Mousumi: Created page with " {|Border=1 |'''Time''' |'''Narration''' |- | 00:01 | Writing Sequence Files এৰ টিউটোৰিয়েলত আপোনাক স্বাগতম। |- | 00:..."

2019-04-03T05:45:11Z

Created page with " {|Border=1 |'''Time''' |'''Narration''' |- | 00:01 | Writing Sequence Files এৰ টিউটোৰিয়েলত আপোনাক স্বাগতম। |- | 00:..."

New page

{|Border=1
|'''Time'''
|'''Narration'''

|-
| 00:01
| Writing Sequence Files এৰ টিউটোৰিয়েলত আপোনাক স্বাগতম।

|-
| 00:07
| ইয়াতে মই শিকিম Sequence Record Objects বানোৱা।

|-
| 00:13
| সিকোয়েন্স ফাইল্স লেখা।

|-
| 00:15
| ফাইল ফৰম্যাট সলোৱা।

|-
| 00:19
| আৰু দৈর্ঘ্যৰ ভিত্তিত ফাইলত ৰেকর্ড সর্ট কৰা।

|-
| 00:23
|টিউটোৰিয়েলটো অনুসৰণ কৰিবলৈ

|-
| 00:27
| অস্নাতকৰ বায়োকেমিস্ট্ৰ বা বায়োইনফৰমেটিক্স

|-
| 00:31
| আৰু মৌলিক Python প্ৰোগ্ৰামিং সম্পর্কে জানিব লাগিব।

|-
| 00:34
| প্ৰদত্ত লিঙ্কত Python টিউটোৰিয়েল চাওক।

|-
| 00:38
| টিউটোৰিয়েলটো ৰেকর্ড কৰিবলৈ ব্যবহাৰ কৰিছো: উবুন্টু OS সংস্কৰণ 14.10

|-
| 00:45
| Python সংস্কৰণ 2.7.8

|-
| 00:48
| Ipython interpretor সংস্কৰণ 2.3.0 আৰু Biopython সংস্কৰণ 1.64.

|-
| 00:55
|মই ফাইলৰ বিষয়বস্তু পঢ়িবলৈ আগেই parse আৰু read ফাংশন সম্পর্কে শিকিছো।

|-
|01:03
|ইয়াতে মই শিকিম এটা ফাইলত ক্ৰম লিখিবলৈ write ফাংশনৰ ব্যবহাৰ।

|-
| 01:09
| আৰু বিভিন্ন ফাইল ফৰম্যাটৰ মধ্যে অন্তৰ-ৰুপান্তৰণ কৰিবলৈ Convert ফাংশনৰ ব্যবহাৰ।

|-
| 01:16
|এতিয়া মই write ফাংশনৰ ব্যবহাৰ দেখোৱাম।

|-
| 01:20
|ইয়াতে প্ৰোটিন ক্ৰম সহ টেক্সট ফাইল আছে।

|-
|01:24
|প্ৰদর্শিত ক্ৰম হল insulin protein.

|-
|01:28
|ফাইলটোত কিছু তথ্য যেনে GI accession number আৰু description ও থাকে।

|-
|01:36
|এতিয়া মই FASTA ফৰম্যাটত এই ক্ৰমৰ বাবে এটা ফাইল বনাম।

|-
|01:41
|প্ৰথম ধাপ হল sequence record object বনোৱা।

|-
| 01:45
|sequence record object সম্পর্কে আৰু তথ্য:

|-
|01:49
|এইটো sequence input/output interface এৰ মৌলিক ডেটা টাইপ।

|-
|01:55
|sequence record object ত, এটা ক্ৰম উচ্চ পর্যায়ৰ বৈশিষ্ট্য যেনে identifiers আৰু descriptions এৰ সৈতে যুক্ত কৰা হয়।

|-
|02:04
|Ctrl, Alt আৰু T কী একেসৈতে টিপি টার্মিনেল খুলক।

|-
| 02:10
|প্ৰম্পটত লিখক: ipython, Enter টিপক।

|-
|02:15
|প্ৰম্পটত, নিম্নোক্ত লাইন লিখক:

|-
|02:18
|from Bio dot Seq module import Seq class

|-
|02:24
|from Bio dot SeqRecord module import Sequence Record class

|-
|02:31
| ইয়াৰ পিছত from Bio dot Alphabet module import generic protein class

|-
|02:38
|ইয়াৰ পিছত ভ্যাৰিয়েবল record1 ত sequence record object সংৰক্ষণ কৰিম।

|-
|02:45
|টেক্সট ফাইলৰ পৰা sequence, id আৰু descriptionক কপি কৰক আৰু টার্মিনেলত সংশ্লিষ্ট লাইনত পেস্ট কৰক।

|-
|02:56
|Enter টিপক।

|-
| 02:58
|আউটপুট চাবলৈ লিখক: record1

|-
|03:02
|Enter টিপক।

|-
|03:04
|আউটপুটে insulin protein ক্ৰমক sequence record অবজেক্ট হিসাবে দেখায়।

|-
|03:10
|এইটোৱে id আৰু description সহ ক্ৰম দেখায়।

|-
| 03:13
|উপৰোক্ত sequence record অবজেক্টক FASTA ফাইলত সলাবলৈ write ফাংশন ব্যবহাৰ কৰিম।

|-
|03:21
|Bio প্যাকেজৰ পৰা SeqIO module ইম্পোর্ট কৰক।

|-
|03:26
|ইয়াৰ পিছত sequence অবজেক্টক FASTA ফাইলত সলাবলৈ write ফাংশন সহ command line লিখক।

|-
|03:40
|write ফাংশনে 3 টা আর্গুমেন্ট লয়।

|-
|03:44
|প্ৰথমটো হল sequence record objecক সংৰক্ষণ কৰাৰ ভ্যাৰিয়েবল।

|-
|03:49
|দ্বিতীয়টো, FASTA ফাইল লিখিবলৈ ফাইলৰ নাম।

|-
|03:54
|তৃতীয়টো, লিখিবলৈ ফাইল ফৰম্যাট। এন্টাৰ টিপক।

|-
| 03:58
|আউটপুটে 1 দেখায় যাৰ মানে মই sequence record object ক FASTA ফাইলত সলাইছো।

|-
|04:07
|FASTA ফৰম্যাটত থকা ফাইলটো example.fasta হিসাবে home ফোল্ডাৰত সংৰক্ষিত হয়।

|-
|04:13
|কিন্তু আউটপুট, একেই নামৰ আগৰ যি কোনো বিদ্যমান ফাইলত ওভাৰৰাইট হব।

|-
| 04:18
|ফাইলটো চাবলৈ home ফোল্ডাৰৰ ফাইলত যাওক।

|-
|04:24
|ফাইলটো টেক্সট এডিটৰত খুলক।

|-
|04:27
|প্ৰোটিন ক্ৰম এতিয়া FASTA ফৰম্যাটত আছে।

|-
|04:31
|টেক্সট এডিটৰ বন্ধ কৰক।

|-
| 04:33
|অনেক bioinformatics টুলে বিভিন্ন ইনপুট ফাইল ফৰম্যাট লয়।

|-
|04:38
|সেয়ে মাজে মাজ sequence ফাইল ফৰম্যাটত অন্তৰ-ৰুপান্তৰণ কৰা প্ৰয়োজন হয়।

|-
|04:44
|মই SeqIO module ত convert ফাংশন দ্বাৰা ফাইল ৰুপান্তৰ কৰিব পাৰো।

|-
| 04:50
| এইটোক দেখাবলৈ, GenBank ফাইলটোক FASTA ফাইলত সলাম।

|-
|04:55
|home ফোল্ডাৰ পৰা GenBank ফাইলটো লওক।

|-
|04:59
|এইটোক টেক্সট এডিটৰত খুলো।

|-
|05:02
|ফাইলত GenBank ফৰম্যাটত HIV genome আছে।

|-
|05:07
|এই GenBank ফাইলত, ফাইলৰ প্ৰথম অংশত genome ত সকলো genes এৰ বর্ণন আছে।

|-
|05:14
|ইয়াৰ পিছত সম্পূর্ণ genome ক্ৰম আছে।

|-
|05:18
|টেক্সট এডিটৰ বন্ধ কৰক। টার্মিনেলত নিম্ন লাইন লিখক।

|-
|05:23
|ইয়াতে convert ফাংশনে GenBank ফাইলত উপস্থিত সম্পূর্ণ genome ক FASTA ফাইলত সলায়। এন্টাৰ টিপক।

|-
|05:33
|নতুন ফাইলটো FASTA ফৰম্যাটত home ফোল্ডাৰত HIV.fasta হিসাবে সংৰক্ষণ হয়।

|-
| 05:39
|ফাইলত যাওক আৰু টেক্সট এডিটৰ খুলক।

|-
|05:46
|টেক্সট এডিটৰ বন্ধ কৰক।

|-
|05:49
|যদিও মই convert ফাংশন দ্বাৰা ফাইল ফৰম্যাটক সহজে সলাব পাৰো, কিন্তু ইয়াৰ কিছু সীমাবদ্ধতা আছে।

|-
|05:56
|কিছু ফৰম্যাট লিখিবলৈ তথ্যৰ প্ৰয়োজন হয় যি অন্য ফাইল ফৰম্যাটত নালাগে।

|-
|06:02
|উদাহৰণস্বৰুপে: GenBank ফাইলক FASTA ফাইলত সলাব পাৰি, কিন্তু বিপৰীত কৰিব নোৱাৰে।

|-
|06:09
|একেইভাবে FASTQ ফাইলক FASTA ফাইলত সলাব পাৰি, কিন্তু ইয়াৰ বিপৰীত কৰিব নোৱাৰে।

|-
|06:15
|convert ফাংশনৰ সম্পর্কে অধিক জানিবলৈ লিখক help কমান্ড।

|-
|06:21
|এন্টাৰ টিপক।

|-
|06:24
|প্ৰম্পটত উভতি যাবলৈ কীবোর্ডত q টিপক।

|-
|06:28
|মই GenBank ফৰম্যাটত HIV genomeৰ পৰা পৃথক genes ও এক্সট্র্যাক্ট কৰিব পাৰো।

|-
|06:35
|এই পৃথক genesক FASTA বা অন্য কোনো ফৰম্যাটত সংৰক্ষণ কৰা যাব পাৰে।

|-
|06:41
| ইয়াৰ বাবে, প্ৰম্পটত নিম্ন কোড লিখক।

|-
|06:47
|এই কোডে সকলো পৃথক CDS জিন সিকোয়েন্স, তাৰ ids আৰু gene এৰ নাম ফাইলত লিখিব।

|-
|06:56
|ফাইলটো আপোনাৰ home ফোল্ডাৰত HIV_geneseq.fasta হিসাবে সংৰক্ষিত আছে। এন্টাৰ টিপক।

|-
| 07:07
|Biopython টুল্স দ্বাৰা মই ফাইলত ৰেকর্ডৰ দৈর্ঘ্য সর্ট কৰিব পাৰো।

|-
|07:12
|ইয়াতে FASTA ফাইল hemoglobin.fasta খুলিছো যত ছটা ৰেকর্ড আছে।

|-
|07:19
|প্ৰতিটো ৰেকর্ড ভিন্ন ভিন্ন দৈর্ঘ্যৰ হয়।

|-
| 07:23
|সবতচে দীর্ঘতম ৰেকর্ড ব্যবস্থিত কৰিবলৈ নিম্ন লাইন লিখক।

|-
|07:27
|সর্ট কৰা সিকোয়েন্স সহ নতুন ফাইলক home ফোল্ডাৰত sorted_hemoglobin.fasta হিসাবে সংৰক্ষণ কৰা হব।

|-
|07:38
|প্ৰথমে সৰু ৰেকর্ডৰ বাবে records.sort কমান্ড লাইনত আর্গুমেন্টস ৰিভার্স কৰক।

|-
| 07:45
| সংক্ষিপ্তকৰণ কৰো। এই টিউটোৰিয়েলত সিকোয়েন্স ৰেকর্ড অবজেক্ট বনোৱা শিকিছো।

|-
|07:51
|Sequence Input/Output মডিউলৰ write ফাংশনৰ দ্বাৰা সিকোয়েন্স ফাইল লিখক।

|-
|07:58
| convert ফাংশন দ্বাৰা সিকোয়েন্স ফাইল ফৰম্যাটৰ ৰুপান্তৰণ।

|-
|08:03
| আৰু দৈর্ঘ্য দ্বাৰা ফাইলত ৰেকর্ড সর্ট কৰক।

|-
| 08:07
|অনুশীলনী:

|-
|08:09
|HIV এৰ genomic ক্ৰমৰ পৰা 4587 পৰা 5165 স্থান পর্যন্ত জিন HIV1gp3ক এক্সট্র্যাক্ট কৰক।

|-
|08:21
|HIV.gb ফাইলটো, এই টিউটোৰিয়েলৰ কোড ফাইলসত অন্তর্ভুক্ত আছে।

|-
|08:28
|আপোনাৰ সম্পন্ন কামটোত নিম্ন কোডটো থাকিব।

|-
| 08:43
|এই লিঙ্কত উপলব্ধ ভিডিওটোৱে প্ৰকল্পক সাৰসংক্ষেপে বোজায়।

|-
|08:48
|এইটোক ডাউনলোড কৰি চাওক। স্পোকেন টিউটোৰিয়েল প্ৰকল্প দলে কর্মশালাৰ আয়োজন কৰে আৰু অনলাইন পৰীক্ষা পাস কৰিলে প্ৰশংসাপত্ৰ দিয়ে।

|-
|08:57
|অধিক জানিবলৈ আমাৰ সৈতে যোগাযোগ কৰক।

|-
|09:00
|স্পোকেন টিউটোৰিয়েল প্ৰকল্প ভাৰত সৰকাৰৰ NMEICT, MHRD দ্বাৰা সমর্থিত।

|-
|09:06
|এই বিষয়ত বিস্তাৰিত তথ্য এই লিঙ্কত প্ৰাপ্তিসাধ্য।

|-
| 09:10
| আইআইটি বোম্বেৰ পৰা মই বিদায় লৈছো। অংশগ্ৰহণৰ বাবে ধন্যবাদ।

|}

Biopython/C2/Writing-Sequence-Files/Assamese - Revision history

Mousumi: Created page with " {|Border=1 |'''Time''' |'''Narration''' |- | 00:01 | Writing Sequence Files এৰ টিউটোৰিয়েলত আপোনাক স্বাগতম। |- | 00:..."