Satarupadutta: Created page with " {| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 |Introduction to Biopython এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স..."

2017-05-21T14:15:46Z

Created page with " {| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 |Introduction to Biopython এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স..."

New page

{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
|Introduction to Biopython এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।

|-
| 00:05
|এখানে আমরা Biopython এর গুরুত্বপূর্ণ বৈশিষ্ট্য সম্পর্কে শিখব।

|-
| 00:10
|লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেমে ডাউনলোড এবং সংস্থাপন তথ্য

|-
| 00:15
|এবং Biopython টুলস ব্যবহার করে প্রোটিন ক্রমে DNA ক্রমের ট্রান্সলেশন।

|-
| 00:22
|টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে নিম্ন সম্পর্কে জানতে হবে-

|-
| 00:25
| স্নাতক স্তরের বায়োকেমিস্ট্রি বা বায়োইনফরমেটিক্স।

|-
| 00:29
| এবং মৌলিক Python প্রোগ্রামিং।

|-
| 00:31
|প্রদত্ত লিঙ্কে Python টিউটোরিয়াল দেখুন।

|-
| 00:35
|টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি: উবুন্টু OS সংস্করণ 12.04

|-
| 00:41
| Python সংস্করণ 2.7.3

|-
| 00:44
|Ipython সংস্করণ 0.12.1 এবং

|-
| 00:48
| Biopython সংস্করণ 1.58.

|-
| 00:51
| Biopython কম্পিউটেশনাল বায়োলজির জন্য মডিউলের সংগ্রহ।

|-
| 00:57
| এটি বায়োইনফরম্যাটিক্সের জন্য প্রয়োজনীয় সবচেয়ে মৌলিক কাজগুলি করতে পারে।

|-
| 01:03
|Biopython টুল্স নিম্ন কাজে ব্যবহৃত হয়:

|-
| 01:05
|Parsing অর্থাৎ বিভিন্ন ফাইল ফরম্যাট যেমন FASTA, Genbank ইত্যাদি থেকে তথ্য এক্সট্র্যাক্ট করা।

|-
| 01:14
| ডাটাবেস ওয়েবসাইট যেমন NCBI, ExPASY ইত্যাদি থেকে তথ্য ডাউনলোড করা।

|-
| 01:22
| বায়োইনফরম্যাটিক অ্যালগরিদম যেমন BLAST রান করা।

|-
| 01:26
|এটির ক্রমে সাধারণ অপারেশনগুলি করার টুল্স রয়েছে।

|-
| 01:31
| উদাহরণস্বরূপ - কমপ্লিমেন্টস, ট্রান্সক্রিপশন, ট্রান্সলেশন ইত্যাদি পেতে।

|-
| 01:38
| এলাইনমেন্টের সাথে ডিলিং করতে কোড।

|-
| 01:40
| এবং কাজগুলি আলাদা আলাদা প্রক্রিয়ায় ভাগ করার কোড।

|-
| 01:46
|ডাউনলোড সম্পর্কিত তথ্য:

|-
| 01:48
| Biopython প্যাকেজ, Python বিতরণের অংশ নয়; এটি আলাদা ডাউনলোড করা প্রয়োজন।

|-
| 01:54
| বিস্তারিত তথ্যের জন্য নিম্নলিখিত লিঙ্কে যান।

|-
| 01:59
|Linux সিস্টেমে সংস্থাপন:

|-
| 02:02
|Synaptic Package Manager দ্বারা Python, Ipython এবং Biopython সংস্থাপন করুন।

|-
| 02:08
|পূর্বে দরকারী সফ্টওয়্যার নিজেই সংস্থাপিত হবে।

|-
| 02:13
| অতিরিক্ত প্যাকেজ গ্রাফিক আউটপুট এবং প্লটের জন্য সংস্থাপন করা আবশ্যক।

|-
| 02:18
| Ctrl, Alt এবং T কী টিপে একসাথে টিপে টার্মিনাল খুলুন।

|-
| 02:24
|আমি সিস্টেমে Python, Ipython এবং Biopython আগেই সংস্থাপিত করেছি।

|-
| 02:30
| Ipython ইন্টারপ্রেটার শুরু করতে লিখুন ipython এবং এন্টার টিপুন।

|-
| 02:35
| স্ক্রীনে IPython প্রম্পট দেখায়।

|-
| 02:38
|Biopython এর সংস্থাপন যাচাই করতে প্রম্পটে লিখুন: import Bio, এন্টার টিপুন।

|-
| 02:48
| আপনি কোন এরর ম্যাসেজ না পেলে এর মানে Biopython সংস্থাপিত হয়ে গেছে।

|-
| 02:54
|আমি মনে করিয়ে দেই, Python ল্যাঙ্গুয়েজ কেস সেন্সিটিভ।

|-
| 02:59
|কীওয়ার্ড, ভ্যারিয়েবল বা ফাংশন লেখার সময় সতর্ক থাকুন।

|-
| 03:04
| উদাহরণস্বরূপ, উপরোক্ত লাইনে import এর i ছোট হাতের অক্ষরে এবং Bio এর B বড় হাতের অক্ষরে রয়েছে।

|-
| 03:12
|এখানে আমরা DNA ক্রম ট্রান্সলেশন করতে Biopython মডিউল ব্যবহার করব।

|-
| 03:19
|এতে নিম্ন ধাপগুলি থাকে।

|-
| 03:22
|প্রথমে, কোডিং DNA strand এর জন্য sequence object বানাই।

|-
| 03:27
|এরপর DNA স্ট্রান্ডের mRNA এর উপর কোডিং ট্রান্সক্রিপশন।

|-
| 03:32
| শেষে, mRNA এর প্রোটিন ক্রমে ট্রান্সলেশন।

|-
| 03:37
|উদাহরণস্বরূপ আমরা এই স্লাইডে দেখানো কোডিং DNA স্ট্র্যান্ড ব্যবহার করব।

|-
| 03:42
| এটি ছোট প্রোটিন ক্রমের জন্য কোড বানায়।

|-
| 03:46
| প্রথমে উপরোক্ত কোডিং DNA স্ট্র্যান্ডের জন্য একটি sequence object বানাতে হবে।

|-
| 03:52
|টার্মিনালে ফিরে আসি।

|-
| 03:55
|একটি sequence object বানাতে, Bio প্যাকেজ থেকে Seq মডিউল ইম্পোর্ট করুন।

|-
| 04:02
| Seq মডিউল sequence object সংরক্ষণ এবং প্রক্রিয়ার মেথড দেয়।

|-
| 04:08
| প্রম্পটে লিখুন: from Bio dot Seq import Seq এবং Enter টিপুন।

|-
| 04:17
|এরপর, স্ট্র্যান্ডে স্পষ্টরূপে অক্ষর উল্লেখ করুন যখন sequence object বানান।

|-
| 04:24
| অর্থাৎ উল্লিখিত করতে হবে, অক্ষরের ক্রম নিউক্লিয়টাইড বা অ্যামিনো অ্যাসিডের জন্য কোড করে কিনা।

|-
| 04:32
|এটি করতে, Alphabet প্যাকেজ থেকে IUPAC মডিউল ব্যবহার করব।

|-
| 04:38
| প্রম্পটে লিখুন: from Bio dot Alphabet import IUPAC, এন্টার টিপুন।

|-
| 04:48
| আমরা Seq এবং IUPAC মডিউল লোড করতে import এবং from স্টেটমেন্ট ব্যবহার করেছি।

|-
| 04:56
|sequence object কে cdna নামক ভ্যারিয়েবলে সংরক্ষণ করুন।

|-
| 05:01
| সাধারণ স্ট্রিং এর মত প্রম্পটে লিখুন: cdna equal to Seq.

|-
| 05:08
| ক্রম ডাবল উদ্ধৃতি এবং বন্ধনীতে রাখুন।

|-
| 05:13
| আমরা জানি ক্রম DNA ফ্রাগমেন্ট। তাই আর্গুমেন্ট হিসাবে unambiguous DNA অ্যালফাবেট অবজেক্ট লিখুন।

|-
| 05:21
| আউটপুটের জন্য লিখুন: cdna এন্টার টিপুন।

|-
| 05:26
| আউটপুট sequence object এর মত DNA sequence দেখায়।

|-
| 05:30
|এখন কোডিং DNA স্ট্র্যান্ডকে সম্পর্কিত mRNA তে ট্রান্সক্রাইব করি।
|-
| 05:35
| আমরা Seq মডিউলের বিল্ট-ইন transcribe পদ্ধতি ব্যবহার করব।

|-
| 05:39
|নিম্নলিখিত কোড লিখুন।

|-
| 05:41
|আউটপুট ভ্যারিয়েবল mrna তে সংরক্ষণ করুন।

|-
| 05:45
| প্রম্পটে লিখুন: mrna equal to cdna dot transcribe বন্ধনী খুলুন এবং বন্ধ লিখুন, এন্টার টিপুন।

|-
| 05:55
| আউটপুটের জন্য লিখুন: mrna এন্টার টিপুন।

|-
| 06:01
|আউটপুট দেখুন। transcribe মেথড DNA ক্রমে Thiamin কে Uracil দ্বারা বদলায়।

|-
| 06:09
|এরপর এই mRNA সংশ্লিষ্ট প্রোটিন ক্রমে ট্রান্সলেশন করতে, translate মেথড ব্যবহার করুন।

|-
| 06:16
|নিম্ন কোড লিখুন: protein equal to mrna dot translate বন্ধনী খুলুন এবং বন্ধ করুন। এন্টার টিপুন।

|-
| 06:27
| উল্লিখিত না হলে translate মেথড স্ট্যান্ডার্ড জেনেটিক কোড ব্যবহার করে RNA বা DNA ক্রম ট্রান্সলেট করে।

|-
| 06:36
|আউটপুট একটি অ্যামাইনো অ্যাসিড ক্রম দেখায়।

|-
| 06:40
| আউটপুট ট্রান্সলেট করা ক্রমে stop codons এর উপস্থিতি সংক্রান্ত তথ্য দেখায়।

|-
| 06:47
| প্রোটিন ক্রমের শেষে এস্টেরিস্ক দেখুন। এটি stop codon নির্দেশ করে.

|-
| 06:53
|উপরের কোডে transcription এর জন্য কোডিং DNA স্ট্র্যান্ড ব্যবহার করেছি।

|-
| 06:59
|Biopython এ, transcribe মেথড কেবল কোডিং DNA স্ট্র্যান্ডে কাজ করে।

|-
| 07:04
| যদিও, বাস্তবিক বায়োলজিক্যাল সিস্টেমে, ট্রান্সক্রিপশন প্রক্রিয়া টেমপ্লেট স্ট্র্যান্ড সহ শুরু হয়।

|-
| 07:11
|টেমপ্লেট স্ট্রান্ড দিয়ে শুরু করলে, টার্মিনালে দেখানো reverse complement মেথড ব্যবহার করে এটি কোডিং স্ট্র্যান্ডে বদলান।

|-
| 07:20
|কোডিং স্ট্র্যান্ডের জন্য উপরের বাকি কোডগুলি অনুসরণ করুন।

|-
| 07:24
|Biopython এ মেথড ব্যবহার করে DNA ক্রমকে প্রোটিন ক্রমে ট্রান্সলেট করেছি।

|-
| 07:31
|এই কোড দ্বারা যে কোনো আকারের DNA ক্রম প্রোটিন ক্রমে ট্রান্সলেট করা যেতে পারে।

|-
| 07:37
|সংক্ষেপে, এখানে আমরা শিখেছি :

|-
| 07:41
| Biopython এর গুরুত্বপূর্ণ বৈশিষ্ট্য।

|-
| 07:43
| Linux OS এ ডাউনলোড এবং সংস্থাপনের তথ্য।

|-
| 07:48
| দেওয়া DNA স্ট্র্যান্ডের জন্য sequence object বানানো।

|-
| 07:52
| DNA ক্রমের mRNA তে Transcription

|-
| 07:56
| mRNA এর প্রোটিন ক্রমে Translation

|-
| 08:00
|এখন, অনুশীলনী-

|-
| 08:02
|দেওয়া DNA ক্রমকে প্রোটিন ক্রমে ট্রান্সলেট করুন।

|-
| 08:06
|আউটপুট দেখুন।

|-
| 08:08
|প্রোটিন ক্রম অভ্যন্তরীণ stop codon রাখে।

|-
| 08:11
|যেমন কি হয়, stop codon ফ্রেমে DNA প্রথম পর্যন্ত ট্রান্সলেট করুন।

|-
| 08:17
|আপনার সম্পন্ন কাজটির নিম্ন কোড থাকা উচিত।

|-
| 08:20
|আমরা translate() মেথডে to underscore stop আর্গুমেন্ট ব্যবহার করেছি। আউটপুট লক্ষ্য করুন।

|-
| 08:27
|stop codon নিজে ট্রান্সলেট করা হয় না।

|-
| 08:31
|stop চিহ্ন আপনার প্রোটিন ক্রমের শেষে অন্তর্ভুক্ত করা হয় না।

|-
| 08:36
|এই ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে বোঝায়।

|-
| 08:39
|আপনার কাছে ভাল ব্যান্ডউইডথ না থাকলে এটি ডাউনলোড করে দেখুন।

|-
|08:43
|স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।

|-
| 08:50
|অধিক জানতে আমাদের সাথে যোগাযোগ করুন।

|-
| 08:53
| স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা সমর্থিত।

|-
| 08:59
|এই বিষয়ে বিস্তারিত তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।

|-
| 09:03
|আইআইটি বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহণের জন্য ধন্যবাদ।

|}

Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Bengali - Revision history

Satarupadutta: Created page with " {| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 |Introduction to Biopython এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স..."