Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Tamil - Revision history

Priyacst at 06:14, 5 May 2017

2017-05-05T06:14:45Z

Priyacst: Created page with " {| Border=1 ! Time ! Narration |- |00:01 | '''Biopythonக்கு அறிமுகம்''' குறித்த இந்த ட..."

2017-03-15T06:43:06Z

Created page with " {| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- |00:01 | '''Biopythonக்கு அறிமுகம்''' குறித்த இந்த ட..."

New page

{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
|00:01
| '''Biopythonக்கு அறிமுகம்''' குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.

|-
|00:05
| இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: '''Biopython'''னின் முக்கிய அம்சங்கள்

|-
|00:10
| Linux Operating Systemல் Download மற்றும் நிறுவுவது தொடர்புடைய தகவல்

|-
|00:15
| '''Biopython''' toolகளை பயன்படுத்தி ஒரு DNA sequenceஐ, ஒரு protein sequence ஆக்க '''translation''' செய்வது.

|-
|00:22
|இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள, பின்வருவன பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும்-

|-
|00:25
| இளங்கலை Biochemistry அல்லது Bioinformatics

|-
|00:29
| அடிப்படை ''' Python''' programming.

|-
|00:31
| அதற்கு, கொடுக்கப்பட்டுள்ள இணைப்பில் உள்ள '''Python''' டுடொரியல்களை பார்க்கவும்.

|-
|00:35
| இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய, நான் பயன்படுத்துவது: '''Ubuntu OS''' பதிப்பு 12.04

|-
|00:41
| '''Python''' பதிப்பு 2.7.3

|-
|00:44
| '''Ipython''' பதிப்பு 0.12.1

|-
|00:48
| '''Biopython''' பதிப்பு 1.58.

|-
|00:51
| '''Biopython''' என்பது, computational biologyக்கான, moduleகளின் ஒரு தொகுப்பு ஆகும்.

|-
|00:57
| Bioinformaticsக்கு தேவையான, மிக அடிப்படை முதல் மேம்பட்ட பணிகள் வரை இதனால் செய்ய முடியும்.

|-
|01:03
| '''Biopython''' toolகள் பின்வருவனவற்றிற்கு பயன்படுகின்றன:

|-
|01:05
| '''Parsing''', அதாவது, '''FASTA''', '''Genbank''' போன்ற பல்வேறு file formatகளில் இருந்து, தகவலை extract செய்வது.

|-
|01:14
| '''NCBI''', '''ExPASY''' போன்ற database வலைத்தளங்களிலிருந்து, dataஐ download செய்வது.

|-
|01:22
| '''BLAST''' போன்ற '''Bioinformatic algorithm'''களை '''Run''' செய்வது.

|-
|01:26
| Sequenceகளின் மேல், பொது செயல்பாடுகளை செய்வதற்கான toolகளை இது கொண்டுள்ளது.

|-
|01:31
| உதாரணத்திற்கு பின்வருவனவற்றை பெற- '''complement'''கள், '''transcription''',''' translation''' ,

|-
|01:38
| Alignmentகளை கையாளுவதற்கானcode ,

|-
|01:40
| பணிகளை , தனித்தனி செயல்முறைகளாக பிரிப்பதற்கு வேண்டிய code .

|-
|01:46
| Download க்கு தொடர்புடைய தகவல்:

|-
|01:48
| '''Biopython''' package, '''Python''' distributionன் ஒரு பகுதி அல்ல; அது தனியாக download செய்யப்பட வேண்டும்.

|-
|01:54
| மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.

|-
|02:02
| '''Linux''' systemல் நிறுவுதல்:

|-
|02:02
| '''Synaptic Package Manager'''ஐ பயன்படுத்தி, '''Python, Ipython''' மற்றும் '''Biopython''' packageகளை நிறுவவும்.

|-
|02:08
| முன்நிபந்தனையான software, தானாக நிறுவப்படும்.

|-
|02:13
| '''graphic output'''கள் மற்றும் '''plot'''களுக்கு, கூடுதல் packageகள் நிறுவப்பட வேண்டும்.

|-
|02:18
| '''Ctrl, Alt''' மற்றும் '''T''' keyகளை ஒன்றாக அழுத்தி, '''terminal'''ஐ திறக்கவும்.

|-
|02:24
| என் கணிணியில், '''Python, Ipython''' மற்றும் '''Biopython'''ஐ நான் ஏற்கெனவே நிறுவி விட்டேன்.

|-
|02:30
| '''Ipython''' interpreterஐ தொடங்க, டைப் செய்க: '''ipython''', பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|02:35
| '''IPython''' prompt திரையில் தோன்றும்

|-
|02:38
| '''Biopython'''ன் நிறுவுதலை சரி பார்க்க- promptல் டைப் செய்க: "import Bio", பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|02:48
| Error message எதுவும் கிடைக்கவில்லையெனில், '''Biopython''' நிறுவப்பட்டுவிட்டது என்று பொருள்.

|-
|02:54
| இங்கு, '''Python''' language, case sensitive என்பதை உங்களுக்கு நினைவு படுத்துகிறேன்.

|-
|02:59
| Keywordகள், variableகள் அல்லது '''function'''களை டைப் செய்யும் போது, முன்னெச்சரிக்கையாக இருக்கவும்.

|-
|03:04
| உதாரணத்திற்கு, மேலுள்ள வரியில், '''import'''ல், “i” என்பது lowercaseலும், '''Bio'''ல், “B” என்பது uppercaseலும் உள்ளது.

|-
|03:12
| இந்த டுடோரியலில், ஒரு '''DNA sequence'''ஐ translate செய்ய, '''Biopython''' moduleகளை நாம் பயன்படுத்துவோம்.

|-
|03:19
| பின்வரும் படிகளை அது கொண்டிருக்கும்.

|-
|03:22
| முதலில், coding '''DNA strand'''க்கான, ஒரு '''sequence object'''ஐ உருவாக்கவும்.

|-
|03:27
| அடுத்து, coding '''DNA''' strandஐ, '''mRNA'''ஆக்க, '''transcription''' செய்யவும்.

|-
|03:32
| இறுதியாக, '''mRNA'''ஐ, ஒரு '''protein''' sequence ஆக்க, ''' translation''' செய்யவும்.

|-
|03:37
| உதாரணமாக, இந்த slideல் காட்டப்படும், coding DNA strandஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.

|-
|03:42
| அது ஒரு சிறிய '''protein''' sequenceக்கு code செய்கிறது.

|-
|03:46
| முதல் படி, மேலுள்ள coding '''DNA''' strandக்கு, ஒரு '''sequence object'''ஐ உருவாக்குவது.

|-
|03:52
| '''Terminal'''க்கு திரும்பவும்.

|-
|03:55
| ஒரு sequence objectஐ உருவாக்க, '''Bio '''packageல் இருந்து, '''Seq''' module ஐ import செய்யவும்.

|-
|04:02
| Sequence objectகளை சேமித்து, செயல்படுத்த, ''' Seq '''module, methodகளை தருகிறது.

|-
|04:08
| Promptல் டைப் செய்க: "'from Bio dot Seq import Seq ", பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|04:17
| அடுத்து, உங்கள் '''sequence object'''ஐ உருவாக்கும் போது, strandல், alphabetகளை வெளிப்படையாக குறிப்பிடவும்.

|-
|04:24
| அதாவது, அந்த alphabetகளின் sequence, '''nucleotide'''கள் அல்லது '''amino acid'''களுக்கு உண்டான codeஆ என குறிப்பிடவும்.

|-
|04:32
| அதற்கு, '''Alphabet '''packageல் இருந்து, '''IUPAC '''moduleஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.

|-
|04:38
| Promptல் டைப் செய்க: "' from Bio dot Alphabet import IUPAC", பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|04:48
| ''' "Seq" மற்றும் ''IUPAC" moduleகளை load செய்ய, '''import''' மற்றும் '''from''' statementகளை நாம் பயன்படுத்தியுள்ளோம் என்பதை கவனிக்கவும்.

|-
|04:56
| '''cdna''' என்ற variableன் உள், sequence objectஐ சேமிக்கவும்.

|-
|05:01
| Promptல், சாதாரண '''string'''களின் உள் எழுதுவது போல், டைப் செய்க: '''cdna equal to Seq'''.

|-
|05:08
| Sequenceஐ, இரட்டை மேற்கோள்கள் மற்றும் அடைப்புக் குறிகளினுள் எழுதவும்.

|-
|05:13
| நமது sequence, ஒரு '''DNA'''ன் துண்டு என்று நாம் அறிவோம். அதனால், டைப் செய்க: '''argument'''ஆக '''unambiguous DNA ''' alphabet object.

|-
|05:21
| Outputக்கு, டைப் செய்க: "'cdna'", பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|05:26
| '''DNA sequence'''ஐ, ஒரு sequence objectஆக output காட்டும்.

|-
|05:30
| Coding '''DNA''' strandஐ, அதற்கு தொடர்புடைய '''mRNA'''ஆக்க, transcribe செய்யவும்.

|-
|05:35
| '''Seq''' moduleன், built-in '''“transcribe”''' methodஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.

|-
|05:39
| பின்வரும் code ஐ டைப் செய்யவும்.

|-
|05:41
| Variable '''mrna'''ன் உள், output ஐ சேமிக்கவும்.

|-
|05:45
| Promptல் டைப் செய்க: "'mrna equal to cdna dot transcribe open மற்றும் close parentheses'", பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|05:55
| Outputக்கு, டைப் செய்க: "'mrna'", பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|06:01
| Output ஐ கவனிக்கவும். '''DNA''' sequenceல், '''Thiamin'''க்கு பதிலாக, '''Uracil'''ஐ '''transcribe''' method வைக்கிறது.

|-
|06:09
| அடுத்து, இந்த '''mRNA'''ஐ, அதற்கு தொடர்புடைய '''protein''' sequence ஆக்க,'''translate''' method ஐ பயன்படுத்தவும்.

|-
|06:16
| பின்வரும் code ஐ டைப் செய்க: '''protein equal to mrna dot translate open மற்றும் close parentheses'''. பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|06:27
| '''RNA''' அல்லது '''DNA''' sequenceஐ, சரியாக குறிப்பிடவில்லை எனில், நிலையான genetic codeஐ பயன்படுத்தி, '''translate''' method, translate செய்கிறது.

|-
|06:36
| Output, ஒரு amino acid sequenceஐ காட்டுகிறது.

|-
|06:40
| Translate செய்யப்பட்ட sequenceல், '''stop codon'''களின் இருப்பு பற்றிய தகவலையும் output காட்டுகிறது.

|-
|06:47
| Protein sequenceன் இறுதியில் இருக்கும் asteriskஐ கவனிக்கவும். அது '''stop codon'''ஐ குறிக்கிறது.

|-
|06:53
| மேலுள்ள codeல், '''transcription'''க்கு, ஒரு coding '''DNA''' strandஐ, நாம் பயன்படுத்தியுள்ளோம்.

|-
|06:59
| Biopythonல், coding DNA strandல் மட்டுமே '''transcribe''' method வேலை செய்கிறது.

|-
|07:04
| ஆனால், உண்மையான உயிரியல் அமைப்புகளில், '''transcription''' செயல்முறை, ஒரு '''template strand'''உடன் தொடங்குகிறது.

|-
|07:11
| நீங்கள் '''template strand'''உடன் தொடங்கினால், terminalலில் காட்டப்பட்டுள்ளபடி, '''reverse complement''' methodஐ பயன்படுத்தி, அதை coding strandஆக மாற்றவும்.

|-
|07:20
| Coding strandக்கு, மேலே காட்டப்பட்டுள்ளபடி, அடுத்து வரும் codeஐ பின்பற்றவும்.

|-
|07:24
| '''Biopython'''ல் உள்ள methodகளை பயன்படுத்தி, ஒரு '''DNA''' sequenceஐ, ஒரு '''protein''' sequenceஆக மாற்றியுள்ளோம்.

|-
|07:31
| இந்த codeஐ பயன்படுத்தி, எந்த அளவுள்ள, '''DNA''' sequenceஐயும், ஒரு '''protein''' sequenceஆக translate செய்ய முடியும்.

|-
|07:37
| சுருங்கசொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது:

|-
|07:41
| '''Biopython'''னின் முக்கிய அம்சங்கள்

|-
|07:43
| '''Linux OS'''ல் download மற்றும் நிறுவுதலுக்கு தொடர்புடைய தகவல்

|-
|07:48
| கொடுக்கப்பட்டுள்ள '''DNA''' strandக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்குவது.

|-
|07:52
| DNA sequenceஐ, '''mRNA''' ஆக்க, '''Transcription''' செய்வது.

|-
|07:56
| '''mRNA'''ஐ, protein sequence ஆக்க, '''Translation''' செய்வது.

|-
|08:00
| இப்போது, பயிற்சியாக-

|-
|08:02
| கொடுக்கப்பட்டுள்ள '''DNA''' sequenceஐ, '''protein''' sequenceஆக translate செய்யவும்.

|-
|08:06
| Output ஐ கவனிக்கவும்.

|-
|08:08
| Protein sequence , தன்னுள் '''stop codon'''ஐ கொண்டுள்ளது.

|-
|08:11
| இயற்கையில் நடப்பது போல், frameல், முதல் '''stop codon''' வரை, '''DNA'''ஐ translate செய்யவும்.

|-
|08:17
| நீங்கள் செய்த பயிற்சி, பின்வரும் codeஐ கொண்டிருக்க வேண்டும்.

|-
|08:20
| '''translate()''' methodல், '''to underscore stop''' argumentஐ நாம் பயன்படுத்தி இருப்பதை கவனிக்கவும். Output ஐ கவனிக்கவும்.

|-
|08:27
| '''stop codon''', translate செய்யப்படவில்லை

|-
|08:31
| உங்கள் '''protein''' sequenceன் இறுதியில், stop symbol, சேர்க்கப்படவில்லை.

|-
|08:36
| இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடொரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.

|-
|08:39
| உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில், அதை தரவிறக்கி காணவும்.

|-
|08:43
| ஸ்போகன் டுடொரியல் திட்டக்குழு செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது.

|-
|08:50
| மேலும் விவரங்களுக்கு எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.

|-
|08:53
| இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD, ஸ்போகன் டுடொரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு அளிக்கிறது.

|-
|08:59
| மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.

|-
|09:03
| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது..... நன்றி.

|}

@@ Line 1: / Line 1: @@
 {| Border=1
 ! <center>Time</center>
@@ Line 66: / Line 65: @@
 |-
 |01:05
-|  '''Parsing''',  அதாவது,  '''FASTA''', '''Genbank''' போன்ற பல்வேறு file formatகளில் இருந்து,  தகவலை extract   செய்வது.
+|  '''Parsing''',  அதாவது,  '''FASTA''', '''Genbank''' போன்ற பல்வேறு file formatகளில் இருந்து,  தகவலை extract   செய்வது
 |-
 |01:14
-|  '''NCBI''', '''ExPASY'''  போன்ற  database  வலைத்தளங்களிலிருந்து,  dataஐ download  செய்வது.
+|  '''NCBI''', '''ExPASY'''  போன்ற  database  வலைத்தளங்களிலிருந்து,  dataஐ download  செய்வது
 |-
 |01:22
-| '''BLAST'''  போன்ற '''Bioinformatic algorithm'''களை '''Run''' செய்வது.
+| '''BLAST'''  போன்ற '''Bioinformatic algorithm'''களை '''Run''' செய்வது
 |-
 |01:26
-| Sequenceகளின் மேல்,  பொது செயல்பாடுகளை செய்வதற்கான toolகளை இது கொண்டுள்ளது.
+| Sequenceகளின் மேல்,  பொது செயல்பாடுகளை செய்வதற்கான toolகளை இது கொண்டுள்ளது
 |-
 |01:31
-| உதாரணத்திற்கு பின்வருவனவற்றை பெற- '''complement'''கள், '''transcription''',''' translation''' ,
+| உதாரணத்திற்கு பின்வருவனவற்றை பெற- '''complement'''கள், '''transcription''',''' translation'''
 |-
 |01:38
-| Alignmentகளை கையாளுவதற்கானcode ,
+| Alignmentகளை கையாளுவதற்கான code
 |-
 |01:40
-| பணிகளை ,  தனித்தனி செயல்முறைகளாக பிரிப்பதற்கு வேண்டிய code .
+| பணிகளை ,  தனித்தனி செயல்முறைகளாக பிரிப்பதற்கு வேண்டிய code.
 |-
@@ Line 105: / Line 104: @@
 |-
-|02:02
+|01:59
 | '''Linux''' systemல் நிறுவுதல்:
@@ Line 238: / Line 237: @@
 |-
 |05:13
-| நமது sequence,  ஒரு '''DNA'''ன் துண்டு என்று நாம் அறிவோம்.  அதனால்,     டைப் செய்க: '''argument'''ஆக '''unambiguous DNA ''' alphabet object.
+| நமது sequence,  ஒரு '''DNA'''ன் துண்டு என்று நாம் அறிவோம்.  அதனால், டைப் செய்க: '''argument'''ஆக '''unambiguous DNA ''' alphabet object.
 |-
 |05:21
-| Outputக்கு,  டைப் செய்க:  "'cdna'",   பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.
+| Outputக்கு,  டைப் செய்க:  "'cdna'"
 |-
@@ Line 294: / Line 293: @@
 |-
 |06:40
 | Translate செய்யப்பட்ட sequenceல்,  '''stop codon'''களின் இருப்பு பற்றிய தகவலையும் output   காட்டுகிறது.
 |-
@@ Line 342: / Line 341: @@
 |-
 |07:48
-| கொடுக்கப்பட்டுள்ள '''DNA''' strandக்கு,  ஒரு  sequence objectஐ  உருவாக்குவது.
+|'''DNA''' strandக்கு,  ஒரு  sequence objectஐ  உருவாக்குவது
 |-
 |07:52
-|  DNA sequenceஐ,  '''mRNA'''  ஆக்க,  '''Transcription'''  செய்வது.
+|  DNA sequenceஐ,  '''mRNA'''  ஆக்க,  '''Transcription'''  செய்வது
 |-
@@ Line 354: / Line 353: @@
 |-
 |08:00
-| இப்போது,  பயிற்சியாக-
+| பயிற்சியாக-
 |-
@@ Line 366: / Line 365: @@
 |-
 |08:08
-|  Protein sequence ,  தன்னுள் '''stop codon'''ஐ  கொண்டுள்ளது.
+|  Protein sequence,  தன்னுள் '''stop codon'''ஐ  கொண்டுள்ளது.
 |-
@@ Line 414: / Line 413: @@
 |-
 |09:03
-| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது  ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது..... நன்றி.
+| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது  ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேயில் இருந்து பிரியா. நன்றி.
 |}