Pratik kamble at 10:40, 7 April 2017

2017-04-07T10:40:22Z

Jyotisolanki: Created page with "{|Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | નમસ્તે મિત્રો |- | 00:02 | '''Writing Sequence Files''' પરના ટ..."

2017-03-31T09:54:52Z

Created page with "{|Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | નમસ્તે મિત્રો |- | 00:02 | '''Writing Sequence Files''' પરના ટ..."

New page

{|Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| નમસ્તે મિત્રો

|-
| 00:02
| '''Writing Sequence Files''' પરના ટ્યુટોરીયલમાં તમારું સ્વાગત છે.

|-
| 00:07
| આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે શીખીશું : '''Sequence Record Objects''' કેવી રીતે બનાવવું.

|-
| 00:13
| સિકવેન્સ ફાઈલ કેવી રીતે લખવી.

|-
| 00:15
| '''file formats''' ને કેવી રીતે રૂપાંતર કરવું.

|-
| 00:19
| અને લાંબી દ્વારા ફાઈલમાં રિકોર્ડસ કેવી રીતે સૉર્ટ કરવા.

|-
| 00:23
| આ ટ્યુટોરીયલના અનુસરણ માટે તમે

|-
| 00:27
| અંડર ગ્રેજ્યુએટ બાયોકેમિસ્ટ્રી અને મૂળભૂત '''Python''' પ્રોગ્રામ ની જાણકારી હોવી જોઈએ.

|-
| 00:34
| આપેલ લિંક પર '''Python''' ટ્યુટોરીયલને જુઓ.
|-
| 00:38
| આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું : '''Ubuntu OS''' version 14.10

|-
| 00:45
| '''Python''' version 2.7.8

|-
| 00:48
| '''Ipython interpretor''' version 2.3.0 અને '''Biopython''' version 1.64.

|-
| 00:55
|આપણે પહેલાના ફાઈલના કંટેટસ '''parse''' અને '''read''' '''functions''' વિષે શીખ્યા.

|-
|01:03
|આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે ફાઈલમાં સીકવેંસીસ લખવા માટે '''write''' ફંકશન કેવી રીતે વાપરવું તે શીખીશું.

|-
| 01:09
|અને વિવિધ '''file formats''' દરમ્યાન inter-conversion માટે '''Convert''' ફંકશન વાપરીશું.

|-
| 01:16
|ચાલો હવે '''write''' ફંકશન કેવી રીતે વાપરવું તે બાતડુ.

|-
| 01:20
|અહીં એક પ્રોટીન સિકવેન્સ સાથે ટેક્સ્ટ ફાઈલ છે.

|-
|01:24
|અહીં '''insulin protein.''' સિકવેન્સ દર્શાવ્યું છે.

|-
|01:28
|તેમ જ ફાઈલ પાસે '''GI accession number''' અને '''description''' તરીકે પણ માહિતી ધરાવે છે.

|-
|01:36
|હવે આપણે '''FASTA''' ફોર્મેટમાં આ સિકવેન્સ માટે એક ફાઈલ બનાવીશું.

|-
|01:41
|પ્રથમ '''sequence record object''' બનાવવાની છે.

|-
| 01:45
|સિકવેન્સ રિકોર્ડ ઓબ્જેક્ટસ વિષે વધુ માહિતી:

|-
|01:49
|આ '''sequence input/output interface''' માટે મૂળભૂત ડેટા ટાઈપ છે.

|-
|01:55
|સિકવેન્સ રિકોર્ડ ઓબ્જેક્ટમાં એક સિકવેન્સ ઉચ્ચ દરની વિશેષતા થી સંબધીત છે જેમ કે '''identifiers''' and '''descriptions'''.

|-
|02:04
|એક સાથે '''Ctrl, Alt''' અને '''t''' કી દાબીને ટર્મિનલ ખોલો.

|-
| 02:10
|પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : '''ipython''', એન્ટર દબાવો.

|-
|02:15
|પ્રોમ્પ્ટ પર આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો:

|-
|02:18
|'''from Bio dot Seq module import Seq class'''.

|-
|02:24
|'''from Bio dot SeqRecord module import Sequence Record class'''

|-
|02:31
| આગળ, '''from Bio dot Alphabet module import generic protein class'''.

|-
|02:38
|આગળ આપણે '''record1.''' વેરિયેબલ માં સિકવેન્સ રિકોર્ડ ઓબ્જેક્ટ એવું કરીશ.

|-
|02:45
|ટેક્સ્ટ ફાઈલમાં થી '''sequence, id''' અને '''description''' કોપી કરીને ટર્મિનલ પર સંબધીત લાઈનમાં તે પછી પેસ્ટ કરો.

|-
|02:56
| '''Enter.''' દબાવો.

|-
| 02:58
|આઉટપુટ જોવા માટે : '''record1''' ટાઈપ કરો.

|-
|03:02
| '''Enter.''' દબાવો.

|-
|03:04
|આઉટપુટ '''sequence record''' ઓબ્જેક્ટ તરીકે '''insulin protein''' સિકવેન્સ દેખાડે છે.

|-
|03:10
|તે '''id''' અને '''description''' સાથે સિકવેન્સ દેખાડે છે.

|-
| 03:13
|આપણે '''FASTA''' ફાઈલમાં ઉપરના સિકવેન્સ રિકોર્ડ ઓબ્જેક્ટ રૂપાંતરિત કરવા માટે '''write''' ફંકશન નો ઉપયોગ કરો.

|-
|03:21
| '''Bio package.''' પરથી '''SeqIO module''' ઈમ્પોર્ટ કરો.

|-
|03:26
|આગળ '''FASTA''' ફાઈલમાં સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને રૂપાંતરિત કરવા માટે '''write''' ફંકશન સાથે કમાંડ લાઈન ટાઈપ કરો.

|-
|03:40
| '''write''' ફંકશન 3 '''arguments''' સ્વીકારે છે.

|-
|03:44
|પ્રથમ વેરિયેબલ જે '''sequence record object''' ને સંગ્રહિત કરે છે.

|-
|03:49
|બીજું '''FASTA''' ફાઈલ લખવા માટે ફાઈલ નું નામ છે.

|-
|03:54
|ત્રીજું ફાઈલ ફોર્મેટ લખવા માટે છે. એન્ટર દબાવો.

|-
| 03:58
|આઉટપુટ બતાડે છે કે આપણે '''FASTA''' ફાઈલમાં એક '''sequence record object''' ને રૂપાંતરિત કર્યું છે.

|-
|04:07
|'''FASTA''' ફોર્મેટમાં ફાઈલ "example.fasta" તરીકે '''home''' ફોલ્ડરમાં સેવ કરી છે.

|-
|04:13
|હું તમને ચેતવણી આપું છું.

|-
|04:14
|આઉટપુટ તેના નામના કોઈપણ આગળના પૂર્વ અસ્તિત્વ ફાઈલને ઓવર રાઈટ કરશે.

|-
| 04:18
|ફાઈલ જોવા માટે '''home''' ફોલ્ડરમાં ફાઈલને નેવિગેટ કરો.

|-
|04:24
|આ ફાઈલ ટેક્સ્ટ એડિટરમાં ખોલો.

|-
|04:27
|પ્રોટીન સિકવેન્સ હવે '''FASTA''' ફોર્મેટમાં છે.

|-
|04:31
| '''text editor.''' બંધ કરો.

|-
| 04:33
|અનેક '''bioinformatics''' ટૂલ્સ વિવિધ ઇનપુટ ફાઈલ ફોર્મેટ્સ લે છે.

|-
|04:38
|તો ક્યારે ક્યારે સિકવેન્સ ફાઈલ ફોર્મેટસમાં રૂપાંતરિત કરવાની જરૂરિયાત છે.

|-
|04:44
|આપણે '''SeqIO module.''' માં '''convert''' ફંકશન વાપરીને ફાઇલ્સને રૂપાંતર કરી શકીએ છીએ.

|-
| 04:50
|ડેમોસ્ટ્રેશનમાટે હું '''FASTA''' ફાઈલમાં '''GenBank''' ફાઈલને રૂપાંતરિત કરશે.

|-
|04:55
|મારા હોમ ફોલ્ડરમાં '''GenBank''' ફાઈલ છે.

|-
|04:59
|હું આ ટેક્સ્ટ એડિટરમાં ખોલું.

|-
|05:02
| '''GenBank''' ફોર્મેટ ફાઈલમાં 'HIV genome''' ધરાવે છે.

|-
|05:07
|આ '''GenBank''' ફાઈલના પ્રથમ ભાગમાં '''genome''' માં બધા '''genes'''નું વર્ણન છે.

|-
|05:14
|આ પૂર્ણપણે '''genome''' સિક્વેન્સ દ્વારા અનુસરણ કર્યું છે.

|-
|05:18
|ટેક્સ્ટ એડિટર બંધ કરો.

|-
| 05:19
|ટર્મિનલ પર આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો.

|-
|05:23
|અહીં એક '''convert''' ફંકશન છે જે '''GenBank''' ફાઈલમાં ઉપસ્થિત '''genome''' સિકવેન્સ પૂર્ણપણે '''FASTA''' ફાઈલમાં રૂપાંતરિત કરે છે.એન્ટર દબાવો.

|-
|05:33
|'''FASTA''' ફોર્મેટમાં નવી ફાઈલ હોમ ફોલ્ડરમાં '''HIV.fasta''' તરીકે સેવ કર્યું છે.

|-
| 05:39
|ફાઈલને નેવિગેટ કરીને ટેક્સ્ટ એડિટરમાં ખોલો.

|-
|05:46
|ટેક્સ્ટ એડિટરને બંધ કરો.

|-
|05:49
|તેમ છતાં આપણે સરળ રીતે '''convert''' ફંકશન વાપરીને ફાઈલ ફોર્મેટસ રૂપાંતરિત કરી શકે છે, તેમને અમુક મર્યાદા છે.

|-
|05:56
|અમુક ફોર્મેટ્સ લખતા માહિતી જરૂરી છે, જે અન્ય ફાઈલ ફોર્મેટસમાં નથી હોતા.

|-
|06:02
|ઉદાહરણ તરીકે: આપણે '''FASTA''' ફાઈલમાં '''GenBank''' ફાઈલને રૂપાંતર કરી શકીએ છીએ, આપણે તે ઊલટું કરી શકતા નથી.

|-
|06:09
|તેજ પ્રમાણે આપણે '''FASTA''' ફાઈલમાં '''FASTQ''' ફાઈલ ચાલુ કરી શકીએ છીએ પણ ઊલટું કરી શકતા નથી.

|-
|06:15
| '''convert''' ફંકશન વિષે વધુ માહિતી માટે '''help''' કમાંડ ટાઈપ કરો.

|-
|06:21
|એન્ટર દબાવો.

|-
|06:24
|પ્રોમ્પ્ટ પર પાછાં જવા માટે 'q' બટન દબાવો.

|-
|06:28
|આપણે '''GenBank''' ફોર્મેટમાં '''HIV genome''' માં પ્રત્યેક '''genes''' પણ એક્સટ્રેક્ટ કરી શકીએ છીએ.

|-
|06:35
|આ પ્રત્યેક '''genes''' , '''FASTA' અથવા કોઈ પણ ફોર્મેટસમાં સેવ કરી શકાય છે.

|-
|06:41
|આ માટે પ્રોમ્પ્ટ પર આપેલ કોડ ટાઈપ કરો.

|-
|06:47
|આ કોડ બધા '''CDS''' gene સીકવેંસીસ તેના ids અને '''gene''' નું નામ એક ફાઈલમાં લખાશે.

|-
|06:56
|તમારા હોમ ફોલ્ડરમાં ફાઈલ “HIV_geneseq.fasta” તરીકે સેવ કર્યું છે. એન્ટર દબાવો.

|-
| 07:07
| '''Biopython''' ટૂલ્સ વાપરીને આપણે લંબાઈ દ્વારા ફાઈલ રિકોર્ડસ સૉર્ટ કરી શકીએ છીએ.

|-
|07:12
|અહીં મેં FASTA ફાઈલ “hemoglobin.fasta” ખોલી છે જેમાં છ રિકોર્ડ છે.

|-
|07:19
|પ્રત્યેક રિકોર્ડ જુદી જુદી લંબાઈ ના છે.

|-
| 07:23
| પ્રથમ બધાથી મોટા રિકોર્ડની વ્યવસ્થા કરવા માટે આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો.

|-
|07:27
|સૉર્ટ કરેલ સિકવેન્સ સાથે નવી ફાઈલ તમારા હોમ ફોલ્ડરમાં "sorted_hemoglobin.fasta" તરીકે સેવ થશે.

|-
|07:38
|પ્રથમ નાના રેકોર્ડ માટે '''records.sort''' કમાંડ લાઈન માં આર્ગ્યુમેન્ટ રિવર્સ કરો.

|-
| 07:45
| ચાલો સારાંશ લઈએ

|-
|07:46
|આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા સિકવેન્સ રિકોર્ડ ઓબ્જેક્સ્ટ્સ બનાવતા.

|-
|07:51
| '''Sequence Input/Output''' મોડ્યૂલ '''write''' ફંકશન વાપરીને સિકવેન્સ ફાઈલ લખતા.

|-
|07:58
| '''sequence file formats''' વાપરીને '''convert''' ફંકશન '''sequence file formats''' દરમિયાન રૂપાંતરણ કરતા.

|-
|08:03
| અને લંબાઈ દવારા ફાઈલમાં રિકોર્ડસ સૉર્ટ કરતા.

|-
| 08:07
|અસાઇનમેન્ટ તરીકે:

|-
|08:09
| HIV ના '''genomic'''સિકવેન્સમાં 4587 થી 5165 સ્થિતિ પર gene "HIV1gp3" એક્સટ્રેક્ટ કરો.

|-
|08:21
|આ ટ્યુટોરીયલના કોડ ફાઈલ માં “HIV.gb” ફાઈલ સમાવિષ્ઠ છે.

|-
|08:28
|તમારા પૂર્ણ થયેલ અસાઇનમેન્ટ માં આપેલ કોડ હોવા જોઈએ.

|-
| 08:43
|આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.

|-
|08:48
|તમે વિડીયો ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.

|-
|08:49
|સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટીમ સ્પોકન ટ્યુટોરીયલોનાં ઉપયોગથી વર્કશોપોનું આયોજન કરે છે.જેઓ ઓનલાઈન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને પ્રમાણપત્રો આપે છે.

|-
|08:57
|વધુ વિગતો માટે અમને લખો.

|-
|09:00
|સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા ફાળો અપાયેલ છે.

|-
|09:06
|આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે spoken hyphen tutorial dot org slash NMEICT hyphen Intro

|-
| 09:10
| IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.

|}

← Older revision		Revision as of 10:40, 7 April 2017
Line 3:		Line 3:
	! <center>Narration</center>		! <center>Narration</center>

−	\|-
−	~~\| 00:01~~
−	~~\| નમસ્તે મિત્રો~~

	\|-		\|-

Biopython/C2/Writing-Sequence-Files/Gujarati - Revision history

Pratik kamble at 10:40, 7 April 2017

Jyotisolanki: Created page with "{|Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | નમસ્તે મિત્રો |- | 00:02 | '''Writing Sequence Files''' પરના ટ..."