https://script.spoken-tutorial.org/index.php?action=history&feed=atom&title=Biopython%2FC2%2FBlast%2FAssamese 2026-04-28T03:42:54Z Revision history for this page on the wiki MediaWiki 1.23.17 https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Biopython/C2/Blast/Assamese&diff=46768&oldid=prev 2019-04-03T05:44:19Z

<p>Created page with &quot; {| Border=1 ! &lt;center&gt;Time&lt;/center&gt; ! &lt;center&gt;Narration&lt;/center&gt; |- | 00:01 | Biopython টুল্স ব্যবহাৰ কৰা BLAST এই টিউটোৰিয...&quot;</p> <p><b>New page</b></p><div><br /> {| Border=1<br /> ! &lt;center&gt;Time&lt;/center&gt;<br /> ! &lt;center&gt;Narration&lt;/center&gt;<br /> <br /> |-<br /> | 00:01<br /> | Biopython টুল্স ব্যবহাৰ কৰা BLAST এই টিউটোৰিয়েলত আপোনাক  স্বাগতম।<br /> <br /> |-<br /> | 00:06<br /> | ইয়াতে Biopython টুল্স ব্যবহাৰ কৰি query sequence এৰ বাবে BLAST ৰান কৰা শিকিম।<br /> <br /> |-<br /> |00:13<br /> | আৰু আৰো বিশ্লেষণৰ বাবে BLAST আউটপুটক parse কৰা।<br /> <br /> |-<br /> | 00:17<br /> |টিউটোৰিয়েলটো অনুসৰণ কৰিবলৈ অস্নাতকৰ বায়োকেমিস্ট্ৰ বা বায়োইনফৰমেটিক্স<br /> <br /> |-<br /> |00:24<br /> |আৰু মৌলিক Python প্ৰোগ্ৰামিং সম্পর্কে জানোব লাগিব।<br /> <br /> |-<br /> |00:27<br /> |প্ৰদত্ত লিঙ্কত Python টিউটোৰিয়েল চাওক।<br /> <br /> |-<br /> | 00:31<br /> |টিউটোৰিয়েলটো ৰেকর্ড কৰিবলৈ ব্যবহাৰ কৰিছো: উবুন্টু OS সংস্কৰণ 14.10<br /> <br /> |-<br /> |00:37<br /> | Python সংস্কৰণ 2.7.8<br /> <br /> |-<br /> |00:41<br /> | Ipython interpretor সংস্কৰণ 2.3.0<br /> <br /> |-<br /> |00:46<br /> | Biopython সংস্কৰণ 1.64 আৰু এটা কার্যকৰ ইন্টাৰনেট সংযোগ।<br /> <br /> |-<br /> | 00:52<br /> |BLAST এৰ মানে হৈছে Basic Local Alignment Search Tool.<br /> <br /> |-<br /> |00:57<br /> |এইটো ক্ৰমৰ তথ্য তুলনা কৰাৰ এটা এলগৰিদম।<br /> <br /> |-<br /> | 01:02<br /> |প্ৰোগ্ৰামে ডেটাবেসত ক্ৰমৰ তুলনা nucleotide বা protein ক্ৰমৰ সৈতে কৰে আৰু মিলবোৰৰ পৰিসংখ্যানৰ গুৰুত্ব গণনা কৰে।<br /> <br /> |-<br /> |01:14<br /> | BLAST ৰান কৰাৰ দুটা ভিন্ন উপায় আছে:<br /> <br /> |-<br /> |01:17<br /> |আপোনাৰ মেশিনত লোকেল BLAST বা NCBI সার্ভাৰ দ্বাৰা ইন্টাৰনেটত BLAST ৰান কৰা।<br /> <br /> |-<br /> | 01:24<br /> |Biopython ত BLAST ৰান কৰাৰ দুটা ধাপ আছে।<br /> <br /> |-<br /> |01:28<br /> |প্ৰথমত, ক্যোয়েৰী ক্ৰমৰ বাবে BLAST ৰান কৰক আৰু কিছু আউটপুট পাব।<br /> <br /> |-<br /> |01:33<br /> |দ্বিতীয় হেছে, আৰো বিশ্লেষণৰ বাবে BLAST আউটপুটক parse কৰক।<br /> <br /> |-<br /> | 01:38<br /> |মই টার্মিনেল খুলি নিউক্লিওটাইড ক্ৰমৰ বাবে BLAST ৰান কৰিম।<br /> <br /> |-<br /> |01:43<br /> |Ctrl, Alt আৰু T কী একসৈতে টিপি টার্মিনেল খুলক।<br /> <br /> |-<br /> | 01:48<br /> |প্ৰম্পটত লিখক: ipython আৰু এন্টাৰ টিপক।<br /> |-<br /> | 01:52<br /> |এই টিউটোৰিয়েলত NCBI BLAST সার্ভিস ব্যবহাৰ কৰি ইন্টাৰনেটত BLAST ৰান কৰা দেখোৱাম।<br /> <br /> |-<br /> |02:01<br /> |প্ৰম্পটত নিম্ন লিখক: from Bio.Blast Import NCBIWWW, Enter টিপক।<br /> <br /> |-<br /> | 02:14<br /> |ইয়াৰ পিছত ইন্টাৰনেটত BLAST ৰান কৰিবলৈ প্ৰম্পটত নিম্ন লিখক।<br /> <br /> |-<br /> |02:20<br /> |NCBIWWW মডিউলত qblast function ফাংশন ব্যবহাৰ কৰিম।<br /> <br /> |-<br /> | 02:25<br /> |qblast ফাংশনে তিনটা আর্গুমেন্ট লয়:<br /> <br /> |-<br /> |02:29<br /> |প্ৰথম আর্গুমেন্ট হৈছে blast program যি বিছৰাত ব্যবহৃত হয়।<br /> <br /> |-<br /> |02:33<br /> |দ্বিতীয়ত, সেই ডেটাবেসক নির্দিষ্ট কৰা, যি বিৰুদ্ধে খোঁজা হৈছে।<br /> <br /> |-<br /> |02:38<br /> |তৃতীয় আর্গুমেন্ট হল query sequence.<br /> <br /> |-<br /> | 02:43<br /> | ক্যোয়েৰি ক্ৰমৰ বাবে ইনপুট GI নম্বৰ বা FASTA ফাইলৰ আকাৰত হব পাৰে। বা এইটো sequence record object ও হব পাৰে।<br /> <br /> |-<br /> | 02:53<br /> | এইটোক দেখাবলৈ, মই nucleotide sequence এৰ বাবে GI নম্বৰ ব্যবহাৰ কৰিছো।<br /> <br /> |-<br /> |02:58<br /> |GI নম্বৰ হৈছে insulin এৰ nucleotide sequence এৰ বাবে।<br /> <br /> |-<br /> | 03:03<br /> |qblast ফাংশনে অন্য বিকল্প আর্গুমেন্টও লয়।<br /> <br /> |-<br /> |03:09<br /> |এই আর্গুমেন্টবোৰ বিভিন্ন পেৰামিটাৰৰ সমান যাক BLAST ৱেব পেজত সেট কৰিব পাৰে।<br /> <br /> |-<br /> |03:15<br /> |qblast ফাংশনে xml ফৰম্যাটত BLAST ফলাফল ৰিটার্ন কৰিব।<br /> <br /> |-<br /> | 03:20<br /> |টার্মিনেলত উভতি যাওক।<br /> <br /> |-<br /> |03:22<br /> |query sequence, nucleotide নে protein sequence হয়, ইয়াৰ উপৰত ভিত্তি কৰি উপযুক্ত Blast প্ৰোগ্ৰাম ব্যবহাৰ কৰিব লাগিব।<br /> <br /> |-<br /> |03:30<br /> |যিহেতু আমাৰ কোয়েৰি হল nucleotide, মই blastn প্ৰোগ্ৰাম ব্যবহাৰ কৰিম আৰু nt, nucleotide ডাটাবেসক বোঝায়।<br /> <br /> |-<br /> |03:39<br /> |এই সম্পর্কে বর্ণন NCBI BLAST ওয়েবপেজত উপলব্ধ।<br /> <br /> |-<br /> | 03:45<br /> |blast আউটপুট xml ফাইলৰ আকাৰত, result নামৰ ভ্যাৰিয়েবলত সংৰক্ষিত হয়।<br /> <br /> |-<br /> |03:51<br /> |এন্টাৰ টিপক।<br /> <br /> |-<br /> | 03:53<br /> | ইন্টাৰনেটৰ গতিৰ উপৰত নির্ভৰ কৰি, এইটোৱে BLAST বিচৰা সম্পন্ন কৰাত কিছু সময় লব পাৰে।<br /> <br /> |-<br /> | 03:59<br /> | আগোৱাই যোৱাৰ আগে xml ফাইলক ডিস্কত সংৰক্ষণ কৰা গুৰুত্বপূর্ণ।<br /> <br /> |-<br /> |04:05<br /> |xml ফাইলটো সংৰক্ষণ কৰিবলৈ নিম্ন লাইনটো লিখক।<br /> <br /> |-<br /> |04:09<br /> |কোডৰ এই লাইনবোৰে home ফোল্ডাৰত blast.xml হিসাবে বিচৰা ফলাফলক সংৰক্ষণ কৰিব।<br /> <br /> |-<br /> | 04:18<br /> | home ফোল্ডাৰত যাওক আৰু ফাইলটো বিচাৰক।<br /> <br /> |-<br /> |04:21<br /> |ফাইলত টিপক আৰু ফাইলৰ বিষয়বস্তু ছেক কৰক।<br /> <br /> |-<br /> | 04:30<br /> | আপোনি FASTA ফাইলক query হিসাবে ব্যবহাৰ কৰিব বিচাৰিলে এই টেক্সট ফাইলত প্ৰদর্শিত কোড ব্যবহাৰ কৰক।<br /> <br /> |-<br /> | 04:36<br /> | আপোনি query এৰ হিচাবে এটা FASTA ফাইলৰ পৰা sequence record objectক ব্যবহাৰ কৰিব বিচাৰিলে, এইটোৱে সেই কোড।<br /> <br /> |-<br /> | 04:42<br /> |টার্মিনেলত উভতি যাওক।<br /> <br /> |-<br /> |04:44<br /> |পিছৰ ধাপ, ডেটা এক্সট্র্যাক্ট কৰিবলৈ ফাইলক parse কৰা।<br /> <br /> |-<br /> |04:48<br /> |পার্সিংত প্ৰথম ধাপ হল ইনপুটৰ বাবে xml ফাইল খোলা।<br /> <br /> |-<br /> |04:53<br /> |প্ৰম্পটত নিম্ন লিখক। এন্টাৰ টিপক।<br /> <br /> |-<br /> | 04:57<br /> |ইয়াৰ পিছত Bio.Blast প্যাকেজৰ পৰা NCBIXML মডিউলক ইম্পোর্ট কৰক।<br /> <br /> |-<br /> |05:05<br /> |Enter টিপক।<br /> <br /> |-<br /> | 05:07<br /> |Blast আউটপুক parse কৰিবলৈ নিম্ন লাইনটো লিখক।<br /> <br /> |-<br /> |05:11<br /> |BLAST আউটপুটৰ পৰা এক্সট্র্যাক্ট কৰিব বিচৰা সকলো তথ্য BLAST recordত থাকে।<br /> <br /> |-<br /> | 05:18<br /> |এতিয়া BLAST report ত সকলো hits এৰ কিছু তথ্য প্রিন্ট কৰো যি এটা নির্দিষ্ট থ্রেশহোল্ডৰত চে ডাঙৰ।<br /> <br /> |-<br /> |05:27<br /> |তলৰ কোড লিখক।<br /> <br /> |-<br /> |05:30<br /> | matchক গুৰুত্বপূর্ণ হোৱাৰ বাবে অপেক্ষিত স্কোৰ 0.01 চে কম হোৱা উচিত।<br /> <br /> |-<br /> | 05:37<br /> | প্ৰতিটো hsp অর্থাৎ হাই স্কোৰিঙ পেয়াৰ এৰ বাবে মই title, length, hsp score, gaps আৰু expect value পাও।<br /> <br /> |-<br /> |05:49<br /> |মই ক্যোয়েৰী থকা স্ট্ৰি্ংস, এলাইন কৰা ডেটাবেস সিকোয়েন্স আৰু স্ট্ৰি্ং যি ম্যাচ আৰু মিসম্যাচ স্থিতিক নির্দিষ্ট কৰে, সেইটোও প্রিন্ট কৰিম। <br /> <br /> |-<br /> |06:02<br /> |আউটপুট পাবলৈ দুইবাৰ এন্টাৰ কী টিপক।<br /> <br /> |-<br /> | 06:05<br /> | আউটপুট চাওক।<br /> <br /> |-<br /> |06:09<br /> | প্ৰতিটো এলাইনমেন্টৰ বাবে length, score, gaps, e value আৰু strings আছে।<br /> <br /> |-<br /> | 06:16<br /> |Bio.Blast প্যাকেজত উপলব্ধ অন্যান্য ফাংশন দ্বাৰা প্ৰয়োজনীয় তথ্য এক্সটার্ক্ট কৰিব পাৰে।<br /> <br /> |-<br /> |06:24<br /> |মই টিউটোৰিয়েলৰ শেষলৈ আহিছো।<br /> <br /> |-<br /> | 06:26<br /> | সংক্ষেপে, ইয়াতে GI নম্বৰ দ্বাৰা কোয়েৰি নিউক্লিওটাইডৰ ক্ৰমৰ বাবে BLAST ফাংশন ৰান কৰা<br /> <br /> |-<br /> |06:36<br /> |আৰু Bio.Blast.Record মডিউল দ্বাৰা BLAST আউটপুট parse কৰা শিকিছো।<br /> <br /> |-<br /> | 06:43<br /> | অনুশীলনী ৰুপে, আপোনাৰ পছন্দৰ প্ৰোটিন ক্ৰমৰ বাবে BLAST Search ৰান কৰক।<br /> <br /> |-<br /> |06:50<br /> |আউটপুট ফাইলক সংৰক্ষণ কৰি ফাইলত থাকা ডেটা parse কৰক।<br /> <br /> |-<br /> |06:55<br /> |আপোনাৰ সম্পন্ন কাম এই ফাইলত দেখোৱাৰ মতে কোডৰ নিম্ন লাইন থকা উচিত।<br /> <br /> |-<br /> |07:01<br /> |কোড চাওক। যিহেতু query হল protein sequence, মই blastp প্ৰোগ্ৰাম আৰু nr যি BLAST এৰ বাবে নন-ৰিডান্ডেন্ট প্ৰোটিন ডাটাবেস, তাক ব্যবহাৰ কৰিছো।<br /> <br /> |-<br /> | 07:16<br /> | এই লিঙ্কত উপলব্ধ ভিডিওটো প্ৰকল্পক সাৰসংক্ষেপে বোঝায়।<br /> <br /> |-<br /> |07:20<br /> |এইটোক ডাউনলোড কৰি চাওক। <br /> <br /> |-<br /> | 07:22<br /> | স্পোকেন টিউটোৰিয়েল প্ৰকল্প দলে কর্মশালাৰ আয়োজন কৰে আৰু অনলাইন পৰীক্ষা পাস কৰিলে প্ৰশংসাপত্ৰ দিয়ে।<br /> <br /> |-<br /> |07:30<br /> |অধিক জানিবলৈ আমাৰ সৈতে যোগাযোগ কৰক।<br /> <br /> |-<br /> | 07:33<br /> | স্পোকেন টিউটোৰিয়েল প্ৰকল্প ভাৰত সৰকাৰৰ NMEICT, MHRD দ্বাৰা সমর্থিত।<br /> <br /> |-<br /> |07:40<br /> |এই বিষয়ে বিস্তাৰিত তথ্য এই লিঙ্কত প্ৰাপ্তিসাধ্য।<br /> <br /> |-<br /> | 07:45<br /> |আইআইটি বোম্বেৰ পৰা মই বিদায় লৈছো। অংশগ্্ৰহণৰ বাবে ধন্যবাদ।<br /> <br /> |}</div>

Mousumi