Jyotisolanki at 11:19, 23 March 2017

2017-03-23T11:19:54Z

Jyotisolanki: Created page with " {| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Introduction to Biopython''' પરના સ્પોકન ટ્યુટોરીય..."

2017-01-18T09:06:21Z

Created page with " {| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Introduction to Biopython''' પરના સ્પોકન ટ્યુટોરીય..."

New page

{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| '''Introduction to Biopython''' પરના સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ માં તમારું સ્વાગત છે.

|-
| 00:05
|આ ટ્યુટોરિયલમાં આપણે શીખીશું * '''Biopython''' ના મહત્વ ફીચર.

|-
| 00:10
|* લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઈન્સ્ટોલેશન કરવાની માહિતી.

|-
| 00:15
|* અને '''Biopython''' ટૂલ્સ વાપરીને પ્રોટીન સિકવેન્સમાં DNA સિકવેન્સના '''translation'''.

|-
| 00:22
|આ ટ્યુટોરીયલના અનુસરણ માટે તમે.

|-
| 00:25
|* Undergraduate Biochemistry અથવા Bioinformatics and સામાન્ય '''Python''' પ્રોગ્રામની માહિતી હોવી જોઈએ.

|-
| 00:31
|આપેલ લિંક પર '''Python''' ટ્યૂટોરિયલ્સ જુઓ.

|-
| 00:35
|આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહું છું : * '''Ubuntu OS''' version 12.04

|-
| 00:41
|* આપેલ લિંક પર'''Python''' version 2.7.3

|-
| 00:44
|* '''Ipython''' version 0.12.1 અને

|-
| 00:48
|* '''Biopython''' version 1.58.

|-
| 00:51
| '''Biopython''' આ કમ્પ્યુટેશનલ બાઈયોલોજી માટે મોડ્યુલનો એક સંગ્રહ છે.

|-
| 00:57
|આ bioinformatics.સાથે જરૂરી સૌથી સામાન્ય એડવાન્સડ કાર્ય કરી શકીએ છીએ.

|-
| 01:03
|'''Biopython''' ટૂલ્સ આપેલ કાર્ય માટે ઉપયોગ કરી શકીએ છીએ:

|-
| 01:05
|* '''Parsing''' તરીકે વિવિધ ફાઈલ ફોર્મેટસમાં માહિતી એક્સટ્રેક્ટ કેવું જેમકે '''FASTA''', '''Genbank''' વગેરે.

|-
| 01:14
|* ડેટાબેસ વેબસાઈટમાંથી ડેટા ડાઉનલોડ કરવું જેમ કે '''NCBI''', '''ExPASY''' વગેરે.

|-
| 01:22
|* '''Bioinformatic algorithms''' રન કરવું જેમ કે '''BLAST'''.

|-
| 01:26
| તેના પાસે સિકવેન્સ પર સામાન્ય ઓપરેશનસ કાર્ય કરવા માટે ટૂલ્સ છે.

|-
| 01:31
| ઉદાહરણ તરીકે મેળવવા માટે - '''complements''', '''transcription''',''' translation''' વગેરે.

|-
| 01:38
| અલાઇન્મેન્ટસથી ડીલ કરવા માટે કોડ.

|-
| 01:40
| અને અન્ય પધ્ધતીમાં કાર્ય વિભાજીત કરવા માટે કોડ.

|-
| 01:46
|ડાઉનલોડ સંબધિત માહિતી:

|-
| 01:48
| '''Biopython''' પેકેજ એ '''Python''' વિતરણનું ભાગ નથી ; તે મુક્તપણે ડાઉનલોડ કરું જરૂરી છે.

|-
| 01:54
| વિગતો માટે આપેલ લિંક જુઓ.

|-
| 01:59
|'''Linux''' સિસ્ટમ પર ઈન્સ્ટોલેશન :

|-
| 02:02
|સીનેપટીક પેકેજ મેનજરનો ઉપયોગ કરીને '''Python, Ipython''' અને '''Biopython''' પેકેજીસ ઇન્સ્ટોલ કરો .

|-
| 02:08
|પૂર્વપેક્ષિત સોફ્ટવેર પોતેથી ઇન્સ્ટોલ થશે.

|-
| 02:13
| '''graphic outputs''' અને '''plots''' માટે અતિરિક્ત પેકેજીસ ઇન્સ્ટોલ કરવું જરૂરી છે.

|-
| 02:18
|ટર્મિનલ ખોલવા માટે એક સાથે '''Ctrl, Alt''' અને '''T''' દબાવો.

|-
| 02:24
|મેં પહેલાથી જ '''Python, Ipython''' અને '''Biopython''' મારા સિસ્ટમ પર ઇન્સ્ટોલ કર્યું છે.

|-
| 02:30
| "ipython" ટાઈપ કરીને હું '''Ipython''' ઇન્ટરપ્રીટર શરુ કરીને એન્ટર દબાવો.

|-
| 02:35
| સ્ક્રીન પર '''IPython''' પ્રોમ્પ્ટ દ્રશ્યમાન છે.

|-
| 02:38
| '''Biopython''' નું ઈન્ટોલેશન તપાસવા માટે પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : "import Bio", એન્ટર દબાવો.

|-
| 02:48
| જો તમને કોઈ પણ એરર મેસેજ મળે છે તો તેનો અર્થ છે '''Biopython''' ઇન્સ્ટોલ થયેલું છે.

|-
| 02:54
| અહીં હું તમને યાદ અપાવવા ઇચ્છુ કે '''Python''' ભાષા એ કેસ સેન્સિટિવ છે.

|-
| 02:59
| કીવર્ડ્સ વેરિયેબલ અથવા ફંકશનસ ટાઈપ કરતી વખતે કાળજી લો.

|-
| 03:04
| ઉદાહરણ તરીકે ઉપરની લાઈનમાં '''import''' માં “i” લોવરકેસ અને '''Bio''' માં “B” અપરકેસમાં છે.

|-
| 03:12
| આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે '''DNA sequence''' ટ્રાન્સલેટ કરવા માટે '''Biopython''' મોડ્યુલ્સનો ઉપયોગ કરીશું.

|-
| 03:19
| તેમાં આપેલ સ્ટેપ્સ નું સમાવેશ છે.

|-
| 03:22
|પ્રથમ કોડિંગ '''DNA strand''' માટે '''sequence object''' બનાવો.

|-
| 03:27
|આગળ '''DNA''' સ્ટ્રેન્ડને '''mRNA''' જેવું '''transcription''' કરવું.

|-
| 03:32
| છેલ્લે'''mRNA''' ને '''protein''' સિકવેન્સ જેવું ટ્રાન્સલેશન કરવું.

|-
| 03:37
| ઉદાહરણ તરીકે આ સ્લાઈડ પર દર્શાવેલ કોડિંગ DNA strand નો ઉપયોગ કરીશું.

|-
| 03:42
| આ એક નાના '''protein''' સિકવેન્સન કોડ કરે છે.

|-
| 03:46
| પ્રથમ સ્ટેપ ,આપેલ કોડિંગ '''DNA''' સ્ટ્રેન્ડ માટે '''sequence object''' બનાવવાનું છે.

|-
| 03:52
|ચાલો ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ.

|-
| 03:55
|સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવવા માટે '''Bio ''' પેકેજમાંથી '''Seq''' મોડ્યૂલ ઈમ્પોર્ટ કરો.

|-
| 04:02
| '''Seq''' મોડ્યૂલ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને સંગ્રહિત અને પ્રક્રિયા કરવાની પધ્ધતી ઉપલબ્ધ કરીને આપે છે.

|-
| 04:08
| પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : '''from Bio dot Seq import Seq ''' એન્ટર દબાવો.

|-
| 04:17
|આગળ તમારું સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવવા માટે સ્પષ્ટપણે સ્ટ્રેન્ડમાં નિશ્ચિત અક્ષરને સ્પષ્ટ કરો.

|-
| 04:24
| '''nucleotides''' અથવા '''amino acids''' માટે અક્ષરોના કોડનું સિકવેન્સ છે કે નહિ તે સ્પષ્ટ કરે છે.

|-
| 04:32
|તે કરવા માટે આપણે '''Alphabet ''' પેકેજ પરથી '''IUPAC ''' મોડ્યૂલ વાપરીશું.

|-
| 04:38
| પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : '''from Bio dot Alphabet import IUPAC'''. '''Enter''' દબાવો.

|-
| 04:48
| નોંધ લો કે આપણે "Seq" અને "IUPAC" મોડ્યુલસ લોડ કરવા માટે '''import''' અને '''from''' સ્ટેટમેન્ટસ વાપરીશું.

|-
| 04:56
| '''cdna''' નામક વેરિયેબલમાં સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને સંગ્રહ કરો.

|-
| 05:01
| પ્રોમ્પ્ટ પર સામાન્ય સ્ટ્રીંગસ માં ટાઈપ કરો : '''cdna equal to Seq'''

|-
| 05:08
| સિકવેન્સને double quotes અને parentheses સંલગ્ન કરો.

|-
| 05:13
| આપણને ખબર છે કે સિકવેન્સ એ '''DNA''' ફ્રેગમેન્ટ છે. તો આરયુમેન્ટ તરીકે આલ્ફાબેટ ઓબ્જેક્ટ ટાઈપ કરો : '''unambiguous DNA '''

|-
| 05:21
| આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : '''cdna'''. એન્ટર દબાવો.

|-
| 05:26
| આઉટપુટ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે '''DNA sequence''' દેખાડે છે.

|-
| 05:30
|સંબધીત '''mRNA.''' માં કોડિંગ '''DNA''' સ્ટ્રેન્ડને ટ્રાન્સ્ક્રાઇબ કરીએ.

|-
| 05:35
| '''“transcribe”''' મેથડ માં બિલ્ટ ઈન ''Seq''' મોડ્યૂલસ નો ઉપયોગ કરીએ.

|-
| 05:39
|આપેલ કોડ ટાઈપ કરો.

|-
| 05:41
| વેરિયેબલ '''mrna''' માં આઉટપુટ સંગ્રહ કરો.

|-
| 05:45
| પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : '''mrna equal to cdna dot transcribe ખુલ્લું અને બંધ કૌંસ''', એન્ટર દબાવો.

|-
| 05:55
| આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : '''mrna.''' એન્ટર દબાવો.

|-
| 06:01
|આઉટપુટ જુઓ.

|-
| 06:02
| '''transcribe''' મેથડ '''DNA''' સિકવેન્સમાં '''Thiamin''' ને ''Uracil''' માં બદલે છે.

|-
| 06:09
|આગળ '''mRNA''' સંબધીત '''protein''' સિકવેન્સમાં ટ્રાન્સલેટ કરવા માટે '''translate''' મેથડ વાપરો.

|-
| 06:16
|આપેલ કોડ ટાઈપ કરો : '''protein equal to mrna dot translate open and close parentheses'''. એન્ટર દબાવો.

|-
| 06:27
| જો '''RNA''' અથવા '''DNA''' સિકવેન્સ સ્ટ્રેન્ડેર્ડ જેનેટિક કોડ નો ઉપયોગ કરીને અનિર્દિષ્ટ હોય તો '''translate''' મેથડ ટ્રાન્સલેટ કરે છે.

|-
| 06:36
|આઉટપુટ અમીનો એસિડ સિકવેન્સ દેખાડે છે.

|-
| 06:40
| આઉટપુટ ટ્રાન્સલેટ કરેલ સિકવેન્સમાં '''stop codons''' ની હાજરી સંબધિત માહિતી પણ દર્શાવે છે.

|-
| 06:47
| પ્રોટીન સિકવેન્સનું છેલ્લું એસ્ટ્રિક ની નોંધ લો તે '''stop codon''' દર્શાવે છે.

|-
| 06:53
|ઉપરના કોડમાં આપણે '''transcription'''. માટે કોડિંગ '''DNA''' સ્ટ્રેન્ડનો ઉપયોગ કર્યો છે.

|-
| 06:59
| Biopython માં '''transcribe''' મેથડ ફક્ત કોડિંગ DNA સ્ટ્રેન્ડ પર કાર્ય કરે છે.

|-
| 07:04
|જો કે, વાસ્તવમાં બાઈલોજીકલ સિસ્ટમમાં '''template strand''' સાથે '''transcription''' ની પ્રક્રિયા શરુ થાય છે.

|-
| 07:11
|જો તમે '''template strand''' સાથે શરૂઆત કરી રહ્યા હોય તો ટર્મિનલ પર આપેલ પ્રમાણે '''reverse complement''' મેથડ વાપરીને તને કોડિંગ સ્ટ્રેન્ડમાં રૂપાંતરિત કરો.

|-
| 07:20
|કોડિંગ સ્ટ્રેન્ડ માટે ઉપરના પ્રમાણે બચેલા કોડનું અનુસરણ કરો.

|-
| 07:24
| '''Biopython''' માં મેથડ નો ઉપયોગ કરીને આપણે '''DNA''' સિકવેન્સને '''protein''' સિકવેન્સમા ટ્રાન્સલેટ કર્યું છે.

|-
| 07:31
|આ કોડ વાપરીને કોઈપણ આકારનું '''DNA''' સિકવેન્સ પ્રોટીન સિકવેન્સમાં ટ્રાન્સલેટ કરી શકાય છે.

|-
| 07:37
|ચાલો સારાંશ લઈએ.

|-
| 07:38
|આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા:

|-
| 07:41
|* '''Biopython''' ના મહત્વના ફીચરો.

|-
| 07:43
|* લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઇન્સ્ટોલ કરવા વિશેની માહિતી.

|-
| 07:48
|* આપેલ '''DNA''' સ્ટ્રેન્ડ માટે એક સિ૯કવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવતા.

|-
| 07:52
|* '''mRNA''' માં DNA સિકવેન્સના '''Transcription''' કરતા.

|-
| 07:56
|* પ્રોટીન સિકવેન્સમાં '''mRNA''' નું ટ્રાન્સલેશન કરતા.

|-
| 08:00
|હવે અસાઈન્મેન્ટ તરીકે-

|-
| 08:02
|'''protein''' સિકવેન્સ માં આપેલ '''DNA''' સિકવેન્સને ટ્રાન્સલેટ કરો.

|-
| 08:06
|આઉટપુટની નોંધ લો.

|-
| 08:08
|પ્રોટીન સિકવેન્સના અંતર્ગત '''stop codon''' છે.

|-
| 08:11
| જેમ કુદરતી હોય છે તેમ '''DNA''' ને પ્રથમ ફ્રેમ '''stop codon''' સુધી ટ્રાન્સલેટ કરો.

|-
| 08:17
|તમારા પૂર્ણ અસાઈન્મેન્ટમાં આપેલ કોડ હોવા જોઈએ.

|-
| 08:20
|નોંધ લો કે આપણે '''translate()''' મેથડમાં '''to underscore stop''' વાપર્યું છે . આઉટપુટ જુઓ.

|-
| 08:27
| '''stop codon''' પોતે ટ્રાન્સલેટેડ કરેલું નથી.

|-
| 08:31
|તમારા પ્રોટીન સિકવેન્સના છેલ્લા સ્ટોપ સિમ્બોલનો સમાવેશ કર્યો નથી.

|-
| 08:36
|આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.

|-
| 08:39
|જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ના હોય તો તમે વિડિઓ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.

|-
|08:43
| અમે વર્કશો આયોજિત કરીએ છીએ અને જેઓ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેમને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ.

|-
| 08:50
|વધુ જાણકારી માટે અમને સંપર્ક કરો.

|-
| 08:53
| સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા ફાળો અપાયેલ છે. આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે

|-
| 08:59
|આ વિષે વધુ જાણકારી આપેલ લિંક પર ઉપલબ્ધ છે.

|-
| 09:03
|IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.

|}

@@ Line 14: / Line 14: @@
 |-
 | 00:10
-|* લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઈન્સ્ટોલેશન કરવાની માહિતી.
+|લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઈન્સ્ટોલેશન કરવાની માહિતી.
 |-
 | 00:15
-|* અને  '''Biopython''' ટૂલ્સ વાપરીને પ્રોટીન સિકવેન્સમાં  DNA સિકવેન્સના   '''translation'''.
+|અને  '''Biopython''' ટૂલ્સ વાપરીને પ્રોટીન સિકવેન્સમાં  DNA સિકવેન્સના   '''translation'''.
 |-
@@ Line 26: / Line 26: @@
 |-
 | 00:25
-|* Undergraduate Biochemistry અથવા  Bioinformatics and સામાન્ય  '''Python''' પ્રોગ્રામની માહિતી હોવી જોઈએ.
+|Undergraduate Biochemistry અથવા  Bioinformatics and સામાન્ય  '''Python''' પ્રોગ્રામની માહિતી હોવી જોઈએ.
 |-
@@ Line 38: / Line 38: @@
 |-
 | 00:41
-|* આપેલ લિંક પર'''Python''' version 2.7.3
+|આપેલ લિંક પર'''Python''' version 2.7.3
 |-
 | 00:44
-|* '''Ipython''' version 0.12.1 અને
+|'''Ipython''' version 0.12.1 અને
 |-
 | 00:48
-|* '''Biopython''' version 1.58.
+| '''Biopython''' version 1.58.
 |-
@@ Line 62: / Line 62: @@
 |-
 |  01:05
-|* '''Parsing'''  તરીકે વિવિધ ફાઈલ ફોર્મેટસમાં માહિતી એક્સટ્રેક્ટ કેવું જેમકે '''FASTA''', '''Genbank'''  વગેરે.
+| '''Parsing'''  તરીકે વિવિધ ફાઈલ ફોર્મેટસમાં માહિતી એક્સટ્રેક્ટ કેવું જેમકે '''FASTA''', '''Genbank'''  વગેરે.
 |-
 |  01:14
-|* ડેટાબેસ વેબસાઈટમાંથી ડેટા ડાઉનલોડ કરવું જેમ કે '''NCBI''', '''ExPASY''' વગેરે.
+| ડેટાબેસ વેબસાઈટમાંથી ડેટા ડાઉનલોડ કરવું જેમ કે '''NCBI''', '''ExPASY''' વગેરે.
 |-
 |  01:22
-|*  '''Bioinformatic algorithms''' રન કરવું જેમ કે  '''BLAST'''.
+| '''Bioinformatic algorithms''' રન કરવું જેમ કે  '''BLAST'''.
 |-
@@ Line 340: / Line 340: @@
 |-
 | 07:41
-|*  '''Biopython''' ના મહત્વના ફીચરો.
+|  '''Biopython''' ના મહત્વના ફીચરો.
 |-
 | 07:43
-|* લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઇન્સ્ટોલ કરવા વિશેની માહિતી.
+| લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઇન્સ્ટોલ કરવા વિશેની માહિતી.
 |-
 | 07:48
-|* આપેલ  '''DNA''' સ્ટ્રેન્ડ માટે એક સિ૯કવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવતા.
+| આપેલ  '''DNA''' સ્ટ્રેન્ડ માટે એક સિ૯કવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવતા.
 |-
 | 07:52
-|* '''mRNA''' માં  DNA સિકવેન્સના '''Transcription''' કરતા.
+|'''mRNA''' માં  DNA સિકવેન્સના '''Transcription''' કરતા.
 |-
 | 07:56
-|* પ્રોટીન સિકવેન્સમાં '''mRNA'''  નું ટ્રાન્સલેશન કરતા.
+| પ્રોટીન સિકવેન્સમાં '''mRNA'''  નું ટ્રાન્સલેશન કરતા.
 |-

Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Gujarati - Revision history

Jyotisolanki at 11:19, 23 March 2017

Jyotisolanki: Created page with " {| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Introduction to Biopython''' પરના સ્પોકન ટ્યુટોરીય..."