https://script.spoken-tutorial.org/index.php?action=history&feed=atom&title=Biopython%2FC2%2FBlast%2FBengali 2026-04-28T03:44:19Z Revision history for this page on the wiki MediaWiki 1.23.17 https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Biopython/C2/Blast/Bengali&diff=37095&oldid=prev 2017-05-21T14:32:15Z

<p>Created page with &quot;{| Border=1 ! &lt;center&gt;Time&lt;/center&gt; ! &lt;center&gt;Narration&lt;/center&gt; |- | 00:01 | Biopython টুল্স ব্যবহার করে BLAST এর টিউটোরিয...&quot;</p> <p><b>New page</b></p><div>{| Border=1<br /> ! &lt;center&gt;Time&lt;/center&gt;<br /> ! &lt;center&gt;Narration&lt;/center&gt;<br /> <br /> |-<br /> | 00:01<br /> | Biopython টুল্স ব্যবহার করে BLAST এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।<br /> <br /> |-<br /> | 00:06<br /> | এখানে Biopython টুল্স ব্যবহার করে query sequence এর জন্য BLAST রান করা শিখব।<br /> <br /> |-<br /> |00:13<br /> | এবং আরো বিশ্লেষণের জন্য BLAST আউটপুট parse করা।<br /> <br /> |-<br /> | 00:17<br /> |টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে স্নাতক স্তরের বায়োকেমিস্ট্রি বা বায়োইনফরমেটিক্স<br /> <br /> |-<br /> |00:24<br /> |এবং মৌলিক Python প্রোগ্রামিং সম্পর্কে জানতে হবে।<br /> <br /> |-<br /> |00:27<br /> |প্রদত্ত লিঙ্কে Python টিউটোরিয়াল দেখুন।<br /> <br /> |-<br /> | 00:31<br /> |টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি: উবুন্টু OS সংস্করণ 14.10<br /> <br /> |-<br /> |00:37<br /> | Python সংস্করণ 2.7.8<br /> <br /> |-<br /> |00:41<br /> | Ipython interpretor সংস্করণ 2.3.0<br /> <br /> |-<br /> |00:46<br /> | Biopython সংস্করণ 1.64 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।<br /> <br /> |-<br /> | 00:52<br /> |BLAST এর মানে Basic Local Alignment Search Tool.<br /> <br /> |-<br /> |00:57<br /> |এটি ক্রমের তথ্য তুলনা করার একটি অ্যালগরিদম।<br /> <br /> |-<br /> | 01:02<br /> |প্রোগ্রাম ডেটাবেসের ক্রমের তুলনা nucleotide বা protein ক্রমের সাথে করে এবং মিলগুলির পরিসংখ্যানগত গুরুত্ব গণনা করে।<br /> <br /> |-<br /> |01:14<br /> | BLAST রান করার দুটি ভিন্ন উপায় রয়েছে:<br /> <br /> |-<br /> |01:17<br /> |আপনার মেশিনে লোকাল BLAST বা NCBI সার্ভার দ্বারা ইন্টারনেটে BLAST রান করা।<br /> <br /> |-<br /> | 01:24<br /> |Biopython এ BLAST রান করার দুটি ধাপ রয়েছে।<br /> <br /> |-<br /> |01:28<br /> |প্রথমে, ক্যোয়ারীর ক্রমের জন্য BLAST রান করে কিছু আউটপুট পান।<br /> <br /> |-<br /> |01:33<br /> |দ্বিতীয়, আরো বিশ্লেষণের জন্য BLAST আউটপুট parse করুন।<br /> <br /> |-<br /> | 01:38<br /> |আমরা টার্মিনাল খুলে নিউক্লিওটাইড ক্রমের জন্য BLAST রান করব।<br /> <br /> |-<br /> |01:43<br /> |Ctrl, Alt এবং T কী একসাথে টিপে টার্মিনাল খুলুন।<br /> <br /> |-<br /> | 01:48<br /> |প্রম্পটে লিখুন: ipython এবং এন্টার টিপুন।<br /> |-<br /> | 01:52<br /> |এই টিউটোরিয়ালে NCBI BLAST সার্ভিস ব্যবহার করে ইন্টারনেটে BLAST রান করা দেখবো।<br /> <br /> |-<br /> |02:01<br /> |প্রম্পটে নিম্ন লিখুন: from Bio.Blast Import NCBIWWW, Enter টিপুন।<br /> <br /> |-<br /> | 02:14<br /> |এরপর ইন্টারনেটে BLAST রান করতে প্রম্পটে নিম্ন লিখুন।<br /> <br /> |-<br /> |02:20<br /> |NCBIWWW মডিউল এ qblast function ফাংশন ব্যবহার করব।<br /> <br /> |-<br /> | 02:25<br /> |qblast ফাংশন তিনটি আর্গুমেন্ট নেয়:<br /> <br /> |-<br /> |02:29<br /> |প্রথম আর্গুমেন্ট blast program খুঁজতে ব্যবহৃত হয়।<br /> <br /> |-<br /> |02:33<br /> |দ্বিতীয়ত, সেই ডেটাবেস নির্দিষ্ট করা যার বিরুদ্ধে খোঁজা হচ্ছে।<br /> <br /> |-<br /> |02:38<br /> |তৃতীয় আর্গুমেন্ট হল query sequence.<br /> <br /> |-<br /> | 02:43<br /> | ক্যোয়ারির ক্রমের জন্য ইনপুট GI নম্বর বা FASTA ফাইলের আকারে হতে পারে। বা এটি sequence record object ও হতে পারে।<br /> <br /> |-<br /> | 02:53<br /> | এটি দেখাতে nucleotide sequence এর জন্য GI নম্বর ব্যবহার করছি।<br /> <br /> |-<br /> |02:58<br /> |GI নম্বর insulin এর nucleotide sequence এর জন্য।<br /> <br /> |-<br /> | 03:03<br /> |qblast ফাংশন অন্য বিকল্প আর্গুমেন্টও নেয়।<br /> <br /> |-<br /> |03:09<br /> |এই আর্গুমেন্ট বিভিন্ন আর্গুমেন্টের সমান যা BLAST পেজে সেট করতে পারেন।<br /> <br /> |-<br /> |03:15<br /> |qblast ফাংশন xml ফরম্যাটে BLAST ফলাফল রিটার্ন করবে।<br /> <br /> |-<br /> | 03:20<br /> |টার্মিনালে ফিরে যান।<br /> <br /> |-<br /> |03:22<br /> |query sequence, nucleotide না protein sequence, এর উপর ভিত্তি করে উপযুক্ত Blast প্রোগ্রাম ব্যবহার করতে হবে।<br /> <br /> |-<br /> |03:30<br /> |যেহেতু কোয়েরি হল nucleotide, আমরা blastn প্রোগ্রাম ব্যবহার করব এবং nt, nucleotide ডাটাবেস বোঝায়।<br /> <br /> |-<br /> |03:39<br /> |এই সম্পর্কে বর্ণন NCBI BLAST ওয়েবপেজে উপলব্ধ।<br /> <br /> |-<br /> | 03:45<br /> |blast আউটপুট xml ফাইলের আকারে, result নামে ভ্যারিয়েবলে সংরক্ষিত হয়।<br /> <br /> |-<br /> |03:51<br /> |এন্টার টিপুন।<br /> <br /> |-<br /> | 03:53<br /> | ইন্টারনেটের গতির উপর নির্ভর করে, এটি BLAST এর খোঁজ পুরো করতে কিছু সময় নেবে।<br /> <br /> |-<br /> | 03:59<br /> | এগোনোর আগে xml ফাইল ডিস্কে সংরক্ষণ করা গুরুত্বপূর্ণ।<br /> <br /> |-<br /> |04:05<br /> |xml ফাইলটি সংরক্ষণ করতে নিম্ন লাইনটি লিখুন।<br /> <br /> |-<br /> |04:09<br /> |কোডের এই লাইন home ফোল্ডারে blast.xml হিসাবে খোঁজের ফলাফল সংরক্ষণ করবে।<br /> <br /> |-<br /> | 04:18<br /> | home ফোল্ডারে যান এবং ফাইলটি খুঁজুন।<br /> <br /> |-<br /> |04:21<br /> |ফাইলে টিপুন এবং ফাইলের বিষয়বস্তু যাচাই করুন।<br /> <br /> |-<br /> | 04:30<br /> | আপনি FASTA ফাইল query হিসাবে ব্যবহার করতে চাইলে এই টেক্সট ফাইলে প্রদর্শিত কোড ব্যবহার করুন।<br /> <br /> |-<br /> | 04:36<br /> | আপনি query এর মত একটি FASTA ফাইল থেকে sequence record object ব্যবহার করতে চাইলে, এটি সেই কোড।<br /> <br /> |-<br /> | 04:42<br /> |টার্মিনাল ফিরে যান।<br /> <br /> |-<br /> |04:44<br /> |পরের ধাপ, ডেটা এক্সট্র্যাক্ট করতে ফাইল parse করা।<br /> <br /> |-<br /> |04:48<br /> |পার্সিং এ প্রথম ধাপ হল ইনপুটের জন্য xml ফাইল খোলা।<br /> <br /> |-<br /> |04:53<br /> |প্রম্পটে নিম্ন লিখুন। এন্টার টিপুন।<br /> <br /> |-<br /> | 04:57<br /> |এরপর Bio.Blast প্যাকেজ থেকে NCBIXML মডিউল ইম্পোর্ট করুন।<br /> <br /> |-<br /> |05:05<br /> |Enter টিপুন।<br /> <br /> |-<br /> | 05:07<br /> |Blast আউটপুট parse করতে নিম্ন লাইনটি লিখুন।<br /> <br /> |-<br /> |05:11<br /> |BLAST record সকল তথ্য রাখে যা BLAST আউটপুট থেকে এক্সট্র্যাক্ট করতে চান।<br /> <br /> |-<br /> | 05:18<br /> |এখন BLAST record এ সকল hits এর কিছু তথ্য প্রিন্ট করি যা একটি নির্দিষ্ট থ্রেশহোল্ডের চেয়ে বড়।<br /> <br /> |-<br /> |05:27<br /> |নীচের কোড লিখুন।<br /> <br /> |-<br /> |05:30<br /> | match গুরুত্বপূর্ণ হওয়ার জন্য অপেক্ষিত স্কোর 0.01 চেয়ে কম হওয়া উচিত।<br /> <br /> |-<br /> | 05:37<br /> | প্রতিটি hsp অর্থাৎ হাই স্কোরিং পেয়ার এর জন্য আমরা title, length, hsp score, gaps এবং expect value পাই।<br /> <br /> |-<br /> |05:49<br /> |আমরা ক্যোয়ারী রাখা স্ট্রিংস, এলাইন করা ডেটাবেস সিকোয়েন্স এবং স্ট্রিং যা ম্যাচ এবং মিসম্যাচ স্থিতি নির্দিষ্ট করে সেটিও প্রিন্ট করব। <br /> <br /> |-<br /> |06:02<br /> |আউটপুট পেতে দুইবার এন্টার কী টিপুন।<br /> <br /> |-<br /> | 06:05<br /> | আউটপুট দেখুন।<br /> <br /> |-<br /> |06:09<br /> | প্রতিটি এলাইনমেন্টের জন্য length, score, gaps, e value এবং strings রয়েছে।<br /> <br /> |-<br /> | 06:16<br /> |Bio.Blast প্যাকেজে উপলব্ধ অন্যান্য ফাংশন দ্বারা প্রয়োজনীয় তথ্য এক্সটার্ক্ট করতে পারেন।<br /> <br /> |-<br /> |06:24<br /> |আমরা টিউটোরিয়ালের শেষে এসেছি।<br /> <br /> |-<br /> | 06:26<br /> | সংক্ষেপে, এখানে GI নম্বর দ্বারা কোয়েরি নিউক্লিওটাইডের ক্রমের জন্য BLAST ফাংশন রান করা<br /> <br /> |-<br /> |06:36<br /> |এবং Bio.Blast.Record মডিউল দ্বারা BLAST আউটপুট parse করা শিখেছি।<br /> <br /> |-<br /> | 06:43<br /> | অনুশীলনী রূপে, আপনার পছন্দের প্রোটিন ক্রমের জন্য BLAST Search রান করুন।<br /> <br /> |-<br /> |06:50<br /> |আউটপুট ফাইল সংরক্ষণ করে ফাইলে থাকা ডেটা parse করুন।<br /> <br /> |-<br /> |06:55<br /> |আপনার সম্পন্ন কাজ এই ফাইলে দেখানোর মত কোডের নিম্ন লাইনে রাখা উচিত।<br /> <br /> |-<br /> |07:01<br /> |কোড দেখুন। যেহেতু query হল protein sequence, আমরা blastp প্রোগ্রাম এবং nr যা BLAST এর জন্য নন-রিডান্ডেন্ট প্রোটিন ডাটাবেস তা ব্যবহার করেছি।<br /> <br /> |-<br /> | 07:16<br /> | এই লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে বোঝায়।<br /> <br /> |-<br /> |07:20<br /> |এটি ডাউনলোড করে দেখুন। <br /> <br /> |-<br /> | 07:22<br /> | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।<br /> <br /> |-<br /> |07:30<br /> |অধিক জানতে আমাদের সাথে যোগাযোগ করুন।<br /> <br /> |-<br /> | 07:33<br /> | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা সমর্থিত।<br /> <br /> |-<br /> |07:40<br /> |এই বিষয়ে বিস্তারিত তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।<br /> <br /> |-<br /> | 07:45<br /> |আইআইটি বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহণের জন্য ধন্যবাদ।<br /> <br /> |}</div>

Satarupadutta