Kaushik Datta at 10:20, 24 May 2017

2017-05-24T10:20:07Z

Satarupadutta: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 |Parsing Data এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত..."

2017-05-22T16:14:14Z

Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 |Parsing Data এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত..."

New page

{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
|Parsing Data এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।

|-
| 00:06
| এখানে শিখব NCBI ডাটাবেস ওয়েবসাইট থেকে FASTA এবং GenBank ফাইল ডাউনলোড করা এবং

|-
| 00:14
| Sequence Input/Output মডিউলে ফাংশন দ্বারা ডেটা ফাইল Parse করা।

|-
| 00:19
| টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে স্নাতক স্তরের বায়োকেমিস্ট্রি বা বায়োইনফরমেটিক্স

|-
| 00:26
| এবং মৌলিক Python প্রোগ্রামিং সম্পর্কে জানতে হবে।

|-
| 00:30
| প্রদত্ত লিঙ্কে Python টিউটোরিয়াল দেখুন।

|-
| 00:34
| টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি: উবুন্টু OS সংস্করণ 14.10

|-
| 00:40
| Python সংস্করণ 2.7.8

|-
| 00:44
| Ipython interpretor সংস্করণ 2.3.0

|-
| 00:48
|Biopython সংস্করণ 1.64 এবং Mozilla Firefox ব্রাউজার 35.0.

|-
| 00:56
| বায়োলজিতে বৈজ্ঞানিক তথ্য সাধারণত টেক্সট ফাইল যেমন FASTA, GenBank, EMBL, Swiss-Prot ইত্যাদিতে সংরক্ষিত হয়।

|-
| 01:07
|ডেটা ফাইল ডাটাবেস ওয়েবসাইট থেকে ডাউনলোড করা যাবে।

|-
| 01:12
|যে কোনো ওয়েব ব্রাউজারে নীচের দেওয়া ওয়েবসাইটের লিঙ্কটি খুলুন।

|-
| 01:17
| একটি ওয়েব পৃষ্ঠা খোলে।
|-
| 01:19
|এখন মানুষের insulin gene এর জন্য FASTA এবং GenBank ফাইল ডাউনলোড করি।

|-
| 01:25
|সার্চ বাক্সে লিখুন: human insulin, Search বোতামে ক্লিক করুন।

|-
| 01:31
| ওয়েব পৃষ্ঠা মানুষের insulin gene এর অনেক ফাইল দেখায়।

|-
| 01:35
| প্রদর্শন করতে আমি Homo sapiens Insulin mRNA নামে 4টি ফাইল চয়ন করব।

|-
| 01:43
|আমি 500 এর কম বেস পেয়ার্স রাখা ফাইলগুলি চয়ন করব।

|-
| 01:48
|ডাউনলোডের জন্য ফাইল চয়ন করতে চেক-বাক্সে ক্লিক করুন।

|-
| 01:56
| কার্সার Send to বিকল্পতে নিয়ে যান যা পৃষ্ঠার উপরে ডানদিকে রয়েছে।

|-
| 02:02
|ডাউন অ্যারোর সাথে ছোট চয়নিত বোতামে ক্লিক করুন যা Send To বোতামের পাশে আছে।

|-
| 02:09
| Choose destination এ, File বিকল্পে ক্লিক করুন।
|-
| 02:13
|আপনি এই ফাইল যে কোনো ফাইল ফরম্যাটে সংরক্ষণ করতে পারেন, যা format ড্রপ-ডাউন তালিকা বাক্সে সূচীবদ্ধ।

|-
| 02:21
|প্রদত্ত বিকল্প থেকে FASTA চয়ন করুন।

|-
| 02:25
|তারপর Create File বিকল্পে ক্লিক করুন।

|-
| 02:29
| স্ক্রীনে একটি ডায়ালগ বাক্স দেখায়।

|-
|02:32
|Open with চয়ন করুন, OK তে লিক করুন।

|-
| 02:36
| টেক্সট এডিটরে একটি ফাইল খোলে।

|-
| 02:39
|ফাইলটি 4টি রেকর্ড দেখায়, কারণ ডাউনলোড করতে আমরা চারটি ফাইল চয়ন করেছি।

|-
| 02:46
|প্রত্যেক রেকর্ডের প্রথম লাইন হল identifier লাইন।

|-
| 02:50
|এটি (>) চিহ্ন দিয়ে শুরু হয়।

|-
| 02:53
|এরপর sequence আসে।

|-
| 02:56
|ফাইলটি হোম ফোল্ডারে sequence.fasta হিসাবে সংরক্ষণ করুন।

|-
| 03:01
| টেক্সট এডিটর বন্ধ করুন।

|-
| 03:03
| পূর্বে চয়নিত একই ফাইলসের জন্য GenBank ফরম্যাটে ফাইল ডাউনলোড করতে উপরের মত ধাপগুলি অনুসরণ করুন।

|-
| 03:12
|file format এ GenBank চয়ন করুন।

|-
| 03:16
|একটি ফাইল বানান। টেক্সট এডিটরের সাথে খুলুন।

|-
| 03:21
| লক্ষ্য করুন GenBank ফরম্যাটে সিকোয়েন্স ফাইলটি FASTA ফাইলের তুলনায় অধিক বৈশিষ্ট্য রাখে।

|-
| 03:27
|ফাইল home ফোল্ডারে sequence.gb হিসাবে সংরক্ষণ করুন। টেক্সট এডিটর বন্ধ করুন।

|-
| 03:34
| প্রদর্শন করতে একক রেকর্ড সহ একটি FASTA ফাইলের প্রয়োজন।

|-
| 03:39
| এর জন্য চেক বাক্সে আবার ক্লিক করে আগের চয়নটি মুছে ফেলুন।
|-
| 03:48
|এখন Human insulin gene complete cds ফাইলটি চয়ন করুন।

|-
| 03:54
|চেক-বক্সে ক্লিক করুন।

|-
| 03:57
| home ফোল্ডারে ফাইল সংরক্ষণ করার আগে দেখানো একই ধাপ অনুসরণ করুন।

|-
| 04:01
|ফাইলটি insulin.fasta হিসাবে সংরক্ষণ করুন।

|-
| 04:08
| এই ফাইলে সংরক্ষিত বায়োলজিকাল ডেটা Biopython লাইব্রেরীর মাধ্যমে এক্সট্র্যাক্ট এবং সংশোধন করা যায়।

|-
| 04:16
|টেক্সট এডিটর বন্ধ করুন।

|-
| 04:19
| ডেটা ফাইল থেকে ডেটা এক্সট্র্যাক্টকে Parsing বলে।

|-
| 04:23
|অধিকতর ফাইল ফরম্যাট SeqIO মডিউলে উপলব্ধ ফাংশন দ্বারা পার্স করা যায়।

|-
| 04:30
|SeqIO মডিউলের অধিকতর ব্যবহৃত ফাংশন হল: parse, read, write এবং convert

|-
| 04:38
| Ctrl, Alt এবং T কী একসাথে টিপে টার্মিনাল খুলুন।

|-
| 04:44
| প্রম্পটে ipython লিখে Ipython শুরু করুন। এন্টার টিপুন।

|-
| 04:51
| এরপর, Bio প্যাকেজ থেকে SeqIO মডিউল ইম্পোর্ট করুন।

|-
| 04:56
| প্রম্পটে লিখুন: from Bio import SeqIO, এন্টার টিপুন।

|-
| 05:04
| আমরা সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ ফাংশন parse দিয়ে শুরু করব।

|-
|05:07
|প্রদর্শন করতে সেই FASTA ফাইল ব্যবহার করব যা অনেক রেকর্ড রাখে যা ডেটাবেস থেকে আগেই ডাউনলোড করেছি।

|-
| 05:17
| সহজ FASTA পার্সিংয়ের জন্য প্রম্পটে নিম্ন লিখুন।

|-
| 05:22
|এখানে sequence.fasta ফাইলের বিষয় বস্তু পড়তে parse ফাংশন ব্যবহার করছি।

|-
| 05:30
|আউটপুটের জন্য record id, রেকর্ডে উপস্থিত সিকোয়েন্স এবং সিকোয়েন্সের দৈর্ঘ্য প্রিন্ট করে।
|-
| 05:41
|এও লক্ষ্য করুন, সিকোয়েন্স ডেটাকে Sequence record objects হিসাবে পড়তে parse ফাংশন ব্যবহৃত হয়।

|-
| 05:48
|এটি সাধারণ for লুপের জন্য ব্যবহৃত হয়।

|-
| 05:52
|এটি দুটি আর্গুমেন্ট গ্রহণ করতে পারে, প্রথমটি হল ডেটা পড়তে ফাইলের নাম।

|-
| 05:59
|দ্বিতীয়টি ফাইল ফরম্যাট নির্দিষ্ট করে।

|-
| 06:02
|আউটপুট পেতে এন্টার কী দুইবার টিপুন।

|-
| 06:07
|আউটপুটে identifier line এর পরে ফাইলে অন্তর্ভুক্ত সিকোয়েন্স এবং ফাইলে সকল রেকর্ডের জন্য সিকোয়েন্স দৈর্ঘ্যও দেখায়।

|-
| 06:21
|লক্ষ্য করুন যে FASTA ফরম্যাট অক্ষর নির্দিষ্ট করে না।

|-
| 06:26
|তাই আউটপুট এটিকে DNA সিকোয়েন্স হিসাবে নির্দিষ্ট করে না।

|-
| 06:31
| একই ধাপগুলি GenBank ফাইল পার্সিং করতে পুনরাবৃত্তি করা যায়।

|-
| 06:36
|প্রদর্শন করতে GenBank ফাইল ব্যবহার করব যা আগেই ডাটাবেস থেকে ডাউনলোড করেছি।

|-
| 06:43
|কোডের লাইন যা আগে ব্যবহার করেছি তা পেতে আপ অ্যারো কী টিপুন।

|-
| 06:49
|ফাইলের নাম বদলে sequence.gb করুন।
|-
| 06:53
|ফাইল ফরম্যাট বলে genbank করুন।

|-
| 06:56
|বাকি কোড একই থাকে।

|-
| 06:58
| আউটপুট পেতে এন্টার কী দুইবার টিপুন।

|-
| 07:03
|এখানেও আউটপুট ফাইলে সকল রেকর্ডের জন্য record id, sequence এবং সিকোয়েন্স এর দৈর্ঘ্য দেখায়।

|-
| 07:12
| লক্ষ্য করুন GenBank ফরম্যাট সিকোয়েন্সকে DNA সিকোয়েন্সের মত নির্দিষ্ট করে।

|-
| 07:19
| একইভাবে, Swiss-prot এবং EMBL ফাইল উপরের মত একই কোড ব্যবহার করে পার্স করা যায়।

|-
| 07:27
| আপনার ফাইল একক রেকর্ড রাখলে parsing এর জন্য নিম্নোক্ত কোড লিখুন।

|-
| 07:34
| এখানে, আমরা একক রেকর্ড সহ পূর্বে সংরক্ষিত FASTA ফাইল ব্যবহার করব, যা উদাহরণস্বরূপ insulin.fasta.

|-
| 07:43
| লক্ষ্য করুন আমরা parse ফাংশনের বদলে read ফাংশন ব্যবহার করেছি। এন্টার টিপুন।

|-
| 07:50
| আউটপুট insulin.fasta ফাইলের জন্য কন্টেন্ট দেখায়।

|-
| 07:55
|এটি sequence record object এর মত সিকোয়েন্স

|-
| 07:59
|এবং অন্যান্য এট্রিবিউট যেমন GI, accession number এবং description দেখায়।

|-
| 08:06
| আমরা নিম্নের মত এই রেকর্ডের স্বতন্ত্র এট্রিবিউট দেখতে পারেন।

|-
| 08:11
|প্রম্পটে লিখুন: record dot seq এন্টার টিপুন।

|-
| 08:18
| আউটপুট ফাইলে উপস্থিত সিকোয়েন্স দেখায়।

|-
| 08:22
| এই রেকর্ডের জন্য আইডেন্টিফায়ার্স দেখতে লিখুন: record dot id এন্টার টিপুন।

|-
| 08:29
|আউটপুট GI নম্বর এবং এক্সেশন নম্বর ইত্যাদি দেখায়।

|-
| 08:34
|আপনি পছন্দের ডেটা ফাইল parse করতে উপরে বর্ণিত ফাংশন ব্যবহার করতে পারেন।

|-
| 08:40
| এখন, সংক্ষিপ্তকরণ করি।

|-
| 08:42
|এখানে NCBI ডেটাবেস ওয়েবসাইট থেকে FASTA এবং GenBank ফাইল ডাউনলোড করা এবং SeqIO মডিউল থেকে parse এবং read ফাংশন ব্যবহার করা শিখেছি।

|-
| 08:55
| FASTA এবং GenBank ফাইল থেকে ডেটা যেমন record ids, ডিস্ক্রিপশন এবং সিকোয়েন্স এক্সট্র্যাক্ট করা।
|-
| 09:03
| অনুশীলনী হিসাবে-

|-
| 09:06
|NCBI ডেটাবেস থেকে পছন্দের নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্সের জন্য FASTA ফাইল ডাউনলোড করুন।

|-
| 09:13
|সিকোয়েন্সের ফাইল তাদের reverse complements এ বদলান।

|-
| 09:17
| আপনার সম্পন্ন কাজটির কোড নিম্নোক্ত লাইন রাখবে।

|-
| 09:22
| FASTA ফাইল থেকে নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স লোড করতে parse ফাংশন ব্যবহার করুন।

|-
| 09:28
|এরপর, reverse complement মেথডে নির্মিত সিকোয়েন্স অবজেক্ট দ্বারা রিভার্স কমপ্লিমেন্ট প্রিন্ট করুন।

|-
| 09:37
| এই লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে বোঝায়।

|-
| 09:42
|এটি ডাউনলোড করে দেখুন।

|-
| 09:44
| স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।

|-
| 09:51
|অধিক জানতে আমাদের সাথে যোগাযোগ করুন।

|-
| 09:55
| স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা সমর্থিত।

|-
| 10:01
| এই বিষয়ে বিস্তারিত তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।

|-
| 10:06
|আইআইটি বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহণের জন্য ধন্যবাদ।

|}

@@ Line 45: / Line 45: @@
 |-
 | 00:56
-| বায়োলজিতে বৈজ্ঞানিক তথ্য সাধারণত টেক্সট ফাইল যেমন FASTA, GenBank, EMBL, Swiss-Prot ইত্যাদিতে সংরক্ষিত হয়।
+| বায়োলজিতে বৈজ্ঞানিক তথ্য সাধারণত টেক্সট ফাইল যেমন FASTA, GenBank, Swiss-Prot, EMBL ইত্যাদিতে সংরক্ষিত হয়।
 |-

Biopython/C2/Parsing-Data/Bengali - Revision history

Kaushik Datta at 10:20, 24 May 2017

Satarupadutta: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 |Parsing Data এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত..."