Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Marathi - Revision history

PoojaMoolya at 07:00, 11 April 2017

2017-04-11T07:00:33Z

Ranjana at 07:33, 10 January 2017

2017-01-10T07:33:42Z

Ranjana: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Introduction to Biopython''' वरील ट्यूटोरियल मध्ये आ..."

2017-01-10T07:18:51Z

Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Introduction to Biopython''' वरील ट्यूटोरियल मध्ये आ..."

New page

{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| '''Introduction to Biopython''' वरील ट्यूटोरियल मध्ये आपले स्वागत.

|-
| 00:05
| या ट्युटोरियलमध्ये आपण शिकणार आहोत '''Biopython''' चे महत्वाचे वैशिष्ट्ये.

|-
| 00:10
|* लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम वर डाउनलोड व प्रतिष्ठापन संबंधित माहिती.

|-
| 00:15
|* आणि '''Biopython''' टूल्स वापरुन प्रोटीन सीक्वेन्स मध्ये DNA सीक्वेन्सचे ट्रान्स्लेशन.

|-
| 00:22
| ह्या ट्यूटोरियलचे अनुसरण करण्यासाठी तुम्हाला-

|-
| 00:25
|* अंडर ग्रॅज्युएट बायोकेमिस्ट्री किंवा बायोइन्फर्मेटिक्स आणि मूलभूत '''Python''' प्रोग्रँमिंग माहीत असले पाहिजे.

|-
| 00:31
| दिलेल्या लिंक वरील '''Python''' ट्यूटोरियल्स पहा.

|-
| 00:35
| हा ट्यूटोरियल रेकॉर्ड करण्यासाठी, मी '''Ubuntu OS''' वर्जन 12.04

|-
| 00:41
|* '''Python''' वर्जन 2.7.3

|-
| 00:44
|* '''Ipython''' वर्जन 0.12.1 आणि

|-
| 00:48
|* '''Biopython''' वर्जन 1.58 वापरत आहे.

|-
| 00:51
| '''Biopython''' हे कम्प्युटेशनल बायोलॉजी (जीवशास्त्र) साठी मॉड्यूल्सचे एक संग्रह आहे.

|-
| 00:57
| हे बायोइन्फर्मेटिक्स साठी आवश्यक सर्वात बेसिक ते अड्वॅन्स्ड कार्य करू शकतात.

|-
| 01:03
| '''Biopython''' टूल्स खालील गोष्टींसाठी वापरले जातात:

|-
| 01:05
|* '''Parsing''' म्हणजे विविध फाइल फॉरमॅट्स मधून माहिती एक्सट्रॅक्ट करणे, जसे की '''FASTA''', '''Genbank''' इत्यादी.

|-
| 01:14
|* डेटाबेस वेबसाइट्स मधून डेटा डाउनलोड करणे जसे की '''NCBI''', '''ExPASY''' इत्यादी.

|-
| 01:22
|* '''Bioinformatic algorithms''' रन करणे जसे की '''BLAST'''.

|-
| 01:26
| त्यांच्याकडे सीक्वेन्सेस वर सामान्य ऑपरेशन्स कार्य करण्यासाठी टूल्स आहेत.

|-
| 01:31
| उदाहरणार्थ- प्राप्त करण्यासाठी '''complements''', '''transcription''',''' translation''' इत्यादी.

|-
| 01:38
| अलाइनमेंट्सशी डील करण्यासाठी कोड.

|-
| 01:40
| आणि वेगळ्या प्रक्रीये मध्ये कार्य विभाजित करण्यासाठी कोड

|-
| 01:46
| डाउनलोड संबंधित माहिती:

|-
| 01:48
| '''Biopython''' पॅकेज हे '''Python''' वितरणाचा भाग नाही; ते स्वतंत्रपणे डाउनलोड करणे आवश्यक आहे.

|-
| 01:54
| तपशील करीता, खालील लिंक पहा.

|-
| 01:59
| '''Linux''' सिस्टम वर प्रतिष्ठापन:

|-
| 02:02
| 'सिॅप्टिक पॅकेज मॅनेजर' वापरुन '''Python, Ipython''' आणि '''Biopython''' पॅकेजस प्रतिष्ठापित करा.

|-
| 02:08
| पूर्वापेक्षित सॉफ्टवेअर स्वयंचलितपणे प्रतिष्ठापित होईल.

|-
| 02:13
| '''graphic outputs''' आणि '''plots''' साठी अतिरिक्त पॅकेजेस प्रतिष्ठापित करणे आवश्यक आहे.

|-
| 02:18
| '''Ctrl, Alt''' आणि '''T''' किज दाबून टर्मिनल उघडा.

|-
| 02:24
| मी आधीच माझ्या सिस्टम वर '''Python, Ipython''' आणि '''Biopython''' प्रतिष्ठापित केले आहे.

|-
| 02:30
| "ipython" टाइप करून '''Ipython''' इंटर्प्रेटर सुरू करून एंटर दाबा.

|-
| 02:35
| स्क्रीन वर '''IPython''' प्रॉंप्ट दिसेल.

|-
| 02:38
| '''Biopython''' चे प्रतिष्ठापन तपासण्यासाठी – प्रॉंप्ट वर टाइप करा: "import Bio", एंटर दाबा.

|-
| 02:48
| जर तुम्हाला कोणतीही एरर मेसेज मिळत नसेल, तर ह्याचा अर्थ '''Biopython''' प्रतिष्ठापीत झाले आहे.

|-
| 02:54
| येथे, मी तुम्हाला आठवण करून देते, '''Python''' भाषा केस सेन्सेटिव्ह आहे.

|-
| 02:59
| कीवर्ड्स, वेरियबल्स किंवा फंक्शन्स टाइप करतांना काळजी घ्या.

|-
| 03:04
| उदाहरणार्थ, वरील ओळ मध्ये '''import''' मधील “i” लोअरकेस आणि '''Bio''' मधील “B” अप्परकेसमध्ये आहे.

|-
| 03:12
| या ट्युटोरियलमध्ये, आपण '''DNA sequence''' ट्रान्स्लेट करण्यासाठी '''Biopython''' मॉड्यूल्सचे वापर करूया.

|-
| 03:19
| त्यात खालील स्टेप्स समाविष्ट आहे.

|-
| 03:22
| प्रथम, कोडिंग '''DNA strand''' साठी '''sequence object''' तयार करा.

|-
| 03:27
| पुढे, कोडिंग '''DNA''' स्ट्राँडला '''mRNA’’’ सारखे ट्रान्स्क्रिपशन करणे.

|-
| 03:32
| शेवटी, '''mRNA''' ला '''protein''' सीक्वेन्स सारखे ट्रान्स्लेशन करणे.

|-
| 03:37
| आपण एक उदाहरण म्हणून, ह्या स्लाइड वरील दर्शविलेले कोडिंगDNA स्ट्राँड वापरुया.

|-
| 03:42
| ते एक लहान '''protein''' सीक्वेन्सला कोड करते.

|-
| 03:46
| प्रथम स्टेप, वरील कोडिंग '''DNA''' स्ट्राँड साठी '''sequence object''' तयार करायचे आहे.

|-
| 03:52
| टर्मिनल वर परत जाऊ.

|-
| 03:55
| सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट तयार करण्यासाठी, '''Bio''' पॅकेज मधून '''Seq''' मॉड्यूल इम्पोर्ट करा.

|-
| 04:02
| '''Seq''' मॉड्यूल, सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट्सला संचयित आणि प्रक्रिया करण्यासाठी पद्धती उपलब्ध करून देते.

|-
| 04:08
| प्रॉंप्ट वर, टाइप करा: '''from Bio dot Seq import Seq''' एंटर दाबा.

|-
| 04:17
| पुढे, तुमचा सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट तयार करतांना, स्पष्टपणे स्ट्राँड मधील अक्षरांना निर्देशीत करा.

|-
| 04:24
| '''nucleotides''' किंवा '''amino acids''' साठी अक्षरांचे कोडचे सीक्वेन्स आहे किंवा नाही ते निर्दिष्ट करणे.

|-
| 04:32
| तसे करण्यासाठी, आपण '''Alphabet''' पॅकेज मधून '''IUPAC''' मॉड्यूल वापरुया.

|-
| 04:38
| प्रॉंप्ट वर, टाइप करा: '''from Bio dot Alphabet import IUPAC'''. एंटर दाबा.

|-
| 04:48
| लक्ष्यात द्या की आपण "Seq" आणि "IUPAC" मॉड्यूल्स लोड करण्यासाठी '''import''' आणि '''from''' स्टेट्मेंट्स वापरले आहेत.

|-
| 04:56
| '''cdna''' नावाच्या वेरियबल मध्ये सीक्वेन्स ऑब्जेक्टला संचित करा.

|-
| 05:01
| प्रॉंप्ट वर, सामान्य स्ट्रिंग्स मध्ये टाइप करा: '''cdna equal to Seq'''.

|-
| 05:08
| सीक्वेन्सला दुहेरी अवतरण आणि कंसात संलग्न करा.

|-
| 05:13
| आपल्याला माहीत आहे की सीक्वेन्स हे '''DNA''' फ्रॅग्मेंट आहे. त्यामुळे, आर्ग्यूमेंट म्हणून अल्फाबेट ऑब्जेक्ट टाइप करा: '''unambiguous DNA'''.

|-
| 05:21
| आउटपुट साठी, टाइप करा: '''cdna'''. एंटर दाबा.

|-
| 05:26
| आउटपुट, सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट म्हणून '''DNA sequence''' दाखवते.

|-
| 05:30
| संबंधित '''mRNA''' मध्ये, कोडिंग '''DNA''' स्ट्राँडला ट्रान्स्क्राइब करू.

|-
| 05:35
| आपण '''transcribe''' पद्धती मध्ये निर्मित '''Seq''' मॉड्यूलस वापरुया.

|-
| 05:39
| खालील कोड टाइप करा:

|-
| 05:41
| वेरियबल '''mrna''' मध्ये आउटपुट संचित करा.

|-
| 05:45
| प्रॉंप्ट वर टाइप करा: '''mrna equal to cdna dot transcribe''' कंस उघडून बंद करा, एंटर दाबा.

|-
| 05:55
| आउटपुट साठी, टाइप करा: '''mrna''' एंटर दाबा.

|-
| 06:01
| आउटपुट पहा.

|-
| 06:02
| '''transcribe''' पद्धत, '''DNA''' सीक्वेन्स मध्ये '''Thiamin''' ला '''Uracil''' मध्ये बदलते.

|-
| 06:09
| पुढे हे '''mRNA''', संबंधित '''protein''' सीक्वेन्स मध्ये ट्रान्स्लेट करण्यासाठी, '''translate''' पद्धत वापरा.

|-
| 06:16
| खालील कोड टाइप करा: '''protein equal to mrna dot translate''' कंस उघडून बंद करा, एंटर दाबा.

|-
| 06:27
| जर '''RNA''' किंवा '''DNA''' सीक्वेन्स, स्टॅंडर्ड जेनेटिक कोड वापरुन अनिर्दिष्ट असेल, तर '''translate''' पद्धत ट्रान्स्लेट करते.

|-
| 06:36
| आउटपुट, अमीनो एसिड सीक्वेन्स दाखवते.

|-
| 06:40
| आऊटपुट, ट्रान्स्लेट केलेल्या सीक्वेन्स मध्ये '''stop codons''' ची उपस्थिती संबंधित माहिती देखील दर्शविते.

|-
| 06:47
| प्रोटीन सीक्वेन्सच्या शेवटी एस्टरिक्स पहा. ते '''stop codon''' दर्शवते.

|-
| 06:53
| वरील कोड मध्ये, आपण '''transcription''' साठी कोडिंग '''DNA''' स्ट्राँड वापरले आहेत.

|-
| 06:59
| Biopython मध्ये, '''transcribe''' पद्धत फक्त कोडिंग DNA स्ट्राँड वर कार्य करते.

|-
| 07:04
| तथापि, खऱ्या बाइयोलॉजिकल सिस्टम्स मध्ये, '''template strand''' सह '''transcription''' ची प्रक्रिया सुरू होते.

|-
| 07:11
| जर तुम्ही '''template strand''' ने सुरवात करत असाल तर, टर्मिनल वर दाखवल्याप्रमाणे '''reverse complement''' पद्धत वापरुन त्याला कोडिंग स्ट्राँड मध्ये रुपांतरित करा.

|-
| 07:20
| कोडिंग स्ट्राँड साठी, वरील प्रमाणे उर्वरित कोडचे अनुसरण करा.

|-
| 07:24
| '''Biopython''' मध्ये पद्धतींचा वापर करून आम्ही '''DNA''' सीक्वेन्सला '''protein''' सीक्वेन्स मध्ये ट्रान्स्लेट केले आहे.

|-
| 07:31
| हा कोड वापरून कोणत्याही आकाराचे '''DNA''' सीक्वेन्स, प्रोटीन सीक्वेन्स मध्ये ट्रान्स्लेट केले जाऊ शकते.

|-
| 07:37
| थोडक्यात

|-
| 07:38
| ह्या ट्यूटोरियल मध्ये आपण शिकलो:

|-
| 07:41
|* '''Biopython''' चे महत्वाचे वैशिष्ट्ये

|-
| 07:43
|* लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम वर डाउनलोड व प्रतिष्ठापन संबंधित माहिती.

|-
| 07:48
|* दिलेल्या '''DNA''' स्ट्राँड साठी एक सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट तयार करणे.

|-
| 07:52
|* '''mRNA''' मध्ये DNA सीक्वेन्स चे '''Transcription''' करणे.

|-
| 07:56
|* प्रोटीन सीक्वेन्स मध्ये '''mRNA''' चे ट्रान्स्लेशन करणे.

|-
| 08:00
| आता, असाइनमेंट साठी-

|-
| 08:02
| '''protein''' सीक्वेन्स मध्ये दिलेले '''DNA''' सीक्वेन्सला ट्रान्स्लेट करा.

|-
| 08:06
| आउटपुट पहा.

|-
| 08:08
| प्रोटीन सीक्वेन्सच्या अंतर्गत '''stop codon''' आहे.

|-
| 08:11
| जसे नैसर्गिक होते, तसे DNA ला पहिला फ्रेम '''stop codon''' पर्यन्त ट्रॅनस्लेट करा.

|-
| 08:17
| तुमची पूर्ण झालेल्या असाइनमेंट मध्ये खालील कोड असले पाहिजे.

|-
| 08:20
| लक्ष्य द्या की आपण '''translate()''' पद्धत मध्ये '''to underscore stop''' वापरले आहेत. आउटपुट पहा.

|-
| 08:27
| '''stop codon''' स्वतः ट्रान्स्लेट केलेले नाही.

|-
| 08:31
| तुमच्या प्रोटीन सीक्वेन्सच्या शेवटी स्टॉप सिंबल समाविष्ट केलेले नाही.

|-
| 08:36
| स्क्रीनवर दिसणार्‍या लिंकवर उपलब्ध असलेल्या व्हिडिओमधे तुम्हाला प्रॉजेक्टचा सारांश मिळेल.

|-
| 08:39
| जर तुमच्याकडे चांगली बॅंडविड्त नसेल तर तुम्ही डाउनलोड करूनही पाहु शकता.

|-
|08:43
| स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट टीम, कार्यशाळा चालविते, परीक्षा उत्तीर्ण होणा-या विद्यार्थ्यांना प्रमाणपत्रही देते

|-
| 08:50
| अधिक माहितीसाठी, आम्हाला लिहा.

|-
| 08:53
| स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्टला अर्थसहाय्य NMEICT, MHRD, Govt of India ने दिले आहे.

|-
| 08:59
| यासंबंधी माहिती पुढील साईटवर उपलब्ध आहे.

|-
| 09:03
| मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद.

|}

@@ Line 165: / Line 165: @@
 |-
 | 03:27
-| पुढे, कोडिंग '''DNA''' स्ट्राँडला '''mRNA’’’ सारखे ट्रान्स्क्रिपशन करणे.
+| पुढे, कोडिंग '''DNA''' स्ट्राँडला '''mRNA''' सारखे ट्रान्स्क्रिपशन करणे.
 |-

@@ Line 1: / Line 1: @@
 {| Border=1
-! <center>Time</center>
+|'''Time'''
-! <center>Narration</center>
+|'''Narration'''
 |-
@@ Line 13: / Line 13: @@
 |-
 | 00:10
-|* लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम वर डाउनलोड व प्रतिष्ठापन संबंधित माहिती.
+| लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम वर डाउनलोड व प्रतिष्ठापन संबंधित माहिती.
 |-
 | 00:15
-|* आणि '''Biopython''' टूल्स वापरुन प्रोटीन सीक्वेन्स मध्ये DNA सीक्वेन्सचे ट्रान्स्लेशन.
+| आणि '''Biopython''' टूल्स वापरुन प्रोटीन सीक्वेन्स मध्ये DNA सीक्वेन्सचे ट्रान्स्लेशन.
 |-
@@ Line 25: / Line 25: @@
 |-
 | 00:25
-|* अंडर ग्रॅज्युएट बायोकेमिस्ट्री किंवा बायोइन्फर्मेटिक्स आणि मूलभूत '''Python''' प्रोग्रँमिंग माहीत असले पाहिजे.
+| अंडर ग्रॅज्युएट बायोकेमिस्ट्री किंवा बायोइन्फर्मेटिक्स आणि मूलभूत '''Python''' प्रोग्रँमिंग माहीत असले पाहिजे.
 |-
@@ Line 37: / Line 37: @@
 |-
 | 00:41
-|* '''Python''' वर्जन 2.7.3
+| '''Python''' वर्जन 2.7.3
 |-
 | 00:44
-|* '''Ipython''' वर्जन 0.12.1 आणि
+| '''Ipython''' वर्जन 0.12.1 आणि
 |-
 | 00:48
-|* '''Biopython''' वर्जन 1.58 वापरत आहे.
+| '''Biopython''' वर्जन 1.58 वापरत आहे.
 |-
@@ Line 61: / Line 61: @@
 |-
 |  01:05
-|* '''Parsing''' म्हणजे विविध फाइल फॉरमॅट्स मधून माहिती एक्सट्रॅक्ट करणे, जसे की '''FASTA''', '''Genbank''' इत्यादी.
+| '''Parsing''' म्हणजे विविध फाइल फॉरमॅट्स मधून माहिती एक्सट्रॅक्ट करणे, जसे की '''FASTA''', '''Genbank''' इत्यादी.
 |-
 |  01:14
-|* डेटाबेस वेबसाइट्स मधून डेटा डाउनलोड करणे जसे की '''NCBI''', '''ExPASY''' इत्यादी.
+| डेटाबेस वेबसाइट्स मधून डेटा डाउनलोड करणे जसे की '''NCBI''', '''ExPASY''' इत्यादी.
 |-
 |  01:22
-|* '''Bioinformatic algorithms''' रन करणे जसे की '''BLAST'''.
+| '''Bioinformatic algorithms''' रन करणे जसे की '''BLAST'''.
 |-
@@ Line 269: / Line 269: @@
 |-
 |  06:01
-| आउटपुट पहा.
+| आउटपुट पहा,'''transcribe''' पद्धत, '''DNA''' सीक्वेन्स मध्ये '''Thiamin'''  ला '''Uracil''' मध्ये बदलते.
-−
-|-
-| 06:02
-| '''transcribe''' पद्धत, '''DNA''' सीक्वेन्स मध्ये '''Thiamin'''  ला '''Uracil''' मध्ये बदलते.
 |-
@@ Line 329: / Line 325: @@
 |-
 |  07:37
-| थोडक्यात
+| थोडक्यात, ह्या ट्यूटोरियल मध्ये आपण शिकलो:
-−
-|-
-|  07:38
-| ह्या ट्यूटोरियल मध्ये आपण शिकलो:
 |-
 | 07:41
-|* '''Biopython''' चे महत्वाचे वैशिष्ट्ये
+| '''Biopython''' चे महत्वाचे वैशिष्ट्ये
 |-
 | 07:43
-|* लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम वर डाउनलोड व प्रतिष्ठापन संबंधित माहिती.
+| लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम वर डाउनलोड व प्रतिष्ठापन संबंधित माहिती.
 |-
 | 07:48
-|* दिलेल्या '''DNA''' स्ट्राँड साठी एक सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट तयार करणे.
+| दिलेल्या '''DNA''' स्ट्राँड साठी एक सीक्वेन्स ऑब्जेक्ट तयार करणे.
 |-
 | 07:52
-|* '''mRNA''' मध्ये DNA सीक्वेन्स चे '''Transcription''' करणे.
+| '''mRNA''' मध्ये DNA सीक्वेन्स चे '''Transcription''' करणे.
 |-
 | 07:56
-|* प्रोटीन सीक्वेन्स मध्ये '''mRNA''' चे ट्रान्स्लेशन करणे.
+| प्रोटीन सीक्वेन्स मध्ये '''mRNA''' चे ट्रान्स्लेशन करणे.
 |-
@@ Line 418: / Line 410: @@
 | 09:03
 | मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद.
 |}