Shruti arya at 15:11, 7 February 2017

2017-02-07T15:11:59Z

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! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

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| 00:01
| 'Biopython' टूल्स उपयोग करके 'BLAST' पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है।

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| 00:06
| इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे: Biopython टूल्स उपयोग करके 'query sequence' के लिए 'BLAST' रन करना

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|00:13
|और आगे के विश्लेषण के लिए BLAST आउटपुट को 'parse' करना

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| 00:17
| इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको स्नातक स्तर की बायोकेमिस्ट्री या बायोइन्फॉर्मेटिक्स

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|00:24
| और बुनियादी 'Python' प्रोग्रामिंग के साथ परिचित होना चाहिए।

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|00:27
| दिए गए लिंक पर 'Python' ट्यूटोरियल्स पर जाएँ।

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| 00:31
| इस ट्यूटोरियल को रेकॉर्ड करने के लिए मैं उपयोग कर रही हूँ 'Ubuntu' ऑपरेटिंग सिस्टम वर्जन 14.10

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|00:37
|* 'Python' वर्जन 2.7.8

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|00:41
|* 'Ipython interpretor' वर्जन 2.3.0

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|00:46
|* 'Biopython' वर्जन 1.64 और * एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन

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| 00:52
|'BLAST' 'Basic Local Alignment Search Tool' का संक्षिप्त रूप है।

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|00:57
| यह 'सीक्वेंस' की जानकारी की तुलना करने के लिए 'algorithm' है।

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| 01:02
| प्रोग्राम डेटाबेस के सीक्वेंस की 'nucleotide' या 'protein' सीक्वेंस से तुलना करता है और मैच के सांख्यिकीय महत्व की गणना करता है।

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|01:14
| BLAST को रन करने के दो भिन्न-भिन्न तरीके हैं:

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|01:17
| आपकी मशीन पर लोकल 'BLAST' या NCBI सर्वर्स से इन्टरनेट पर 'BLAST' रन करना

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| 01:24
| 'Biopython' में 'BLAST' को रन करने के दो स्टेप्स हैं।

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|01:28
| पहला, आपकी 'क्वेरी सीक्वेंस' के लिए 'BLAST' रन करें और कुछ आउटपुट प्राप्त करें।

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|01:33
| दूसरा, आगे के विश्लेषण के लिए 'BLAST' आउटपुट को 'parse' करें।

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| 01:38
| हम 'टर्मिनल' खोलेंगे और न्यूक्लोटाइड सीक्वेंस के लिए 'BLAST' रन करेंगे।

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|01:43
| 'Ctrl, Alt' और 'T' कीज़ एकसाथ दबाकर टर्मिनल खोलें।

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| 01:48
| 'prompt' पर टाइप करें: 'ipython' और एंटर दबाएं।

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| 01:52
| इस ट्यूटोरियल में मैं दिखाऊंगी कि 'NCBI BLAST' सर्विस उपयोग करके इन्टरनेट पर 'BLAST' को कैसे रन करते हैं।

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|02:01
| प्रॉम्प्ट पर निम्न टाइप करें 'Bio.Blast' पैकेज से 'Import NCBIWWW' मॉड्यूल, एंटर दबाएं।

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| 02:14
| आगे इन्टरनेट पर BLAST रन करने के लिए, प्रॉम्प्ट पर निम्न टाइप करें

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|02:20
| हम 'NCBIWWW' मॉड्यूल में 'qblast function' उपयोग करेंगे।

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| 02:25
| 'qblast function' तीन 'आर्ग्युमेंट्स' लेता है:

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|02:29
| पहला 'आर्ग्युमेंट' 'blast program' सर्च के लिए उपयोग होता है।

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|02:33
| दूसरा, उस डेटाबेस को निर्दिष्ट करना जिसके विरुद्द सर्च करना है।

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|02:38
| तीसरा 'आर्ग्युमेंट' आपका 'क्वेरी सीक्वेंस' है।

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| 02:43
| 'क्वेरी सीक्वेंस' के लिए इनपुट 'GI' नंबर या 'FASTA' फाइल की फॉर्म में हो सकता है। या यह 'सीक्वेंस रेकॉर्ड ऑब्जेक्ट' भी हो सकता है।

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| 02:53
| इस पदर्शन के लिए मैं 'nucleotide sequence' के लिए 'GI नंबर' उपयोग कर रही हूँ।

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|02:58
| 'GI नंबर' 'insulin' के 'nucleotide sequence' के लिए है।

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| 03:03
| 'qblast फंक्शन' अन्य कई विकल्प आर्ग्युमेंट्स भी लेता है।

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|03:09
| ये आर्ग्युमेंट्स भिन्न-भिन्न पैरामीटर्स के समान होते हैं जो आप 'BLAST' वेब पेज पर सेट कर सकते हैं।

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|03:15
| 'qblast फंक्शन' 'xml' फॉर्मेट में 'BLAST' परिणामों को रिटर्न करेगा।

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| 03:20
| 'टर्मिनल' पर वापस आएं।

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|03:22
| हमारा क्वेरी सीक्वेंस 'nucleotide' है या 'protein sequence' है इस आधार पर हमें उपयुक्त 'Blast' प्रोग्राम उपयोग करना है।

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|03:30
| चूँकि हमारी क्वेरी 'nucleotide है हम 'blastn' प्रोग्राम उपयोग करेंगे और 'nt' 'nucleotide' डेटाबेस को दिखाता है।

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|03:39
| इसके बारे में विवरण 'NCBI BLAST' वेबपेज पर उपलब्ध है।

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| 03:45
| 'blast आउटपुट' 'xml' फाइल की फॉर्म में 'result' नामक वेरिएबल में संचित किया जाता है।

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|03:51
| एंटर दबाएं।

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| 03:53
| आपके इन्टरनेट की स्पीड के आधार पर यह 'BLAST' की खोज को पूरा करने के लिए कुछ समय ले सकता है।

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| 03:59
| आगे की प्रक्रिया से पहले 'xml' फाइल को डिस्क पर सेव करना ज़रूरी है।

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|04:05
| 'xml file' को सेव करने के लिए निम्न लाइनें टाइप करें।

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|04:09
| कोड की ये लाइनें 'home' फोल्डर में 'blast.xml' की तरह खोज के परिणामों को सेव करेंगी।

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| 04:18
| अपने 'home' फोल्डर और फाइल पर जाएँ।

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|04:21
| फाइल पर क्लिक करें और फाइल की विषय वस्तु को जाँचें।

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| 04:30
| अगर आप 'FASTA' फाइल को 'क्वेरी' की तरह उपयोग करना चाहते हैं, तो इस टेक्स्ट फाइल में प्रदर्शित कोड उपयोग करें।

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| 04:36
| अगर आप क्वेरी की तरह एक 'FASTA' फाइल से 'सीक्वेंस रेकॉर्ड ऑब्जेक्ट' उपयोग करना चाहते हैं तो यहाँ वो कोड है।

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| 04:42
| 'टर्मिनल' पर वापस आएं।

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|04:44
| अगली स्टेप है डेटा 'एक्सट्रैक्ट' करने के लिए फाइल को 'पार्स' करना।

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|04:48
| पार्सिंग में पहली स्टेप है इनपुट के लिए 'xml' फाइल खोलना।

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|04:53
| प्रॉम्प्ट पर निम्न टाइप करें। एंटर दबाएं।

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| 04:57
| आगे, 'Bio.Blast' पैकेज से 'NCBIXML' मॉड्यूल को 'इम्पोर्ट' करें।

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|05:05
| एंटर दबाएं।

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| 05:07
| 'Blast' आउटपुट को 'पार्स' करने के लिए निम्न लाइनें टाइप करें।

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|05:11
| ब्लास्ट रेकॉर्ड वो सारी जानकारी रखता है जो आप 'BLAST' आउटपुट से 'एक्सट्रैक्ट' करना चाहते हैं।

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| 05:18
| अब हम अपनी 'ब्लास्ट रिपोर्ट' में सारे 'हिट्स' की कुछ जानकारी प्रिंट करते हैं जो एक विशेष थ्रेशोल्ड से बड़ी है।

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|05:27
| निम्न कोड टाइप करें।

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|05:30
| 'मैच' के 'महत्वपूर्ण' होने के लिए अपेक्षित 'स्कोर' 0.01 से कम होना चाहिए।

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| 05:37
| प्रत्येक 'hsp' यानि हाई स्कोरिंग पेअर, के लिए हमें 'title, length, hsp score, gaps' और 'expect value' मिलता है।

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|05:49
| हम 'क्वेरी' रखने वाली 'स्ट्रिंग्स', अलाइन किया हुआ डेटाबेस सीक्वेंस और स्ट्रिंग जो मैच और मिसमैच स्थितियों को निदिष्ट करता है, को भी प्रिंट करेंगे।

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|06:02
| आउटपुट के लिए दो बार एंटर की दबाएं।

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| 06:05
| आउटपुट देखें।

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|06:09
| प्रत्येक अलाइनमेंट के लिये हमारे पास 'length, score, gaps, e value' और 'strings' हैं।

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| 06:16
| आप 'Bio.Blast' पैकेज में उपलब्ध अन्य 'फंक्शन्स' उपयोग करके आवश्यक जानकारी एक्सट्रैक्ट कर सकते हैं।

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|06:24
| हम इस ट्यूटोरियल के अंत में आ गए हैं।

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| 06:26
| संक्षेप में

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|06:27
| इस ट्यूटोरियल में हमने सीखा 'GI' नंबर उपयोग करके क्वेरी न्युक्लियोटाइड सीक्वेंस के लिए 'BLAST' फंक्शन रन करना

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|06:36
| और 'Bio.Blast.Record' मॉड्यूल उपयोग करके 'BLAST' आउटपुट को 'पार्स' करना।

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| 06:43
| नियत कार्य में अपनी पसंद के 'प्रोटीन' सीक्वेंस के लिए 'BLAST Search' रन करें।

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|06:50
| आउटपुट फाइल को सेव करें और फाइल में निहित डेटा को पार्स करें।

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|06:55
| आपका पूर्ण नियत कार्य इस फाइल में दिखाये गए की तरह कोड की निम्न लाइनें रखना चाहिए।

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|07:01
| कोड देखें। चूँकि हमारी 'क्वेरी' 'प्रोटीन सीक्वेंस' है तो हमने 'blastp' प्रोग्राम और 'nr' जोकि 'BLAST' के लिए नॉन-रिडंडेंट प्रोटीन डेटाबेस है, उपयोग किया है।

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| 07:16
| निम्न लिंक पर उपलब्ध वीडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट को सारांशित करता है।

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|07:20
| कृपया इसे डाउनलोड करके देखें।

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| 07:22
| स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट टीम कार्यशालाएं चलाती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को प्रमाणपत्र देती है।

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|07:30
| अधिक जानकारी के लिए हमें लिखें।

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| 07:33
| स्पोकन ट्यूटोरियल प्रॉजेक्ट भारत सरकार के MHRD के NMEICT द्वारा निधिबद्ध है।

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|07:40
| इस मिशन पर अधिक जानकारी दिखाए लिंक पर उपलब्ध है।

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| 07:45
| आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद।

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-|* 'Python' वर्जन 2.7.8
+| 'Python' वर्जन 2.7.8
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-|* 'Ipython interpretor' वर्जन 2.3.0
+| 'Ipython interpretor' वर्जन 2.3.0
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 |00:46
-|* 'Biopython' वर्जन 1.64 और * एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन
+| 'Biopython' वर्जन 1.64 और * एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन
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Biopython/C2/Blast/Hindi - Revision history

Shruti arya at 15:11, 7 February 2017

Shruti arya: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | 'Biopython' टूल्स उपयोग करके 'BLAST' पर इस ट्यूट..."