PoojaMoolya at 11:28, 15 February 2018

2018-02-15T11:28:02Z

Vijinair at 09:54, 19 January 2018

2018-01-19T09:54:36Z

Prena: Created page with "{|Border=1 |'''Time''' |'''Narration''' |- | 00:01 | ഹലോ എല്ലാവരും '''Writing Sequence Files'''.ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക..."

2018-01-09T18:00:58Z

Created page with "{|Border=1 |'''Time''' |'''Narration''' |- | 00:01 | ഹലോ എല്ലാവരും '''Writing Sequence Files'''.ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക..."

New page

{|Border=1
|'''Time'''
|'''Narration'''

|-
| 00:01
| ഹലോ എല്ലാവരും '''Writing Sequence Files'''.ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം.

|-
| 00:07
| ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിക്കും: '''Sequence Record Objects'''എങ്ങിനെ സൃഷ്ടിക്കാം' ''

|-
| 00:13
| സീക്വൻസുകളുടെ ഫയലുകൾ എഴുതുക

|-
| 00:15
| '' 'ഫയൽ ഫോർമാറ്റിനുമിടയിൽ പരിവർത്തനം ചെയ്യുക

|-
| 00:19
| കൂടാതെ, ഒരു ഫയലിൽ ലെങ്ത് അനുസരിച്ച '''record''' ക്രമീകരിക്കുക

|-
| 00:23
| ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ പിന്തുടരുന്നതിന്, നിങ്ങൾ പരിചയത്തിലായിരിക്കണം

|-
| 00:27
| ബിരുദാനന്തര ബയോകെമിസ്ട്രി അല്ലെങ്കിൽ ബയോ ഇൻഫർമാറ്റിക്സ്

|-
| 00:31
| ബേസിക് പൈത്തൺ പ്രോഗ്രാമിങ്.

|-
| 00:34
| തന്നിരിക്കുന്ന ലിങ്ക് '''Python''' ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ കാണുക.

|-
| 00:38
| ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ രേഖപ്പെടുത്താൻ ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു: * '' 'ഉബുണ്ടു ഓസ്' 'പതിപ്പ് 14.10

|-
| 00:45
| '''Python''' പതിപ്പ് 2.7.8

|-
| 00:48
| '''Ipython interpretor''' പതിപ്പ് 2.3.0 ഉം'''Biopython'''' പതിപ്പ് 1.64.

|-
| 00:55
| ഒരു ഫയലിന്റെ ഉള്ളടക്കം വായിക്കാൻ '''parse''' '''read''' '''function''''

|-
| 01: 03
| ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ, ഒരു ഫയലിലേക്ക് സീക്വൻസുകൾ എഴുതാൻ '''write''' ഫങ്ഷൻ' 'എങ്ങനെ ഉപയോഗിക്കണമെന്ന് പഠിക്കും.

|-
| 01:09
| കൂടാതെ, വിവിധ '' 'ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്' '' കൾ തമ്മിലുള്ള ഇന്റർ-കൺവേർഷൻ വേണ്ടി'''Convert'''ഫങ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുക.

|-
| 01:16
| '' 'Write' '' ഫങ്ഷൻ എങ്ങനെയാണ് ഉപയോഗിക്കേണ്ടതെന്ന് ഇപ്പോൾ എനിക്ക് കാണിച്ചു തരാം.

|-
| 01:20
| പ്രോട്ടീൻസീക്വൻസ് ഉള്ള ഒരു ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽ ഇവിടെയുണ്ട്.

|-
| 01: 24
| ഇൻസുലിൻ പ്രോട്ടീൻ ഇവിടെ കാണിച്ചിരിക്കുന്നു.

|-
| 01: 28
| '''GI accession number'''കൂടാതെ '' 'വിവരണം' '' തുടങ്ങിയ വിവരങ്ങളും ഇതിനുണ്ട്.

|-
| 01: 36
| 'FASTA' 'ഫോര്മാറ്റില് ഈ സീക്വന്സിനായി നമ്മള് ഒരു ഫയല് സൃഷ്ടിക്കും.

|-
| 01: 41
| '''sequence record object'''.സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനാണ് ആദ്യത്തെ ഘട്ടം' '.

|-
| 01:45
| സീക്വൻ റിക്കോർഡ് ഒബ്ജക്റ്റ് സംബന്ധിച്ച കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ:

|-
| 01: 49
| '''sequence input/output interface'''.എന്ന അടിസ്ഥാന ഡേറ്റാ ടൈപ്പ് ആണ് ഇത്.

|-
| 01: 55
| സീക്വൻസസ് റെക്കോഡ് ഒബ്ജക്റ്റിൽ, ഐഡന്റിഫയർ '', ഡിസ്ക്രിപ്ഷൻസ് .എന്നീ ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള സവിശേഷതകളുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു.

|-
| 02: 04
| '' 'Ctrl, Alt' '', '' 't' '' കീകളിലൊന്ന് അമർത്തി ടെർമിനൽ തുറക്കുക.

|-
| 02:10
| പ്രോംപ്റ്റിൽ, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: '' 'ipython' '' '' 'Enter' '' അമർത്തുക.

|-
| 02: 15
| പ്രോംപ്റ്റില്, താഴെ പറയുന്ന വരികള് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:

|-
|02:18
|'''from Bio dot Seq module import Seq class'''.

|-
|02:24
|'''from Bio dot SeqRecord module import Sequence Record class'''

|-
|02:31
| അടുത്തതു , '''from Bio dot Alphabet module import generic protein class'''.
|-
| 02: 38
| അടുത്തതായി, റിക്കോർഡ് 1 എന്ന വേരിയബിളിൽ സീക്വൻസി റിക്കോർഡ് ഒബ്ജക്റ്റ് ഞാൻ സംരക്ഷിക്കും.

|-
| 02: 45
| '''sequence, id''' '''description''' എന്നിവ ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽ ൽ നിന്ന് ടെർമിനലിൽ പേസ്റ്റ് ചെയുക

|-
| 02: 56
| അമർത്തുക '' 'Enter.' ''

|-
| 02:58
| ഔട്ട്പുട്ട് കാണുന്നതിന്: '' 'record1' '' എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.

|-
| 03: 02
| അമർത്തുക '' 'Enter.' ''

|-
| 03: 04
| '''insulin protein''' സീക്വൻസ്''''sequence record '''ഒബ്ജക്ട് കാണിക്കുന്നു.

|-
| 03: 10
| '''id''' '''description'''.എന്നിവയുമായുള്ള സീക്വൻസ് കാണിക്കുന്നു.

|-
| 03:13
| '' 'FASTA' '' എന്ന ഫയലിലേക്ക് മുകളിലുള്ള സീക്വൻസി റിക്കോർഡ് ഒബ്ജക്റ്റ് പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നതിന് '' 'write' '' ഫങ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കും.

|-
| 03: 21
| ''Bio package.'''ൽ നിന്നും'''Import SeqIO module'''

|-
| 03: 26
| അടുത്തതായി, കമാസ്ഡ് ലൈന്' ഒരു'''write''' എന്ന ഫംഗ്ഷന് ഉപയോഗിച്ച് '' 'FASTA' '' ഫയലിലേക്ക് പ്രദര്ശിപ്പിക്കുക.

|-
| 03: 40
| '' 'Write' '' ഫംഗ്ഷൻ 3 '' 'ആർഗ്യുമെന്റ്' എടുക്കുന്നു

|-
| 03: 44
| ആദ്യത്തേത് '''sequence record object'''.സൂക്ഷിക്കുന്ന വേരിയബിൾ ആണ്.

|-
| 03: 49
| രണ്ടാമത്തേത് '' 'FASTA' '' ഫയല് എഴുതാനുള്ള ഫയലിന്റെ പേരു്.

|-
| 03: 54
| മൂന്നാമത്തേത് എഴുതാനുള്ള ഫയൽ ഫോർമാറ്റാണ്. എന്റർ അമർത്തുക'''.

|-
| 03:58
| ഔട്ട്പുട്ട് ഒന്ന് കാണിക്കുന്നു, അതായത്, ഒരു '' 'ക്രോസ്സ് റെക്കോഡ് ഒബ്ജക്റ്റ്' '' ഒരു '' 'FASTA' '' ഫയലിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്തു.

|-
| 04: 07
| ഫയൽ '''FASTA''' ഫോർമാറ്റ്'ൽ ഹോം ഫോൾഡറിൽ "example.fasta" ആയി സേവ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു.

|-
| 04: 13
| ഞാൻ നിങ്ങൾക്ക് മുന്നറിയിപ്പ് നൽകട്ടെ, ഔട്ട്പുട്ട് ഇതേ പേരിലുള്ള ഏത് മുൻപ് നിലവിലുണ്ടെന്നതും ഓവർ-റൈറ്റ് ചെയ്യും.

|-
| 04:18
| ഫയൽ കാണുന്നതിന്, '''home''' ഫോൾഡറിൽ ഫയൽ നാവിഗേറ്റുചെയ്യുക.

|-
| 04: 24
| '''text editor.'''ൽ ഈ ഫയൽ തുറക്കുക.' ''

|-
| 04: 27
| പ്രോട്ടീൻ ശ്രേണി ഇപ്പോൾ '' 'FASTA' '' ഫോർമാറ്റിലാണ്.

|-
| 04: 31
| ടെക്സ്റ്റ് എഡിറ്റർ അടയ്ക്കുക.

|-
| 04:33
| പലതരം '''bioinformatics''' ടൂളുകൾ വിവിധ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകൾ എടുക്കുന്നു.

|-
| 04: 38
| അതിനാൽ, ചിലപ്പോൾ ക്രമം ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകൾക്കിടയിൽ ഇന്റർ-കൺവർ ചെയ്യേണ്ട ആവശ്യമുണ്ട്.

|-
| 04: 44
| '''SeqIO module.''' ലെ '' convert '''ഫങ്ക്ഷന് ഉപയോഗിച്ച് ഫയൽ കണ്വേര്ഷന് ചെയാം

|-
| 04:50
| പ്രകടനത്തിനായി, ഒരു '' 'GenBank' '' ഫയൽ ഒരു '' 'FASTA' '' ഫയലാക്കി മാറ്റും.

|-
| 04: 55
| എന്റെ '''home'''ഫോൾഡറിൽ ഒരു '' 'Genbank' '' ഫയൽ ഉണ്ടോ?

|-
| 04: 59
| ഞാൻ ഇത് ഒരു ടെക്സ്റ്റ് എഡിറ്ററിൽ തുറക്കാം.
|-
| 05: 02
| '''HIV genome'''' '' '' 'GenBank' '' ഫോർമാറ്റിലുണ്ട്.

|-
| 05: 07
| ഈ '' 'GenBank' '' ഫയലിൽ ആദ്യ ഭാഗത്ത് '''genome'''ലെ' '''genes''' ന്റെ വിവരണം ഉണ്ട്.

|-
| 05: 14
| തുടർന്ന് ഒരു പൂർണ്ണമായ '''genome''' സെക്യുഎൻസ്

|-
| 05: 18
| ടെക്സ്റ്റ് എഡിറ്റർ അടയ്ക്കുക. ടെർമിനലിൽ ഈ വരികൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.

|-
| 05: 23
| '''convert''' ഫംഗ്ഷൻ '' 'GenBank' '' ഫയൽ '' 'FASTA' '' ഫയലിൽ നിലവിൽ വരുന്ന '''genome''' സീക്വൻസ് കന്വേര്റ്റ് ചെയ്യുന്നു. എന്റർ അമർത്തുക.

|-
| 05: 33
| '' 'FASTA' '' ഫോർമാറ്റിലുള്ള പുതിയ ഫയൽ ഇപ്പോൾ '''home''' ഫോൾഡറിൽ HIV.fasta '' 'ആയി സേവ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു.

|-
| 05:39
| ഫയലിൽ നാവിഗേറ്റുചെയ്യുക, ടെക്സ്റ്റ് എഡിറ്ററിൽ തുറക്കുക.

|-
| 05: 46
| ടെക്സ്റ്റ് എഡിറ്റർ അടയ്ക്കുക.

|-
| 05: 49
| '' 'Convert' 'ഫങ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് നമുക്ക് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകൾ എളുപ്പത്തിൽ പരിവർത്തനം ചെയ്യാമെങ്കിലും അതിന് പരിമിതികളുണ്ട്.

|-
| 05: 56
| ചില ഫോർമാറ്റുകൾ എഴുതുന്നത് മറ്റ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകളിൽ അടങ്ങിയിട്ടില്ലാത്ത വിവരങ്ങൾ ആവശ്യമാണ്.

|-
| 06: 02
| ഉദാഹരണത്തിന്: നമുക്ക് '' 'GenBank' '' ഫയൽ ഒരു '' 'FASTA' '' ഫയലായി പരിവർത്തനം ചെയ്യാൻ കഴിയും, ഞങ്ങൾക്ക് റിവേഴ്സ് ചെയ്യാൻ കഴിയില്ല.

|-
| 06: 09
| അതുപോലെ തന്നെ FASTQ '' 'ഫയൽ ഒരു' '' FASTA '' 'ഫയലാക്കി മാറ്റാൻ കഴിയും, പക്ഷേ റിവേഴ്സ് ചെയ്യാൻ കഴിയില്ല.

|-
| 06: 15
| '''convert''' ഫംഗ്ഷനെ സംബന്ധിച്ച കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, '' 'help' '' കമാൻഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.

|-
| 06: 21
| അമർത്തുക '' 'Enter' ''.

|-
| 06: 24
| പ്രോംപ്റ്റിൽ ലഭ്യമാകുന്നതിനായി കീ ബോർഡിൽ 'q' അമർത്തുക.

|-
| 06: 28
| '' '' GenBank '' 'ഫോർമാറ്റിൽ'''HIV genome''' യില് നിന്നും ഇന്ടവിജെൽ '' 'ജീനുകള് നമുക്കും ലഭ്യമാക്കാം.

|-
| 06: 35
| ഈ ഇന്ടവിജെൽ '' 'ജീനുകള് '' FASTA '' അല്ലെങ്കിൽ മറ്റേതെങ്കിലും ഫോർമാറ്റുകളിൽ സംരക്ഷിക്കാവുന്നതാണ്.

|-
| 06: 41
| ഇതിനായി, '' 'പ്രോംപ്റ്റിൽ' '' ഇനിപ്പറയുന്ന കോഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.

|-
| 06: 47
| ഈ കോഡ് എല്ലാ സിഡ്പ്ട് '''CDS''' ജീനുകൾ, അവരുടെ ഐഡികളും ഒരു ഫയലിലെ '' 'ജീൻ' '' ഉം എഴുതുന്നു.

|-
| 06: 56
| ഫയൽ നിങ്ങളുടെ '' 'ഹോം' '' ഫോൾഡറിൽ "HIV_geneseq.fasta" ആയി സംരക്ഷിക്കുന്നു. എന്റർ അമർത്തുക'''.

|-
| 07:07
| '''Biopython'''ടൂളുകൾ ഉപയോഗിച്ചു നമുക്ക് ഒരു ഫയൽ റെക്കോർഡുകൾ നീളം കൊണ്ട് അടുക്കാൻ കഴിയും.

|-
| 07: 12
| ആറ് റെക്കോർഡുകളുള്ള ഒരു FASTA ഫയൽ "hemoglobin.fasta" ഞാൻ തുറന്നു.
|-
| 07: 19
| ഓരോ '' 'റെക്കോർഡ്' ''വിവിധ ലെങ്ത് ഉള്ളതാണ്
|-
| 07:23
| ഏറ്റവും ദൈർഘ്യമേറിയ റെക്കോർഡ് ആദ്യം ക്രമീകരിക്കാൻ ഇനിപ്പറയുന്ന വരികൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.

|-
| 07: 27
| ക്രമപ്പെടുത്തിയ സീക്വൻസുകളുള്ള പുതിയ ഫയൽ നിങ്ങളുടെ '' 'ഹോം' '' ഫോൾഡറിൽ "sorted_hemoglobin.fasta" ആയി സംഭരിക്കും

|-
| 07: 38
| ചുരുക്കത്തിൽ ചുരുക്കത്തിൽ, '' 'records.sort' '' കമാൻഡ് ലൈനിൽ ആർഗ്യുമെന്റുകൾ റിവേഴ്സ് ചെയ്യുക.

|-
| 07:45
| സംഗ്രഹിക്കാം. ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ, ഞങ്ങൾ മനസ്സിലാക്കിയത്: * സീക്വൻസി റിക്കോർഡ് ഒബ്ജക്റ്റ് സൃഷ്ടിക്കാൻ

|-
| 07: 51
| '' 'sequence input /output ' മൊഡ്യൂൾ എന്ന ഫംഗ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് സീക്വൻസ് ഫയലുകൾ എഴുതുക.

|-
| 07: 58
| '' 'കൺവേർഷൻ' '' ഫംഗ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് '' 'സീക്വൻസ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റിനുമിടയിൽ പരിവർത്തനം ചെയ്യുക.

|-
| 08: 03
| കൂടാതെ, ഒരു ഫയൽ ദൈർഘ്യത്തിൽ നീളം വെയ്ക്കുക.

|-
| 08:07
| അസൈൻമെന്റിനായി:

|-
| 08: 09
| എച്ച്.ഐ.വി.യുടെ ജീനോമിക് ശ്രേണിയിൽ നിന്ന് 4587 മുതൽ 5165 വരെയുള്ള സ്ഥാനങ്ങൾ "എക്സ്ട്രാക്റ്റ്" "എച്ച്ഐവി 1 ജിബി"

|-
| 08: 21
| "HIV.gb" എന്ന ഫയൽ ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിന്റെ കോഡ് ഫയലുകളിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.

|-
| 08: 28
| നിങ്ങളുടെ പൂർത്തിയാക്കിയ അസ്സൈൻഡിന് ഇനിപ്പറയുന്ന കോഡ് ഉണ്ടായിരിക്കും.

|-
| 08:43
| സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റിനെ താഴെയുള്ള ലിങ്കിലുളള വീഡിയോ സംഗ്രഹിക്കുന്നു.

|-
| 08: 48
| ഇത് ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണുക. സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്ട് ടീം വർക്ക്ഷോപ്പുകൾ നടത്തുന്നു. ഓൺലൈൻ ടെസ്റ്റ് പാസാകുന്നവർക്ക് സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ നൽകുന്നു.

|-
| 08: 57
| കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, ദയവായി ഞങ്ങൾക്ക് എഴുതുക.

|-
| 09: 00
| സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റ്, എൻഎംഇഐടി, എംഎച്ച്ആർഡി, ഗവർൺമെൻറ് ഓഫ് ഇന്ത്യ.

|-
| 09: 06
| ഈ ദൗത്യത്തെക്കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ലിങ്കിൽ ലഭ്യമാണ്.

|-
| 09:10
| ഇത് 'ഐഐടി ബോംബെ'യിൽ നിന്ന് വിജി നായർ ആണ്. പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി.

@@ Line 2: / Line 2: @@
 |'''Time'''
 |'''Narration'''
 |-

Biopython/C2/Writing-Sequence-Files/Malayalam - Revision history

PoojaMoolya at 11:28, 15 February 2018

Vijinair at 09:54, 19 January 2018

Prena: Created page with "{|Border=1 |'''Time''' |'''Narration''' |- | 00:01 | ഹലോ എല്ലാവരും '''Writing Sequence Files'''.ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക..."