Shruti arya at 15:05, 7 February 2017

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Shruti arya: Created page with " {| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | 'Manipulating Sequences' पर इस ट्यूटोरियल में आपका..."

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{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

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| 00:01
| 'Manipulating Sequences' पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है।

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| 00:06
| इस ट्यूटोरियल में हम 'Biopython' टूल्स उपयोग करेंगे: * एक यादृच्छिक DNA सीक्वेंस बनाने के लिए

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| 00:13
|निर्दिष्ट स्थानों पर एक DNA सीक्वेंस को स्लाइस यानि टुकड़े करने में

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| 00:17
| एक नयी सीक्वेंस बनाने के लिए दो सीक्वेंसेस को एकसाथ जोड़ने में यानि कि श्रेणीबद्ध करने में

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| 00:22
|* सीक्वेंस की लम्बाई ज्ञात करने में

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| 00:26
| अलग-अलग 'बेसेस' या 'स्ट्रिंग' के भाग की संख्या को गिनने में

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| 00:31
| एक विशेष बेस या स्ट्रिंग के भाग को ज्ञात करने में

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| 00:35
| एक 'सीक्वेंस-ऑब्जेक्ट' को एक परिवर्तनीय सीक्वेंस ऑब्जेक्ट में बदलने में

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| 00:40
| इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको स्नातक स्तर की बायोकेमिस्ट्री या बायोइन्फॉर्मेटिक्स

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| 00:47
| और बुनियादी Python प्रोग्रामिंग से परिचित होना चाहिए।

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| 00:51
| यदि नहीं तो दिए गए लिंक पर 'Python' ट्यूटोरियल्स को देखें।

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| 00:56
| इस ट्यूटोरियल को रेकॉर्ड करने के लिए मैं उपयोग कर रही हूँ 'Ubuntu OS' वर्जन 14.10

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| 01:03
|* 'Python' वर्जन 2.7.8

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| 01:07
|* 'Ipython interpreter' वर्जन 2.3.0

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| 01:12
|* 'Biopython' वर्जन 1.64.

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| 01:16
| अब मैं 'टर्मिनल' खोलती हूँ और 'ipython इंटरप्रेटर' शुरू करती हूँ।

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| 01:21
| 'Ctrl, Alt' और 'T' कीज़ एकसाथ दबाएं।

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|01:26
| प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'ipython' और एंटर दबाएं।

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| 01:31
| 'Ipython' प्रॉम्प्ट स्क्रीन पर दिखता है।

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| 01:35
| Biopython उपयोग करके हम किसी भी निर्दिष्ट लम्बाई की एक यादृच्छिक DNA सीक्वेंस के लिए एक 'सीक्वेंस ऑब्जेक्ट' बना सकते हैं।

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| 01:44
| अब 20 बेसेस के एक DNA सीक्वेंस के लिए एक सीक्वेंस ऑब्जेक्ट उत्पन्न करते हैं।

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|01:50
| प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'import random' एंटर दबाएं।

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| 01:56
| आगे 'Bio पैकेज से 'Seq' मॉड्यूल इम्पोर्ट करते हैं।

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| 02:01
| प्रायः 'Seq' को 'seek' की तरह उच्चारित किया जाता है।

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| 02:06
| प्रॉम्प्ट पर टाइप करें: 'From Bio dot Seq import Seq' एंटर दबाएं।

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| 02:15
| हम DNA सीक्वेंस में ऐल्फबेट्स यानि अक्षरों को निर्दिष्ट करने के लिए 'Bio.Alphabet' मॉड्यूल उपयोग करेंगे।

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| 02:22
| टाइप करें: 'from Bio dot Alphabet import generic underscore dna' एंटर दबाएं।

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| 02:32
| उस यादृच्छिक DNA सीक्वेंस की एक सीक्वेंस ऑब्जेक्ट बनाने के लिए निम्न कमांड टाइप करें।

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| 02:38
| उस कमांड को वेरिएबल 'dna1' में संचित करें।

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| 02:42
| कृपया ध्यान दें: इस कमांड में एक डबल क्वोट के बजाय दो सिंगल क्वोट्स उपयोग करें। एंटर दबाएं।

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| 02:50
| आउटपुट के लिए टाइप करें 'dna1', एंटर दबाएं।

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| 02:55
| आउटपुट उस यादृच्छिक DNA सीक्वेंस के लिए 'सीक्वेंस ऑब्जेक्ट दिखाता है।

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| 03:00
| यदि आप एक नयी सीक्वेंस चाहते हैं तो उपरोक्त की तरह उसी कमांड के लिए अप-एरो की दबाएं। एंटर दबाएं।

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| 03:11
| आउटपुट के लिए वेरिएबल नाम 'dna1' टाइप करें। एंटर दबाएं।

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| 03:17
| आउटपुट एक नयी DNA सीक्वेंस दिखाता है जो पहले वाली से अलग है।

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| 03:23
| 'Sequence Objects' के बारे में:

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| 03:25
| ‘सीक्वेंस ऑब्जेक्ट्स' आमतौर पर सामान्य 'Python स्ट्रिंग्स' की तरह कार्य करते हैं।

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| 03:30
| अतः सामान्य नियमों का अनुसरण करें जैसे कि आप Python स्ट्रिंग्स के लिए करते हैं।

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| 03:35
| Python में हम 1 के बजाय 0 से शुरू करके स्ट्रिंग में कैरेक्टर्स को गिनते हैं।

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| 03:41
| सीक्वेंस में पहला कैरेक्टर 0 स्थिति है।

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| 03:45
| टर्मिनल पर वापस आएं।

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| 03:47
| प्रायः आपको सीक्वेंस के केवल एक भाग के लिए भी कार्य करने की ज़रुरत हो सकती है।
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| 03:52
| अब देखते हैं कि स्ट्रिंग के भागों को कैसे एक्सट्रैक्ट करते हैं और उन्हें सीक्वेंस ऑब्जेक्ट्स की तरह कैसे संचित करते हैं।

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| 03:58
| उदाहरण के लिए हम DNA सीक्वेंस को दो स्थितियों पर 'स्लाइस' करेंगे।

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| 04:04
| पहले 6 और 7 बेसेस के बीच।

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| 04:08
| यह सीक्वेंस की शुरुआत से छठे बेस तक एक फ्रैग्मेंट एक्सट्रैक्ट करेगा।

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| 04:15
| दूसरा स्लाइस 11 और 12 बेसेस के बीच होगा।

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| 04:20
|दूसरा फ्रैग्मेंट सीक्वेंस के बारहवें बेस से अंत तक तक होगा।

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| 04:26
| पहला फ्रैग्मेंट एक्सट्रैक्ट करने के लिए प्रॉम्प्ट पर निम्न कमांड टाइप करें।

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| 04:31
| 'String1 equal to dna1 within brackets 0 semicolon 6'.

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| 04:39
| 'string1' पहला फ्रैग्मेंट संचित करने के लिए वेरिएबल है।

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| 04:43
|कमांड का अनुसरण करें जैसे सामान्य Python में करते हैं।

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| 04:47
|इन ब्रैकेट्स में बंद कोलन से अलग की गयी आरंभ और रोकी हुई स्थितियां हैं।

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| 04:53
|यह स्थितियाँ शुरुआत को शामिल करती हैं किन्तु स्टॉप को शामिल नहीं करती हैं। एंटर दबाएं।

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| 05:01
| आउटपुट देखने के लिए टाइप करें: 'string1' एंटर दबाएं।

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| 05:04
| आउटपुट सीक्वेंस ऑब्जेक्ट की तरह पहला फ्रैग्मेंट दिखाता है।

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| 05:10
| सीक्वेंस से दूसरी स्ट्रिंग को एक्सट्रैक्ट करने के लिए अप-एरो की दबाएं और निम्न की तरह कमांड एडिट करें:

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| 05:17
| वेरिएबल का नाम बदलकर 'string2' और स्थितियाँ बदलकर '11' और '20' करें।

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| 05:24
| आउटपुट के लिए टाइप करें: 'string2' एंटर दबाएं।

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| 05:30
| अब हमारे पास दूसरा फ्रैग्मेंट भी सीक्वेंस ऑब्जेक्ट की तरह ही है।

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| 05:34
| अब श्रेणीबद्ध करते हैं यानि कि दो 'स्ट्रिंग' को एकसाथ जोड़कर एक नया फ्रैग्मेंट बनाते हैं।

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| 05:42
| वेरिएबल 'dna2' में नया सीक्वेंस संचित करें।

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| 05:46
| टाइप करें: 'dna2 equal to string1 plus string2'. एंटर दबाएं।

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| 05:53
| कृपया ध्यान दें: हम असंगत ऐल्फाबेट्स की सीक्वेंसेस को नहीं जोड़ सकते।

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| 05:59
| यानि कि हम एक नयी सीक्वेंस बनाने के लिए DNA सीक्वेंस एक प्रोटीन सीक्वेंस को श्रेणीबद्ध नहीं कर सकते हैं।

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| 06:07
| दो सीक्वेंसेस का ऐल्फाबेट एटट्रिब्यूट समान होना चाहिए।

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| 06:12
| आउटपुट देखने के लिए टाइप करें: 'dna2' एंटर दबाएं।

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| 06:17
| आउटपुट एक नयी सीक्वेंस दिखाता है जो 'string1' और 'string2' का संयोजन है।

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| 06:23
| नयी सीक्वेंस की लम्बाई ज्ञात करने के लिए हम 'len' फंक्शन उपयोग करेंगे।

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| 06:29
| टाइप करें: 'len' ब्रैकेट्स में 'dna2'. एंटर दबाएं।

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| 06:34
| आउटपुट 15 बेसेस लम्बा सीक्वेंस दिखाता है।

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| 06:39
| हम सीक्वेंस में उपस्थित अलग अलग बेसेस की संख्या को भी गिन सकते हैं।

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| 06:44
| ऐसा करने के लिए हम 'count()' फंक्शन उपयोग करेंगे।

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| 06:47
| उदाहरण के लिए सीक्वेंस में उपस्थित alanines की संख्या को गिनने के लिए, निम्न कमांड टाइप करें 'dna2 dot count' ब्रैकेट्स में डबल क्वोट्स में अक्षर A.

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| 07:02
| एंटर दबाएं।

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| 07:04
| आउटपुट सीक्वेंस 'dna2' में उपस्थित alanines की संख्या को दिखाता है।

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| 07:10
| एक विशिष्ट बेस या स्ट्रिंग का भाग ज्ञात करने के लिए हम 'find()' फंक्शन उपयोग करेंगे।

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| 07:16
| टाइप करें: 'dna2 dot find' ब्रैकेट्स में डबल क्वोट्स में 'GC'. एंटर दबाएं।

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| 07:26
| आउटपुट स्ट्रिंग में 'GC' की उपस्थिति के प्रथम इंस्टैंस की स्थिति दिखाता है।

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| 07:32
| सामान्यतः एक सीक्वेंस ऑब्जेक्ट को एडिट नहीं किया जा सकता है।

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| 07:35
| एक सीक्वेंस को एडिट करने के लिए हमें इसे परिवर्तनीय सीक्वेंस ऑब्जेक्ट में बदलना है।

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| 07:41
| ऐसा करने के लिए टाइप करें: 'dna3 equal to dna2 dot to mutable' ब्रैकेट खोलें और बंद करें। एंटर दबाएं।

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| 07:52
| आउटपुट के लिए टाइप करें: 'dna3' एंटर दबाएं।

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| 07:55
| अब सीक्वेंस ऑब्जेक्ट एडिट किया जा सकता है।

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| 07:59
| अब बेस को सीक्वेंस से बदलते हैं।

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| 08:01
| उदाहरण के लिए- पाँचवे स्थान पर उपस्थित बेस को alanine (एलानीन) से बदलने के लिए, टाइप करें: 'dna3 ब्रैकेट्स में 5 इक्वल्स टू डबल क्वोट में अक्षर A. एंटर दबाएं।

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| 08:19
| आउटपुट के लिए टाइप करें: 'dna3' एंटर दबाएं।

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| 08:24
| आउटपुट देखें। पाँचवें स्थान पर 'cytosine' 'alanine' से बदल गया है।

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| 08:31
| 'स्ट्रिंग' के एक भाग को बदलने के लिए निम्न कमांड टाइप करें।

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| 08:35
| 'Dna3 ब्रैकेट्स में 6 सेमीकोलन 10 इक्वल टू डबल क्वोट्स में 'ATGC'. एंटर दबाएं।

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| 08:45
| आउटपुट के लिए टाइप करें: 'dna3' एंटर दबाएं।

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| 08:52
| आउटपुट दिखाता है कि 6 से 9 तक की स्तिथियों पर 4 बेसेस नए बेसेस 'ATGC' से बदले गए हैं।

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| 09:01
| एक बार जब आपने अपना सीक्वेंस ऑब्जेक्ट एडिट कर लिया है तो इसे वापस 'read only' फॉर्म में बदलें।

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| 09:07
| निम्न टाइप करें: 'dna4 equal to dna3 dot to seq ब्रैकेट खोलें और बंद करें' एंटर दबाएं।

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| 09:19
| आउटपुट के लिये टाइप करें: 'dna4' एंटर दबाएं।

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| 09:25
| इसे सारांशित करते हैं।

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| 09:27
|इस ट्यूटोरियल में हमने निम्न करना सीखा: * एक यादृच्छिक DNA सीक्वेंस बनाना

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| 09:32
|निर्दिष्ट स्थानों पर एक DNA सीक्वेंस स्लाइस करना

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| 09:36
|एक नयी सीक्वेंस बनाने के लिए दो सीक्वेंसेस को एकसाथ जोड़ना यानि कि श्रेणीबद्ध करना।

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| 09:43
| हमने यह भी सीखा: कि 'len, count' और 'find' फंक्शन्स को कैसे उपयोग करते हैं

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| 09:49
|एक सीक्वेंस ऑब्जेक्ट को परिवर्तनीय सीक्वेंस ऑब्जेक्ट में कैसे बदलते हैं और स्ट्रिंग के भाग या बेस का स्थान कैसे बदलते हैं।

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| 09:57
| नियत कार्य में 30 बेसेस का एक यादृच्छिक 'DNA सीक्वेंस' बनाएं।

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| 10:02
| Biopython टूल्स उपयोग करके GC परसेंटेज और सीक्वेंस के मोलिक्यूलर वेट यानि आणविक भार की गणना करें।

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| 10:09
| आपका पूर्ण नियत कार्य निम्न प्रकार दिखेगा।

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| 10:13
| आउटपुट परसेंटेज की तरह 'GC' कंटेंट दिखाता है।

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| 10:18
| आउटपुट DNA सीक्वेंस का मोलिक्यूलर वेट यानि आणविक भार दिखाता है।

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| 10:23
| यह वीडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट को सारांशित करता है।

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| 10:26
| अच्छी बैंडविड्थ न मिलने पर आप इसे डाउनलोड करके देख सकते हैं।

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| 10:30
| हम कार्यशालाएं आयोजित करते हैं और प्रमाणपत्र देते हैं।

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| 10:32
| कृपया हमसे संपर्क करें।

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| 10:35
| स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट भारत सरकार के MHRD के NMEICT द्वारा समर्थित है।

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| 10:43
| आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद।
|}

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 | 00:22
-|* सीक्वेंस की लम्बाई ज्ञात करने में
+| सीक्वेंस की लम्बाई ज्ञात करने में
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 | 01:03
-|* 'Python' वर्जन 2.7.8
+| 'Python' वर्जन 2.7.8
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 | 01:07
-|* 'Ipython interpreter' वर्जन 2.3.0
+| 'Ipython interpreter' वर्जन 2.3.0
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 | 01:12
-|* 'Biopython' वर्जन 1.64.
+| 'Biopython' वर्जन 1.64.
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Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Hindi - Revision history

Shruti arya at 15:05, 7 February 2017

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