Biopython/C2/Parsing-Data/Hindi - Revision history

Sakinashaikh at 05:34, 27 April 2017

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Sakinashaikh at 05:34, 27 April 2017

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Shruti arya at 09:31, 10 February 2017

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Shruti arya at 15:09, 7 February 2017

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Shruti arya: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | नमस्कार |- | 00:02 | 'Parsing Data' पर इस ट्यूटोरियल..."

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Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | नमस्कार |- | 00:02 | 'Parsing Data' पर इस ट्यूटोरियल..."

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{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| नमस्कार

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| 00:02
| 'Parsing Data' पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है।

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| 00:06
| इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे 'NCBI' डेटाबेस वेबसाइट से 'FASTA' और 'GenBank' फाइल्स डाउनलोड करना

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| 00:14
| और 'Sequence Input/Output' मॉड्यूल में 'फंक्शन्स' उपयोग करके डेटा फाइल्स 'Parse' करना।

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| 00:19
| इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको स्नातक स्तर की बायोकेमिस्ट्री या बायोइन्फॉर्मेटिक्स

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| 00:26
| और बुनियादी 'Python' प्रोग्रामिंग से परिचित होना चाहिए।

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| 00:30
| दिए लिंक पर 'Python' ट्यूटोरियल्स देखें।

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| 00:34
| इस ट्यूटोरियल को रेकॉर्ड करने के लिए मैं उपयोग कर रही हूँ: 'Ubuntu OS' वर्जन 14.10

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| 00:40
|* 'Python' वर्जन 2.7.8

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| 00:44
|* 'Ipython interpretor' वर्जन 2.3.0

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| 00:48
|* 'Biopython' वर्जन 1.64 और * 'Mozilla Firefox' ब्राउज़र 35.0.

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| 00:56
| बायोलॉजी (जीवविज्ञान) में वैज्ञानिक डेटा सामान्यतः टेक्स्ट फाइल्स जैसे 'FASTA', 'GenBank', 'EMBL', 'Swiss-Prot' आदि में संचित किया जाता है।

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| 01:07
| डेटा फाइल्स डेटाबेस वेबसाइट्स से डाउनलोड की जा सकती हैं।

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| 01:12
| किसी भी वेब ब्राउज़र में नीचे दिया गया वेबसाइट लिंक खोलें।

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| 01:17
| एक वेब-पेज खुलता है।

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| 01:19
| अब मनुष्य के 'insulin gene' के लिए 'FASTA' और 'GenBank' फाइल्स डाउनलोड करते हैं।

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| 01:25
| सर्च बॉक्स में टाइप करें: 'human insulin', 'Search' बटन पर क्लिक करें।

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| 01:31
| वेब-पेज मनुष्य के 'insulin gene' की अनेक फाइल्स दिखाता है।

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| 01:35
| प्रदर्शन के लिए मैं 'Homo sapiens Insulin mRNA' नाम के साथ 4 फाइल्स चुनूँगी।

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| 01:43
| मैं 500 से कम 'base' पेयर्स (युग्म) रखने वाली फाइल्स चुनूँगी।

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| 01:48
| डाउनलोड के लिए फाइल चुनने के लिए चेक-बॉक्स पर क्लिक करें।

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| 01:56
| कर्सर को 'Send to' विकल्प पर लाएं जो पेज के ऊपरी दाएं कोने पर है।

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| 02:02
| डाउन एरो के साथ छोटे चयनित बटन पर क्लिक करें जो 'Send to' बटन के पास है।

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| 02:09
| 'Choose destination' शीर्षक में 'File' विकल्प पर क्लिक करें।

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| 02:13
| आप इस फाइल को किसी भी फाइल फॉर्मेट में सेव कर सकते हैं जो 'format' ड्राप-डाउन सूची बॉक्स में सूचीबद्ध है।

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| 02:21
| दिए विकल्पों में से 'FASTA' चुनें।

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| 02:25
| फिर 'Create file' विकल्प पर क्लिक करें।

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| 02:29
| स्क्रीन पर एक डायलॉग बॉक्स दिखता है।

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|02:32
| 'Open with' चुनें, 'OK' पर क्लिक करें।

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| 02:36
| 'टेक्स्ट एडिटर में फाइल खुलती है।

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| 02:39
| फाइल 4 रेकॉर्ड्स दिखाती है, चूँकि हमने डाउनलोड के लिए चार फाइल्स चुनी थीं।

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| 02:46
| प्रत्येक रेकॉर्ड में पहली लाइन 'identifier' लाइन है।

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| 02:50
| यह 'ग्रेटर दैन (>)' चिन्ह से शुरू होती है।

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| 02:53
|This is followed by a '''sequence'''. इसके बाद 'sequence' आती है।

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| 02:56
| उस फाइल को अपने 'home' फोल्डर में 'sequence.fasta' की तरह सेव करें।

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| 03:01
| टेक्स्ट एडिटर बंद करें।

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| 03:03
| पहले चयनित समान फाइल्स के लिए 'GenBank' फॉर्मेट में फाइल्स डाउनलोड करने के लिए ऊपर की तरह ही स्टेप्स का अनुसरण करें।

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| 03:12
| 'file format' में 'GenBank' चुनें।

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| 03:16
| एक फाइल बनाएं। टेक्स्ट एडिटर के साथ खोलें।

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| 03:21
| ध्यान दें कि 'GenBank' फॉर्मेट में सीक्वेंस फाइल 'FASTA' फाइल से ज़्यादा फीचर्स रखती है।

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| 03:27
| फाइल को अपने 'home' फोल्डर में 'sequence.gb' की तरह सेव करें। टेक्स्ट एडिटर बंद करें।

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| 03:34
| प्रदर्शन के लिए हमें एकल 'रेकॉर्ड' के साथ 'FASTA' फाइल की ज़रुरत है।

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| 03:39
| इसके लिए चेक बॉक्सेस पर दोबारा क्लिक करके पिछले चयन को क्लियर करें।

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| 03:48
| अब 'Human insulin gene complete cds' फाइल चुनें।

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| 03:54
| चेक-बॉक्स पर क्लिक करें।

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| 03:57
| और 'home' फोल्डर में फाइल सेव करने के लिए पहले दिखाई गयी समान स्टेप्स का अनुसरण करें।

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| 04:01
| फाइल को 'insulin.fasta' की तरह सेव करें।

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| 04:08
| इन फाइल्स में संचित बायोलॉजिकल डेटा को 'Biopython' लाइब्रेरीज़ उपयोग करके एक्सट्रैक्ट और संशोधित किया जा सकता है।

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| 04:16
| टेक्स्ट-एडिटर बंद करें।

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| 04:19
| डेटा फाइल्स से डेटा एक्सट्रैक्ट करना 'Parsing' कहलाता है।

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| 04:23
| अधिकतर फाइल फॉर्मेट्स 'SeqIO' मॉड्यूल में उपलब्ध फंक्शन्स उपयोग करके पार्स किये जा सकते हैं।

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| 04:30
| 'SeqIO' मॉड्यूल के अधिकतर उपयोग होने वाले फंक्शन्स हैं: 'parse, read, write' और 'convert'

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| 04:38
| एकसाथ 'Ctrl, Alt' और 't' कीज़ दबाकर टर्मिनल खोलें।

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| 04:44
| प्रॉम्प्ट पर 'ipython' टाइप करके 'Ipython' शुरू करें। एंटर दबाएं।

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| 04:51
| आगे, 'Bio' पैकेज से 'SeqIO' मॉड्यूल को 'इम्पोर्ट' करें।

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| 04:56
| प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'from Bio import SeqIO' एंटर दबाएं।

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| 05:04
| हम सबसे महत्वपूर्ण फंक्शन 'parse' से शुरू करेंगे।

|-
|05:07
| प्रदर्शन के लिए मैं वो 'FASTA' फाइल उपयोग करुँगी जो बहुत से रेकॉर्डस रखती है जो हमने डेटाबेस से पहले ही डाउनलोड की थी।

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| 05:17
| आसान 'FASTA' पार्सिंग के लिए प्रॉम्प्ट पर निम्न टाइप करें।

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| 05:22
| यहाँ हम 'sequence.fasta' फाइल की विषय वस्तु पढ़ने के लिए 'parse' फंक्शन उपयोग कर रहे हैं।

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| 05:30
| आउटपुट के लिए 'record id', रेकॉर्ड में उपस्थित 'सीक्वेंस' और सीक्वेंस की लेंथ (लम्बाई) भी प्रिंट करें।

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| 05:41
| यह भी ध्यान दें कि सीक्वेंस डेटा को 'Sequence record objects' की तरह पढ़ने के लिए 'parse' फंक्शन उपयोग किया जाता है।

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| 05:48
| यह सामान्यतः 'for' लूप के साथ उपयोग किया जाता है।

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| 05:52
| यह दो 'आर्ग्युमेंट्स' स्वीकार कर सकता है पहला वाला डेटा पढ़ने के लिए फाइल नाम है।

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| 05:59
| दूसरा फाइल फॉर्मेट को निर्दिष्ट करता है।

|-
| 06:02
| आउटपुट के लिए एंटर की दो बार दबाएं।

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| 06:07
| आउटपुट में 'identifier line' इसके बाद फाइल में शामिल सीक्वेंस और फाइल में सारे रेकॉर्ड्स के लिए सीक्वेंस की लेंथ भी दिखती है।

|-
| 06:21
| ध्यान दें कि 'FASTA' फॉर्मेट अक्षर निर्दिष्ट नहीं करता है।

|-
| 06:26
| अतः आउटपुट इसे 'DNA सीक्वेंस' की तरह निर्दिष्ट नहीं करता है।

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| 06:31
| समान स्टेप्स 'GenBank' फाइल की पार्सिंग के लिए दोहराई जा सकती हैं।

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| 06:36
| प्रदर्शन के लिए हम 'GenBank' फाइल उपयोग करेंगे जो हमने पहले ही डेटाबेस से डाउनलोड कर ली है।

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| 06:43
| कोड की लाइनें जो हमने पहले उपयोग की थी, प्राप्त करने के लिए अप एरो की दबाएं।

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| 06:49
| फाइल का नाम बदलकर 'sequence.gb' करें।

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| 06:53
| फाइल फॉर्मेट बदलकर 'genbank' करें।

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| 06:56
|The rest of the code remains same. शेष कोड समान रहता है।

|-
| 06:58
| आउटपुट प्राप्त करने के लिए दो बार एंटर की दबाएं।

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| 07:03
| यहाँ भी आउटपुट फाइल में सारे रेकॉर्ड्स के लिए 'record id', 'sequence' और सीक्वेंस की लेंथ दिखाता है।

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| 07:12
| ध्यान दें 'GenBank' फॉर्मेट सीक्वेंस को DNA सीक्वेंस की तरह निर्दिष्ट करता है।

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| 07:19
| इसी तरह 'Swiss-prot' और 'EMBL' फाइल्स उपरोक्त की तरह समान कोड उपयोग करके पार्स की जा सकती हैं।

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| 07:27
| यदि आपकी फाइल एक रेकॉर्ड रखती है तो 'parsing' के लिए निम्न कोड टाइप करें।

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| 07:34
| यहाँ, हम सिंगल रेकॉर्ड के साथ पहले सेव की हुई 'FASTA' फाइल उपयोग करेंगे, जोकि उदाहरण के लिए 'insulin.fasta' है।

|-
| 07:43
| ध्यान दें कि हमने 'parse' फंक्शन के बजाए 'read' फंक्शन उपयोग किया है। इतर दबाएं।

|-
| 07:50
| आउटपुट 'insulin.fasta' फाइल के लिए कंटेंट्स (विषय वस्तु) दिखाता है।

|-
| 07:55
| यह 'sequence record object' की तरह सीक्वेंस

|-
| 07:59
|और अन्य एट्रीब्यूट्स जैसे कि 'GI, accession number' और 'description' दिखाता है।

|-
| 08:06
| हम निम्न की तरह इस रेकॉर्ड के अलग अलग रेकॉर्ड्स भी देख सकते हैं।

|-
| 08:11
| प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'record dot seq' एंटर दबाएं।

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| 08:18
| आउटपुट फाइल में उपस्थित सीक्वेंस दिखाता है।

|-
| 08:22
| इस रेकॉर्ड के लिए पहचानकर्ताओं (आइडेन्टिफाइअर्स) को देखने के लिए टाइप करें: 'record dot id' एंटर दबाएं।

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| 08:29
| आउटपुट 'GI' नंबर और ऐक्सेशन नंबर आदि दिखाता है।

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| 08:34
| आप अपनी पसंद की डेटा फाइल्स को 'parse' करने के लिए उपरोक्त वर्णित फंक्शन उपयोग कर सकते हैं।

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| 08:40
| अब इसे सारांशित करते हैं।

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| 08:42
| इस ट्यूटोरियल में हमने सीखा:
* 'NCBI' डेटाबेस वेबसाइट से 'FASTA' और 'GenBank' फाइल्स डाउनलोड करना
* और 'SeqIO' मॉड्यूल से 'parse' और 'read' फंक्शन्स उपयोग करना।

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| 08:55
| 'FASTA' और 'GenBank' फाइल्स से डेटा जैसे कि 'record ids', डिस्क्रिप्शन (विवरण) और सीक्वेंसेस एक्सट्रैक्ट करना।

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| 09:03
| नियत कार्य

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| 09:06
| 'NCBI' डेटाबेस से अपनी पसंद के न्यूक्लियोटाइड सीक्वेंस के लिए 'FASTA' फाइल्स डाउनलोड करें।

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| 09:13
| सीक्वेंसेस की फाइल को उनके 'reverse complements' में बदलें।

|-
| 09:17
| आपका पूरा किया हुआ नियत कार्य कोड की निम्न लाइनें रखना चाहिए।

|-
| 09:22
| 'FASTA' फाइल से न्यूक्लियोटाइड सीक्वेंसेस को 'लोड' करने के लिये 'parse' फंक्शन उपयोग करें।

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| 09:28
| आगे, 'reverse complement' मेथड में बने सीक्वेंस ऑब्जेक्ट उपयोग करके रिवर्स कॉम्प्लीमेंट प्रिंट करें।

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| 09:37
| निम्न लिंक पर उपलब्ध वीडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट को सारांशित करता है।

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| 09:42
| कृपया इसे डाउनलोड करें और देखें।

|-
| 09:44
| स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट टीम कार्यशालाएं चलाती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को प्रमाणपत्र देती है।

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| 09:51
|अधिक जानकारी के लिए कृपया हमें लिखें।

|-
| 09:55
| स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट भारत सरकार के MHRD के NMEICT द्वारा निधिबद्ध है।

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| 10:01
| इस मिशन पर अधिक जानकारी दर्शाये लिंक पर उपलब्ध है।

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| 10:06
| आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद।

|}

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 | 08:42
-| इस ट्यूटोरियल में हमने सीखा:
+| इस ट्यूटोरियल में हमने सीखा: 'NCBI' डेटाबेस वेबसाइट से 'FASTA' और 'GenBank' फाइल्स डाउनलोड करना और 'SeqIO' मॉड्यूल से 'parse' और 'read' फंक्शन्स उपयोग करना।
-* 'NCBI' डेटाबेस वेबसाइट से 'FASTA' और 'GenBank' फाइल्स डाउनलोड करना
-* और 'SeqIO' मॉड्यूल से 'parse' और 'read' फंक्शन्स उपयोग करना।
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 | 03:03
 | पहले चयनित समान फाइल्स के लिए 'GenBank' फॉर्मेट में फाइल्स डाउनलोड करने के लिए ऊपर की तरह ही स्टेप्स का अनुसरण करें।
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 | 02:53
-|This is followed by a '''sequence'''. इसके बाद 'sequence' आती है।
+| इसके बाद 'sequence' आती है।
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 | 03:03
 | पहले चयनित समान फाइल्स के लिए 'GenBank' फॉर्मेट में फाइल्स डाउनलोड करने के लिए ऊपर की तरह ही स्टेप्स का अनुसरण करें।
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 | 06:56
-|The rest of the code remains same. शेष कोड समान रहता है।
+| शेष कोड समान रहता है।
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 | 07:43
-| ध्यान दें कि हमने 'parse' फंक्शन के बजाए 'read' फंक्शन उपयोग किया है। इतर दबाएं।
+| ध्यान दें कि हमने 'parse' फंक्शन के बजाए 'read' फंक्शन उपयोग किया है। एंटर दबाएं।
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 | 08:06
-| हम निम्न की तरह इस रेकॉर्ड के अलग अलग  रेकॉर्ड्स भी देख सकते हैं।
+| हम निम्न की तरह इस रेकॉर्ड के अलग अलग रेकॉर्ड्स भी देख सकते हैं।
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 | 08:34
-| आप अपनी पसंद की डेटा फाइल्स को 'parse' करने के लिए उपरोक्त वर्णित फंक्शन उपयोग  कर सकते हैं।
+| आप अपनी पसंद की डेटा फाइल्स को 'parse' करने के लिए उपरोक्त वर्णित फंक्शन उपयोग कर सकते हैं।
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