PoojaMoolya at 07:03, 19 April 2017

2017-04-19T07:03:33Z

Pratik kamble at 05:20, 5 April 2017

2017-04-05T05:20:20Z

Jyotisolanki: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Biopython''' ટૂલ્સનો ઉપયોગ કરીને ''' BLAST''' પરન..."

2017-03-20T06:26:41Z

Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Biopython''' ટૂલ્સનો ઉપયોગ કરીને ''' BLAST''' પરન..."

New page

{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| '''Biopython''' ટૂલ્સનો ઉપયોગ કરીને ''' BLAST''' પરના ટ્યુટોરીયલમાં તમારું સ્વાગત છે.

|-
| 00:06
| આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે શીખીશું '''Biopython''' ટૂલ્સનો ઉપયોગ કરીને '''query sequence''' માટે બ્લાસ્ટ રન કરતા.

|-
|00:13
|* અને , આગળના વિશ્લેષણ. માટે બ્લાસ્ટ આઉટપુટ '''parse''' કરતા.

|-
| 00:17
|આ ટ્યુટોરીયલના અનુસરણ માટે તમને અંડરગ્રેજ્યુએટ બાયોકેમિસ્ટ્રી અથવા બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ અને સામાન્ય '''Python''' પ્રોગ્રામિંગ ની જાણ હોવી જોઈએ.

|-
|00:27
|આપેલ લિંક પર '''Python''' ટ્યુટોરીયલ જુઓ.

|-
| 00:31
|આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું '''Ubuntu''' ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ વર્જન 14.10

|-
|00:37
|* '''Python''' version 2.7.8

|-
|00:41
|* '''Ipython interpretor''' version 2.3.0

|-
|00:46
|* '''Biopython''' version 1.64 અને *કાર્ય કરતું ઇન્ટરનેટ કનેક્શન નો ઉપયોગ કરી રહ્યં છીએ.

|-
| 00:52
|'''Basic Local Alignment Search Tool''' માટે '''BLAST''' સંજ્ઞા માં છે.

|-
|00:57
|'''sequence''' ની માહિતી તુલના કરવા '''algorithm''' છે.

|-
| 01:02
|આ પ્રોગ્રામ '''nucleotide''' અથવા '''protein''' ના સીકવેંસીસના જે ડેટાબેસ માં સિકવેન્સ છે તેની તુલના કરે છે અને એકસરખા છે તેની આંકડાકીય મહત્વની ગણતરી કરે છે.

|-
|01:14
| બ્લાસ્ટ ને રન કરવાના બે પ્રકારો છે.

|-
|01:17
|તમારા મશીન પરનું લોકલ બ્લાસ્ટ અથવા '''BLAST''' થી NCBI સર્વર દ્વારા બ્લાસ્ટને રન કરવું.

|-
| 01:24
| '''Biopython''' માં બ્લાસ્ટને રન કરવાના બે માર્ગો છે.

|-
|01:28
|પ્રથમ તમારી '''query sequence''' માટે બ્લાસ્ટને રન કરવું અને અમુક આઉટપુટ મેળવવું.

|-
|01:33
|બીજું આગળના અન્વેષણ માટે બ્લાસ્ટ આઉટપુટ પાર્સ કરવું.

|-
| 01:38
|આપણે ''' nucleotide '''' (ન્યુક્લિયોટાઇડ) સિકવેન્સ માટે ટર્મિનલ ખોલીને બ્લાસ્ટ રન કરીશું.

|-
|01:43
|ટર્મિનલ ખોલવા માટે '''Ctrl, Alt''' અને '''T''' કી ને એક સાથે દાબો.

|-
| 01:48
|પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો '''ipython''' અને એન્ટર દબાવો.

|-
| 01:52
|આ ટ્યુટોરીયલમાં હું બતાવીશ '''NCBI BLAST''' સર્વિસ વાપરીને ઇન્ટરનેટ પર બ્લાસ્ટ રન કેવી રીતે કરવું.

|-
|02:01
|પેકેજ ઈમ્પોર્ટ કરવા માટે પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો ''' from Bio.Blast Import NCBIWWW''' એન્ટર દબાવો.

|-
| 02:14
|આગળ ઇન્ટરનેટ પર બ્લાસ્ટ રન કરવા માટે પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો.

|-
|02:20
|આપણે ''NCBIWWW ''' મોડ્યુલમાં '''qblast function''' નો ઉપયોગ કરીશું.

|-
| 02:25
|'''qblast function''' ત્રણ '''arguments''' આર્ગ્યુમેન્ટ લે છે.

|-
|02:29
|પ્રથમ આર્ગ્યુમેન્ટ '''blast program''' છે જે આપણે સર્ચ કરવા માટે ઉપયોગ કરીએ છીએ.

|-
|02:33
|બીજું નિર્દિષ્ટ કરે છે જે ડેટાબેસ શોધવાનું છે.

|-
|02:38
|ત્રીજું આર્ગ્યુમેન્ટ એ તમારું '''query sequence.''' છે.

|-
| 02:43
| '''query sequence''' માટે ઇનપુટ '''GI''' નંબર અથવા '''FASTA''' ફાઈલ ના જેવું હોઈ શકે છે.અથવા '''sequence record object''' જેવું પણ હોઈ શકે છે.

|-
| 02:53
| આ પ્રદર્શન હેતુસર હું '''nucleotide sequence''' માટે '''GI number''' નંબર નો ઉપયોગ કરી રહી છું.

|-
|02:58
| '''GI number''' એ '''insulin''' ના '''nucleotide sequence''' માટે છે.

|-
| 03:03
| '''qblast function''' અન્ય વિકલ્પ આર્ગ્યુમેન્ટ્સના પણ નંબર લે છે.

|-
|03:09
|આ આર્ગ્યુમેન્ટ જુદા જુદા પેરામીટરસ ના સમાન છે જે તમે '''BLAST''' વેબ પેજ પર સેટ કરી શકો છો.

|-
|03:15
| '''qblast function''' એ '''xml''' ફોરમેટમાં બ્લાસ્ટ પરિણામ પાછું આપે છે.

|-
| 03:20
|ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ.

|-
|03:22
|આપણી કવેરી સ્કિવેન્સ કઈ છે '''nucleotide''' અથવા '''protein sequence''' પર આધારિત યોગ્ય બ્લાસ્ટ પ્રોગ્રામ આપણને ઉપયોગ કરવાનો છે.

|-
|03:30
|જેમકે આપણી ક્વેરી '''nucleotide''' છે આપણે બ્લાસ્ટ પ્રોગ્રામ નો ઉયોગ કરીશું અને "nt" એ '''nucleotide''' ડેટાબેસનો સંદર્ભ લે છે.

|-
|03:39
|આ વિષે ની વિગતો '''NCBI BLAST''' વેબપેજ પર ઉપલબ્ધ છે.

|-
| 03:45
| '''blast output''' એ '''xml''' ફાઈલના ફોર્મમાં વેરિયેબલ રિઝલ્ટમાં સન્ગ્રહયુ છે.

|-
|03:51
| '''Enter''' દબાવો.

|-
| 03:53
| તમારી ઇન્ટરનેટની ગતિ ના આધાર પર બ્લાસ્ટ સર્ચ પૂર્ણ કરવા માટે અમુક સમય લેય છે.

|-
| 03:59
| આગળ વધતા પહેલા ડિસ્ક પર '''xml''' ફાઈલ સેવ કરવું મહત્વ નું છે.

|-
|04:05
| '''xml file. ''' ફાઈલને સેવ કરવા માટે આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો.

|-
|04:09
|આ કોડની લાઈન હોમ ફોલ્ડરમાં '''blast.xml''' તરીકે સર્ચ રિઝલ્ટ સેવ કરશે.

|-
| 04:18
| તમારું હોમ ફોલ્ડર ને શોધી ને ફાઈલને જુઓ.

|-
|04:21
|ફાઈલ પર ક્લિક કરો અને ફાઈલની વિષયવસ્તુની તપાસ કરો.

|-
| 04:30
| જયારે તમને '''query''' તરીકે '''FASTA''' ફાઈલનો ઉપયોગ કરવો હોય તો ટેક્સ્ટ ફાઈલમાં આપેલ કોડ નો ઉપયોગ કરો.

|-
| 04:36
| જો તમને '''FASTA''' માંથી ક્વેરી તરીકે '''sequence record object''' નો ઉપયોગ કરવો છે તો કોડ અહીં છે.

|-
| 04:42
|ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ.

|-
|04:44
|આગળનો સ્ટેપ ડેટાને '''extract''' કરવા માટે ફાઈલ ને '''parse''' કરો.

|-
|04:48
|પારસીંગમાં પ્રથમ સ્ટેપ ઇનપુટ માટે '''xml''' ફાઈલ ખોલવાનું છે.

|-
|04:53
|પ્રોમ્પ્ટ પર આપેલ ટાઈપ કરો.એન્ટર દબાઓ.

|-
| 04:57
|આગળ "Bio.Blast" '''package''' માંથી '''NCBIXML''' મોડ્યુલ ઈમ્પોર્ટ કરો.

|-
|05:05
| '''Enter''' દબાવો.

|-
| 05:07
| '''Blast''' આઉટપુટ પાર્સ કરવા માટે આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો.

|-
|05:11
|તમને બ્લાસ્ટ આઉટપુટ થી એક્સ્ટ્રેટ કરવા માટે બ્લાસ્ટ '''record''' માં બધી માહિતી સમાવિષ્ટ છે.

|-
| 05:18
|આપણા બ્લાસ્ટ રિપોર્ટમાં જે કોઈ ચોક્કસ થ્રેશોલ્ડ કરતા મોટા હોય એવી અમુક માહિતીઓને પ્રિન્ટ કરીએ.

|-
|05:27
|આપેલ કોડ ટાઈપ કરો.

|-
|05:30
| '''match''' માટે મહત્વપૂર્ણ અપેક્ષિત '''score''' 0.01 કરતા કમી હોવું જોઈએ.

|-
| 05:37
| દરેક '''hsp''' માટે જે ઉચ્ચ સ્કોરિંગ જોડી છે આપણને '''title, length, hsp score, gaps''' અને '''expect value''' મળે છે.

|-
|05:49
|આપણે '''strings''' ને પણ પ્રિન્ટ કરીશું જેમાં '''query''' સમાવિષ્ટ છે સંરેખિત ડેટાબેસ સિકવેન્સ અને સ્ટ્રીંગ મેચ અને મિસમેચ સ્થાન નિર્દિષ્ટ કરે છે.

|-
|06:02
|આઉટપુટ મેળવવા માટે બે વખત એન્ટર દબાવો.

|-
| 06:05
| આઉટપુટ જુઓ.

|-
|06:09
|દરેક અલાઇનમેન્ટ માટે આપણી પાસે '''length, score, gaps, evalue''' અને '''strings''' છે.

|-
| 06:16
|તમે '''Bio.Blast''' પેકેજમાં ઉપલબ્ધ અન્ય ફંક્શન વાપરીને એક્સ્ટ્રૈક્ટ કરી શકો છો.

|-
|06:24
|આપણે આ ટ્યુટોરીયલના આ અંતમાં આવ્યા છે.

|-
| 06:26
| ચાલો સારાંશ લઈએ.

|-
|06:27
|આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે '''GI''' નંબર વાપરીને '''query nucleotide sequence ''' માટે બ્લાસ્ટ રન કરતા..

|-
|06:36
|અને '''Bio.Blast.Record''' મોડ્યુલ નો ઉપયોગ કરીને '''BLAST''' આઉટપુટ પાર્સ કરતા શીખ્યા.

|-
| 06:43
| અસાઇનમેન્ટ તરીકે તમારી પસંદગીનું '''protein''' સિકવેન્સ માટે '''BLAST Search''' રન કરતા.

|-
|06:50
|આઉટપુટ ફાઈલ સેવ કરીને ફાઈલમાં સમાવિષ્ટ ડેટા પાર્સ કરો.

|-
|06:55
|આ ફાઈલમાં દેખાડ્યા પ્રમાણે તમારા પૂર્ણ થયેલ અસાઇનમેન્ટ માં આપેલ કોડ હોવા જોઈએ.

|-
|07:01
|કોડ નું અવલોકન કરો આપણી કવેરી '''protein''' સિકવેન્સ છે આપણે '''BLAST''' સર્ચ માટે '''blastp''' પ્રોગ્રામ અને "nr" એટલેકે ''' non-redundant protein ''' ડેટાબેસ નો ઉપયોગ કરો.

|-
| 07:16
| આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.

|-
|07:20
|જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ના હોય તો તમે વિડિઓ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.

|-
| 07:22
| અમે વર્કશો આયોજિત કરીએ છીએ અને જેઓ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેમને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ.

|-
|07:30
|વધુ જાણકારી માટે અમને સંપર્ક કરો.

|-
| 07:33
| સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા ફાળો અપાયેલ છે. આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે

|-
|07:40
|આ વિષે વધુ જાણકારી આપેલ લિંક પર ઉપલબ્ધ છે.

|-
| 07:45
| IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.

|}

@@ Line 269: / Line 269: @@
 |-
 | 06:26
-| ચાલો સારાંશ લઈએ.
+| ચાલો સારાંશ લઈએ. આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે '''GI'''  નંબર વાપરીને '''query nucleotide sequence ''' માટે બ્લાસ્ટ રન કરતા..
-−
-|-
-|06:27
-|આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે '''GI'''  નંબર વાપરીને '''query nucleotide sequence ''' માટે બ્લાસ્ટ રન કરતા..
 |-

@@ Line 13: / Line 13: @@
 |-
 |00:13
-|* અને , આગળના વિશ્લેષણ. માટે  બ્લાસ્ટ આઉટપુટ  '''parse'''  કરતા.
+| અને , આગળના વિશ્લેષણ. માટે  બ્લાસ્ટ આઉટપુટ  '''parse'''  કરતા.
 |-
@@ Line 29: / Line 29: @@
 |-
 |00:37
-|* '''Python''' version 2.7.8
+|'''Python''' version 2.7.8
 |-
 |00:41
-|* '''Ipython interpretor''' version 2.3.0
+|'''Ipython interpretor''' version 2.3.0
 |-
 |00:46
-|* '''Biopython''' version 1.64 અને  *કાર્ય કરતું ઇન્ટરનેટ કનેક્શન નો ઉપયોગ કરી રહ્યં છીએ.
+|'''Biopython''' version 1.64 અને  *કાર્ય કરતું ઇન્ટરનેટ કનેક્શન નો ઉપયોગ કરી રહ્યં છીએ.
 |-
@@ Line 61: / Line 61: @@
 |-
 | 01:24
-|  '''Biopython''' માં બ્લાસ્ટને રન કરવાના બે માર્ગો છે.
+|'''Biopython''' માં બ્લાસ્ટને રન કરવાના બે માર્ગો છે.
 |-
@@ Line 306: / Line 306: @@
 | 07:22
 | અમે વર્કશો આયોજિત કરીએ છીએ અને  જેઓ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેમને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ.
 |-

Biopython/C2/Blast/Gujarati - Revision history

PoojaMoolya at 07:03, 19 April 2017

Pratik kamble at 05:20, 5 April 2017

Jyotisolanki: Created page with "{| Border=1 ! Time ! Narration |- | 00:01 | '''Biopython''' ટૂલ્સનો ઉપયોગ કરીને ''' BLAST''' પરન..."