Jyotisolanki at 10:14, 3 May 2017

2017-05-03T10:14:51Z

PoojaMoolya at 06:14, 1 May 2017

2017-05-01T06:14:43Z

Jyotisolanki at 07:21, 20 March 2017

2017-03-20T07:21:04Z

Jyotisolanki: Created page with " {| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Manipulating Sequences''' પરના ટ્યુટોરીયલમાં તમાર..."

2017-03-20T07:19:31Z

Created page with " {| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Manipulating Sequences''' પરના ટ્યુટોરીયલમાં તમાર..."

New page

{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| '''Manipulating Sequences''' પરના ટ્યુટોરીયલમાં તમારું સ્વાગત છે.

|-
| 00:06
| આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે એક રેન્ડમ DNA સિક્વેન્સ નિર્માણ કરવા માટે '''Biopython''' ટૂલ્સ નો ઉપયોગ કરીશું.

|-
| 00:13
|* સ્પષ્ટ જગ્યાએ DNA સિક્વેન્સ કાપો.

|-
| 00:17
|* એક નવું સિકવેન્સ બનાવવા માટે બે સિકવેન્સને એક કરવું જે કે '''concatenate''' છે.

|-
| 00:22
|* સિકવેન્સની લંબાઈ શોધતા.

|-
| 00:26
|* પ્રત્યેક બેસની સંખ્યા અથવા સ્ટ્રીંગના ભાગની ગણતરી કરવી.

|-
| 00:31
|* એક વિશિષ્ટ બેસ સ્ટ્રીંગના ભાગને શોધવું.

|-
| 00:35
|* '''sequence object''' ને મ્યુટેબ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ માં રૂપાંતરિત કરવું.

|-
| 00:40
|આ ટ્યુટોરીયલનું અનુસરણ કરવા માટે અંડર ગ્રેજ્યુએટ બાયોકેમિસ્ટ્રી અને મૂળભૂત '''Python''' પ્રોગ્રામ ની જાણકારી હોવી જોઈએ.

|-
| 00:51
|જો નથી તો આપેલ લિંક પર '''Python''' ટ્યુટોરીયલને જુઓ.

|-
| 00:56
| આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું.

|-
| 01:03
|* '''Python''' version 2.7.8

|-
| 01:07
|* '''Ipython interpreter''' version 2.3.0

|-
| 01:12
|* '''Biopython''' version 1.64.

|-
| 01:16
|ચાલો હું ટર્મિનલ ખોલું અને '''ipython interpreter''' ને શરુ કરીએ.

|-
| 01:21
|એકસાથે '''Ctrl, Alt''' અને '''t''' કી દાબીને ટર્મિનલ ખોલો.

|-
|01:26
|પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : "ipython" અને '''Enter''' દબાવો.

|-
| 01:31
| સ્ક્રીન પર '''Ipython''' પ્રોમ્પ્ટ દ્રશ્યમાન છે.

|-
| 01:35
| Biopython,નો ઉપયોગ આપણે કોઈપણ વિશિષ્ટ લંબાઈના રેન્ડમ DNA સિકવેન્સ માટે એક '''sequence object''' નિર્માણ કરી શકીએ છીએ.

|-
| 01:44
|હવે 20 બેસના DNA સિક્વેન્સ માટે એક સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ નિર્માણ કરવું.

|-
|01:50
|પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : "import random", '''Enter''' દબાવો.

|-
| 01:56
|આગળ '''Bio ''' પેકેજ માં '''Seq''' મોડ્યૂલ ઈમ્પોર્ટ કરો.

|-
| 02:01
|અનેકવાર '''Seq''' ને '''seek'''. તરીકે ઉચ્ચારણ કરવામાં આવે છે.

|-
| 02:06
|પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : '''From Bio dot Seq import Seq'''. '''Enter''' દબાવો.

|-
| 02:15
|DNA સિક્વેન્સમાં અક્ષરો સ્પષ્ટ કરવા માટે '''Bio.Alphabet''' મોડ્યૂલ વાપરીએ.

|-
| 02:22
| ટાઈપ કરો: '''from Bio dot Alphabet import generic underscore dna.''' '''Enter''' દબાવો.

|-
| 02:32
| રેન્ડમ DNA સિકવેન્સ માટે એક સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવવા માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો.

|-
| 02:38
|વેરિયેબલ '''dna1''' માં સિકવેન્સ સંગ્રહ કરો.

|-
| 02:42
|કૃપા કરીને નોંધ લો : આ કમાંડ ડબલ કોટ્સના જગ્યાએ બે સિંગલ કોટ્સ વાપરો .એન્ટર દબાવો.

|-
| 02:50
| આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : '''dna1'''. '''Enter''' દબાવો.

|-
| 02:55
| આઉટપુટ DNA સિકવેન્સ માટે '''sequence object''' દેખાડે છે.

|-
| 03:00
| જો તમને નવું સિકવેન્સ જોઈએ તો ઉપર પ્રમાણે કમાંડ મેળવવા માટે અપ-એરો કી દબાવો. એન્ટર દબાવો.

|-
| 03:11
|આઉટપુટ માટે વેરિયેબલ નામ ટાઈપ કરો '''dna1.''' એન્ટર દબાવો.

|-
| 03:17
| આઉટપુટ દેખાડે છે કે એક નવું DNA સિકવેન્સ જે પ્રથમ કરતા જુદું છે.

|-
| 03:23
| '''Sequence Objects''': વિષે

|-
| 03:25
| '''sequence objects''' સામાન્ય રીતે '''Python strings''' જેમ સામાન્ય કાર્ય કરે છે.

|-
| 03:30
|પાયથન સ્ટ્રીંગ માટે જે સામાન્ય કન્વેનશનસ તમે કરો છો તે અનુસરો.

|-
| 03:35
|પાયથન માં આપણે સ્ટ્રીંગમાં 1 ના બદલે 0 થી શરુ થનાર અક્ષરો ગણીએ.

|-
| 03:41
|સિકવેન્સમાં પ્રથમ અક્ષરની સ્તિથી શૂન્ય છે.

|-
| 03:45
| ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ.

|-
| 03:47
|અનેક વખતે તમને સિકવેન્સના ફક્ત એક ભાગથી કરું કરવાની જરૂરિયાત છે.

|-
| 03:52
|હવે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે સ્ટ્રીંગના ભાગને કેવી રીતે એક્સટ્રેક્ટ કરી તેમને સંગ્રહ કરીને જોઈએ.

|-
| 03:58
|ઉદાહરણ તરીકે આપણે DNA સિકવેન્સને બે સ્થિતિપર '''slice''' કરીશું.

|-
| 04:04
|પ્રથમ 6 અને 7 બેસના વચ્ચે.

|-
| 04:08
|આ સિકવેન્સ માં છઠા બેસ પર સિકવેન્સના શરૂઆતથી એક ''' fragment ''' એક્સટ્રેક્ટ કરશે.

|-
| 04:15
| બીજો ભાગ બેસીસ 11 અને 12 ના વચ્ચે રહેશે.

|-
| 04:20
|બીજું ફ્રેગમેન્ટ સિકવેન્સના 12 માં બેસ થી છેલ્લા બેસ શુધી રહેશે.

|-
| 04:26
| પ્રોપટ પર પ્રથમ ફ્રેગમેન્ટ એક્સ્ટ્રક્ટ કરવા માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો.

|-
| 04:31
|'''String1 equal to dna1 brackets માં 0 semicolon 6.'''

|-
| 04:39
|પ્રથમ ફ્રેગમેન્ટ સંગ્રહ કરવા માટે '''string1''' આ વેરિયેબલ છે.

|-
| 04:43
|સામાન્ય પાયથન માં બચેલા કમાંડ અનુસરણ કરાવાય છે.

|-
| 04:47
|આ કૌંસ મુકેલ શરત અને રદ સ્થિતિ છે જે કોલનથી જુદું થાય છે.

|-
| 04:53
|શરઆતની સ્થિતિ વ્યાપક છે પણ રદ ની સ્થિતિ વિશેષ છે. એન્ટર દબાવો.

|-
| 05:01
| આઉટપુટ જોવા માટે ટાઈપ કરો. : "string1", '''Enter''' દબાવો.

|-
| 05:04
|આઉટપુટ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે પ્રથમ ફ્રેગમેન્ટ દેખાડે છે.

|-
| 05:10
| સિકવેન્સ માં વિજુ સ્ટ્રીંગ એક્સટ્રેક્ટ કરવા માટે અપ એરો કી દબાવીને આપેલ પ્રમાણે કમાંડ ટાઈપ કરો.

|-
| 05:17
|વેરિયેબલમાં નામ ને બદલીને '''string2''' કરો અને સ્થિતિ '''11''' અને '''20''' કરો.

|-
| 05:24
| આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : "string2". '''Enter''' દબાવો.

|-
| 05:30
|હવે આપણી પાસે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે બે ફ્રેગમેન્ટ પણ છે.

|-
| 05:34
| ચાલો એકત્ર કરીએ જેવી રીતે એક નવા ફ્રેગમેન્ટ તૈયાર કરવા માટે બે સ્ટ્રીંગ ને ઉમેરવું.

|-
| 05:42
|વેરિયેબલ '''dna2'''. માં નવા સિકવેન્સ સંગ્રહ કરીએ.

|-
| 05:46
|ટાઈપ કરો : '''dna2 equal to string1 plus string2'''. '''Enter''' દબાવો.

|-
| 05:53
| નોંધ લો કે : આપણે ઈનકમપેટીબલ મૂળાક્ષરસિકવેન્સ ઉમેરી શકતા નથી.

|-
| 05:59
|માટે આપણે એક નવું સિકવેન્સ બનાવવા માટે DNA સિકવેન્સ અને પ્રોટીન સિકવેન્સ એકસાથે જોડી શકતા નથી.

|-
| 06:07
|બંને સિકવેન્સને સમાન અક્ષરના ગુણધર્મ, હોવા જરૂરી નથી.

|-
| 06:12
| આઉટપુટ જોવા માટે ટાઈપ કરો : "dna2". એન્ટર દબાવો.

|-
| 06:17
|આઉટપુટ એક એક નવું સિકવેન્સ બતાડે છે જે '''string1''' અને '''string2.''' નું સંયોજન છે.

|-
| 06:23
| નવા સિકવેન્સની લંબાઈ શોધવા માટે આપણે '''len''' ફંકશન નો ઉપયોગ કરીશું.

|-
| 06:29
| ટાઈપ કરું : "len" within parenthesis "dna2". '''Enter''' દબાવો.

|-
| 06:34
|આઉટપુટ 15 બેસેસ લંબાઈ તરીકે સિકવેન્સ દેખાડે છે.

|-
| 06:39
| આપણે સિકવેન્સ માં ઉપસ્થિત પ્રત્યેક બેસેસની સંખ્યા પણ ગણી શકીએ છીએ.

|-
| 06:44
|આ કરવા માટે આપણે '''count()''' ફંકશન વાપરીશું.

|-
| 06:47
|ઉદાહરણ તરીકે - સિકવેન્સ માં ઉપસ્થિત alanines ની સંખ્યા ગણવા માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો : '''dna2 dot count''' within parenthesis within double quotes alphabet A.

|-
| 07:02
|એન્ટર દબાવો.

|-
| 07:04
|આઉટપુટ સિકવેન્સ '''dna2'''. માં ઉપસ્થિત '''alanines '''ની સંખ્યા દેખાડે છે.

|-
| 07:10
| વિશિષ્ટ બેસ સ્ટ્રીંગના ભાગ શોધવા માટે આપણે '''find()''' ફંકશન નો ઉપયોગ કરીશું.

|-
| 07:16
|ટાઈપ કરો : '''dna2 dot find''' within parenthesis within double quotes "GC". અને એન્ટર દબાવો.

|-
| 07:26
|આઉટપુટ સ્ટ્રીંગ માં '''GC''' ના દેખાવના પ્રથમ ઉદાહરણની સ્થિતિ દર્શાવે છે.

|-
| 07:32
| સામાન્ય પણે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ એડિટ કરી શકતા નથી.

|-
| 07:35
|સિકવેન્સ એડિટ કરવા માટે આપણને તે mutable સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ માં રૂપાંતર કરવું પડશે.

|-
| 07:41
|આ કરવા માટે ટાઈપ કરો: '''dna3 equal to dna2 dot to mutable''' ખુલ્લું અને બંધ.એન્ટર દબાવો.

|-
| 07:52
| આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : '''dna3'''. એન્ટર દબાવો.

|-
| 07:55
| હવે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ એડિટ કરી શકાય છે.

|-
| 07:59
|હવે સિકવેન્સમાં બેસ ફરી સ્થિત કરીએ.

|-
| 08:01
|ઉદાહરણ તરીકે - alanine માં 5 મી સ્થિતિ પર ઉપસ્થિત બેસ ફરી સ્થિત કરવા માટે ટાઈપ કરો : '''dna3 within brackets 5 equal to within double quotes alphabet A.''' એન્ટર દબાવો.

|-
| 08:19
|આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : '''dna3'''. અને એન્ટર દબાવો.

|-
| 08:24
|આઉટપુટ જુઓ 5 ની જગ્યા પર '''cytosine''' ને '''alanine''' થી બદલ્યું છે.

|-
| 08:31
| સ્ટ્રીંગના ભાગને બદલાવ માટે આપેલ કમાંડ ટાઈપ કરો .

|-
| 08:35
|'''Dna3 કૌંસ માં 6 semicolon 10 equal to double quotes માં ATGC.''' એન્ટર દબાવો .

|-
| 08:45
|આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : '''dna3'''. એન્ટર દબાવો.

|-
| 08:52
|આઉટપુટ દેખાડે છે 6 થી 9 સ્થિતિ પરથી 4 બેસેસ '''ATGC''' સાથે બદલ્યું છે.

|-
| 09:01
| એકવખત તમે સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ એડિટ કરો પછી તેને ફરી “read only” ફોર્મમાં રૂપાંતરિત કરો.

|-
| 09:07
|આપેલ ટાઈપ કરો '''dna4 equal to dna3 dot to seq ખુલ્લું અને બંધ કૌંસ '''. એન્ટર દબાવો.

|-
| 09:19
|આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : '''dna4.''' એન્ટર દબાવો.

|-
| 09:25
|ચાલો સારાંશ લઈએ.

|-
| 09:27
|આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા : DNA સિકવેન્સ નિર્માણ કરતા.

|-
| 09:32
|* વિશિષ્ટ જગ્યા DNA સિકવેન્સ ના ભાગ કરતા.

|-
| 09:36
|* એક નવી સિકવેન્સ બનાવવા માટે બે સિકવેન્સને એકત્ર કરતા જે concatenate છે.

|-
| 09:43
| આપણે '''len, count''' અને '''find''' ફંકશન્સ કેવી રીતે વાપરવું તે પણ શીખ્યા.

|-
| 09:49
|* સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને mutable સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટમાં રૂપાંતરિત કરવું અને સ્ટ્રીંગના ભાગ અથવા બેસ ને બદલતા.

|-
| 09:57
|અસાઇનમેન્ટ તરીકે 30 બેસેસના રેન્ડમ '''DNA sequence''' બનાવો.

|-
| 10:02
|Biopython ટૂલ્સ નો ઉપયોગ કરીને GC ટકાવારી અને સિકવેન્સના અણુનો વજનની ગણતરી કરો.

|-
| 10:09
|તમારું પૂર્ણ અસાઇમેન્ટ આપેલ પ્રમાણે હોવું જોઈએ.

|-
| 10:13
|આઉટપુટ , ટકાવારી તરીકે '''GC''' કંટેટ દેખાડે છે.

|-
| 10:18
| આઉટપુટ DNA સિકવેન્સ ના અણુનો વજન દેખાડે છે.

|-
| 10:23
| આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.

|-
| 10:26
|જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ના હોય તો તમે વિડિઓ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.

|-
| 10:30
| અમે વર્કશો આયોજિત કરીને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ.

|-
| 10:32
|કૃપા કરીને અમને સંપર્ક કરો.

|-
| 10:35
| સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા ફાળો અપાયેલ છે. આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે

|-
| 10:43
| IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.

|}

@@ Line 46: / Line 46: @@
 |-
 | 00:56
-| આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું.
+| આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું.* Ubuntu OS version 14.10
 |-

@@ Line 14: / Line 14: @@
 |-
 | 00:13
-|* સ્પષ્ટ જગ્યાએ DNA સિક્વેન્સ કાપો.
+| સ્પષ્ટ જગ્યાએ DNA સિક્વેન્સ કાપો.
 |-
 | 00:17
-|* એક નવું સિકવેન્સ બનાવવા માટે બે સિકવેન્સને એક કરવું જે કે '''concatenate'''  છે.
+| એક નવું સિકવેન્સ બનાવવા માટે બે સિકવેન્સને એક કરવું જે કે '''concatenate'''  છે.
 |-
 | 00:22
-|* સિકવેન્સની લંબાઈ શોધતા.
+| સિકવેન્સની લંબાઈ શોધતા.
 |-
 | 00:26
-|* પ્રત્યેક બેસની સંખ્યા અથવા સ્ટ્રીંગના ભાગની ગણતરી કરવી.
+| પ્રત્યેક બેસની સંખ્યા અથવા સ્ટ્રીંગના ભાગની ગણતરી કરવી.
 |-
 | 00:31
-|* એક વિશિષ્ટ બેસ સ્ટ્રીંગના ભાગને શોધવું.
+| એક વિશિષ્ટ બેસ સ્ટ્રીંગના ભાગને શોધવું.
 |-
 | 00:35
-|*  '''sequence object''' ને મ્યુટેબ  સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ માં રૂપાંતરિત કરવું.
+|  '''sequence object''' ને મ્યુટેબ  સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ માં રૂપાંતરિત કરવું.
 |-
@@ Line 50: / Line 50: @@
 |-
 | 01:03
-|* '''Python''' version 2.7.8
+| '''Python''' version 2.7.8
 |-
 | 01:07
-|* '''Ipython interpreter''' version 2.3.0
+| '''Ipython interpreter''' version 2.3.0
 |-
 | 01:12
-|* '''Biopython''' version 1.64.
+| '''Biopython''' version 1.64.
 |-
@@ Line 390: / Line 390: @@
 |-
 | 09:32
-|* વિશિષ્ટ જગ્યા DNA સિકવેન્સ ના ભાગ કરતા.
+| વિશિષ્ટ જગ્યા DNA સિકવેન્સ ના ભાગ કરતા.
 |-
 | 09:36
-|* એક નવી સિકવેન્સ બનાવવા માટે બે સિકવેન્સને એકત્ર કરતા જે  concatenate છે.
+| એક નવી સિકવેન્સ બનાવવા માટે બે સિકવેન્સને એકત્ર કરતા જે  concatenate છે.
 |-
@@ Line 402: / Line 402: @@
 |-
 | 09:49
-|* સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને mutable સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટમાં રૂપાંતરિત કરવું અને સ્ટ્રીંગના ભાગ અથવા બેસ ને બદલતા.
+| સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને mutable સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટમાં રૂપાંતરિત કરવું અને સ્ટ્રીંગના ભાગ અથવા બેસ ને બદલતા.
 |-

@@ Line 60: / Line 60: @@
 |* '''Biopython''' version 1.64.
 |-
 | 01:16
@@ Line 268: / Line 267: @@
 | 06:12
 | આઉટપુટ જોવા માટે ટાઈપ કરો : "dna2". એન્ટર દબાવો.
 |-

Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Gujarati - Revision history

Jyotisolanki at 10:14, 3 May 2017

PoojaMoolya at 06:14, 1 May 2017

Jyotisolanki at 07:21, 20 March 2017

Jyotisolanki: Created page with " {| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Manipulating Sequences''' પરના ટ્યુટોરીયલમાં તમાર..."