NaveenBhat at 05:24, 4 August 2019

2019-08-04T05:24:38Z

Udayana at 09:56, 11 July 2019

2019-07-11T09:56:02Z

Udayana: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Introduction to Biopython''' इत्याख्यम् अनुशिक्षणं..."

2019-07-06T17:13:52Z

Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Introduction to Biopython''' इत्याख्यम् अनुशिक्षणं..."

New page

{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| '''Introduction to Biopython''' इत्याख्यम् अनुशिक्षणं प्रति भवतां स्वागतम् ।
|-
| 00:05
| अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं : बयोपैथन्- मुख्यवैशिष्ट्यानि,
|-
| 00:10
| लिनक्स् आपरेटिङ्ग् सिस्टम् मध्ये डौन्लोड्-कृत्वा, इन्स्टाल्-करणविषये ज्ञानं,
|-
| 00:15
| तथा च बयोपैथन् टूल्स् उपयुज्य, '''DNA''' सीक्वेन्स् इत्येतत् प्रोटीन् सीक्वेन्स् कृते अनुवाद (ट्रान्स्लेषन्)करणम् इत्यादीनि पठामः ।
|-
| 00:22
| एतत् अनुशिक्षणम् अवगन्तुं, भवद्भिः :
|-
| 00:25
| पदवीपूर्वस्तरस्य बयोकेमिस्ट्रि अथवा बयो इन्फर्मेटिक्स्
|-
| 00:29
| तथा बेसिक् पैथान् प्रोग्रामिङ्ग् इत्येतानि ज्ञातव्यानि ।
|-
| 00:31
| पैथान् अनुशिक्षणाय अत्र दत्ताः पर्चन्यः पश्यन्तु ।
|-
| 00:35
| एतत् अनुशिक्षणं रेकार्ड् कर्तुम्, अहं: '''Ubuntu OS''' इत्यस्य '''12.04''' तमीम् आवृत्तिं,
|-
| 00:41
| '''Python''' इत्यस्य '''2.7.3''' तमीम् आवृत्तिं,
|-
| 00:44
| '''Ipython''' इत्यस्य '''0.12.1''' तमीम् आवृत्तिं तथा
|-
| 00:48
| '''Biopython''' इत्यस्य '''1.58''' तमी आवृत्तिः, एतेषाम् उपयोगं कृतवान् अस्मि ।
|-
| 00:51
| बयोपैथन्, कम्प्युटेषनम् बयालजिनिमित्तं विद्यमानानां माड्यूल् इत्येतेषां कश्चन सङ्ग्रहः ।
|-
| 00:57
| एतत् बयो इन्फर्मेटिक्स् निमित्तम् अपेक्षितं, मूलभूतानि संस्कृतानि च कार्याणि कर्तुम् अर्हति ।
|-
| 01:03
| बयोपैथन्-टूल्स् :
|-
| 01:05
| पार्सिङ् - इत्युक्ते, '''FASTA, Genbank''' इत्यादिभ्यः विविधेभ्यः फैल्-फार्मट्-भ्यः विषयं सङ्ग्रहीतुं,
|-
| 01:14
| '''NCBI, ExPASY''' इत्यादिभ्यः डेटाबेस्-जालपुटेभ्यः, डेटा डौन्लोड्-कर्तुं तथा
|-
| 01:22
| '''BLAST''' सदृशानि बयो-इन्फार्मेटिक्स् अल्गारिदम् रन् कर्तुम् उपयुज्यते ।
|-
| 01:26
| सीक्वेन्स् विषये, सामान्यानि कार्याणि निरोढुं, एतत् टूल्स्-युक्तम् अस्ति ।
|-
| 01:31
| उदाहरणार्थं - काम्प्लिमेण्ट्स्, ट्र्यान्स्क्रिप्षन्, ट्रान्स्लेषन् इत्यादीनां प्राप्तिः ।
|-
| 01:38
| अलैन्मेण्ट्स् कर्तुं कठिनानि कार्याणि प्रत्येकं प्रोसेस्-रूपेण विभक्तुं च एतत् कोड्स्-युक्तम् अस्ति ।
|-
| 01:46
| डौन्-लोड्-विषये विवरणम्:
|-
| 01:48
| बयोपैथन् प्याकेज्, पैथन्-डिस्ट्रिब्यूषन् इत्यस्य भागः न । पृथक् डौन्-लोड् करणीयम् एतत् ।
|-
| 01:54
| एतद्विषये विवरणानि प्राप्तुम् अधोनिर्दिष्टानि पर्चनीः पश्यन्तु ।
|-
| 01:59
| '''Linux''' सिस्टम् मध्ये इन्स्टलेषन् करणविषये विवरणम्:
|-
| 02:02
| '''Synaptic Package Manager''' (सिनाप्टिक् प्याकेज् म्यानेजर्) उपयुज्य '''Python''' ( पैथन्), '''Ipython''' (ऐ पैथन्) , '''Biopython''' बैपैथन् प्याकेजस् च इन्स्टाल् कुर्वन्तु ।
|-
| 02:08
| एतदर्थम् अपेक्षिताः तन्त्रांशाः स्वयमेव इन्स्टाल् भवन्ति ।
|-
| 02:13
|’ग्राफिक् औट्पुट्’ , ‘प्लाट्’भ्यश्च, इतोपि काश्चन प्याकेजस् इन्स्टाल् करणीयाः ।
|-
| 02:18
|'''Ctrl, Alt''' तथा '''T''' इत्येतानि मिलित्वा नुत्त्वा, टर्मिनल् उद्घाटयन्तु ।
|-
| 02:24
| अहम् एतावता एव मम यन्त्रे '''Python, Ipython''' तथा '''Biopython''' इत्येतानि इन्स्टाल् कृतवान् अस्मि ।
|-
| 02:30
| '''Ipython''' इन्टर्प्रिटर् (interpreter) आरब्धुं ipython इति टङ्कनं कृत्वा '''Enter''' की नुदन्तु ।
|-
| 02:35
| स्क्रीन् पुरतः '''IPython''' प्राम्प्ट् दृश्यते ।
|-
| 02:38
|'''Biopython''' इत्येतस्य इन्स्टलेषन् परीक्षणाय, प्राम्प्ट् मध्ये '''import Bio''' इति टङ्कित्वा '''Enter''' की नुदन्तु ।
|-
| 02:48
| भवद्भ्यः किमपि एरर् मेसेज् न प्राप्तं चेत्, बयोपैथन् इन्स्टाल् जातम् इति जानन्तु ।
|-
| 02:54
| पैथन् भाषा, केस् सेन्सिटिव् अस्ति इति अत्र भवद्भ्यः स्मारयामि ।
|-
| 02:59
| कीवर्ड्स्, वेरियबल्स् अथवा फङ्क्षन्स् टङ्कणकाले एतत् स्मरणीयम् ।
|-
| 03:04
| उदाहरणार्थम् – उपरितनपङ्क्तौ, '''import''' इत्यत्र विद्यमान '''i''' लोवर् केस् मध्ये तथा '''Bio''' मध्ये विद्यमान '''B''' अप्पर् केस् मध्ये अस्ति ।
|-
| 03:12
| अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं, '''DNA'''-सीक्वेन्स् ट्रान्स्लेट्-कर्तुम्, '''Biopython''' माड्यूल्स् उपयोगं कुर्मः ।
|-
| 03:19
| एतत्, अधोनिर्दिष्ट-स्तर-युक्तः अस्ति ।
|-
| 03:22
| आदौ, 'कोडिङ्ग् DNA स्ट्र्याण्ड्' निमित्तं (DNA strand), 'सीक्नेन्स् आब्जेक्ट्' (sequence object) रचयन्तु ।
|-
| 03:27
|तदनन्तरं, 'कोडिङ्ग् DNA स्ट्र्याण्ड्' इत्येतत् '''mRNA''' निमित्तं ट्र्यान्स्क्रिप्षन् (transcription) करणम् ।
|-
| 03:32
| अन्ततः, '''mRNA''' इत्येतत् प्रोटीन् सीक्वेन्स् (protein sequence) निमित्तं ट्रान्स्लेषन् (translation) करणम् ।
|-
| 03:37
| वयं, एतत् स्लैड्-मध्ये दर्शितं कोडिङ्ग् '''DNA''' स्ट्र्याण्ड् उदाहरणार्थं स्वीकुर्मः ।
|-
| 03:42
| एतत्, एकं लघु 'प्रोटीन् सीक्वेन्स्' निमित्तं कोड् करोति ।
|-
| 03:46
| आद्यः स्तरः, उपरितन 'कोडिङ्ग् DNA स्ट्र्याण्ड्' निमित्तं, 'सीक्वेन्स् आब्जेक्ट्' रचनम् ।
|-
| 03:52
| वयं टर्मिनल् प्रति गच्छामः ।
|-
| 03:55
| किञ्चन सीक्वेन्स् आब्जेक्ट् क्रियेट् कर्तुम्, '''Bio''' (बयो) प्याकेज्-तः '''Seq''' (सि इ क्यु) इति माड्यूल् इम्पोर्ट् कुर्वन्तु ।
|-
| 04:02
| '''Seq''' माड्यूल्, सीक्वेन्स् आब्जेक्ट्स् इत्येतानि स्टोर्-कर्तुम् तथा प्रोसेस्-कर्तुं मेथड्स् दापयति ।
|-
| 04:08
| प्राम्प्ट्-मध्ये एवं टङ्कनं कुर्वन्तु : '''from Bio dot Seq import Seq''' ततः '''Enter''' नुदन्तु ।
|-
| 04:17
| ततः, भवतां सीक्वेन्स् अब्जेक्ट्-रचनकाले, स्ट्राण्ड्-मध्ये विद्यमान-अल्फाबेट्स् स्पष्टं सूचयन्तु ।
|-
| 04:24
| तन्नाम, इयम् अल्फाबेट्-पङ्क्तिः, '''nucleotides''' (न्यूक्लियोटैड्स्) निमित्तम् अथवा '''amino acids''' (अमैनो आसिड्स्) निमित्तं कोड्-करोति इति सूचनीयम् ।
|-
| 04:32
| एतत् कर्तुं, वयं '''Alphabet''' (अल्फाबेट्) प्याकेज्-तः '''IUPAC''' (ऐयुपिएसि) इति माड्यूल् उपयोगं कुर्मः ।
|-
| 04:38
| प्राप्म्ट्-मध्ये, एवं टैप् कुर्वन्तु : '''from Bio dot Alphabet import IUPAC''' इति कृत्वा '''Enter''' नुदन्तु ।
|-
| 04:48
| वयं '''Seq''' तथा '''IUPAC''' माड्यूल्स् लोड् कर्तुं, '''import''' तथा '''from''' स्टेट्मेण्ट्स् उपयुक्तवन्तः इति पश्यन्तु ।
|-
| 04:56
| सीक्वेन्स् आब्जेक्ट्, '''cdna''' इति वेरियबल्-मध्ये स्टोर् कुर्वन्तु ।
|-
| 05:01
| प्राम्प्ट्-मध्ये, किञ्चन सामान्यं स्ट्रिङ्ग् इव एतत् टङ्कनं कुर्वन्तु : '''cdna equal to Seq''' ।
|-
| 05:08
| एतत् सीक्वेन्स्, डबल्-कोट्स् तथा ब्राकेट्स् अन्तः स्थापयन्तु ।
|-
| 05:13
| अस्माकं सीक्वेन्स्, किञ्चन '''DNA''' इत्यस्य भागः अस्ति इति वयं जानीमः । अतः, एवं टङ्कनं कुर्वन्तु : '''unambiguous DNA'''. अल्फाबेट् आब्जेक्ट्, किञ्चन आर्ग्युमेण्ट् वर्तते ।
|-
| 05:21
| औट्-पुट्-निमित्तं, “cdna” इति टङ्कनं कृत्वा Enter इत्येतत् नुदन्तु ।
|-
| 05:26
| औट्-पुट्, '''DNA''' सीक्वेन्स् इत्येतं, किञ्चन 'सीक्वेन्स् आब्जेक्ट्' इव दर्शयति ।
|-
| 05:30
| “कोडिङ्ग् DNA स्ट्र्याण्ड्” इत्येतत्, तदनुगुणाय '''mRNA''' इत्येतस्मै ट्रान्स्क्रैब् (transcribe) कुर्मः ।
|-
| 05:35
| वयं '''Seq''' माड्यूल् इत्यस्य भागभूतस्य '''transcribe''' इति पद्धतिम् उपयुञ्ज्महे ।
|-
| 05:39
| अधोनिर्दिष्टं कोड् टैप् कुर्वन्तु ।
|-
| 05:41
| औट्-पुट् '''mrna''' इति वेरियबल्-मध्ये स्टोर् कुर्वन्तु ।
|-
| 05:45
| प्राम्प्ट्-मध्ये एवं टैप्-कुर्वन्तु: '''mrna equal to cdna dot transcribe open and close parentheses''' इति कृत्वा '''Enter''' नुदन्तु ।
|-
| 05:55
| औट्-पुट्-निमित्तं, '''mrna''' इति टैप्-कृत्वा, '''Enter''' इत्येतत् नुदन्तु ।
|-
| 06:01
| औट्-पुट् अवलोकयन्तु । '''transcribe''' मेथड्, '''DNA'''सीक्वेन्स्-मध्ये विद्यमानं '''Thiamin''' इत्येतत् (थयामिन्), '''Uracil''' (युरसिल्) इति परिवर्तितम् ।
|-
| 06:09
| ततः, एतत् '''mRNA''' इत्येतत् तस्य '''protein''' सीक्वेन्स् कृते ट्रान्स्लेट्-कर्तुम्, '''translate''' पद्धतेः उपयोगं कुर्वन्तु ।
|-
| 06:16
| अधोनिर्दिष्टं कोड् टैप् कुर्वन्तु : '''protein equal to mrna dot translate open and close parentheses''' इति कृत्वा '''Enter''' नुदन्तु ।
|-
| 06:27
| स्पष्टं न सूचितं चेत्, '''translate''' पद्धतिं, '''RNA''' तथा '''DNA''' सीक्वेन्स् इत्येतत् ‘स्टाण्डर्ड् जनेटिक् कोड्’ इत्येतत् उपयुज्य ट्रान्स्लेट् करोति ।
|-
| 06:36
| औट्-पुट्, किञ्चन ‘अमीनो आसिड् सीक्वेन्स्’ इत्येतत् दर्शयति ।
|-
| 06:40
| औट्-पुट्, ट्रान्स्लेट्-कृते सीक्वेन्स्-मध्ये, '''stop codons''' (स्टाप् कोडान्स्) इत्येतस्य सत्ताविषये अपि सूचनां दर्शयति ।
|-
| 06:47
| ‘प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ इत्येतस्य अन्ते अस्टेरिक्स् (*) अवलोकयन्तु । एतत् 'स्टाप् कोडान्' सूचयति ।.
|-
| 06:53
| उपरितन-कोड्-मध्ये ट्रान्स्क्रिषन्-निमित्तं, वयं ‘कोडिङ्ग् DNA स्ट्राण्ड्’ इत्येतस्य उपयोगं कृतवन्तः स्मः ।
|-
| 06:59
| बयोपैथन्-मध्ये, ट्रान्स्क्रैब् (transcribe) पद्धतिः, ‘कोडिङ्ग् DNA स्ट्राण्ड्’ उपरि केवलं कार्यं करोति ।
|-
| 07:04
| तथापि, नैज-जैविक-सिस्टम्स्-मध्ये, ट्रान्स्क्रिष्पन् (transcription) प्रक्रिया ‘टेम्प्लेट् स्ट्राण्ड्’ द्वारा आरभ्यते ।
|-
| 07:11
| यदि, भवद्भिः टेम्प्लेट्-स्ट्याण्ड्-द्वारा आरब्धं चेत्, तद् टर्मिनल्-मध्ये यथा दर्श्यते तथा, ‘रिवर्स् काम्प्लिमेण्ड् मेथड्’ इत्येतत् उपयुज्य, ‘कोडिङ्ग् स्ट्राण्ड्’ प्रति परिवर्तयन्तु ।
|-
| 07:20
| ‘कोडिङ्ग् स्ट्राण्ड्’ निमित्तं, उपरि दर्शितम् इव अन्यानि कोड्स् अनुसरन्तु ।
|-
| 07:24
| बयोपैथन्-मध्ये विद्यमान-पद्धतीन् उपयुज्य, वयं किञ्चन ‘डि.एन्.ए सीक्वेन्स्’ इत्येतत् ‘प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ कृते ट्रान्स्लेट् कृतवन्तः स्मः ।
|-
| 07:31
| एतत् कोड् उपयुज्य, कस्यापि मापनस्य ‘डि.एन्.ए सीक्वेन्स्’ इत्येतत्, ‘प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ प्रति ट्रान्स्लेट् कर्तुं शक्यते ।
|-
| 07:37
| सङ्क्षेपेण, अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं:
|-
| 07:41
| बयोपैथन् इत्यस्य वैशिष्ट्यानि,
|-
| 07:43
| '''Linux OS''' मध्ये, एतत् डौन्-लोड् तथा इन्स्टाल्-करण-विषये विवरणं,
|-
| 07:48
| दत्ते ‘DNA स्ट्राण्ड्’ मध्ये, किञ्चन ‘सीक्वेन्स् आब्जेक्ट्’ इत्यस्य रचनं,
|-
| 07:52
| DNA सीक्वेन्स्-तः, '''mRNA''' कृते ट्रान्स्क्रिप्षन् (transcription) करणं,
|-
| 07:56
| mRNA तः, प्रोटीन् सीक्वेन्स्-कृते ट्रान्स्लेट्-करणम् इत्येतानि अधीतानि सन्ति ।
|-
| 08:00
| इदानीं, असैन्मेण्ट्-निमित्तं -
|-
| 08:02
| दत्तं ‘DNA सीक्वेन्स्’ इत्येतत्, ‘प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ कृते ट्रान्स्लेट् कुर्वन्तु ।
|-
| 08:06
| औट्-पुट् अवलोकयन्तु ।
|-
| 08:08
| प्रोटीन् सीक्वेन्स्, स्वस्मिन् किञ्चन '''stop codon'''(स्टाप् कोडान्) युक्तम् अस्ति ।
|-
| 08:11
| यथा प्रकृतौ भवति, तथा प्रथमं ‘इन्-फ्रेम् स्टाप् कोडान्’ पर्यन्तं, '''DNA''' इत्येतत् ट्रान्स्लेट् कुर्वन्तु ।
|-
| 08:17
| भवतां समाप्तम् असैन्मेण्ट्, अधोनिर्दिष्टं कोड्स्-युक्तं स्यात् ।
|-
| 08:20
| वयं '''translate''' पद्धतौ, '''‘to underscore stop’''' इति आर्ग्युमेण्ट् उपयुक्तम् इति अवलोकयन्तु । औट्-पुट् अवलोकयन्तु ।
|-
| 08:27
| '''‘stop codon’''' (स्टाप् कोडान्), ट्रान्स्लेट् न जातम् ।
|-
| 08:31
| भवतां ‘प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ अन्ते, '''stop''' चिह्नं योजितं नास्ति ।
|-
| 08:36
| इदं चलच्चित्रं, स्पोकन्-ट्युटोरियल् योजनायाः सारांशं कथयति ।
|-
| 08:39
| भवद्भ्यः समीचीनं ब्याण्ड्-विड्त् न लब्धं चेत्, भवन्तः एतत् डौन्-लोड् कृत्वा द्रष्टुं शक्नुवन्ति ।
|-
|08:43
| स्पोकन्-ट्युटोरियल् योजनायाः गणः :
* अनुशिक्षणानि उपयुज्य कार्यशालाः चालयति
* आन्लैन्-परीक्षायाम् उत्तीर्णेभ्यः प्रमाणपत्राणि ददाति ।
|-
| 08:50
| अधिकविवरणार्थम्, अस्मभ्यं लिखन्तु ।
|-
| 08:53
| स्पोकन्-ट्युटोरियल् योजना, NMEICT, MHRD, भारतसर्वकारस्य सहयोगं प्राप्तवती अस्ति ।
|-
| 08:59
| एतत् मिषन्-विषये अधिकानि विवरणानि अधोनिर्दिष्टायां पर्चन्यां लभ्यते ।
|-
| 09:03
| अस्य अनुशिक्षणस्य अनुवादकः डा. उदयन हेगडे, ध्वनिः …………… । धन्यवादः ।
|}

@@ Line 310: / Line 310: @@
   |-
 | 09:03
-| अस्य अनुशिक्षणस्य अनुवादकः डा. उदयन हेगडे, ध्वनिः …………… । धन्यवादः ।
+| अस्य अनुशिक्षणस्य अनुवादकः डा. उदयन हेगडे, ध्वनिः श्री नवीनभट्टः, उप्पिनपट्टनम् । धन्यवादः ।
 |}

@@ Line 1: / Line 1: @@
-{| Border=1
+ {| Border=1
 ! <center>Time</center>
 ! <center>Narration</center>
@@ Line 155: / Line 155: @@
 |-
 |  04:24
-| तन्नाम, इयम् अल्फाबेट्-पङ्क्तिः, '''nucleotides''' (न्यूक्लियोटैड्स्) निमित्तम् अथवा '''amino acids''' (अमैनो आसिड्स्) निमित्तं कोड्-करोति इति सूचनीयम् ।
+| तन्नाम, इयम् अल्फाबेट्-पङ्क्तिः, '''nucleotides''' (न्यूक्लियोटैड्स्) निमित्तम् अथवा '''amino acids''' (एमिनो आसिड्स्) निमित्तं कोड्-करोति इति सूचनीयम् ।
 |-
 | 04:32
@@ Line 239: / Line 239: @@
   |-
 | 07:24
-| बयोपैथन्-मध्ये विद्यमान-पद्धतीन् उपयुज्य, वयं किञ्चन ‘डि.एन्.ए सीक्वेन्स्’ इत्येतत् ‘प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ कृते ट्रान्स्लेट् कृतवन्तः स्मः ।
+| बयोपैथन्-मध्ये विद्यमान-पद्धतीः उपयुज्य, वयं किञ्चन ‘डि.एन्.ए सीक्वेन्स्’ इत्येतत् ‘प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ कृते ट्रान्स्लेट् कृतवन्तः स्मः ।
   |-
 | 07:31
@@ Line 281: / Line 281: @@
   |-
 | 08:20
-| वयं '''translate''' पद्धतौ, '''‘to underscore stop’''' इति आर्ग्युमेण्ट् उपयुक्तम् इति अवलोकयन्तु । औट्-पुट् अवलोकयन्तु ।
+|  '''translate''' पद्धतौ, '''‘to underscore stop’''' इति आर्ग्युमेण्ट् उपयुक्तम् इति अवलोकयन्तु । औट्-पुट् अवलोकयन्तु ।
 |-
 | 08:27

Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Sanskrit - Revision history

NaveenBhat at 05:24, 4 August 2019

Udayana at 09:56, 11 July 2019

Udayana: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Introduction to Biopython''' इत्याख्यम् अनुशिक्षणं..."