Biopython/C2/Parsing-Data/Tamil - Revision history

Priyacst at 05:50, 2 May 2017

2017-05-02T05:50:11Z

Priyacst: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- |00:01 | வணக்கம். '''Dataஐ parse செய்வது''' குறித்த இ..."

2017-03-15T06:46:56Z

Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- |00:01 | வணக்கம். '''Dataஐ parse செய்வது''' குறித்த இ..."

New page

{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
|00:01
| வணக்கம். '''Dataஐ parse செய்வது''' குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.

|-
|00:06
| இந்த டுடோரியலில், '''NCBI''' database வலைத்தளத்தில் இருந்து, '''FASTA''' மற்றும் '''GenBank''' fileகளை download செய்து,

|-
|00:14
| மேலும், '''Sequence Input/Output''' moduleலில் இருக்கும், '''function'''களை பயன்படுத்தி, data fileகளை '''Parse''' செய்யக் கற்போம்.

|-
|00:19
| இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள, இளங்கலை Biochemistry அல்லது Bioinformatics ,

|-
|00:26
| மற்றும், அடிப்படை ''' Python''' programming பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும்.

|-
|00:30
| அதற்கு கொடுக்கப்பட்டுள்ள இணைப்பில் உள்ள '''Python''' டுடோரியல்களை பார்க்கவும்.

|-
|00:34
| இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய, நான் பயன்படுத்துவது: '''Ubuntu OS''' பதிப்பு 14.10

|-
|00:40
| '''Python''' பதிப்பு 2.7.8

|-
|00:44
| '''Ipython interpreter''' பதிப்பு 2.3.0

|-
|00:48
| '''Biopython''' பதிப்பு 1.64 மற்றும் '''Mozilla Firefox '''browser 35.0.

|-
|00:56
| உயிரியலில், scientific data, பொதுவாக, '''FASTA''', '''GenBank''', '''EMBL''', '''Swiss-Prot''' போன்ற text fileகளில் சேமிக்கப்படுகின்றன.

|-
|01:07
| Database வலைத்தளங்களில் இருந்து, data fileகளை download செய்யலாம்.

|-
|01:12
| ஏதேனும் web browserல் , கீழே கொடுக்கப்பட்டுள்ள வலைத்தள இணைப்பை திறக்கவும்.

|-
|01:17
| ஒரு web-page திறக்கும்.

|-
|01:19
| மனித '''insulin gene'''க்கான, '''FASTA''' மற்றும் '''GenBank''' fileகளை download செய்வோம்

|-
|01:25
| Search boxல், டைப் செய்க: "human insulin". பின் '''Search''' பட்டனை அழுத்தவும்.

|-
|01:31
| மனித '''insulin gene'''க்கான, பல fileகளை web-page காட்டும்.

|-
|01:35
| செயல் விளக்கத்திற்கு, “Homo sapiens Insulin mRNA” என்ற பெயருடைய 4 fileகளை, நான் தேர்ந்தெடுக்கிறேன்.

|-
|01:43
| 500 '''base''' ஜோடிகளுக்கு குறைவாக உள்ள fileகளை, நான் தேர்வு செய்கிறேன்.

|-
|01:48
| Download செய்வதற்கு, fileஐ தேர்வு செய்து, check-boxஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|01:56
| பக்கத்தின், மேல் வலது மூலையில் உள்ள, “'''Send to'''” optionக்கு, cursorஐ கொண்டு வரவும்.

|-
|02:02
| “'''Send to'''” பட்டனுக்கு அருகில் இருக்கும், down arrowஉடன் கூடிய, சிறிய selection பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|02:09
| “'''Choose destination'''” தலைப்பின் கீழ் இருக்கும், '''File''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|02:13
| '''format''' drop-down list boxன் கீழ் பட்டியலிடபட்டு இருக்கும், எந்த file formatலும், இந்த fileஐ சேமிக்கலாம்.

|-
|02:21
| கொடுக்கப்பட்டுள்ள optionகளில் இருந்து, '''FASTA'''ஐ தேர்வு செய்யவும்.

|-
|02:25
| பின், '''Create file''' optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|02:29
| ஒரு dialog-box திரையில் தோன்றும்.

|-
|02:32
| '''Open with'''ஐ தேர்ந்தெடுத்து, பின், '''OK'''ஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|02:36
| '''Text editor'''ல் ஒரு file திறக்கும்.

|-
|02:39
| நாம் download செய்வதற்கு, நான்கு fileகளை தேர்ந்தெடுத்து இருப்பதனால், file, 4 recordகளை காட்டுகிறது.

|-
|02:46
| ஒவ்வொரு recordலும் உள்ள, முதல் வரி, '''identifier''' வரி ஆகும்.

|-
|02:50
| அது, “greater than (>)” குறியுடன் தொடங்கும்.

|-
|02:53
| இதனை, '''sequence''' பின் தொடர்கிறது.

|-
|02:56
| உங்கள் '''home''' folderல், fileஐ, “sequence.fasta'” என சேமிக்கவும்.

|-
|03:01
| Text editorஐ மூடவும்.

|-
|03:03
| Fileகளை, '''GenBank''' formatல் download செய்ய, முன்பு தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட அதே fileகளுக்கு,

|-
|03:08
| மேலுள்ள அதே படிகளை பின்பற்றவும்.

|-
|03:12
| '''File format'''ஐ, '''GenBank''' என தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
|03:16
| ஒரு fileஐ உருவாக்கவும். அதை, text editorல் திறக்கவும்.

|-
|03:21
| '''GenBank''' formatல் உள்ள sequence file, ஒரு '''FASTA''' fileஐ விட அதிக அம்சங்களை பெற்றிருப்பதை கவனிக்கவும்.

|-
|03:27
| உங்கள் '''home''' folderல், fileஐ, “sequence.gb'” என சேமிக்கவும்.Text editorஐ மூடவும்.

|-
|03:34
| செயல் விளக்கத்திற்கு, ஒரு ஒற்றை recordஐ கொண்டுள்ள, ஒரு FASTA file நமக்கு தேவைப்படுகிறது.

|-
|03:39
| இதற்கு, மீண்டும் check boxகளின் மீது க்ளிக் செய்வதன் மூலம், முந்தைய selectionஐ நீக்கவும்.

|-
|03:48
| இப்போது, “'''Human insulin gene complete cds'''” fileஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.

|-
|03:54
| Check-boxஐ க்ளிக் செய்யவும்.

|-
|03:57
| '''Home''' folderல், fileஐ சேமிக்க, முன்பு காட்டப்பட்ட அதே படிகளை பின்பற்றவும்.

|-
|04:01
| Fileஐ, "insulin.fasta" என சேமிக்கவும்.

|-
|04:08
| '''Biopython''' libraryகளை பயன்படுத்தி, இந்த fileகளில் சேமிக்கப்பட்டுள்ள, உயிரியல் dataக்களை, extract செய்து, மாற்ற முடியும்.

|-
|04:16
| Text-editorஐ மூடவும்.

|-
|04:19
| Data fileகளில் இருந்து, dataஐ extract செய்வது, '''Parsing''' எனப்படும்.

|-
|04:23
| '''SeqIO''' moduleலில் இருக்கும், '''function'''களை பயன்படுத்தி, பெரும்பாலானfile formatகளை parse செய்யலாம்.

|-
|04:30
|'''SeqIO''' moduleலில், பொதுவாக, அதிக அளவில் பயன்படுத்தப்படும் functionகள்: '''parse, read, write''' மற்றும் '''convert'''.

|-
|04:38
| '''Terminal'''ஐ திறக்க, '''Ctrl, Alt''' மற்றும் '''t''' keyகளை ஒன்றாக அழுத்தவும்.

|-
|04:44
| '''Ipython'''ஐ தொடங்க, Promptல் டைப் செய்க: ''ipython", பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|04:51
| அடுத்து,'''Bio '''packageல் இருந்து,'''Seq IO''' moduleஐ import செய்யவும்.

|-
|04:56
| Promptல் டைப் செய்க: '''from Bio import SeqIO'", பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|05:04
| மிக முக்கியமான “'''parse'''” functionஉடன் தொடங்குவோம்.

|-
|05:07
| செயல் விளக்கத்திற்கு, நாம் முன்பு databaseல் இருந்து, download செய்த, பல '''record''களை கொண்ட '''FASTA''' fileஐ பயன்படுத்துகிறேன்.

|-
|05:17
| எளிய '''FASTA''' parsingக்கு, பின்வருவனவற்றை, Promptல் டைப் செய்க.

|-
|05:22
| இங்கு, '''sequence.fasta''' fileன் contentகளை படிக்க, '''parse''' functionஐ நாம் பயன்படுத்துகிறோம்.

|-
|05:30
| Outputக்கு, print செய்க: '''record id''', recordல் இருக்கும் sequence, மற்றும், sequenceன் நீளம்.

|-
|05:41
| Sequence dataஐ, '''Sequence record object'''களாக read செய்ய, '''parse''' function பயன்படுத்தப்படுகிறது என்பதையும் கவனிக்கவும்.

|-
|05:48
| அது பொதுவாக '''for''' loopஉடன் பயன்படுத்தப்படுகிறது.

|-
|05:52
| அது இரண்டு '''argument'''களை ஏற்றுக் கொள்ளும், முதலாவதாக, fileன் பெயர், dataஐ read செய்வதற்கு.

|-
|05:59
| இரண்டாவது, file formatஐ குறிக்கிறது.

|-
|06:02
| Outputஐ பெற, '''Enter''' keyஐ இருமுறை அழுத்தவும்.

|-
|06:07
| Output, ''' identifier line''', அதனைத் தொடர்ந்து, fileல் உள்ள sequence, மேலும், fileல் உள்ள எல்லா recordகளுக்கான sequenceன் நீளம் ஆகியவற்றை காட்டுகிறது.

|-
|06:21
| '''FASTA''' format, alphabetஐ குறிப்பதில்லை என்பதையும் கவனிக்கவும்.

|-
|06:26
| அதனால், output, அதை ஒரு '''DNA sequence'''ஆக குறிப்பதில்லை.

|-
|06:31
| '''GenBank''' fileஐ parse செய்ய அதே படிகளை பின்பற்றவும்.

|-
|06:36
| செயல் விளக்கத்திற்கு, நாம் முன்பு databaseல் இருந்து, download செய்த '''GenBank''' fileஐ பயன்படுத்துவோம்.

|-
|06:43
| நாம் முன்பு பயன்படுத்திய, codeன் வரிகளைப் பெற, up-arrow keyஐ அழுத்தவும்.

|-
|06:49
| Fileன் பெயரை, '''sequence.gb ''' என மாற்றவும்.

|-
|06:53
| File formatஐ, '''genbank'''க்கு மாற்றவும்.

|-
|06:56
| மீதமுள்ள codeகள் அப்படியே இருக்கும்.

|-
|06:58
| Outputஐ பெற, '''Enter''' keyஐ இருமுறை அழுத்தவும்.

|-
|07:03
| இங்கும், output, '''record id''', '''sequence''', fileல் உள்ள எல்லா recordகளுக்கான sequenceன் நீளம் ஆகியவற்றை காட்டுகிறது.

|-
|07:12
| '''GenBank''' format, sequenceஐ, DNA sequenceஆக குறிப்பதை கவனிக்கவும்.

|-
|07:19
| இவ்வாறே, மேலுள்ள அதே codeஐ பயன்படுத்தி, '''Swiss-prot''' மற்றும் '''EMBL''' fileகளை parse செய்ய முடியும்.

|-
|07:27
| உங்கள் fileலில், ஒற்றை record உள்ளதென்றால், '''parsing'''க்கு, பின்வரும் வரிகளை டைப் செய்யவும்.

|-
|07:34
| இங்கு, நாம் முன்னர் சேமித்து வைத்திருந்த , ஒற்றை recordஐ கொண்ட, '''FASTA''' file, அதாவது, '''insulin.fasta '''ஐ, உதாரணமாக பயன்படுத்துவோம்.

|-
|07:43
| நாம் '''Parse''' functionக்கு பதிலாக '''read''' functionஐ பயன்படுத்தி இருப்பதை கவனிக்கவும். '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|07:50
| '''insulin.fasta''' fileலின் contentகளை output காட்டுகிறது.

|-
|07:55
| Sequenceஐ, '''sequence record object'''ஆக அது காட்டுகிறது.

|-
|07:59
| மேலும், '''GI, accession number ''' மற்றும் '''description''' போன்ற மற்ற அம்சங்களையும் காட்டுகிறது.

|-
|08:06
| இந்த recordன் தனிப்பட்ட அம்சங்களையும், பின்வருமாறு நாம் காணலாம்.

|-
|08:11
| Promptல் டைப் செய்க: '''record dot seq''', பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|08:18
| Fileலில் இருக்கும் sequenceஐ output காட்டுகிறது.

|-
|08:22
| இந்த recordன் identifierகளை காண, டைப் செய்க: '''record dot id''', பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|08:29
| '''GI''' எண் மற்றும் accession எண்ணை output காட்டுகிறது.

|-
|08:34
| உங்களுக்கு விருப்பமான data fileகளை '''parse''' செய்ய, மேலே விவரிக்கப்பட்டுள்ள functionஐ நீங்கள் பயன்படுத்தலாம்.

|-
|08:40
| இப்போது, சுருங்கசொல்ல,

|-
|08:42
| இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது: '''NCBI''' database வலைத்தளத்தில் இருந்து, '''FASTA''' மற்றும் '''GenBank''' fileகளை download செய்வது, மற்றும், '''SeqIO''' moduleலில் இருந்து, '''parse''' மற்றும் '''read''' functionகளை பயன்படுத்துவது.

|-
|08:55
| '''FASTA''' மற்றும் '''GenBank''' fileகளில் இருந்து, '''record id'''கள், description மற்றும் sequenceகள் போன்ற dataக்களை extract செய்வது.

|-
|09:03
| இப்போது, பயிற்சியாக-

|-
|09:06
| '''NCBI''' databaseல் இருந்து, உங்களுக்கு விருப்பமான, nucleotide sequenceக்கான, '''FASTA''' fileகளை download செய்யவும்.

|-
|09:13
| Sequenceகளின் fileஐ, அதன் '''reverse complement'''களுக்கு மாற்றவும்.

|-
|09:17
| உங்களுடைய நிறைவு பெற்ற பயிற்சி பின்வரும் codeன் வரிகளைப் பெற்றிருக்க வேண்டும்.

|-
|09:22
| '''FASTA''' fileல் இருந்து, nucleotide sequenceகளை '''load''' செய்ய, '''parse''' functionஐ பயன்படுத்தவும்.

|-
|09:28
| அடுத்து, Sequence objectன் built in '''reverse complement''' methodஐ பயன்படுத்தி, reverse complementகளை print செய்யவும்.

|-
|09:37
| பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.

|-
|09:42
| அதை தரவிறக்கி காணவும்.

|-
|09:44
| ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது.

|-
|09:51
| மேலும் விவரங்களுக்கு எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.

|-
|09:55
| இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு அளிக்கிறது.

|-
|10:01
| மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.

|-
|10:06
| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது..... நன்றி.

|}

@@ Line 17: / Line 17: @@
 |-
 |00:19
-| இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள,  இளங்கலை Biochemistry  அல்லது Bioinformatics ,
+| இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள,  இளங்கலை Biochemistry  அல்லது Bioinformatics,
 |-
@@ Line 45: / Line 45: @@
 |-
 |00:56
-| உயிரியலில்,  scientific data,  பொதுவாக,  '''FASTA''', '''GenBank''', '''EMBL''', '''Swiss-Prot''' போன்ற text fileகளில் சேமிக்கப்படுகின்றன.
+| உயிரியலில்,  scientific data,  பொதுவாக,  '''FASTA''', '''GenBank''', '''Swiss-Prot''', '''EMBL''' போன்ற text fileகளில் சேமிக்கப்படுகின்றன.
 |-
@@ Line 153: / Line 153: @@
 |-
 |03:12
-| '''File format'''ஐ,  '''GenBank'''  என தேர்ந்தெடுக்கவும்.
+| '''File format'''ஐ,  '''GenBank'''  என மாற்றவும்.
 |-
@@ Line 165: / Line 165: @@
 |-
 |03:27
-| உங்கள் '''home''' folderல்,  fileஐ,  “sequence.gb'” என சேமிக்கவும்.Text editorஐ மூடவும்.
+| உங்கள் '''home''' folderல்,  fileஐ,  “sequence.gb'” என சேமிக்கவும். Text editorஐ மூடவும்.
 |-
@@ Line 233: / Line 233: @@
 |-
 |05:07
-| செயல் விளக்கத்திற்கு,  நாம் முன்பு databaseல் இருந்து,  download  செய்த,  பல '''record''களை கொண்ட '''FASTA''' fileஐ பயன்படுத்துகிறேன்.
+| செயல் விளக்கத்திற்கு,  நான் முன்பு databaseல் இருந்து,  download  செய்த,  பல '''record''களை கொண்ட '''FASTA''' fileஐ பயன்படுத்துகிறேன்.
 |-
@@ Line 241: / Line 241: @@
 |-
 |05:22
-| இங்கு,  '''sequence.fasta''' fileன் contentகளை படிக்க,  '''parse''' functionஐ நாம் பயன்படுத்துகிறோம்.
+| இங்கு,  '''sequence.fasta''' fileன் contentகளை read செய்ய,  '''parse''' functionஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.
 |-
@@ Line 257: / Line 257: @@
 |-
 |05:52
-| அது இரண்டு '''argument'''களை ஏற்றுக் கொள்ளும்,  முதலாவதாக,  fileன் பெயர்,  dataஐ read  செய்வதற்கு.
+| அது இரண்டு '''argument'''களை ஏற்றுக் கொள்ளும்.  முதலாவது,  fileன் பெயர்,  dataஐ read  செய்வதற்கு.
 |-
@@ Line 269: / Line 269: @@
 |-
 |06:07
-| Output,  ''' identifier line''',  அதனைத் தொடர்ந்து,  fileல் உள்ள sequence,  மேலும்,   fileல் உள்ள எல்லா recordகளுக்கான sequenceன் நீளம் ஆகியவற்றை காட்டுகிறது.
+| ''' identifier line''',  அதனைத் தொடர்ந்து,  fileல் உள்ள sequence,  மேலும்,   fileல் உள்ள எல்லா recordகளுக்கான sequenceன் நீளம் ஆகியவற்றை Output காட்டுகிறது.
 |-
@@ Line 309: / Line 309: @@
 |-
 |07:03
-| இங்கும்,  output,  '''record id''', '''sequence''',  fileல் உள்ள எல்லா recordகளுக்கான sequenceன் நீளம் ஆகியவற்றை காட்டுகிறது.
+| இங்கும்,  '''record id''', '''sequence''',  fileல் உள்ள எல்லா recordகளுக்கான sequenceன் நீளம் ஆகியவற்றை  output காட்டுகிறது.
 |-
@@ Line 321: / Line 321: @@
 |-
 |07:27
-| உங்கள் fileலில்,  ஒற்றை record   உள்ளதென்றால்,  '''parsing'''க்கு,  பின்வரும் வரிகளை டைப் செய்யவும்.
+| உங்கள் fileலில்,  ஒற்றை record   உள்ளதெனில்,  '''parsing'''க்கு,  பின்வரும் வரிகளை டைப் செய்யவும்.
 |-
 |07:34
-| இங்கு,  நாம் முன்னர் சேமித்து வைத்திருந்த ,  ஒற்றை recordஐ கொண்ட,  '''FASTA''' file,  அதாவது,  '''insulin.fasta '''ஐ,  உதாரணமாக பயன்படுத்துவோம்.
+| இங்கு,  நாம் முன்னர் சேமித்து வைத்திருந்த,  ஒற்றை recordஐ கொண்ட,  '''FASTA''' file,  அதாவது,  '''insulin.fasta '''ஐ,  உதாரணமாக பயன்படுத்துவோம்.
 |-
@@ Line 373: / Line 373: @@
 |-
 |08:42
-| இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது:  '''NCBI''' database  வலைத்தளத்தில் இருந்து,  '''FASTA''' மற்றும் '''GenBank''' fileகளை download   செய்வது,   மற்றும்,  '''SeqIO''' moduleலில் இருந்து,  '''parse''' மற்றும் '''read''' functionகளை பயன்படுத்துவது.
+| இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது:  '''NCBI''' database  வலைத்தளத்தில் இருந்து,  '''FASTA''' மற்றும் '''GenBank''' fileகளை download   செய்வது, '''SeqIO''' moduleலில் இருந்து,  '''parse''' மற்றும் '''read''' functionகளை பயன்படுத்துவது,
 |-
 |08:55
-| '''FASTA'''  மற்றும் '''GenBank''' fileகளில் இருந்து,  '''record id'''கள், description  மற்றும் sequenceகள் போன்ற dataக்களை extract  செய்வது.
+| '''FASTA'''  மற்றும் '''GenBank''' fileகளில் இருந்து,  '''record id'''கள், descriptionகள்  மற்றும் sequenceகள் போன்ற dataக்களை extract  செய்வது.
 |-
@@ Line 393: / Line 393: @@
 |-
 |09:17
-| உங்களுடைய நிறைவு பெற்ற பயிற்சி பின்வரும் codeன் வரிகளைப் பெற்றிருக்க வேண்டும்.
+| நீங்கள் செய்த பயிற்சி பின்வரும் codeன் வரிகளைப் பெற்றிருக்க வேண்டும்.
 |-
@@ Line 405: / Line 405: @@
 |-
 |09:37
-| பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.
+| இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.
 |-
 |09:42
-| அதை தரவிறக்கி காணவும்.
+| உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில் அதை தரவிறக்கி காணவும்.
 |-
@@ Line 429: / Line 429: @@
 |-
 |10:06
-| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது  ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது..... நன்றி.
+| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது  ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேவில் இருந்து பிரியா. நன்றி.
 |}