Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Marathi - Revision history

PoojaMoolya at 07:04, 11 April 2017

2017-04-11T07:04:19Z

Ranjana at 07:31, 10 January 2017

2017-01-10T07:31:50Z

Ranjana: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Manipulating Sequences''' वरील ट्यूटोरियल मध्ये आप..."

2017-01-10T07:25:04Z

Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Manipulating Sequences''' वरील ट्यूटोरियल मध्ये आप..."

New page

{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| '''Manipulating Sequences''' वरील ट्यूटोरियल मध्ये आपले स्वागत.

|-
| 00:06
| या ट्युटोरियलमध्ये आपण एक यादृच्छिक DNA सीक्वेन्स निर्माण करण्यासाठी '''Biopython''' टूल्स वापरणार आहोत.

|-
| 00:13
|* विशिष्ट ठिकाणी DNA सीक्वेन्सला भागणे.

|-
| 00:17
|* एक नवीन सीक्वेन्स तयार करण्यासाठी दोन सीक्वेन्सला एकत्र करणे जे की कंकॅटेनेट आहे.

|-
| 00:22
|* सीक्वेन्सची लांबी शोधणे.

|-
| 00:26
|* प्रत्येक बेसेसची संख्या किंवा स्ट्रिँगचे भाग मोजणे.

|-
| 00:31
|* एक विशिष्ट बेस किंवा स्ट्रिँगचे भाग शोधणे.

|-
| 00:35
|* '''sequence object''' ला म्यूटबल सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट मध्ये रुपांतरित करणे.

|-
| 00:40
| ह्या ट्यूटोरियलचे अनुसरण करण्यासाठी तुम्हाला अंडरग्रॅज्युएट बायोकेमिस्ट्री किंवा बायोइन्फर्मेटिक्स आणि मूलभूत '''Python''' प्रोग्रँमिंग माहीत असले पाहिजे.

|-
| 00:51
| जर नसल्यास, दिलेल्या लिंक वरील '''Python''' ट्यूटोरियल्स पहा.

|-
| 00:56
| हा ट्यूटोरियल रेकॉर्ड करण्यासाठी, मी '''Ubuntu OS''' वर्जन 14.10

|-
| 01:03
|* '''Python''' वर्जन 2.7.8

|-
| 01:07
|* '''Ipython interpreter''' वर्जन 2.3.0

|-
| 01:12
|* '''Biopython''' वर्जन 1.64 वापरत आहे.

|-
| 01:16
| मी टर्मिनल उघडून '''ipython interpreter''' ला सुरवात करते.

|-
| 01:21
| एकाच वेळी '''Ctrl, Alt''' आणि '''t''' किज दाबा.

|-
|01:26
| प्रॉंप्ट वर टाइप करा: "ipython" आणि एंटर दाबा.

|-
| 01:31
| स्क्रीन वर '''Ipython''' प्रॉंप्ट दिसेल.

|-
| 01:35
| Biopython वापरुन, आपण कोणत्याही विशिष्ट लांबीची यादृच्छिक DNA सीक्वेन्स साठी एक '''sequence object''' निर्माण करू शकतो.

|-
| 01:44
| आता 20 बेसेसच्या DNA सीक्वेन्स साठी एक सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट निर्माण करू.

|-
|01:50
| प्रॉंप्ट वर टाइप करा: "import random", एंटर दाबा.

|-
| 01:56
| पुढे, '''Bio''' पॅकेज मधून '''Seq''' मॉड्यूल इम्पोर्ट करा.

|-
| 02:01
| अनेकदा '''Seq''' ला '''seek''' म्हणून उच्चारले जाते.

|-
| 02:06
| प्रॉंप्ट वर टाइप करा: '''From Bio dot Seq import Seq'''. एंटर दाबा.

|-
| 02:15
| DNA सीक्वेन्स मध्ये अक्षरे निर्देशीत करण्यासाठी '''Bio.Alphabet''' मॉड्यूल वापरुया.

|-
| 02:22
| टाइप करा: '''from Bio dot Alphabet import generic underscore dna.''' एंटर दाबा.

|-
| 02:32
| यादृच्छिक DNA सीक्वेन्स साठी एक सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट तयार करण्यासाठी खालील कमांड टाइप करा.

|-
| 02:38
| वेरियबल '''dna1''' मध्ये सीक्वेन्स संचित करा.

|-
| 02:42
| कृपया लक्ष द्या: ह्या कमांड मध्ये, डबल कोट्सच्या एवजी दोन सिंगल कोट्स वापरा. एंटर दाबा

|-
| 02:50
| आउटपुट साठी, टाइप करा: '''dna1'''. एंटर दाबा.

|-
| 02:55
| आउटपुट, यादृच्छिक DNA सीक्वेन्स साठी '''sequence object''' दाखवते.

|-
| 03:00
| जर तुम्हाला नवीन सीक्वेन्स पाहिजे असेल, तर वरीलप्रमाणे कमांड मिळविण्यासाठी अप-एरो की दाबा. एंटर दाबा.

|-
| 03:11
| आउटपुट साठी, वेरियबलचे नाव टाइप करा '''dna1'''. एंटर दाबा.

|-
| 03:17
| आउटपुट दाखवते की एक नवीन DNA सीक्वेन्स जे पहिल्या पेक्षा वेगळे आहे.

|-
| 03:23
| '''Sequence Objects''': बद्दल

|-
| 03:25
| '''sequence objects''' सहसा '''Python strings''' सारखे सामान्य कार्य करते.

|-
| 03:30
| पायथन स्ट्रिंग साठी जे सामान्य कनवेन्शन्स तुम्ही करतात तेच अनुसरा.

|-
| 03:35
| पायथन मध्ये, आपण स्ट्रिँग मधील 1 च्या एवजी 0 पासून सुरू होणारे अक्षरे मोजू.

|-
| 03:41
| सीक्वेन्स मधील प्रथम अक्षराची स्थिती शून्य आहे.

|-
| 03:45
| टर्मिनल वर परत जा.

|-
| 03:47
| अनेकदा तुम्हाला सीक्वेन्सच्या फक्त एका भागाशी कार्य करण्याची आवश्यकता आहे.

|-
| 03:52
| आता, सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट्स म्हणून स्ट्रिँगच्या भागांना कसे एक्सट्रॅक्ट करून त्यांना संचित करू ते पाहु.

|-
| 03:58
| उदाहरणार्थ, आपण DNAसीक्वेन्सला दोन स्थितींवर भागू.

|-
| 04:04
| प्रथम, 6 आणि 7 बेसेसच्या दरम्यान.

|-
| 04:08
| हे सीक्वेन्स मधील 6व्या बेस वर सीक्वेन्सच्या सुरवाती पासून एक फ्रॅग्मेंटला एक्सट्रॅक्ट करेल.

|-
| 04:15
| दुसरा भाग बेसेस 11 आणि 12 च्या दरम्यान असेल.

|-
| 04:20
| दुसरा फ्रॅग्मेंट सीक्वेन्सच्या 12व्या बेस पासून ते शेवट पर्यंत असेल.

|-
| 04:26
| प्रॉंप्ट वर, प्रथम फ्रॅग्मेंट एक्सट्रॅक्ट करण्यासाठी खालील कमांड टाइप करा.

|-
| 04:31
| String1 ईक्वल टू dna1 कंसात 0 सेमिकॉलन 6.

|-
| 04:39
| प्रथम फ्रॅग्मेंट संचित करण्यासाठी '''string1''' हे वेरियबल आहे.

|-
| 04:43
| सामान्य पायथन मध्ये उर्वरित कमांड अनुसरण करतात.

|-
| 04:47
| ह्या कंसात ठेवलेले सुरवाती आणि रद्द स्थिती आहेत जे कोलन ने विभागली जाते.

|-
| 04:53
| सुरवातची स्थिती इंक्लूसिव (समावेशक) आहेत पण रद्दचि स्थिती एक्सक्लूसिव(विशेष) आहेत. एंटर दाबा.

|-
| 05:01
| आउटपुट पाहण्यासाठी, टाइप करा: "string1", एंटर दाबा.

|-
| 05:04
| आउटपुट, सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट म्हणून पहिला फ्रॅग्मेंट दाखवते.

|-
| 05:10
| सीक्वेन्स मधून दुसरी स्ट्रिँग एक्सट्रॅक्ट करण्यासाठी, अप-एरो की दाबून खालील प्रमाणे कमांड एडिट करा.

|-
| 05:17
| वेरियबलचे नाव बदलून '''string2''' करा आणि स्थिती '''11''' आणि '''20''' करा.

|-
| 05:24
| आउटपुट साठी, टाइप करा: "string2". एंटर दाबा.

|-
| 05:30
| आता आपल्याकडे सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट म्हणून 2 रा फ्रॅग्मेंट देखील आहे.

|-
| 05:34
| आपण एकत्र जुळवू, जसे की, एक नवीन फ्रॅग्मेंट तयार करण्यासाठी दोन स्ट्रिंग्सना जोडु.

|-
| 05:42
| वेरियबल '''dna2''' मध्ये नवीन सीक्वेन्स संचित करूया.

|-
| 05:46
| टाइप करा: '''dna2 equal to string1 plus string2'''. एंटर दाबा.

|-
| 05:53
| कृपया लक्षात घ्याः आपण विजोड मूळाक्षरांसह सीक्वेन्सेस जोडू शकत नाही.

|-
| 05:59
| म्हणून, आपण एक नवीन सीक्वेन्स तयार करण्यासाठी DNA सीक्वेन्स आणि प्रोटीन सीक्वेन्स एकत्र जुळवू शकत नाही.

|-
| 06:07
| दोन्ही सीक्वेन्सेसना समान अक्षरांचे गुणधर्म असणे आवश्यक आहे.

|-
| 06:12
| आउटपुट पाहाण्यसाठी, टाइप करा: "dna2". एंटर दाबा.

|-
| 06:17
| आउटपुट एक नवीन सीक्वेन्स दाखवते जे '''string1''' आणि '''string2''' चे एकीकरण आहे.

|-
| 06:23
| नवीन सीक्वेन्सची लांबी काढण्यास, आपण '''len''' फंक्शन वापरुया.

|-
| 06:29
| टाइप करा: "len" कंसात "dna2". एंटर दाबा.

|-
| 06:34
| आउटपुट, 15 बेसेस लांब म्हणून सीक्वेन्स दाखवते.

|-
| 06:39
| आपण सीक्वेन्स मधील उपस्थित प्रत्येक बेसेसची संख्या देखील मोजू शकतो.

|-
| 06:44
| हे करण्यासाठी, आपण '''count()''' फंक्शन वापरुया.

|-
| 06:47
| उदाहरणार्थ – सीक्वेन्स मधील उपस्थित alanines ची संख्या मोजण्यासाठी, खालील कमांड टाइप करा:
'''dna2 dot count''' कंसात डबल कोट्स मध्ये alphabet A.

|-
| 07:02
| एंटर दाबा.

|-
| 07:04
| आउटपुट, सीक्वेन्स '''dna2''' मधील उपस्थित alanines ची संख्या दाखवते.

|-
| 07:10
| विशिष्ट बेस किंवा स्ट्रिँगचे भाग शोधण्यासाठी, आपण '''find()''' फंक्शन वापरुया.

|-
| 07:16
| टाइप करा: '''dna2 dot find''' कंसात डबल कोट्स मध्ये "GC". एंटर दाबा.

|-
| 07:26
| आउटपुट, स्ट्रिँग मधील '''GC''' चा देखावा पहिल्या टप्प्याच्या स्थितीत दर्शवितात.

|-
| 07:32
| साधारणपणे सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट एडिट केले जाऊ शकत नाही.

|-
| 07:35
| सीक्वेन्स एडिट करण्यासाठी, आपल्याला ते म्यूटबल (अस्थिरता) सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट मध्ये रुपांतर करावे लागेल.

|-
| 07:41
| हे करण्यासाठी, टाइप करा: '''dna3 equal to dna2 dot to mutable''' कंस उघडून बंद करा. एंटर दाबा.

|-
| 07:52
| आउटपुट साठी, टाइप करा: '''dna3'''. एंटर दाबा.

|-
| 07:55
| आता सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट एडिट केले जाऊ शकते.

|-
| 07:59
| आता सीक्वेन्स मधून बेस पुनर्स्थित करू.

|-
| 08:01
| उदाहरणार्थ – एलनिन मध्ये 5 व्या स्थिती वर उपस्थित बेस पुनर्स्थित करण्यासाठी, टाइप करा:
'''dna3 कंसात 5 ईक्वल टू डबल कोट्स मध्ये alphabet A.''' एंटर दाबा.

|-
| 08:19
| आउटपुट साठी, टाइप करा: '''dna3'''. एंटर दाबा.

|-
| 08:24
| आउटपुट पहा. 5 च्या स्थिती वर '''cytosine''' ला '''alanine''' शी पुनर्स्थित केले आहे.

|-
| 08:31
| स्ट्रिँगचे भाग पुनर्स्थित करण्यासाठी, खालील कमांड टाइप करा.

|-
| 08:35
| '''Dna3 कंसात 6 सेमिकॉलन 10 ईक्वल टू डबल कोट्स मध्ये ATGC.''' एंटर दाबा.

|-
| 08:45
| आउटपुट साठी, टाइप करा: '''dna3'''. एंटर दाबा.

|-
| 08:52
| आउटपुट दाखवते की 6 ते 9 स्थितीतून 4 बेसेस, नवीन बेसेस '''ATGC''' सह पुनर्स्थित केले आहेत.

|-
| 09:01
| एकदा का तुम्ही सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट एडिट केले, तर त्याला परत “read only” फॉर्म मध्ये रुपांतरित करा.

|-
| 09:07
| खालील टाइप करा '''dna4 ईक्वल टू dna3 dot to seq''' कंस उघडून बंद करा. एंटर दाबा.

|-
| 09:19
| आउटपुट साठी, टाइप करा: '''dna4.''' एंटर दाबा.

|-
| 09:25
| थोडक्यात.

|-
| 09:27
| ह्या ट्यूटोरियल मध्ये आपण यादृच्छिक DNA सीक्वेन्स निर्माण करणे शिकलो.

|-
| 09:32
|* विशिष्ट ठिकाणी DNA सीक्वेन्स भागणे.

|-
| 09:36
|* एक नवीन सीक्वेन्स तयार करण्यासाठी दोन सीक्वेन्सला एकत्र करणे जे की कंकॅटीनेट आहे.

|-
| 09:43
| आपण '''len, count''' आणि '''find''' फंक्शन्स कसे वापरणे हे देखील शिकलो.

|-
| 09:49
|* सीक्वेन्स ऑब्जेक्टला, म्यूटबल सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट मध्ये रुपांतरित करणे आणि स्ट्रिँगचे भाग किंवा बेस पुनर्स्थित करणे.

|-
| 09:57
| असाइनमेंट साठी, 30 बेसेसचा यदृशिक '''DNA sequence''' निर्माण करा.

|-
| 10:02
| Biopython टूल्स वापरुन, GC पर्सेंटेज आणि सीक्वेन्सच्या आण्विक वजनाची गणना करा.

|-
| 10:09
| तुमची पूर्ण झालेली असाइनमेंट खालील प्रमाणे असेल.

|-
| 10:13
| आउटपुट, पर्सेंटेज म्हणून '''GC''' कॉंटेंट दाखवते.

|-
| 10:18
| आउटपुट, DNA सीक्वेन्स चे आण्विक वजन दाखवते.

|-
| 10:23
| स्क्रीनवर दिसणार्‍या लिंकवर उपलब्ध असलेल्या व्हिडिओमधे तुम्हाला प्रॉजेक्टचा सारांश मिळेल.

|-
| 10:26
| जर तुमच्याकडे चांगली बॅंडविड्त नसेल तर तुम्ही वीडियो डाउनलोड करूनही पाहु शकता.

|-
| 10:30
| कार्यशाळा चालविते, विद्यार्थ्यांना प्रमाणपत्रही देते.

|-
| 10:32
| कृपया आम्हाला संपर्क करा.

|-
| 10:35
| स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्टला अर्थसहाय्य NMEICT, MHRD, Govt of India ने दिले आहे.

|-
| 10:43
| मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद.

|}

@@ Line 1: / Line 1: @@
 {| Border=1
-! <center>Time</center>
+|'''Time'''
-! <center>Narration</center>
+|'''Narration'''
 |-
@@ Line 13: / Line 13: @@
 |-
 | 00:13
-|* विशिष्ट ठिकाणी DNA सीक्वेन्सला भागणे.
+| विशिष्ट ठिकाणी DNA सीक्वेन्सला भागणे.
 |-
 | 00:17
-|* एक नवीन सीक्वेन्स तयार करण्यासाठी दोन सीक्वेन्सला एकत्र करणे जे की कंकॅटेनेट आहे.
+| एक नवीन सीक्वेन्स तयार करण्यासाठी दोन सीक्वेन्सला एकत्र करणे जे की कंकॅटेनेट आहे.
 |-
 | 00:22
-|* सीक्वेन्सची लांबी शोधणे.
+| सीक्वेन्सची लांबी शोधणे.
 |-
 | 00:26
-|* प्रत्येक बेसेसची संख्या किंवा स्ट्रिँगचे भाग मोजणे.
+| प्रत्येक बेसेसची संख्या किंवा स्ट्रिँगचे भाग मोजणे.
 |-
 | 00:31
-|* एक विशिष्ट बेस किंवा स्ट्रिँगचे भाग शोधणे.
+| एक विशिष्ट बेस किंवा स्ट्रिँगचे भाग शोधणे.
 |-
 | 00:35
-|* '''sequence object''' ला म्यूटबल सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट मध्ये रुपांतरित करणे.
+| '''sequence object''' ला म्यूटबल सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट मध्ये रुपांतरित करणे.
 |-
@@ Line 40: / Line 40: @@
 |-
-|  00:51
+| 00:51
 | जर नसल्यास, दिलेल्या लिंक वरील '''Python''' ट्यूटोरियल्स पहा.
@@ Line 49: / Line 49: @@
 |-
 | 01:03
-|* '''Python''' वर्जन 2.7.8
+| '''Python''' वर्जन 2.7.8
 |-
 | 01:07
-|* '''Ipython interpreter'''  वर्जन 2.3.0
+| '''Ipython interpreter'''  वर्जन 2.3.0
 |-
 | 01:12
-|* '''Biopython''' वर्जन 1.64 वापरत आहे.
+| '''Biopython''' वर्जन 1.64 वापरत आहे.
 |-
@@ Line 293: / Line 293: @@
 |-
 | 06:47
-| उदाहरणार्थ – सीक्वेन्स मधील उपस्थित alanines ची संख्या मोजण्यासाठी, खालील कमांड टाइप करा:
+| उदाहरणार्थ – सीक्वेन्स मधील उपस्थित alanines ची संख्या मोजण्यासाठी, खालील कमांड टाइप करा: '''dna2 dot count''' कंसात डबल कोट्स मध्ये alphabet A.
 '''dna2 dot count''' कंसात डबल कोट्स मध्ये alphabet A.
 |-
@@ Line 342: / Line 341: @@
 |-
 | 08:01
-| उदाहरणार्थ – एलनिन मध्ये 5 व्या स्थिती वर उपस्थित बेस पुनर्स्थित करण्यासाठी, टाइप करा:
+| उदाहरणार्थ – एलनिन मध्ये 5 व्या स्थिती वर उपस्थित बेस पुनर्स्थित करण्यासाठी, टाइप करा: dna3 कंसात 5 ईक्वल टू डबल कोट्स मध्ये alphabet A. एंटर दाबा.
 dna3 कंसात 5 ईक्वल टू डबल कोट्स मध्ये alphabet A. एंटर दाबा.
 |-
@@ Line 391: / Line 389: @@
 |-
 | 09:32
-|* विशिष्ट ठिकाणी DNA सीक्वेन्स भागणे.
+| विशिष्ट ठिकाणी DNA सीक्वेन्स भागणे.
 |-
 | 09:36
-|* एक नवीन सीक्वेन्स तयार करण्यासाठी दोन सीक्वेन्सला एकत्र करणे जे की कंकॅटीनेट आहे.
+| एक नवीन सीक्वेन्स तयार करण्यासाठी दोन सीक्वेन्सला एकत्र करणे जे की कंकॅटीनेट आहे.
 |-
@@ Line 403: / Line 401: @@
 |-
 | 09:49
-|* सीक्वेन्स ऑब्जेक्टला, म्यूटबल सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट मध्ये रुपांतरित करणे आणि स्ट्रिँगचे भाग किंवा बेस पुनर्स्थित करणे.
+| सीक्वेन्स ऑब्जेक्टला, म्यूटबल सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट मध्ये रुपांतरित करणे आणि स्ट्रिँगचे भाग किंवा बेस पुनर्स्थित करणे.
 |-
@@ Line 448: / Line 446: @@
 | 10:43
 | मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद.
 |}

@@ Line 173: / Line 173: @@
 |-
 | 03:58
-| उदाहरणार्थ, आपण DNAसीक्वेन्सला दोन स्थितींवर भागू.
+| उदाहरणार्थ, आपण DNA सीक्वेन्सला दोन स्थितींवर भागू.
 |-
@@ Line 343: / Line 343: @@
 | 08:01
 | उदाहरणार्थ – एलनिन मध्ये 5 व्या स्थिती वर उपस्थित बेस पुनर्स्थित करण्यासाठी, टाइप करा:
-'''dna3 कंसात 5 ईक्वल टू डबल कोट्स मध्ये alphabet A.'''  एंटर दाबा.
+dna3 कंसात 5 ईक्वल टू डबल कोट्स मध्ये alphabet A. एंटर दाबा.
 |-
@@ Line 359: / Line 359: @@
 |-
 | 08:35
-| '''Dna3 कंसात 6 सेमिकॉलन 10 ईक्वल टू डबल कोट्स मध्ये ATGC.''' एंटर दाबा.
+| Dna3 कंसात 6 सेमिकॉलन 10 ईक्वल टू डबल कोट्स मध्ये ATGC. एंटर दाबा.
 |-
@@ Line 375: / Line 375: @@
 |-
 | 09:07
-| खालील टाइप करा '''dna4 ईक्वल टू dna3 dot to seq''' कंस उघडून बंद करा. एंटर दाबा.
+| खालील टाइप करा dna4 ईक्वल टू dna3 dot to seq कंस उघडून बंद करा. एंटर दाबा.
 |-