PoojaMoolya at 06:34, 19 April 2017

2017-04-19T06:34:01Z

Jyotisolanki at 05:52, 12 April 2017

2017-04-12T05:52:12Z

Jyotisolanki: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 |નમસ્તે મિત્રો . |- | 00:02 | '''Parsing Data''' પરના ટ્ય..."

2017-03-20T10:10:47Z

Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 |નમસ્તે મિત્રો . |- | 00:02 | '''Parsing Data''' પરના ટ્ય..."

New page

{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
|નમસ્તે મિત્રો .

|-
| 00:02
| '''Parsing Data''' પરના ટ્યુટોરીયલ માં તમારું સ્વાગત છે.

|-
| 00:06
| આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે '''NCBI''' ડેટાબેઝ વેબસાઈટમાં થી '''FASTA''' અને '''GenBank''' ફાઈલો ડાઉનલોડ કરતા શીખીશું.

|-
| 00:14
| અને '''Sequence Input/Output''' મોડ્યુલમાં '''functions''' યુપયોગ કરીને ડેટા ફાઈલ '''Parse''' કરતા.

|-
| 00:19
| આ ટ્યુટોરીયલનું અનુસરણ કરવા માટે તમને અંડર ગ્રેજ્યુએટ બાયોકેમિસ્ટ્રી અને મૂળભૂત '''Python''' પ્રોગ્રામ ની જાણકારી હોવી જોઈએ.

|-
| 00:30
| આપેલ લિંક પર '''Python''' ટ્યુટોરીયલને જુઓ.

|-
| 00:34
| આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું * '''Ubuntu OS''' version 14.10 .

|-
| 00:40
|* '''Python''' version 2.7.8

|-
| 00:44
|* '''Ipython interpretor''' version 2.3.0

|-
| 00:48
|* '''Biopython''' version 1.64 અને * '''Mozilla Firefox''' browser 35.0.

|-
| 00:56
| જીવવિજ્ઞાનમાં વૈજ્ઞાનિક માહિતી સામાન્યપણે ટેક્સ્ટ ફાઈલમાં સંગ્રહ કરવા માં આવે છે જેમ કે '''FASTA''', '''GenBank''', '''EMBL''', '''Swiss-Prot''' વગેરે.

|-
| 01:07
|ડેટાબેસ વેબસાઈટ પરથી ડેટા ફાઈલો ડાઉનલોડ કરી શકાય છે.

|-
| 01:12
|આપેલ લિંક કોઈ પણ વેબ બ્રાઉઝરમાં ખોલો.

|-
| 01:17
|એક વેબ પેજ ખુલશે.

|-
| 01:19
|મનુષ્ય '''insulin gene''' માટે '''FASTA''' અને '''GenBank''' ફાઈલો ડાઉનલોડ કરીએ.

|-
| 01:25
| સર્ચ બોક્સમાં ટાઈપ કરો "human insulin" '''Search''' બટન પર ક્લિક કરો

|-
| 01:31
| આ વેબ પેજ મનુષ્ય '''insulin gene''' માટે અનેક ફાઈલો દેખાડશે.

|-
| 01:35
|પ્રદશન માટે હું “Homo sapiens Insulin mRNA” મન સાથે 4 ફળી પસંદ કરીશ.

|-
| 01:43
| હું 500 '''base''' જોડી કરતા કમી ફાઈલ ને પસંદ કરીશ.

|-
| 01:48
|ડાઉનલોડ કરવા માટે ફાઈલ પસંદ કરવા માટે ચેક બોક્સ પર ક્લિક કરો.

|-
| 01:56
|કર્સર ને “Send to” વિકલ્પના પાસે લઇ જાવ જે પેજના જમણી બાજુએ એકદમ ઉપર છે.

|-
| 02:02
| “'''Send to'''” બટનના આગળ ઉપસ્થિત ડાઉન એરો બટન પર ક્લિક કરો.

|-
| 02:09
| “'''Choose destination'''” શીર્ષક અંતર્ગત '''File''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.

|-
| 02:13
|તમે આ ફાઈલ કોઈ પણ ફાઈલ ફોર્મેટમાં સેવ કરી શકો છો. જે '''format''' ડ્રોપ ડાઉન લિસ્ટ બોક્સ અંતર્ગત સૂચિબદ્ધ છે.

|-
| 02:21
|આપેલ વિકલ્પ માંથી '''FASTA''' પસંદ કરો.

|-
| 02:25
|પછી '''Create file''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.

|-
| 02:29
| સ્ક્રીન પર ડાઈલોગ બોક્સ દેખાશે.

|-
|02:32
| '''Open with''' પસંદ કરો અને '''OK.''' પર ક્લિક કરો.

|-
| 02:36
| '''text editor''' માં ફાઈલ ખુલે છે.

|-
| 02:39
|ફાઈલ 4 રિકોર્ડસ દેખાડે છે. કેમકે આપણે ચાર ડાઉનલોડ કરવા માટે ફાઈલો પસંદ કરી હતી.

|-
| 02:46
|પ્રત્યેક રિકોર્ડમાં પ્રથમ લાઈન એક '''identifier''' લાઈન છે.

|-
| 02:50
|આ “greater than (>)” સીમ્બોલ સાથે શરુ થાય છે.

|-
| 02:53
| આ '''sequence'''. પછી આવે છે.

|-
| 02:56
| ફાઈલને “sequence.fasta'”. ફોલ્ડર તરીએકે તમારા હોમ ફોલ્ડરમાં સેવ કરો.

|-
| 03:01
|ટેક્સ્ટ એડિટર ને બંધ કરો.

|-
| 03:03
| પહેલા પસંદ કરેલ ફાઈલો માટે '''GenBank''' ફોર્મેટમાં ડાઉનલોડ કરવા માટે ઉપરબતાડ્યા પ્રમાણે સ્ટેપ્સ નું અનુસરણ કરો.

|-
| 03:12
| '''file format''' ને '''GenBank.''' તરીકે પસંદ કરો.

|-
| 03:16
|ફાઈલ બનાવો. ટેક્સ્ટ એડિટર સાથે ખોલો.

|-
| 03:21
| નોંધ લો '''GenBank''' ફોર્મેટમાં અનુક્રમ ફાઈલમાં '''FASTA''' ફાઈલ કરતા વધુ વશિષ્ટતા ધરાવે છે.

|-
| 03:27
| તમારા હોમ ફોલ્ડરમાં ફાઈલને "sequence.gb" તરીકે સેવ કરો. ટેક્સ્ટ એડિટર બંધ કરો.

|-
| 03:34
|પ્રદશન હેતુ માટે આપણને એક '''record''' સાથે FASTA ફાઈલની જરૂરિયાત છે.

|-
| 03:39
| આ માટે ફરીથી ચેકબોક્સ પર ક્લિક કરીને પહેલાની પસંદગી કાઢી કાઢો.

|-
| 03:48
|હવે “'''Human insulin gene complete cds'''” ફાઈલ પસંદ કરો.

|-
| 03:54
|ચેક બોક્સ પર ક્લિક કરો.

|-
| 03:57
|હોમ ફોલ્ડરમાં ફાઈલ સેવ કરવા માટે પહેલા બતાડેલ તેજ સ્ટેપનું અનુસરણ કરો.

|-
| 04:01
|ફાઈલ ને "insulin.fasta" તરીકે સેવ કરો.

|-
| 04:08
|'''Biopython''' લાઈબ્રેરી વાપરીને આ ફાઇલ્સમાં સન્ગ્રહ કરેલ બાયોલોજીકલ ડેટા એક્સટ્રેક્ટ કરીને બદલી શકીએ છીએ.

|-
| 04:16
|ટેક્સ્ટ એડિટર બંધ કરો.

|-
| 04:19
| ડેટા ફાઇલ્સમાં ડેટા એક્સટ્રેક્ટ કરવું તેને '''Parsing''' કહેવાય છે.

|-
| 04:23
|'''SeqIO''' મોડ્યુલ માં ઉપલબ્ધ '''functions''' વાપરીને વધુ ફાઈલ ફોર્મેટ્સ પાર્સ કરી શકાય છે.

|-
| 04:30
|'''SeqIO''' મોડ્યુલ વધુકરીને સામાન્ય ફંન્કશન નો ઉપયોગ કરે છે. '''SeqIO''' module are: '''parse, read, write''' and '''convert'''.

|-
| 04:38
| '''Ctrl, Alt''' અને '''t''' કી ને એક સાથે દાબીને ટર્મિનલ ખોલો.

|-
| 04:44
| પ્રોમ્પ્ટ પર "ipython" ટાઈપ કરીને '''Ipython''' શરુ કરો. એન્ટર દબાવો.

|-
| 04:51
| આગળ '''Bio''' પેકેજમાં "SeqIO" મોડ્યુલ ઈમ્પોર્ટ કરો.

|-
| 04:56
| પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : '''from Bio import SeqIO'''. એન્ટર દબાવો.

|-
| 05:04
| આપણે સૌથી મહત્વનો ફંન્કશન “'''parse'''”. સાથે શરૂઆત કરીશ.

|-
|05:07
|પ્રદશન માટે હું '''FASTA''' ફાઈલ નો ઉપયોગ કરીશ જે અનેક રિકોર્ડસ ધરાવે છે.જે આપણે પહેલા ડેટાબેસથી ડાઉનલોડ કર્યું હતું.

|-
| 05:17
|સામાન્ય '''FASTA parsing,''' માટે પ્રોમ્પ્ટ પર આપેલ ટાઈપ કરો.

|-
| 05:22
|અહીં આપણે '''sequence.fasta''' ફાઈલ નું કંટેટસ વાંચવા માટે '''parse''' ફંન્કશનનો ઉપયોગ કરી રહ્યા છીએ.

|-
| 05:30
|આઉટપુટ માટે '''record id''' અને રિકોર્ડમાં ઉપલબ્ધ સિક્વેન્સની લંબાઈ પ્રિન્ટ કરો.

|-
| 05:41
|તેમજ નોંધ લો કે '''parse''' ફંન્કશન '''Sequence record objects''' તરીકે સિક્વેન્સ ડેટાને વાંચવા માટે ઉપયોગ કરાવાય છે.

|-
| 05:48
|આ સામાન્ય રીતે '''for''' લૂપ માટે ઉપયોગ કરાવાય છે.

|-
| 05:52
|આ બે આર્ગ્યુમેન્ટ ને સ્વીકારે છે જેમાંથી પ્રથમ ફાઈલ નેમ છે જે ડેટા વાંચે છે.

|-
| 05:59
|બીજું ફાઈલ ફોરમેટને સ્પષ્ટ કરે છે.

|-
| 06:02
|આઉટપુટ મેળવવા માટે '''Enter''' કી ને બે વાર દબાવો.

|-
| 06:07
| આઉટપુટ '''identifier line, ''' પછીથી ફાઈલમાં જે સિક્વેન્સ છે અને તેમજ ફાઈલમાં બધા રિકોર્ડસ માટે સિક્વેન્સ લંબાઈ દેખાડે છે.

|-
| 06:21
|નોંધ લો કે '''FASTA''' ફોર્મેટ મુળાક્ષરોને સ્પષ્ટ નથી કરતા.

|-
| 06:26
|માટે આઉટપુટ '''DNA sequence''' તરીકે તેને સ્પષ્ટ કરે છે.

|-
| 06:31
| પારસીંગ '''GenBank''' ફાઈલ માટે તેજ સ્ટેપ ને ફરી કરી શકાય છે.

|-
| 06:36
|પ્રદશન માટે આપણે ' ''GenBank''' ફાઈલ વાપરીશું જે આપણે આ પહેલા ડેટાબેસ પરથી ડાઉનલોડ કર્યું હતું.

|-
| 06:43
|કોડની લાઈન મેળવવા માટે અપ એરો કી દબાવો જે આપણે પહેલા ઉપયોગ કર્યો હતો.

|-
| 06:49
|ફાઈલનું નામ '''sequence.gb ''' થી બદલો

|-
| 06:53
|ફાઈલનું ફોર્મેટ '''genbank.''' થી બદલો.

|-
| 06:56
|બચેલા કોડ સમાન જ રહેશે.

|-
| 06:58
| આઉટપુટ મેળવવા માટે '''Enter''' કી બે બાર દાબો.

|-
| 07:03
|અહીં આઉટપુટ ફાઈલ માં બધા રિકોર્ડસ માટે '''record id''', '''sequence''' અને સિક્વેન્સની લંબાઈ દેખાડે છે.

|-
| 07:12
|નોંધ લો કે '''GenBank''' ફોર્મેટ DNA સિકવેન્સ તરીકે સિક્વેન્સને સ્પષ્ટ કરે છે.

|-
| 07:19
| તેમજ ઉપરની જેમ તેજ કોડ વાપરીને '''Swiss-prot''' અને '''EMBL''' ફાઈલો પાર્સ કરી શકાય છે.

|-
| 07:27
| જો તમારી ફાઈલ એક સિંગલ રિકોર્ડ ધરાવે છે તો '''parsing''' માટે નીચે આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો.

|-
| 07:34
| અહીં આપણે પહેલા સેવ કરેલ એક સિંગલ રિકોર્ડ સાથે '''FASTA''' ફાઈલ વાપરીએ જે ઉદાહરણ તરીકે '''insulin.fasta''' છે.

|-
| 07:43
|નોંધ લો કે આપણે '''parse''' ફંક્શનની જગ્યાએ '''read''' ફંક્શન ઉપયોગ કરીએ છીએ.એન્ટર દબાવો.

|-
| 07:50
| આઉટપુટ '''insulin.fasta''' ફાઈલ માટે કંટેટ દેખાડે છે.

|-
| 07:55
|આ '''sequence record object'''. તરીકે સિક્વેન્સ દેખાડે છે.

|-
| 07:59
|અને અન્ય વિશેષતા જેમ કે '''GI, accession number''' અને '''description'''.

|-
| 08:06
| આપેલ પ્રમાણે આપણે આ રિકોર્ડની પ્રત્યેક વિશેષતા જોઈ શકીએ છીએ.

|-
| 08:11
|પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : '''record dot seq'''. '''Enter''' દબાવો.

|-
| 08:18
| આઉટપુટ ફાઈલમાં ઉપસ્થિત સિક્વેન્સ દેખાડે છે.

|-
| 08:22
| આ રિકોર્ડમાટે આઇડેન્ટીફાયર્સ જોવા માટે ટાઈપ કરો : '''record dot id.''' '''Enter''' દબાવો.

|-
| 08:29
|આઉટપુટ '''GI''' નંબર અને એક્સેશન નંબર વગેરે દેખાડે છે.

|-
| 08:34
|તમે તમારી પસંદગીના ડેટા ફાઈલો પાર્સ કરવા માટે ઉપર સ્પષ્ટ કરેલ ફંકશન વાપરી શકીએ છીએ.

|-
| 08:40
| ચાલો સારાંશ લઈએ.

|-
| 08:42
|આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે શીખ્યા:
* '''NCBI''' ડેટાબેસ વેબસાઈટ પરથી '''FASTA''' અને '''GenBank''' ફાઈલો ડાઉનલોડ કરતા.
* અને '''SeqIO''' મોડ્યુલમાં '''parse''' અને '''read''' ફંકશન્સનો ઉપયોગ કરતા.

|-
| 08:55
| '''FASTA''' અને '''GenBank''' ફાઈલોમાં '''record ids''' ડિસ્ક્રિપશન અને સીકવેંસીસ તરીકે ડેટા એક્સ્ટ્રક્ટ કરતા.

|-
| 09:03
| હમણાં માટેઅસાઇનમેન્ટ-

|-
| 09:06
| '''NCBI''' ડેટાબેસમાં તમારા પસંદગીના ન્યુક્લિયોટાઇડ સિકવેન્સમાટે '''FASTA''' ફાઈલ ડાઉનલોડ કરો.

|-
| 09:13
|સિકવેન્સના ફાઈલને તેના '''reverse complements''' માં રૂપાંતરિત કરો.

|-
| 09:17
| તમારું પૂર્ણ અસાઇનમેન્ટ માં કોડ નીચેની કોડ લાઈન હોવિ જરૂરી છે.

|-
| 09:22
| '''FASTA''' ફાઈલમાં ન્યુક્લિયોટાઇડ સિક્વેન્સ લોડ કરવામાટે '''parse''' ફંકશન વાપરો.

|-
| 09:28
|આગળ '''reverse complement''' મેથડમાં નિર્મિત કરેલ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ વાપરીને રિવર્સ કોમ્પલીમેંટસ ને પ્રિન્ટ કરો.
|-
| 09:37
| આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.

|-
| 09:42
|તેને ડાઉનલોડ કરીને જુઓ

|-
| 09:44
| સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટ ટીમ સ્પોકન ટ્યુટોરીયલોનાં ઉપયોગથી વર્કશોપોનું આયોજન કરે છે.જેઓ ઓનલાઈન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને પ્રમાણપત્રો આપે છે.

|-
| 09:51
|વધુ વિગતો માટે, અમનેલખો

|-
| 09:55
| સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધાર અપાયેલ છે.

|-
| 10:01
|આ મિશન પર વધુ માહિતી spoken hyphen tutorial dot org slash NMEICT hyphen Intro આ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે.

|-
| 10:06
|IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.

|}

@@ Line 5: / Line 5: @@
 |-
 | 00:01
-|નમસ્તે મિત્રો .
+|નમસ્તે મિત્રો . '''Parsing Data''' પરના ટ્યુટોરીયલ માં તમારું સ્વાગત છે.
-−
-|-
-| 00:02
-| '''Parsing Data''' પરના ટ્યુટોરીયલ માં તમારું સ્વાગત છે.
 |-

@@ Line 29: / Line 29: @@
 |-
 | 00:34
-| આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું  * '''Ubuntu OS''' version 14.10 .
+| આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું    '''Ubuntu OS''' version 14.10 .
 |-
 | 00:40
-|* '''Python''' version 2.7.8
+|  '''Python''' version 2.7.8
 |-
 | 00:44
-|* '''Ipython interpretor''' version 2.3.0
+|  '''Ipython interpretor''' version 2.3.0
 |-
 | 00:48
-|* '''Biopython''' version 1.64 અને  * '''Mozilla Firefox''' browser 35.0.
+|  '''Biopython''' version 1.64 અને    '''Mozilla Firefox''' browser 35.0.
 |-
@@ Line 370: / Line 370: @@
 | 08:42
 |આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે શીખ્યા:
-* '''NCBI'''  ડેટાબેસ વેબસાઈટ પરથી  '''FASTA''' અને  '''GenBank''' ફાઈલો ડાઉનલોડ કરતા.
+  '''NCBI'''  ડેટાબેસ વેબસાઈટ પરથી  '''FASTA''' અને  '''GenBank''' ફાઈલો ડાઉનલોડ કરતા.
-* અને '''SeqIO''' મોડ્યુલમાં  '''parse''' અને  '''read''' ફંકશન્સનો ઉપયોગ કરતા.
+  અને '''SeqIO''' મોડ્યુલમાં  '''parse''' અને  '''read''' ફંકશન્સનો ઉપયોગ કરતા.
 |-

Biopython/C2/Parsing-Data/Gujarati - Revision history

PoojaMoolya at 06:34, 19 April 2017

Jyotisolanki at 05:52, 12 April 2017

Jyotisolanki: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 |નમસ્તે મિત્રો . |- | 00:02 | '''Parsing Data''' પરના ટ્ય..."