Satarupadutta: Created page with "{|Border=1 |'''Time''' |'''Narration''' |- | 00:01 | Writing Sequence Files এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |- | 00:0..."

2017-05-21T15:19:50Z

Created page with "{|Border=1 |'''Time''' |'''Narration''' |- | 00:01 | Writing Sequence Files এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |- | 00:0..."

New page

{|Border=1
|'''Time'''
|'''Narration'''

|-
| 00:01
| Writing Sequence Files এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।

|-
| 00:07
| এখানে আমরা শিখব Sequence Record Objects বানানো।

|-
| 00:13
| সিকোয়েন্স ফাইল্স লেখা।

|-
| 00:15
| ফাইল ফরম্যাট বদলানো।

|-
| 00:19
| এবং দৈর্ঘ্যের ভিত্তিতে ফাইলে রেকর্ড সর্ট করা।

|-
| 00:23
|টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে

|-
| 00:27
| স্নাতক স্তরের বায়োকেমিস্ট্রি বা বায়োইনফরমেটিক্স

|-
| 00:31
| এবং মৌলিক Python প্রোগ্রামিং সম্পর্কে জানতে হবে।

|-
| 00:34
| প্রদত্ত লিঙ্কে Python টিউটোরিয়াল দেখুন।

|-
| 00:38
| টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি: উবুন্টু OS সংস্করণ 14.10

|-
| 00:45
| Python সংস্করণ 2.7.8

|-
| 00:48
| Ipython interpretor সংস্করণ 2.3.0 এবং Biopython সংস্করণ 1.64.

|-
| 00:55
|আমরা ফাইলের বিষয়বস্তু পড়তে আগেই parse এবং read ফাংশন সম্পর্কে শিখেছি।

|-
|01:03
|এখানে আমরা শিখব একটি ফাইলে ক্রম লিখতে write ফাংশনের ব্যবহার।

|-
| 01:09
| এবং বিভিন্ন ফাইল ফরম্যাটের মধ্যে অন্তর-রূপান্তরণ করতে Convert ফাংশনের ব্যবহার।

|-
| 01:16
|এখন আমি write ফাংশনের ব্যবহার দেখাবো।

|-
| 01:20
|এখানে প্রোটিন ক্রম সহ টেক্সট ফাইল রয়েছে।

|-
|01:24
|প্রদর্শিত ক্রম হল insulin protein.

|-
|01:28
|ফাইলটি কিছু তথ্য যেমন GI accession number এবং description ও রাখে।

|-
|01:36
|এখন আমরা FASTA ফরম্যাটে এই ক্রমের জন্য ফাইল বানাবো।

|-
|01:41
|প্রথম ধাপ হল sequence record object বানানো।

|-
| 01:45
|sequence record object সম্পর্কে আরো তথ্য:

|-
|01:49
|এটি sequence input/output interface এর মৌলিক ডেটা টাইপ।

|-
|01:55
|sequence record object এ, একটি ক্রম উচ্চ পর্যায়ের বৈশিষ্ট্য যেমন identifiers এবং descriptions এর সাথে যুক্ত করা হয়।

|-
|02:04
|Ctrl, Alt এবং T কী একসাথে টিপে টার্মিনাল খুলুন।

|-
| 02:10
|প্রম্পটে লিখুন: ipython, Enter টিপুন।

|-
|02:15
|প্রম্পটে, নিম্নোক্ত লাইন লিখুন:

|-
|02:18
|from Bio dot Seq module import Seq class

|-
|02:24
|from Bio dot SeqRecord module import Sequence Record class

|-
|02:31
| এরপর from Bio dot Alphabet module import generic protein class

|-
|02:38
|এরপর ভ্যারিয়েবল record1 এ sequence record object সংরক্ষণ করব।

|-
|02:45
|টেক্সট ফাইলে sequence, id এবং description কপি করুন এবং টার্মিনালে সংশ্লিষ্ট লাইন্সে পেস্ট করুন।

|-
|02:56
|Enter টিপুন।

|-
| 02:58
|আউটপুট দেখতে লিখুন: record1

|-
|03:02
|Enter টিপুন।

|-
|03:04
|আউটপুট insulin protein ক্রমকে sequence record অবজেক্ট হিসাবে দেখায়।

|-
|03:10
|এটি id এবং description সহ ক্রম দেখায়।

|-
| 03:13
|উপরোক্ত sequence record অবজেক্ট FASTA ফাইলে বদলাতে write ফাংশন ব্যবহার করব।

|-
|03:21
|Bio প্যাকেজ থেকে SeqIO module ইম্পোর্ট করুন।

|-
|03:26
|এরপর sequence অবজেক্ট FASTA ফাইলে বদলাতে write ফাংশন সহ command line লিখুন।

|-
|03:40
|write ফাংশন 3 টি আর্গুমেন্ট নেয়।

|-
|03:44
|প্রথমটি হল sequence record object সংরক্ষণ করার ভ্যারিয়েবল।

|-
|03:49
|দ্বিতীয়টি FASTA ফাইল লিখতে ফাইলের নাম।

|-
|03:54
|তৃতীয়টি লিখতে ফাইল ফরম্যাট। এন্টার টিপুন।

|-
| 03:58
|আউটপুট 1 দেখায় যার মানে আমরা sequence record object কে FASTA ফাইলে বদলেছি।

|-
|04:07
|FASTA ফরম্যাটে ফাইল example.fasta হিসাবে home ফোল্ডারে সংরক্ষিত হয়।

|-
|04:13
|আউটপুট একই নামের আগের যে কোনো বিদ্যমান ফাইলে ওভাররাইট হবে।

|-
| 04:18
|ফাইলটি দেখতে home ফোল্ডারে ফাইলে যান।

|-
|04:24
|ফাইলটি টেক্সট এডিটরে খুলুন।

|-
|04:27
|প্রোটিন ক্রম এখন FASTA ফরম্যাটে রয়েছে।

|-
|04:31
|টেক্সট এডিটর বন্ধ করুন।

|-
| 04:33
|অনেক bioinformatics টুল বিভিন্ন ইনপুট ফাইল ফরম্যাট নেয়।

|-
|04:38
|তাই মাঝে মাঝে sequence ফাইল ফরম্যাটে অন্তর-রূপান্তরণ করা প্রয়োজন।

|-
|04:44
|আমরা SeqIO module এ convert ফাংশন দ্বারা ফাইল রূপান্তর করতে পারি।

|-
| 04:50
| এটি দেখতে GenBank ফাইলটি FASTA ফাইলে বদলাবো।

|-
|04:55
|home ফোল্ডার থেকে GenBank ফাইল নিন।

|-
|04:59
|এটি টেক্সট এডিটরে খুলুন।

|-
|05:02
|ফাইল GenBank ফরম্যাটে HIV genome রাখে।

|-
|05:07
|এই GenBank ফাইল, ফাইলের প্রথম অংশে genome এ সকল genes এর বর্ণন রাখে।

|-
|05:14
|এরপর সম্পূর্ণ genome ক্রম আসে।

|-
|05:18
|টেক্সট এডিটর বন্ধ করুন। টার্মিনাল এ নিম্ন লাইন লিখুন।

|-
|05:23
|এখানে convert ফাংশন GenBank ফাইলে উপস্থিত সম্পূর্ণ genome কে FASTA ফাইলে বদলায়। এন্টার টিপুন।

|-
|05:33
|নতুন ফাইল FASTA ফরম্যাটে home ফোল্ডারে HIV.fasta হিসাবে সংরক্ষণ হয়।

|-
| 05:39
|ফাইলে যান এবং টেক্সট এডিটর খুলুন।

|-
|05:46
|টেক্সট এডিটর বন্ধ করুন।

|-
|05:49
|যদিও আমরা convert ফাংশন দ্বারা ফাইল ফরম্যাট সহজে বদলাতে পারি, কিন্তু এর সীমাবদ্ধতা রয়েছে।

|-
|05:56
|কিছু ফরম্যাট লিখতে তথ্য প্রয়োজন যা অন্য ফাইল ফরম্যাট রাখে না।

|-
|06:02
|উদাহরণস্বরূপ: GenBank ফাইলকে FASTA ফাইলে বদলাতে পারি, কিন্তু বিপরীত করতে পারি না।

|-
|06:09
|একইভাবে FASTQ ফাইল FASTA ফাইলে বদলাতে পারি, কিন্তু বিপরীত করতে পারি না।

|-
|06:15
|convert ফাংশন সম্পর্কে অধিক জানতে লিখুন help কমান্ড।

|-
|06:21
|এন্টার টিপুন।

|-
|06:24
|প্রম্পটে ফিরে যেতে কীবোর্ডে q টিপুন।

|-
|06:28
|আমরা GenBank ফরম্যাটে HIV genome থেকে পৃথক genes ও এক্সট্র্যাক্ট করতে পারি।

|-
|06:35
|এটি পৃথক genes, FASTA বা অন্য কোন ফরম্যাটে সংরক্ষণ করা যেতে পারে।

|-
|06:41
| এর জন্য, প্রম্পটে নিম্ন কোড লিখুন।

|-
|06:47
|এই কোড ফাইলে সকল পৃথক CDS জিন সিকোয়েন্স, তাদের ids এবং gene এর নাম লিখবে।

|-
|06:56
|ফাইলটি আপনার home ফোল্ডারে HIV_geneseq.fasta হিসেবে সংরক্ষিত হয়। এন্টার টিপুন।

|-
| 07:07
|Biopython টুল্স দ্বারা আমরা ফাইলে রেকর্ডের দৈর্ঘ্য সর্ট করতে পারি।

|-
|07:12
|এখানে FASTA ফাইল hemoglobin.fasta খুলেছি যা ছটি রেকর্ড রাখে।

|-
|07:19
|প্রতিটি রেকর্ড ভিন্ন ভিন্ন দৈর্ঘ্যের।

|-
| 07:23
|সবচেয়ে দীর্ঘতম রেকর্ড ব্যবস্থিত জন্য নিম্ন লাইন লিখুন।

|-
|07:27
|সর্ট করা সিকোয়েন্স সহ নতুন ফাইল home ফোল্ডারে sorted_hemoglobin.fasta হিসাবে সংরক্ষণ করা হবে।

|-
|07:38
|প্রথমে ছোট রেকর্ডের জন্য records.sort কমান্ড লাইনে আর্গুমেন্টস রিভার্স করুন।

|-
| 07:45
| সংক্ষিপ্তকরণ করি। এই টিউটোরিয়ালে সিকোয়েন্স রেকর্ড অবজেক্ট বানানো শিখেছি।

|-
|07:51
|Sequence Input/Output মডিউলের write ফাংশন দ্বারা সিকোয়েন্স ফাইল লিখুন।

|-
|07:58
| convert ফাংশন দ্বারা সিকোয়েন্স ফাইল ফরম্যাটের রূপান্তরণ।

|-
|08:03
| এবং দৈর্ঘ্য দ্বারা ফাইলে রেকর্ড সর্ট করুন।

|-
| 08:07
|অনুশীলনী:

|-
|08:09
|HIV এর genomic ক্রম থেকে 4587 থেকে 5165 স্থান পর্যন্ত জিন HIV1gp3 এক্সট্র্যাক্ট করুন।

|-
|08:21
|HIV.gb ফাইল এই টিউটোরিয়ালের কোড ফাইলসে অন্তর্ভুক্ত হয়েছে।

|-
|08:28
|আপনার সম্পন্ন কাজটি নিম্ন কোডটি রাখবে।

|-
| 08:43
|এই লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে বোঝায়।

|-
|08:48
|এটি ডাউনলোড করে দেখুন। স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।

|-
|08:57
|অধিক জানতে আমাদের সাথে যোগাযোগ করুন।

|-
|09:00
|স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা সমর্থিত।

|-
|09:06
|এই বিষয়ে বিস্তারিত তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।

|-
| 09:10
| আইআইটি বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহণের জন্য ধন্যবাদ।

|}

Biopython/C2/Writing-Sequence-Files/Bengali - Revision history

Satarupadutta: Created page with "{|Border=1 |'''Time''' |'''Narration''' |- | 00:01 | Writing Sequence Files এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |- | 00:0..."