Biopython/C2/Blast/Tamil - Revision history

Priyacst at 06:39, 2 May 2017

2017-05-02T06:39:58Z

Priyacst: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- |00:01 | '''Biopython''' கருவிகளைப் பயன்படுத்தி, செய்..."

2017-03-15T06:52:04Z

Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- |00:01 | '''Biopython''' கருவிகளைப் பயன்படுத்தி, செய்..."

New page

{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
|00:01
| '''Biopython''' கருவிகளைப் பயன்படுத்தி, செய்யும் ''' BLAST''' குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.

|-
|00:06
| இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: Biopython கருவிகளைப் பயன்படுத்தி, '''query sequence'''க்கு, '''BLAST''ஐ '''run''' செய்வது

|-
|00:13
| மேலும் ஆய்வுக்கு, BLAST outputஐ '''parse''' செய்வது.

|-
|00:17
| இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள, இளங்கலை Biochemistry அல்லது Bioinformatics ,

|-
|00:24
| மற்றும், அடிப்படை ''' Python''' programming பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும்.

|-
|00:27
| கொடுக்கப்பட்டுள்ள இணைப்பில் உள்ள '''Python''' டுடோரியல்களை பார்க்கவும்.

|-
|00:31
| இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய, நான் பயன்படுத்துவது: '''Ubuntu OS''' Operating System பதிப்பு 14.10

|-
|00:37
| '''Python''' பதிப்பு 2.7.8

|-
|00:41
| '''Ipython interpreter''' பதிப்பு 2.3.0 மற்றும்

|-
|00:46
| '''Biopython''' பதிப்பு 1.64, மற்றும் ஒரு internet இணைப்பு

|-
|00:52
| '''BLAST''' என்பது '''Basic Local Alignment Search Tool'''ன் சுருக்கமாகும்.

|-
|00:57
| அது, '''Sequence'''ன் தகவலை ஒப்பிடுவதற்கான ஒரு '''algorithm''' ஆகும்.

|-
|01:02
| இந்த program, '''nucleotide''' அல்லது '''protein''' sequenceகளை, databaseல் இருக்கும் sequenceகளுடன் ஒப்பிட்டு, matchகளின், புள்ளியியல் முக்கியத்துவத்தை கணக்கிடுகிறது.

|-
|01:14
| BLASTஐ run செய்ய இரண்டு வெவ்வேறு வழிகள் உள்ளன:

|-
|01:17
| உங்கள் கணிணியில் உள்ள local '''BLAST''' அல்லது NCBI serverகள் வழியாக, internetன் மூலம் '''BLAST'''ஐ run செய்வது.

|-
|01:24
| '''Biopython'''ல், '''BLAST'''ஐ run செய்வதில், இரண்டு படிகள் உள்ளன.

|-
|01:28
| முதலில், உங்கள் '''query sequence'''க்கு, '''BLAST'''ஐ run செய்து, outputஐ பெறுவது.

|-
|01:33
| இரண்டாவது, மேலும் ஆய்வுக்கு, BLAST outputஐ '''parse''' செய்வது.

|-
|01:38
| நாம், '''terminal'''ஐ திறந்து, ஒரு nucleotide sequenceக்கு, '''BLAST'''ஐ run செய்வோம்.

|-
|01:43
| '''Terminal'''ஐ திறக்க, '''Ctrl, Alt''' மற்றும் '''t''' keyகளை ஒன்றாக அழுத்தவும்.

|-
|01:48
| Promptல் டைப் செய்க: ''ipython", பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|01:52
| இந்த டுடோரியலில், '''NCBI BLAST''' சேவையை பயன்படுத்தி, internetன் மூலம் '''BLAST'''ஐ எப்படி run செய்வது என்று காட்டுகிறேன்.

|-
|02:01
| Promptல் பின்வருவனவற்றை டைப் செய்க: '''from Bio.Blast Import NCBIWWW''', பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|02:14
| அடுத்து, internetன் மூலம் BLASTஐ '''run''' செய்ய, Promptல் பின்வருவனவற்றை டைப் செய்க.
result= NCBIWWW.qblast("blastn","nt","186429").

|-
|02:20
| '''NCBIWWW '''moduleலில் இருக்கும், '''Qblast function '''ஐ, நாம் பயன்படுத்துவோம்.

|-
|02:25
| '''Qblast function''', மூன்று '''argument'''களை எடுத்துக் கொள்கிறது:

|-
|02:29
| முதல் '''argument''', searchக்கு பயன்படுத்த வேண்டிய '''blast program''' ஆகும்.

|-
|02:33
| இரண்டாவது, search செய்ய வேண்டிய databaseகளை குறிக்கிறது.

|-
|02:38
| மூன்றாவது '''argument''', உங்கள் '''query sequence''' ஆகும்.

|-
|02:43
| '''Query sequence'''க்கான input, '''GI''' எண் அல்லது ஒரு '''FASTA''' fileலின் வடிவத்திலோ இருக்கலாம். அல்லது அது ஒரு '''sequence record object'''ஆகவும் இருக்கலாம்.

|-
|02:53
| இதை செய்து காட்டுவதற்கு, ஒரு '''nucleotide sequence'''க்கு, '''GI''' எண்ணை நான் பயன்படுத்துகிறேன்.

|-
|02:58
| '''Insulin'''னின், '''nucleotide sequence''' க்கான '''GI number''' இது.

|-
|03:03
| '''Qblast function''', வேறு பல option argumentகளையும் எடுத்துக் கொள்கிறது.

|-
|03:09
| நீங்கள் '''BLAST''' web pageல் set செய்யக்கூடிய வெவ்வேறு parameterகளுக்கு, இந்த argumentகள் ஒப்பானதாக இருக்கும்.

|-
|03:15
| '''Qblast function''', '''BLAST'''ன் முடிவுகளை, '''xml''' formatல் return செய்யும்.
|-
|03:20
| '''Terminal'''லுக்கு திரும்பவும்.

|-
|03:22
| நமது query sequence, ஒரு '''nucleotide'''ஆ அல்லது '''protein sequence'''ஆ என்பதை பொறுத்து,

|-
|03:25
| அதற்கான '''Blast''' programஐ பயன்படுத்த வேண்டும்.

|-
|03:30
| நமது query , ஒரு '''nucleotide''' என்பதால், நாம் '''blastn '''programஐ பயன்படுத்துவோம், மற்றும், "nt", '''nucleotide''' databaseஐ குறிக்கிறது.

|-
|03:39
| இதற்கான விவரங்கள், '''NCBI BLAST''' webpageல் உள்ளன.

|-
|03:45
| '''Blast output''', '''result''' variableலில், ஒரு '''xml''' fileலின் வடிவத்தில் சேமிக்கப்படுகிறது.

|-
|03:51
| '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|03:53
| உங்கள் internetன் வேகத்தைப் பொறுத்து, '''BLAST''' searchஐ முடிக்க சில நிமிடங்கள் எடுக்கலாம்.

|-
|03:59
| மேலும் தொடருவதற்கு முன்பு, '''xml''' fileஐ, diskல் சேமிப்பது முக்கியம்.

|-
|04:05
| '''xml''' fileஐ, சேமிக்க, பின்வரும் வரிகளை டைப் செய்யவும்.

|-
|04:09
| இந்த code வரிகள், searchன் முடிவை, '''blast.xml''' என, '''home''' folderல் சேமிக்கும்.

|-
|04:18
| உங்கள் '''home''' folderக்கு சென்று, fileஐ கண்டறியவும்.

|-
|04:21
| Fileஐ க்ளிக் செய்து, அதன் contentகளை சரி பார்க்கவும்.

|-
|04:30
| ஒரு '''FASTA''' fileஐ, '''query'''ஆக பயன்படுத்த, இந்த text fileலில் காட்டப்பட்டுள்ள codeஐ பயன்படுத்தவும்.

|-
|04:36
| ஒரு '''FASTA''' fileலில் இருந்து, '''sequence record object'''ஐ, queryஆக பயன்படுத்த வேண்டுமெனில், அதற்கான code இது.

|-
|04:42
| '''Terminal'''லுக்கு திரும்பவும்.

|-
|04:44
| அடுத்த படி, dataஐ '''extract''' செய்ய, fileஐ '''parse''' செய்வது.

|-
|04:48
| Parsingல் முதல் படி, inputக்கு, '''xml''' fileஐ திறப்பது.

|-
|04:53
| Promptல் பின்வருவனவற்றை டைப் செய்க. '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|04:57
| அடுத்து, "Bio.Blast" '''package'''லில் இருந்து, '''NCBIXML''' moduleஐ, '''import''' செய்யவும்.

|-
|05:05
| '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.

|-
|05:07
| '''Blast''' output ஐ, '''parse''' செய்ய, பின்வரும் வரிகளை டைப் செய்யவும்.

|-
|05:11
| '''BLAST''' outputல் இருந்து, நீங்கள் '''extract''' செய்ய வேண்டிய, அனைத்து தகவல்களையும் ஒரு BLAST '''record''' கொண்டிருக்கிறது.

|-
|05:18
| நம் '''blast report'''ல் இருக்கும், குறிப்பிட்ட நிலைக்கு மேல் உள்ள எல்லா '''hit'''கள் பற்றிய சில தகவல்களை நாம் print செய்வோம்.

|-
|05:27
| பின்வரும் codeஐ டைப் செய்யவும்.

|-
|05:30
| ஒரு '''match''' குறிப்பிடத்தக்கதாக இருக்கவேண்டுமெனில், expect '''score''', 0.01க்கு குறைவாக இருக்கவேண்டும்.

|-
|05:37
| ஒவ்வொரு '''hsp''', அதாவது high scoring pairக்கும், '''title, length, hsp score, gaps''' மற்றும் '''expect value''', நமக்கு கிடைக்கிறது.

|-
|05:49
| '''Query'''ஐ கொண்டுள்ள '''string'''கள், align செய்யப்பட்ட database sequence, மற்றும்,
match மற்றும் mismatch positionகளை குறிப்பிடும் stringகள் இவைகளையும் நாம் print செய்வோம்.

|-
|06:02
| Outputஐ பெற, '''Enter''' keyஐ இருமுறை அழுத்தவும்.

|-
|06:05
| Outputஐ கவனிக்கவும்.

|-
|06:09
| ஒவ்வொரு alignment க்கும், '''length, score, gaps, evalue''' மற்றும் '''string'''கள் நம்மிடம் உள்ளன.

|-
|06:16
| '''Bio.Blast''' packageல் இருக்கும், மற்ற '''function'''களை பயன்படுத்தி, தேவையான தகவல்களை நீங்கள் extract செய்யலாம்.

|-
|06:24
| நாம் இந்த டுடோரியலின் முடிவுக்கு வந்துவிட்டோம். சுருங்கசொல்ல,

|-
|06:27
| இந்த டுடோரியலில், '''GI''' எண்ணை பயன்படுத்தி, query nucleotide sequenceக்கு , BLASTஐ run செய்யவும்,

|-
|06:36
| '''Bio.Blast.Record''' moduleஐ பயன்படுத்தி, '''BLAST''' outputஐ parse செய்யவும் கற்றோம்.

|-
|06:43
| பயிற்சியாக, உங்களுக்கு விருப்பமான '''protein''' sequenceக்கு, ''' BLAST Searchஐ run செய்யவும்.

|-
|06:50
| Output fileஐ சேமித்து, அதில் இருக்கும் dataஐ parse செய்யவும்.

|-
|06:55
| இந்த fileலில் காட்டப்பட்டுள்ளபடி, நீங்கள் செய்த பயிற்சி பின்வரும் codeன் வரிகளைப் பெற்றிருக்க வேண்டும்.

|-
|07:01
| Codeஐ கவனிக்கவும். நமது '''query''', '''protein''' sequenceஆக இருப்பதனால், நாம், '''blastp '''program மற்றும், "nr", அதாவது, '''BLAST''' searchக்கான, non-redundant protein databaseஐ பயன்படுத்தி இருக்கிறோம்.

|-
|07:16
| பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.

|-
|07:20
| அதை தரவிறக்கி காணவும்.

|-
|07:22
| ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது.

|-
|07:30
| மேலும் விவரங்களுக்கு எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.

|-
|07:33
| இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு அளிக்கிறது.

|-
|07:40
| மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.

|-
|07:45
| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஶீ. குரல் கொடுத்தது..... நன்றி.

|}

@@ Line 17: / Line 17: @@
 |-
 |00:17
-| இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள,  இளங்கலை Biochemistry  அல்லது Bioinformatics ,
+| இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள,  இளங்கலை Biochemistry  அல்லது Bioinformatics,
 |-
@@ Line 29: / Line 29: @@
 |-
 |00:31
-| இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய,  நான் பயன்படுத்துவது:   '''Ubuntu OS''' Operating System பதிப்பு 14.10
+| இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய,  நான் பயன்படுத்துவது:   '''Ubuntu OS''' பதிப்பு 14.10
 |-
@@ Line 41: / Line 41: @@
 |-
 |00:46
-| '''Biopython''' பதிப்பு 1.64,  மற்றும் ஒரு internet  இணைப்பு
+| '''Biopython''' பதிப்பு 1.64,  மற்றும்  internet  இணைப்பு
 |-
@@ Line 53: / Line 53: @@
 |-
 |01:02
-| இந்த program,  '''nucleotide''' அல்லது '''protein''' sequenceகளை,  databaseல் இருக்கும் sequenceகளுடன் ஒப்பிட்டு,  matchகளின்,  புள்ளியியல் முக்கியத்துவத்தை கணக்கிடுகிறது.
+| இந்த program,  '''nucleotide''' அல்லது '''protein''' sequenceகளை,  databaseல் இருக்கும் sequenceகளுடன் ஒப்பிட்டு,  ஒப்பானவைகளின்,  புள்ளியியல் முக்கியத்துவத்தை கணக்கிடுகிறது.
 |-
@@ Line 69: / Line 69: @@
 |-
 |01:28
-| முதலில்,  உங்கள் '''query sequence'''க்கு,  '''BLAST'''ஐ run செய்து,  outputஐ பெறுவது.
+| முதலில்,  உங்கள் '''query sequence'''க்கு,  '''BLAST'''ஐ run செய்து,  outputஐ பெறுவது,
 |-
@@ Line 81: / Line 81: @@
 |-
 |01:43
-| '''Terminal'''ஐ திறக்க,  '''Ctrl, Alt'''  மற்றும் '''t''' keyகளை ஒன்றாக அழுத்தவும்.
+|'''Ctrl, Alt'''  மற்றும் '''t''' keyகளை ஒன்றாக அழுத்தவும்.
 |-
 |01:48
-| Promptல் டைப் செய்க: ''ipython",   பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.
+| டைப் செய்க: ''ipython",   பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.
 |-
@@ Line 98: / Line 98: @@
 |02:14
 | அடுத்து,  internetன் மூலம் BLASTஐ '''run''' செய்ய,   Promptல் பின்வருவனவற்றை டைப் செய்க.
 |-
@@ Line 114: / Line 113: @@
 |-
 |02:33
-| இரண்டாவது,  search  செய்ய வேண்டிய databaseகளை குறிக்கிறது.
+| இரண்டாவது,  search  செய்ய வேண்டிய databaseஐ குறிக்கிறது.
 |-
@@ Line 157: / Line 156: @@
 |-
 |03:30
-| நமது query ,  ஒரு '''nucleotide'''  என்பதால்,  நாம் '''blastn '''programஐ பயன்படுத்துவோம்,  மற்றும்,  "nt",   '''nucleotide''' databaseஐ  குறிக்கிறது.
+| நமது query,  ஒரு '''nucleotide'''  என்பதால்,  நாம் '''blastn '''programஐ பயன்படுத்துவோம்,  மற்றும்,  "nt",   '''nucleotide''' databaseஐ  குறிக்கிறது.
 |-
@@ Line 177: / Line 176: @@
 |-
 |03:59
-| மேலும் தொடருவதற்கு முன்பு,  '''xml''' fileஐ,  diskல் சேமிப்பது முக்கியம்.
+| மேலும் தொடருவதற்கு முன்,  '''xml''' fileஐ,  diskல் சேமிப்பது முக்கியம்.
 |-
@@ Line 217: / Line 216: @@
 |-
 |04:53
-| Promptல் பின்வருவனவற்றை டைப் செய்க.  '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.
+| பின்வருவனவற்றை டைப் செய்க.  '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.
 |-
@@ Line 253: / Line 252: @@
 |-
 |05:49
-| '''Query'''ஐ கொண்டுள்ள '''string'''கள்,  align  செய்யப்பட்ட database sequence,  மற்றும்,
+| '''Query'''ஐ கொண்டுள்ள '''string'''கள்,  align  செய்யப்பட்ட database sequence,  மற்றும்,  match  மற்றும் mismatch positionகளை  குறிப்பிடும் stringகள்  இவைகளையும் நாம் print செய்வோம்.
 match  மற்றும் mismatch positionகளை  குறிப்பிடும் stringகள்  இவைகளையும் நாம் print செய்வோம்.
 |-
@@ Line 278: / Line 276: @@
 |-
 |06:27
-| இந்த டுடோரியலில்,   '''GI''' எண்ணை பயன்படுத்தி,   query nucleotide sequenceக்கு ,   BLASTஐ run செய்யவும்,
+| இந்த டுடோரியலில்,   '''GI''' எண்ணை பயன்படுத்தி,   query nucleotide sequenceக்கு,   BLASTஐ run செய்யவும்,
 |-
@@ Line 302: / Line 300: @@
 |-
 |07:16
-| பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.
+| இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.
 |-
@@ Line 318: / Line 316: @@
 |-
 |07:33
-| இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு அளிக்கிறது.
+| இந்திய அரசாங்கத்தின், National Mission on Education through ICT, MHRD இதற்கு ஆதரவு அளிக்கிறது.
 |-
@@ Line 326: / Line 324: @@
 |-
 |07:45
-| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது  ஜெயஶீ. குரல் கொடுத்தது..... நன்றி.
+| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது  ஜெயஶீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேவில் இருந்து பிரியா. நன்றி.
 |}