PoojaMoolya at 07:17, 11 April 2017

2017-04-11T07:17:12Z

Ranjana: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Biopython''' टूल्स वापरून '''BLAST''' वरील ट्यूटो..."

2017-01-13T10:11:55Z

Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Biopython''' टूल्स वापरून '''BLAST''' वरील ट्यूटो..."

New page

{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| '''Biopython''' टूल्स वापरून '''BLAST''' वरील ट्यूटोरियल मध्ये आपले स्वागत.

|-
| 00:06
| या ट्युटोरियलमध्ये आपण शिकणार आहोत: Biopython टूल्स वापरून '''query sequence''' साठी "BLAST" रन करणे.

|-
|00:13
|* आणि, पुढील विश्लेषण करीता BLAST आउटपुट पार्स करणे.

|-
| 00:17
| ह्या ट्यूटोरियलचे अनुसरण करण्यास तुम्हाला अंडरग्रॅज्युएट बायोकेमिस्ट्री किंवा बायोइन्फर्मेटिक्स आणि मूलभूत '''Python''' प्रोग्रँमिंग माहीत असले पाहिजे.

|-
|00:27
| दिलेल्या लिंक वरील '''Python''' ट्यूटोरियल्स पहा.

|-
| 00:31
| हा ट्यूटोरियल रेकॉर्ड करण्यासाठी, मी '''Ubuntu''' ऑपरेटिंग सिस्टम वर्जन 14.10

|-
|00:37
|* '''Python''' वर्जन 2.7.8

|-
|00:41
|* '''Ipython interpreter''' वर्जन 2.3.0

|-
|00:46
|* '''Biopython''' वर्जन 1.64 आणि काम करणारे इंटरनेट कनेक्शन वापरत आहे.

|-
| 00:52
| '''Basic Local Alignment Search Tool''' साठी '''BLAST''' एक्रोनिम आहे.

|-
|00:57
| '''sequence''' ची माहिती तुलना करण्याकरिता ते '''algorithm''' आहे.

|-
| 01:02
| हा प्रोग्राम '''nucleotide''' किंवा '''protein''' च्या सीक्वेन्सेसना जे डेटाबेस मध्ये सीक्वेन्स आहे त्यांची तुलना करतो आणि जे एकसारखे आहेत त्यांच्या आकडेवारी महत्वाची गणना करतो.

|-
|01:14
| BLAST रन करण्यास दोन वेग वेगळे मार्ग आहेत:

|-
|01:17
| तुमच्या मशीन वर स्थित असलेला लोकल '''BLAST''' किंवा इंटरनेट मधून NCBI सर्वर्स द्वारे '''BLAST''' ला रन करणे.

|-
| 01:24
| '''Biopython''' मध्ये कार्यरत '''BLAST''' दोन स्टेप्स आहेत.

|-
|01:28
| प्रथम, तुमच्या '''query sequence''' साठी रन '''BLAST''' आणि काही आउटपुट मिळवा.

|-
|01:33
| दुसरा, पुढील विश्लेषण करिता '''BLAST''' आउटपुट पार्स करणे.

|-
| 01:38
| आपण न्यूक्लियटाइड सीक्वेन्स साठी टर्मिनल उघडून '''BLAST''' रन करूया.

|-
|01:43
| '''Ctrl, Alt''' आणि '''T''' किज दाबून टर्मिनल उघडा.

|-
| 01:48
| प्रॉंप्ट वर, टाइप करा: '''ipython''' आणि एंटर दाबा.

|-
| 01:52
| ह्या ट्यूटोरियल मध्ये, मी तुम्हाला '''NCBI BLAST''' सर्विस वापरुन इंटरनेटवर '''BLAST''' कसे रन करायचे हे दाखवेल.

|-
|02:01
| पॅकेज इम्पोर्ट करण्यासाठी प्रॉंप्ट वर खालील टाइप करा: '''from Bio.Blast Import NCBIWWW''' . एंटर दाबा.

|-
| 02:14
| पुढे, इंटरनेट वर BLAST रन करण्यासाठी, प्रॉंप्ट वर खालील टाइप करा.

|-
|02:20
| आपण '''NCBIWWW''' मॉड्यूल मध्ये '''qblast function''' वापरुया.

|-
| 02:25
| '''qblast function''' तीन '''qblast function''' घेते:

|-
|02:29
| ह्याचा पहिला आर्ग्युमेंट '''blast program''' आहे जे शोधण्यास वापर होतो.

|-
|02:33
| दुसरा, निर्देशीत करतो कि डेटाबेस शोधायचा आहे.

|-
|02:38
| तिसरा आर्ग्युमेंट तुमचा '''query sequence''' आहे.

|-
| 02:43
| '''query sequence''' साठी इनपुट '''GI''' नंबर किंवा '''FASTA''' फाइल सारखे असु शकते. किंवा, ते '''sequence record object''' सारखे देखील असु शकते.

|-
| 02:53
| ह्या प्रात्यक्षिकेसाठी, मी '''nucleotide sequence''' साठी '''GI number''' वापरत आहे.

|-
|02:58
| '''GI number''' हे '''insulin''' च्या '''nucleotide sequence''' साठी आहे.

|-
| 03:03
| '''qblast function''' इतर पर्याय आर्ग्यूमेंट्सची संख्या देखील घेते.

|-
|03:09
| हे आर्ग्युमेंट्स विविध पॅरमीटर्सला सारखे आहेत जे तुम्ही '''BLAST''' वेब पेज वर सेट करू शकता.

|-
|03:15
| '''qblast function''' '''xml''' फॉर्मॅट मध्ये '''BLAST'''परिणामांना परत करेल.

|-
| 03:20
| टर्मिनल वर परत जाऊ.

|-
|03:22
| आपल्याला योग्य '''Blast''' प्रोग्राम वापरायचे आहेत,जे क्वेरी सीक्वेन्स '''nucleotide''' किंवा '''protein sequence''' वर अवलंबुन आहे की नाही.

|-
|03:30
| आपली क्वेरी '''nucleotide''' आहे, आपण '''blastn''' प्रोग्राम वापरुया आणि "nt" '''nucleotide''' डेटाबेसला संदर्भित करेल.

|-
|03:39
| ह्या बद्दल माहिती '''NCBI BLAST''' वेबपेज वर उपलब्ध आहे.

|-
| 03:45
| '''blast output''' '''xml''' फाइलच्या फॉर्म मध्ये वेरियबल '''result''' मध्ये संचित केले आहेत.

|-
|03:51
| एंटर दाबा.

|-
| 03:53
| तुमच्या इंटरनेटच्या गतीवर अवलंबुन, '''BLAST''' चा शोध पूर्ण करण्यासाठी ह्याला काही मिनिटे लागू शकतात.

|-
| 03:59
| पुढील प्रक्रिया करण्यापूर्वी डिस्कवर '''xml''' फाईल सेव्ह करण्यासाठी हे महत्वाचे आहे.

|-
|04:05
| '''xml file''' सेव्ह कारण्यस खालील ओळी टाइप करा.

|-
|04:09
| ह्या कोडच्या ओळी होम फोल्डर मध्ये '''blast.xml''' म्हणून रिज़ल्टचे शोध सेव्ह करेल.

|-
| 04:18
| तुमच्या होम फोल्डर मध्ये नॅविगेट करून फाइलला शोधा.

|-
|04:21
| फाइल वर क्‍लिक करा आणि फाइलचे कॉंटेंट्स तपासा.

|-
| 04:30
| जर तुम्हाला '''query''' म्हणून '''FASTA''' फाइल वापरायचे असेल तर टेक्स्ट फाइल मध्ये दाखवलेले कोड वापरा.

|-
| 04:36
| जर तुम्हाला क्वेरी म्हणून '''FASTA''' फाइल मधून '''sequence record object''' वापरायचे असेल, तर येथे कोड आहे.

|-
| 04:42
| टर्मिनल वर परत जाऊ.

|-
|04:44
| पुढील स्टेप डेटा एक्सट्रॅक्ट करण्यास फाइलला पार्स करा.

|-
|04:48
| पारसिंग मध्ये प्रथम स्टेप इनपुट साठी '''xml''' फाइल उघडणे आहे.

|-
|04:53
| प्रॉंप्ट वर खालील टाइप करा. एंटर दाबा.

|-
| 04:57
| पुढे, "Bio.Blast" पॅकेज मधून '''NCBIXML''' मॉड्यूल इम्पोर्ट करा.

|-
|05:05
| एंटर दाबा.

|-
| 05:07
| '''Blast''' आउटपुट पार्स करण्यास खालील ओळी टाइप करा.

|-
|05:11
| तुम्हाला '''BLAST''' आउटपुट मधून एक्सट्रॅक्ट करण्यास BLAST '''record''' मध्ये सर्व माहिती समाविष्ट आहे.

|-
| 05:18
| एका विशिष्ट थ्रेशहोल्ड पेक्षा जास्त असलेला आपल्या '''blast report''' मधले सर्व हिट्स बद्दल काही माहिती प्रिंट करू.

|-
|05:27
| खालील कोड टाइप करा.

|-
|05:30
| '''match''' साठी अत्यंत महत्वपूर्ण, expect स्कोअर 0.01 पेक्षा कमी असणे आवश्यक आहे.

|-
| 05:37
| प्रत्येक '''hsp''' साठी, जे उच्च स्कोरिंग पैर आहे, आपल्याला '''title, length, hsp score, gaps''' आणि '''expect value''' मिळते.

|-
|05:49
| आपण '''strings''' ना देखील प्रिंट करू ज्यात '''query''' समाविष्ट आहे, अलाइंड( एका सरळ रेषेत) डेटाबेस सीक्वेन्स आणि स्ट्रिँग, match आणि mismatch पोझिशन्स निर्दिष्ट करते.

|-
|06:02
| आउटपुट मिळण्यास दोनदा एंटर की दाबा.

|-
| 06:05
| आउटपुट पहा.

|-
|06:09
| प्रत्येक अलाइनमेंट साठी, आपल्याकडे '''length, score, gaps, evalue''' आणि '''strings''' आहे.

|-
| 06:16
| तुम्ही '''Bio.Blast''' पॅकेज मध्ये उपलब्ध इतर फंक्शन्स वापरुन आवश्यक माहिती extract (काढू) करू शकता.

|-
|06:24
| आपण ह्या ट्यूटोरियलच्या अंतिम टप्प्यात आहोत.

|-
| 06:26
| थोडक्यात.

|-
|06:27
| ह्या ट्यूटोरियल मध्ये आपण, '''GI''' नंबर वापरून '''query nucleotide sequence''' साठी "BLAST" रन करणे.

|-
|06:36
| आणि '''Bio.Blast.Record''' मॉड्यूल वापरुन '''BLAST''' आउटपुट पार्स करणे शिकलो.

|-
| 06:43
| असाइनमेंट साठी, तुमच्या पसंतीच्या '''protein''' सीक्वेन्स साठी '''BLAST Search''' रन करा.

|-
|06:50
| आउटपुट फाइल सेव्ह करून फाइल मधील समाविष्ट डेटा पार्स करा.

|-
|06:55
| ह्या फाइल मध्ये दाखवल्याप्रमाणे, तुमच्या पूर्ण झालेल्या असाइनमेंट मध्ये खालील कोड असले पाहिजे.

|-
|07:01
| कोड पहा. आपली क्वेरी '''protein''' सीक्वेन्स आहे, आपण '''BLAST''' सर्च साठी '''blastp''' प्रोग्राम आणि "nr", म्हणजे , नॉन-रिडंडेंट प्रोटीन डेटाबेस वापरले आहेत.

|-
| 07:16
| स्क्रीनवर दिसणार्‍या लिंकवर उपलब्ध असलेल्या व्हिडिओमधे तुम्हाला प्रॉजेक्टचा सारांश मिळेल.

|-
|07:20
| कृपया डाउनलोड करून पहा.

|-
| 07:22
| स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट टीम, कार्यशाळा चालविते, परीक्षा उत्तीर्ण होणा-या विद्यार्थ्यांना प्रमाणपत्रही देते.

|-
|07:30
| अधिक माहितीसाठी, आम्हाला लिहा.

|-
| 07:33
| स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्टला अर्थसहाय्य NMEICT, MHRD, Govt of India ने दिले आहे.

|-
|07:40
| यासंबंधी माहिती पुढील साईटवर उपलब्ध आहे.

|-
| 07:45
| मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद.

|}

@@ Line 1: / Line 1: @@
 {| Border=1
-! <center>Time</center>
+|'''Time'''
-! <center>Narration</center>
+|'''Narration'''
 |-
@@ Line 13: / Line 13: @@
 |-
 |00:13
-|* आणि,  पुढील विश्लेषण करीता BLAST आउटपुट पार्स करणे.
+| आणि,  पुढील विश्लेषण करीता BLAST आउटपुट पार्स करणे.
 |-
@@ Line 29: / Line 29: @@
 |-
 |00:37
-|* '''Python''' वर्जन 2.7.8
+| '''Python''' वर्जन 2.7.8
 |-
 |00:41
-|* '''Ipython interpreter'''  वर्जन 2.3.0
+| '''Ipython interpreter'''  वर्जन 2.3.0
 |-
 |00:46
-|* '''Biopython''' वर्जन 1.64 आणि काम करणारे इंटरनेट कनेक्शन वापरत आहे.
+| '''Biopython''' वर्जन 1.64 आणि काम करणारे इंटरनेट कनेक्शन वापरत आहे.
 |-
@@ Line 269: / Line 269: @@
 |-
 | 06:26
-| थोडक्यात.
+| थोडक्यात,ह्या ट्यूटोरियल मध्ये आपण, '''GI''' नंबर वापरून '''query nucleotide  sequence''' साठी "BLAST" रन करणे.
-−
-|-
-|06:27
-| ह्या ट्यूटोरियल मध्ये आपण, '''GI''' नंबर वापरून '''query nucleotide  sequence''' साठी "BLAST" रन करणे.
 |-
@@ Line 322: / Line 318: @@
 | 07:45
 | मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद.
 |}

Biopython/C2/Blast/Marathi - Revision history

PoojaMoolya at 07:17, 11 April 2017

Ranjana: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Biopython''' टूल्स वापरून '''BLAST''' वरील ट्यूटो..."