Shruti arya: Created page with " {|Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | नमस्कार |- | 00:02 | 'Writing Sequence Files' पर इस ट्यूट..."

2017-02-13T13:40:05Z

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{|Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

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| 00:01
| नमस्कार

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| 00:02
| 'Writing Sequence Files' पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है।

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| 00:07
| इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे कि: 'Sequence Record Objects' कैसे बनाते हैं

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| 00:13
| सीक्वेंस फाइल्स कैसे लिखते हैं

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| 00:15
| 'फाइल फॉर्मेट्स' में कैसे बदलते हैं

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| 00:19
| और लम्बाई के आधार पर फाइल में 'रेकॉर्ड्स' को कैसे सॉर्ट यानि कि छांटते हैं।

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| 00:23
| इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको

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| 00:27
| स्नातक स्तर की बायोकेमिस्ट्री या बायोइन्फॉर्मेटिक्स और

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| 00:31
| बुनियादी 'Python' प्रोग्रामिंग के साथ परिचित होना चाहिए।

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| 00:34
| दिए लिंक पर 'Python' ट्यूटोरियल्स को देखें।

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| 00:38
| इस ट्यूटोरियल को रेकॉर्ड करने के लिए मैं उपयोग कर रही हूँ: 'Ubuntu OS' वर्जन 14.10

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| 00:45
| 'Python' वर्जन 2.7.8

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| 00:48
| 'Ipython interpretor' वर्जन 2.3.0 और * 'Biopython' वर्जन 1.64.

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| 00:55
| हमने फाइल की विषय वस्तु को पढ़ने के लिए पहले ही 'parse' और 'read' 'फंक्शन्स' के बारे में सीखा है।

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|01:03
| इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे कि एक फाइल पर सीक्वेंसेस लिखने के लिए 'write' फंक्शन कैसे उपयोग करते हैं।

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| 01:09
|और विभिन्न फाइल फॉर्मेट्स के बीच अंतर-रूपांतरण करने के लिए 'Convert' फंक्शन कैसे उपयोग करते हैं।

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| 01:16
| अब मैं दिखाती हूँ कि 'write' फंक्शन को कैसे उपयोग करते हैं।

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| 01:20
| यहाँ एक प्रोटीन सीक्वेंस के साथ एक टेक्स्ट फाइल है।

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|01:24
| यहाँ प्रदर्शित सीक्वेंस 'insulin protein' है।

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|01:28
| फाइल कुछ जानकारी जैसे 'GI accession number' और 'description' भी रखती है।

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|01:36
| अब हम 'FASTA' फॉर्मेट में इस सीक्वेंस के लिए एक फाइल बनायेंगे।

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|01:41
| पहली स्टेप है 'sequence record object' बनाना।

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| 01:45
| सीक्वेंस रेकॉर्ड ऑब्जेक्ट के बारे में अधिक जानकारी:

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|01:49
| यह 'sequence input/output interface' के लिए बुनियादी डेटा टाइप है।

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|01:55
| सीक्वेंस रेकॉर्ड ऑब्जेक्ट में एक सीक्वेंस उच्च लेवल फीचर्स जैसे कि 'आईडेंटिफ़ायर्स' और डिस्क्रिप्शन्स के साथ संयुक्त की जाती है।

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|02:04
| 'Ctrl, Alt' और 't' कीज़ एकसाथ दबाकर टर्मिनल खोलें।

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| 02:10
| प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'ipython' एंटर दबाएं।

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|02:15
| प्रॉम्प्ट पर निम्न लाइनें टाइप करें:

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|02:18
| 'from Bio dot Seq module import Seq class'.

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|02:24
| 'from Bio dot SeqRecord module import Sequence Record class'

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|02:31
| अगला, 'from Bio dot Alphabet module import generic protein class'.

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|02:38
| आगे, मैं वेरिएबल 'record1' में सीक्वेंस रेकॉर्ड ऑब्जेक्ट सेव करुँगी।

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|02:45
|टेक्स्ट फाइल से 'sequence, id' और 'description' 'कॉपी' करें और टर्मिनल पर सम्बंधित लाइनों पर इसे पेस्ट करें।

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|02:56
| एंटर दबाएं।

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| 02:58
| आउटपुट देखने के लिए टाइप करें: 'record1'

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|03:02
| एंटर दबाएं।

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|03:04
|आउटपुट 'insulin protein' सीक्वेंस को 'sequence record' ऑब्जेक्ट की तरह दिखाता है।

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|03:10
| यह 'id' और 'description' के साथ सीक्वेंस दिखाता है।

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| 03:13
| हम उपरोक्त सीक्वेंस रेकॉर्ड ऑब्जेक्ट को 'FASTA' फाइल में बदलने के लिए 'write' फंक्शन उपयोग करेंगे।

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|03:21
| 'Bio पैकेज' से ‘SeqIO module’ इम्पोर्ट करें

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|03:26
| आगे सीक्वेंस ऑब्जेक्ट को 'FASTA' फाइल में बदलने के लिए 'write' फंक्शन के साथ 'command line' टाइप करें।

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|03:40
| 'write' फंक्शन तीन 'आर्ग्युमेंट्स' लेता है।

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|03:44
| पहला 'sequence record object' संचित करने वाला वेरिएबल है।

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|03:49
| दूसरा 'FASTA' फाइल लिखने के लिए फाइल नाम है।

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|03:54
| तीसरा लिखने के लिए फाइल फॉर्मेट है। एंटर दबाएं।

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| 03:58
| आउटपुट 1 दिखाता है जिसका मतलब है हमने एक 'sequence record object' को 'FASTA' फाइल में बदल दिया है।

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|04:07
| 'FASTA' फॉर्मेट में फाइल 'example.fasta' की तरह 'home' फोल्डर में सेव की जाती है।

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|04:13
| मैं आपको चेतावनी देती हूँ

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|04:14
| आउटपुट उसी नाम की किसी भी पहले से मौजूद फाइल पर ओवर-राइट होगी।

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| 04:18
| फाइल देखने के लिए 'home' फोल्डर में फाइल पर जाएँ।

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|04:24
| इस फाइल को 'टेक्स्ट एडिटर' में खोलें।

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|04:27
| प्रोटीन सीक्वेंस अब 'FASTA' फॉर्मेट में है।

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|04:31
| 'टेक्स्ट एडिटर' बंद करें।

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| 04:33
| बहुत से 'bioinformatics' टूल्स विभिन्न इनपुट फाइल फॉर्मेट्स लेते हैं।

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|04:38
|अतः कभी-कभी सीक्वेंस फाइल फॉर्मेट्स के बीच अंतर-रूपांतरण की ज़रुरत होती है।

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|04:44
| हम 'SeqIO module' में 'convert' फंक्शन उपयोग करके फाइल रूपांतरण कर सकते हैं।

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| 04:50
| प्रदर्शन के लिए मैं 'GenBank' फाइल को 'FASTA' फाइल में बदलूँगी।

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|04:55
| मेरे 'home' फोल्डर से एक 'GenBank' फाइल लें।

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|04:59
| इसे टेक्स्ट एडिटर में खोलें।

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|05:02
| फाइल 'GenBank' फॉर्मेट में 'HIV genome' रखती है।

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|05:07
| यह 'GenBank' फाइल, फाइल के पहले भाग में 'genome' में सारे 'genes' के विवरण रखती है।

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|05:14
|इसके बाद पूरी 'genome' सीक्वेंस आती है।

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|05:18
| टेक्स्ट एडिटर बंद करें।

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| 05:19
| टर्मिनल पर निम्न लाइनें टाइप करें।

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|05:23
|यहाँ 'convert' फंक्शन 'GenBank' फाइल में उपस्थित पूरे 'genome' को 'FASTA' फाइल में बदलता है। एंटर दबाएं।

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|05:33
|'FASTA' फॉर्मेट में नयी फाइल home' फोल्डर में अब 'HIV.fasta' से सेव की जाती है।

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| 05:39
| फाइल पर जाएँ और टेक्स्ट एडिटर में खोलें।

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|05:46
| टेक्स्ट एडिटर बंद करें।

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|05:49
| भले ही हम 'convert' फंक्शन उपयोग करके फाइल फॉर्मेट्स को आसानी से बदल सकते हैं लेकिन यह सीमायें रखता है।

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|05:56
| कुछ फॉर्मेट्स लिखने के लिए जानकारी की आवश्यकता होती है जो अन्य फाइल फॉर्मेट नहीं रखते हैं।

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|06:02
| उदाहरण के लिए: हम 'GenBank' फाइल को 'FASTA' फाइल में बदल सकते हैं, लेकिन रिवर्स नहीं कर सकते।

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|06:09
| उसी प्रकार हम एक 'FASTQ' फाइल को 'FASTA' फाइल में बदल सकते हैं लेकिन रिवर्स नहीं कर सकते।

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|06:15
| 'convert' फंक्शन से सम्बंधित अधिक जानकारी के लिए टाइप करें 'help' कमांड।

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|06:21
| एंटर दबाएं।

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|06:24
| प्रॉम्प्ट पर वापस जाने के लिए की बोर्ड पर 'q' दबाएं।

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|06:28
| हम 'GenBank' फॉर्मेट में 'HIV genome' से अलग-अलग 'genes' को भी एक्सट्रैक्ट कर सकते हैं।

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|06:35
|ये अलग-अलग 'genes' 'FASTA' या कोई अन्य फॉर्मेट्स में सेव किये जा सकते हैं।

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|06:41
| इसके लिए 'प्रॉम्प्ट' पर निम्न कोड टाइप करें।

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|06:47
| यह कोड एक फाइल में सारे अलग-अलग 'CDS' जीन सीक्वेंसेस, उनकी ids और 'gene' का नाम लिखेगा

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|06:56
| फाइल आपके 'home' फोल्डर में 'HIV_geneseq.fasta' की तरह सेव की जाती है। एंटर दबाएं।

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| 07:07
| 'Biopython' टूल्स उपयोग करके हम फाइल में रेकॉर्ड्स को लम्बाई से सॉर्ट यानि कि छांट सकते हैं।

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|07:12
| यहाँ मैंने एक FASTA फाइल 'hemoglobin.fasta' खोली है जो छः रेकॉर्ड्स रखती है।

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|07:19
| प्रत्येक रेकॉर्ड भिन्न-भिन्न लम्बाई का है।

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| 07:23
| सबसे लम्बे रेकॉर्ड को व्यवस्थित करने के लिए निम्न लाइनें टाइप करें।

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|07:27
| सॉर्ट किये हुए सीक्वेंसेस के साथ नयी फाइल आपके 'home' फोल्डर में 'sorted_hemoglobin.fasta' से सेव की जाएगी।

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|07:38
| पहले छोटे रेकॉर्ड्स के लिए 'records.sort' कमांड लाइन में आर्ग्युमेंट्स को रिवर्स करें।

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| 07:45
| इसे सारांशित करते हैं।

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|07:46
| इस ट्यूटोरियल में हमने सीखा: सीक्वेंस रेकॉर्ड ऑब्जेक्ट्स बनाना

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|07:51
| 'Sequence Input/Output' मॉड्यूल का 'write' फंक्शन उपयोग करके सीक्वेंसेस फाइल्स लिखना

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|07:58
|'convert' फंक्शन उपयोग करके 'सीक्वेंस फाइल फॉर्मेट्स' का रूपांतरण

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|08:03
| और लम्बाई से फाइल में रेकॉर्ड्स सॉर्ट यानि कि छांटना।

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| 08:07
| नियत कार्य के लिए:

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|08:09
| HIV के 'genomic' सीक्वेंस से 4587 से 5165 स्थानों तक जीन 'HIV1gp3' को एक्सट्रैक्ट करें।

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|08:21
| फाइल 'HIV.gb' इस ट्यूटोरियल के कोड फाइल्स में शामिल की गयी है।

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|08:28
|आपका पूर्ण नियत कार्य निम्न कोड रखेगा।

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| 08:43
| निम्न लिंक पर उपलब्ध वीडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट को सारांशित करता है।

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|08:48
| कृपया इसे डाउनलोड करके देखें।

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|08:49
| स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट टीम कार्यशालाएं चलाती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को प्रमाणपत्र देती है।

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|08:57
| अधिक जानकारी के लिए कृपया हमें लिखें।

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|09:00
| स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट भारत सरकार के MHRD के NMEICT द्वारा निधिबद्ध है।

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|09:06
| इस मिशन पर अधिक जानकारी इस लिंक पर उपलब्ध है।

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| 09:10
| आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद।

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Biopython/C2/Writing-Sequence-Files/Hindi - Revision history

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