यासाठी कीबोर्ड वरील 'q' बटन दाबा.

|-
|06:28
| आपण '''GenBank''' फॉर्मॅट मधील '''HIV genome''' मधून प्रत्येक '''genes''' देखील एक्सट्रॅक्ट करू शकतो.

|-
|06:35
| हे प्रत्येक '''genes''', '''FASTA''' किंवा कोणत्याही इतर फॉरमॅट्स मध्ये सेव्ह केले जाऊ शकतात.

|-
|06:41
| ह्या साठी, प्रॉंप्ट वर खालील कोड टाइप करा.

|-
|06:47
| हा कोड, सर्व CDS जीन सीक्वेन्ससना, त्यांचे ids आणि '''gene''' चे नाव एका फाइल मध्ये लिहेल.

|-
|06:56
| तुमच्या होम फोल्डर मध्ये, फाइल “HIV_geneseq.fasta” म्हणून सेव्ह केले आहे. एंटर दाबा.

|-
| 07:07
| '''Biopython''' टूल्स वापरुन, आपण लांबी द्वारे फाइल मधील रेकॉर्ड्स सॉर्ट करू शकतो.

|-
|07:12
| येथे, मी FASTA file “hemoglobin.fasta” उघडले आहे ज्यात सहा रेकॉर्ड्स आहेत.

|-
|07:19
| प्रत्येक रेकॉर्ड भिन्न लांबीचे आहे.

|-
| 07:23
| प्रथम सर्वात मोठ्या रेकॉर्डची व्यवस्था करण्यासाठी खालील ओळी टाइप करा.

|-
|07:27
| सॉर्ट केलेल्या सीक्वेन्सेस सह नवीन फाइल तुमच्या होम फोल्डर मध्ये "sorted_hemoglobin.fasta" म्हणून सेव्ह होईल.

|-
|07:38
| प्रथम लहान रेकॉर्ड्स साठी, '''records.sort''' कमांड लाइन मध्ये आर्ग्युमेंट्स रिवर्स करा.

|-
| 07:45
| थोडक्यात.

|-
|07:46
| ह्या ट्यूटोरियल मध्ये, आपण सीक्वेन्स रेकॉर्ड ऑब्जेक्ट्स तयार करणे शिकलो.

|-
|07:51
|* '''Sequence Input/Output''' मॉड्यूलचे '''write''' फंक्शन वापरुन सीक्वेन्स फाइल्स लिहीणे.

|-
|07:58
|* '''convert''' फंक्शन वापरुन, '''sequence file formats''' दरम्यान रुपांतर करणे.

|-
|08:03
|* आणि, लांबी द्वारे फाइल मधील रेकॉर्ड्स सॉर्ट करणे.

|-
| 08:07
| असाइनमेंट साठी:

|-
|08:09
| HIV चे '''genomic''' सीक्वेन्स मधून 4587 ते 5165 स्थिती वर जीन "HIV1gp3" एक्सट्रॅक्ट करा.

|-
|08:21
| ह्या ट्यूटोरियलचे कोड फाइल्स मध्ये “HIV.gb” फाइल समाविष्ट आहे.

|-
|08:28
| तुमच्या पूर्ण झालेल्या असाइनमेंट मध्ये खालील कोड असले पाहिजे.

|-
| 08:43
| स्क्रीनवर दिसणार्‍या लिंकवर उपलब्ध असलेल्या व्हिडिओमधे तुम्हाला प्रॉजेक्टचा सारांश मिळेल.

|-
|08:48
| कृपया डाउनलोड करून पहा.

|-
|08:49
| स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट टीम, कार्यशाळा चालविते, परीक्षा उत्तीर्ण होणा-या विद्यार्थ्यांना प्रमाणपत्रही देते.

|-
|08:57
| अधिक माहितीसाठी, आम्हाला लिहा.

|-
|09:00
| स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्टला अर्थसहाय्य NMEICT, MHRD, Govt of India ने दिले आहे.

|-
|09:06
| यासंबंधी माहिती पुढील साईटवर उपलब्ध आहे.

|-
| 09:10
| मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद.

|}

@@ Line 1: / Line 1: @@
 {|Border=1
-! <center>Time</center>
+|'''Time'''
-! <center>Narration</center>
+|'''Narration'''
 |-
 | 00:01
-|नमस्कार.
+|नमस्कार,'''Writing Sequence Files''' वरील ट्यूटोरियल मध्ये आपले स्वागत.
-−
-|-
-| 00:02
-| '''Writing Sequence Files''' वरील ट्यूटोरियल मध्ये आपले स्वागत.
 |-
@@ Line 17: / Line 13: @@
 |-
 | 00:13
-|* सीक्वेन्स फाइल्स कसे लिहीणे
+| सीक्वेन्स फाइल्स कसे लिहीणे
 |-
 | 00:15
-|* '''file formats''' दरम्यान कसे रुपांतर करणे
+| '''file formats''' दरम्यान कसे रुपांतर करणे
 |-
 | 00:19
-|* आणि, लांबी द्वारे फाइल मध्ये रेकॉर्ड्स कसे सॉर्ट करणे.
+| आणि, लांबी द्वारे फाइल मध्ये रेकॉर्ड्स कसे सॉर्ट करणे.
 |-
@@ Line 45: / Line 41: @@
 |-
 | 00:45
-|* '''Python''' वर्जन 2.7.8
+| '''Python''' वर्जन 2.7.8
 |-
 | 00:48
-|* '''Ipython interpreter'''  वर्जन 2.3.0 आणि '''Biopython''' वर्जन 1.64.
+| '''Ipython interpreter'''  वर्जन 2.3.0 आणि '''Biopython''' वर्जन 1.64.
 |-
@@ Line 189: / Line 185: @@
 |-
 |04:13
-| मी तुम्हाला सल्ला देते,
+| मी तुम्हाला सल्ला देते,आउटपुट, त्याच नावाच्या कोणत्याही पूर्वीच्या अस्तित्वातील फाइलला ओवर-राइट करेल.
-−
-|-
-|04:14
-| आउटपुट, त्याच नावाच्या कोणत्याही पूर्वीच्या अस्तित्वातील फाइलला ओवर-राइट करेल.
 |-
@@ Line 249: / Line 241: @@
 |-
 |05:18
-| टेक्स्ट एडिटर बंद करा.
+| टेक्स्ट एडिटर बंद करा,टर्मिनल वर खालील ओळी टाइप करा.
-−
-|-
-| 05:19
-| टर्मिनल वर खालील ओळी टाइप करा.
 |-
@@ Line 345: / Line 333: @@
 |-
 | 07:45
-| थोडक्यात.
+| थोडक्यात,ह्या ट्यूटोरियल मध्ये, आपण सीक्वेन्स रेकॉर्ड ऑब्जेक्ट्स तयार करणे शिकलो.
-−
-|-
-|07:46
-| ह्या ट्यूटोरियल मध्ये, आपण सीक्वेन्स रेकॉर्ड ऑब्जेक्ट्स तयार करणे शिकलो.
 |-
 |07:51
-|* '''Sequence Input/Output''' मॉड्यूलचे '''write''' फंक्शन वापरुन सीक्वेन्स फाइल्स लिहीणे.
+| '''Sequence Input/Output''' मॉड्यूलचे '''write''' फंक्शन वापरुन सीक्वेन्स फाइल्स लिहीणे.
 |-
 |07:58
-|* '''convert''' फंक्शन वापरुन, '''sequence file formats''' दरम्यान रुपांतर करणे.
+| '''convert''' फंक्शन वापरुन, '''sequence file formats''' दरम्यान रुपांतर करणे.
 |-
 |08:03
-|* आणि, लांबी द्वारे फाइल मधील रेकॉर्ड्स सॉर्ट करणे.
+| आणि, लांबी द्वारे फाइल मधील रेकॉर्ड्स सॉर्ट करणे.
 |-
@@ Line 385: / Line 369: @@
 |-
 |08:48
-| कृपया डाउनलोड करून पहा.
+| कृपया डाउनलोड करून पहा,स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट टीम, कार्यशाळा चालविते, परीक्षा उत्तीर्ण होणा-या विद्यार्थ्यांना प्रमाणपत्रही देते.
-−
-|-
-|08:49
-| स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट टीम, कार्यशाळा चालविते, परीक्षा उत्तीर्ण होणा-या विद्यार्थ्यांना प्रमाणपत्रही देते.
 |-
@@ Line 406: / Line 386: @@
 | 09:10
 | मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद.
 |}