Priyacst at 08:38, 27 December 2017

2017-12-27T08:38:54Z

Balasubramaniam: Created page with "{| border =1 |'''Time''' |'''Narration''' |- |00:01 |அனைவருக்கும் வணக்கம். Build Molecules குறித்த இந்த டுட..."

2017-12-16T13:34:09Z

Created page with "{| border =1 |'''Time''' |'''Narration''' |- |00:01 |அனைவருக்கும் வணக்கம். Build Molecules குறித்த இந்த டுட..."

New page

{| border =1
|'''Time'''
|'''Narration'''

|-
|00:01
|அனைவருக்கும் வணக்கம். Build Molecules குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.

|-
|00:07
|இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: database இல் இருந்து மூலக்கூறுகளை பதிவிறக்குதல்,

|-
|00:11
|அவற்றை rotate செய்தல், Zoom in மற்றும் Zoom out செய்தல்

|-
|00:15
|Panel இல் மூலக்கூறுகளை கட்டமைத்தல்

|-
|00:17
|Force field ஐ set up செய்தல், அதன் வடிவத்தை optimize செய்தல்

|-
|00:21
|Bond length, Bond angleமற்றும் dihedral angle ஆகியவற்றை அளத்தல்,

|-
|00:25
|Fragment Library ஐ காட்டுதல்

|-
|00:27
|DNA மூலக்கூறுகள் மற்றும் peptides களைக் கட்டமைத்தல்.

|-
|00:31
|இங்கு நான் பயன்படுத்துவது: Linux OS version 14.04, Avogadro version 1.1.1 மற்றும் இணைய இணைப்பு

|-
|00:44
|இந்த டுடோரியலைப் புரிந்துகொள்ள அடிப்படை வேதியியல் பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும். Avogadro 1.1.1ஐப் பதிவிறக்க திரையில் தோன்றும் இணைப்பிற்கு செல்க.

|-
|00:53
|ஏற்கனவே நான் அதைப் பதிவிறக்கி விட்டேன்.

|-
|00:56
|Avogadro வை திறக்க Dash Home இல் கிளிக் செய்யவும்.

|-
|01:00
|search barல் Avogadro என டைப் செய்யவும்.
|-
|01:02
|Avogadro ஐகானை கிளிக் செய்து அதனைத் திறக்கவும்
|-
|01:08
|முதலில் Chemical Structure Database இல் இருந்து Xylene மூலக்கூறை பதிவிறக்கலாம்.
|-
|01:15
|ஒரு மூலக்கூறை உள்ளே சேர்ப்பதற்கு இணைய இணைப்பு தேவை.
|-
|01:19
|File மெனுவை கிளிக் செய்து Importக்கு செல்லவும்
|-
|01:23
|ஒரு சப்மெனு தோன்றுகிறது.
|-
|01:25
|Fetch by chemical name என்பதைத் தேர்வு செய்யவும்.
|-
|01:28
|Chemical name dialog box தோன்றும்.
|-
|01:30
|பயிற்சிக்காக நான் Xylene என டைப் செய்கிறேன்.
|-
|01:36
|OK பட்டனை கிளிக் செய்க.
|-
|01:38
|இப்போது Panel இல் Xylene மூலக்கூறு உள்ளது
|-
|01:42
|Panel இல் இந்த மூலக்கூறை rotate செய்யலாம்.
|-
|01:45
|Toolbar இல் Navigation tool ஐ கிளிக் செய்யவும்.
|-
|01:49
|Cursor ஐ மூலக்கூறின் மேல் வைக்கவும்.
|-
|01:52
|இடது மவுஸ் பட்டனை கிளிக் செய்து drag செய்யலாம்..
|-
|01:56
|Direction அம்புக்குறிகள் drag செய்யப்படிருப்பதை காட்டுகிறது.
|-
|02:00
|Translate செய்வதற்கு ரைட் கிளிக் செய்து drag செய்யவும்.
|-
|02:06
|மவுசின் Scroll wheel ஐப் பயன்படுத்தி Zoom in மற்றும் Zoom out செய்யலாம்.
|-
|02:10
|இனி, ஒரு மூலக்கூறை புதிதாக எப்படி உருவாக்குவது என்று காண்போம்.
|-
|02:14
|Toolbar இல் Draw tool ஐகானைத் தேர்ந்தெடுக்கவும்
|-
|02:19
|Draw settings மெனுவிற்கு கீழே Element drop down button மற்றும் Bond Order drop down button மற்றும் Adjust Hydrogens check box ஆகியவற்றைக் காணமுடியும்.
|-
|02:30
|மூலக்கூறின் வரைபடத்தில் ஹைட்ரஜன்கள் வேண்டாம் எனில் Adjust Hydrogens check box ஐ அன்செக் செய்க.
|-
|02:37
|Element drop down list தனிமங்களின் பட்டியலைக் காட்டுகிறது.
|-
|02:42
| மொத்த Periodic table ஐயும் தனி விண்டோவில் பார்ப்பதற்கு Other பட்டனை கிளிக் செய்க.
|-
|02:48
|Close பட்டன் ஐ கிளிக் செய்து விண்டோவை மூடவும்.
|-
|02:51
|Panel இல் நாம் Aniline மூலக்கூறின் அமைப்பை வரைவோம்.
|-
|02:55
|Element drop down list இல் இருந்து Carbon என்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும்.
|-
|02:59
|Bond Order drop down list இல் இருந்து Single என்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும்.
|-
|03:03
|Panel இல் கிளிக் செய்யவும்.
|-
|03:05
|ஆறு Carbon அணுக்கள் கொண்ட அறுகோணத்தை Drag and Drop செய்து வரையலாம்.
|-
|03:10
|இரட்டை பிணைப்பை காட்டுவதற்கு Bond Order drop down list இல் இருந்து Double என்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும்.
|-
|03:16
|ஒன்றுவிட்ட பிணைப்புகளை கிளிக் செய்து Benzene அமைப்பை பெறலாம்.
|-
|03:21
|Aniline மூலக்கூறை வரைந்து முடிப்போம்.
|-
|03:24
|Aniline மூலக்கூறை பெற Element drop down list இல் Nitrogenஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
|-
|03:29
|Single Bond Order drop down list இல் இருந்து Singleஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்
|-
|03:33
|ஏதேனும் ஒரு Carbon அணுவை கிளிக் செய்து Drag செய்யவும்.
|-
|03:39
|இப்போது Build மெனுவிற்கு சென்று Add Hydrogensஎன்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும்.
|-
|03:45
|இப்போது Panel இல் Aniline மூலக்கூறின் அமைப்பை உருவாக்கியுள்ளோம்.
|-
|03:49
|நிலையான இணக்கத்தைப் பெறுவதற்கு, இந்த Aniline மூலக்கூறின் அமைப்பு optimize செய்யப்பட வேண்டும்.
|-
|03:56
|Toolbar இல் Auto Optimization Tool ஐ கிளிக் செய்யவும்.
|-
|04:02
|Auto Optimization Settings இடது பக்கத்தில் தோன்றும்.
|-
|04:06
|Force Field drop down list ஐ கிளிக் செய்து MMFF94 ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்
|-
|04:13
|சிறிய ஆர்கானிக் மூலக்கூறுகளை optimize செய்ய இந்த MMFF94 பொதுவாக பயன்படுத்தப்படுகிறது.
|-
|04:20
|Start பட்டனை ஐ கிளிக் செய்யவும்
|-
|04:23
|optimization முடிய சில நொடிகள் ஆகலாம்.
|-
|04:28
|Stop ஐ கிளிக் செய்து Optimization Settings ஐ மூடலாம்.
|-
|04:33
|இப்போது Aniline மூலக்கூறின் Bond length, Bond angle மற்றும் dihedral angle ஆகியவற்றை அளக்கலாம்.
|-
|04:40
|Toolbar இல் Click to Measure ஐகானை கிளிக் செய்யவும்
|-
|04:44
|Bond length ஐ அளப்பதற்கு இரண்டு அடுத்தடுத்த Carbon அணுக்களை கிளிக் செய்யவும்.
|-
|04:49
|Bond Angle ஐ அளப்பதற்கு அடுத்தடுத்த மூன்று Carbon அணுக்களை கிளிக் செய்யவும்.
|-
|04:55
|dihedral angles ஐ அளப்பதற்கு அடுத்தடுத்த நான்கு Carbon அணுக்களை கிளிக் செய்யவும்.
|-
|05:02
|அளக்கப்பட்ட மதிப்புகள் Panel இன் கீழ்ப்புறம் தோன்றும்.
|-
|05:07
|இந்த அமைப்பு வரைபடத்தை சேமிக்க File மெனுவில் இருந்து save as ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
|-
|05:13
|Save Molecule As உரையாடல் தோன்றும்.
|-
|05:17
|File name என்ற இடத்தில் Aniline.cml என்று டைப் செய்யவும்.
|-
|05:21
|location ஐ Desktop என்று தேர்வு செய்து Save செய்யவும்.
|-
|05:28
|New icon ஐ கிளிக் செய்து புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும்.
|-
|05:32
|Avogadro software, Fragment library யை பயன்படுத்தி சிக்கலான மூலக்கூறுகளை உருவாக்கும் வசதியை கொண்டுள்ளது,
|-
|05:38
|Build menu விற்கு செல்லவும்.
|-
|05:40
|Insert இல் Fragment option ஐ தேர்வுசெய்யவும்.
|-
|05:45
|Insert Fragment dialog box தோன்றும்.
|-
|05:49
|பல்வேறு மூலக்கூறுகளின் அமைப்பைக் கொண்டுள்ள .cml fileகள் உள்ள folderகளை காணமுடியும்.
|-
|05:55
|உதாரணமாக alkens folder ஐத் திறப்போம்.
|-
|06:00
|folder ஐ double click செய்து அதில் இருக்கும் fileகளைக் காணலாம்..
|-
|06:04
|2-methyl-buta-1,3-diene.cml என்பதை தேர்ந்தெடுக்கவும்.
|-
|06:10
|Insert பட்டனைக் கிளிக் செய்யவும்.
|-
|06:13
|Close பட்டனைக் கிளிக் செய்து மூடவும்.
|-
|06:17
|2-methyl-1,3-butadiene இன் அமைப்பு இப்போது panel ல் காட்டப்படுகிறது.
|-
|06:22
|இது பொதுவாக Isoprene என அழைக்கபடுகிறது.
|-
|06:26
|Isoprene ஐ வைத்து பல இயற்கை மூலக்கூறுகளின் அமைப்பை வரைய முடியும்.
|-
|06:30
|இந்த மூலக்கூறு selectmode இல் இருக்கிறது.
|-
|06:33
|இதை deselect செய்ய CTRL, SHIFT and A கீகளை ஒருசேர அழுத்தவும்.
|-
|06:39
|உதாரணமாக Isopreneஐ வைத்து Vitamin A மற்றும் natural rubber இன் மூலக்கூறு அமைப்பு உருவாக்கப்பட்டிருப்பதைக் காட்டுகிறேன்.
|-
|06:47
|Vitamin A, natural rubber
|-
|06:51
|ஒரு மூலையில் Isopreneஐ Translate செய்கிறேன்.
|-
|06:56
|Build menu க்கு சென்று Insert ஐ திறந்து Fragment ஐ தேர்வுசெய்யவும்.
|-
|07:02
|கீழே Macrocycles folder க்கு scroll செய்து double click செய்து திறக்கவும்.
|-
|07:08
|porphin fragment ஐதேர்ந்தெடுத்து Insert ஐ கிளிக் செய்யவும்.
|-
|07:14
|dialog boxஐ மூடவும்.
|-
|07:16
|porphyrin fragment ஐ பயன்படுத்தி சிக்கலான மூலக்கூறுகளான Chlorophyll மற்றும் Vitamin B12 ஐ நாம் உருவாக்கலாம்.
|-
|07:25
|Chlorophyll
|-
|07:27
|Vitamin B12
|-
|07:30
|Avogadro வை பயன்படுத்தி DNA மற்றும் peptides முதலிய சிக்கலான மூலக்கூறுகளை எளிதாக உருவாக்கலாம்.
|-
|07:37
|New ஐகானை கிளிக் செய்து புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும்.
|-
|07:41
|ஒரு DNA மூலக்கூறை உள்ளே சேர்க்க Build மெனுவிற்கு சென்று Insert ஐ தேர்வு செய்து சப் மெனுவில் DNA/RNA ஐ கிளிக் செய்க .
|-
|07:51
|Insert Nucleic Acids dialog box தோன்றுகிறது.
|-
|07:55
|DNA/RNA Builder drop down இல் இருந்து DNA ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
|-
|08:00
|நான்கு nucleic acid base கள் buttonகளாக காட்டப்படுகிறது.
|-
|08:05
|பட்டன்களில் கிளிக் செய்து nucleic acid sequence ஐ தேர்வு செய்யவும்.
|-
|08:10
|நீங்கள் விரும்பிய nucleic acid sequence ஐ தேர்வு செய்யலாம்.
|-
|08:14
|செயல்விளக்கத்திற்காக நான் A T G C A T G C என்ற sequence ஐ தேர்வு செய்கிறேன்.
|-
|08:26
|nucleic acid களின் தேர்வு வரிசைப்படி Sequence text box இல் தோன்றும்.
|-
|08:32
|Bases Per Turn drop down இல் A மற்றும் 5.0 ஐ தேர்வு செய்யவும். இது ஒரு helix இல் இருக்கும் base pairகளின் எண்ணிக்கையைக் குறிக்கிறது.
|-
|08:41
|Strands இல் Single என்று தேர்ந்தெடுத்து Insert பட்டனை கிளிக் செய்யவும்.
|-
|08:47
|Close பட்டனை கிளிக் செய்து dialog boxஐ மூடவும்.
|-
|08:51
|இப்போது panelஇல் single stranded DNA மூலக்கூறு உள்ளது.
|-
|08:56
|இந்த அமைப்பை zoom செய்து panelஇன் மத்தியில் கொண்டுவரவும்.
|-
|09:01
|DNA மூலக்கூறை deselect செய்ய CTRL, SHIFT and A கீ களை ஒருசேர அழுத்தவும்.
|-
|09:09
|Insert மெனுவில் உள்ள Peptide option ஐ வைத்து Peptide sequence ஐ எளிதாக உருவாக்கலாம்.
|-
|09:16
|மறுபடியும் New ஐகானை கிளிக் செய்து புதிய விண்டோவைத் திறக்கவும்.
|-
|09:21
|Build மெனுவிற்கு சென்று Insert இல் peptideஎன்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும்
|-
|09:26
|Insert Peptide எ தோன்றுகிறது.
|-
|09:29
|Peptide sequence க்கு தேவையான amino acid களை amino acid பட்டனை கிளிக் செய்து தேர்வு செய்யவும்.
|-
|09:36
|செயல்விளக்கத்திற்கு நான் Glycine(Gly) -Valine(Val) -Proline(Pro) and Cystine(Cys) என்ற sequence ஐ தேர்ந்தெடுக்கிறேன்.
|-
|09:45
|தேர்வு செய்யப்பட வரிசை Sequence text box இல் தோன்றுகிறது.
|-
|09:50
|Insert Peptide பட்டனை கிளிக் செய்யவும்.
|-
|09:53
|Insert Peptide dialog box ஐ மூடவும்.
|-
|09:57
|Panel இல் Peptide சங்கிலி தோன்றுகிறது.
|-
|10:00
|Panel இல் Peptide மூலக்கூறை deselect செய்ய CTRL, SHIFT மற்றும் A கீ களை ஒருசேர அழுத்தவும்.
|-
|10:07
|உங்களுக்கு தேவையான அமினோஅமிலங்களை தேர்வு செய்து peptide sequence ஐ உருவாக்கலாம்.
|-
|10:13
|இப்போது நாம் அனைத்தையும் நினைவு கூறலாம்.
|-
|10:15
|இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது
|-
|10:18
|database இல் இருந்து மூலக்கூறுகளை பதிவிறக்குதல்,
|-
|10:21
|அவற்றை rotate செய்தல், Zoom in மற்றும் Zoom out செய்தல்
|-
|10:24
|Panel இல் மூலக்கூறுகளை கட்டமைத்தல்
|-
|10:26
|Force fieldஐ set up செய்தல், அதன் வடிவத்தை optimize செய்தல்
|-
|10:30
|Bond length, Bond angle மற்றும் dihedral angle ஆகியவற்றை அளத்தல்,
|-
|10:35
|Fragment Library ஐ காட்டுதல்
|-
|10:37
|DNA மூலக்கூறுகள் மற்றும் peptides களைக் கட்டமைத்தல்
|-
|10:41
|தன்னறிவுச்சோதனைக்காக திரையில் தோன்றும் amino acid residues களைப் பயன்படுத்தி protein sequence ஐ உருவாக்குங்கள்.
|-
|10:49
|UFF Force field ஐ பயன்படுத்தி வடிவமைப்பை optimize செய்க.
|-
|10:53
|வரைபடத்தை .cml file ஆக சேமிக்கவும்.
|-
|10:58
|A U G C Nucleic acidகளைப் பயன்படுத்தி RNA sequence ஐ உருவாக்குக
|-
|11:04
|வடிவமைப்பை MMFF94 force field ஐ பயன்படுத்தி optimize செய்க.
|-
|11:10
|வரைபடத்தை .cml file ஆக சேமிக்கவும்.
|-
|11:14
|இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் பாடத்தை சுருங்க சொல்கிறது.
|-
|11:18
|உங்களிடம் நல்ல bandwidth இல்லை எனில் இதை download செய்து பார்த்துக்கொள்ளலாம்.
|-
|11:23
|நாங்கள் spoken tutorialகளை பயன்படுத்தி workshop நடத்தி சான்றிதழ் அளிக்கிறோம். நீங்கள் இந்த இமெயில் முகவரியில் எங்களை தொடர்பு கொள்ளலாம்.
|-
|11:30
|இந்திய அரசின் NMEICT, MHRD இந்த spoken tutorial திட்டத்திற்க்கு தேவையான நிதியுதவியை அளிக்கிறது.
|-
|011:36
|இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்து குரல் கொடுத்தது பாலசுப்பிரமணியம். நன்றி.

|}

@@ Line 266: / Line 266: @@
 |-
 |06:33
-|இதை deselect செய்ய CTRL, SHIFT and A கீகளை ஒருசேர அழுத்தவும்.
+|இதை deselect செய்ய CTRL, SHIFT மற்றும் A கீகளை ஒருசேர அழுத்தவும்.
 |-
 |06:39
@@ Line 344: / Line 344: @@
 |-
 |09:01
-|DNA மூலக்கூறை deselect செய்ய CTRL, SHIFT and A கீ களை ஒருசேர அழுத்தவும்.
+|DNA மூலக்கூறை deselect செய்ய CTRL, SHIFT மற்றும் A கீ களை ஒருசேர அழுத்தவும்.
 |-
 |09:09
@@ Line 353: / Line 353: @@
 |-
 |09:21
-|Build மெனுவிற்கு சென்று Insert இல் peptideஎன்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும்
+|Build மெனுவிற்கு சென்று Insert இல் peptide என்பதைத் தேர்ந்தெடுக்கவும்
 |-
 |09:26
-|Insert Peptide எ தோன்றுகிறது.
+|Insert Peptide தோன்றுகிறது.
 |-
 |09:29
@@ Line 440: / Line 440: @@
 |-
 |011:36
-|இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்து குரல் கொடுத்தது பாலசுப்பிரமணியம். நன்றி.
+|இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்து குரல் கொடுத்தது பாலசுப்பிரமணியம். குரல் கொடுத்தது சண்முகப்பிரியா. நன்றி.
 |}

Avogadro/C2/Build-molecules/Tamil - Revision history

Priyacst at 08:38, 27 December 2017

Balasubramaniam: Created page with "{| border =1 |'''Time''' |'''Narration''' |- |00:01 |அனைவருக்கும் வணக்கம். Build Molecules குறித்த இந்த டுட..."