UCSF-Chimera/C3/Superimposing-and-Morphing/Hindi

Time	Narration
00:01	Superimposing and Morphing पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है।
00:06	इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे: एक ही प्रोटीन के भिन्न-भिन्न स्ट्रक्चर्स की तुलना और सुपरइम्पोज़ करना।
00:13	कॉनफॉरमेशन को मॉर्फ़ (रूप) करना और ट्रेजेक्ट्री (वक्र-पाथ) बनाना।
00:17	इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको Chimera इंटरफ़ेस से परिचित होना चाहिए।
00:22	यदि नहीं तो सम्बंधित ट्यूटोरियल्स के लिए हमारी वेबसाइट पर जाएँ।
00:27	यहाँ मैं उपयोग कर रही हूँ Ubuntu OS वर्जन 14.04, Chimera वर्जन 1.10.2, Mozilla firefox ब्राउज़र 42.0 और एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन।
00:43	यहाँ मैंने Chimera विंडो खोल ली है।
00:46	graphic access इंटरफ़ेस से, 3w7f फाइल पर क्लिक करें।
00:53	स्क्रीन पर Squalin Synthase का स्ट्रक्चर खुलता है।
00:57	अब superimposing के लिए इस स्ट्रक्चर को तैयार करते हैं।
01:01	यह एक ही प्रोटीन के लिए दो कॉपीज़ रखता है।
01:05	कमांड लाइन उपयोग करके उन में से एक चेन को डिलीट करें।
01:09	मैं कमांड हिस्ट्री पर क्लिक करके उस कमांड को दोबारा कॉल करुँगी।
01:14	कमांड हिस्ट्री डायलॉग बॉक्स से “delete:.a” कमांड चुनें।
01:20	एंटर दबाएँ।
01:22	आगे स्ट्रक्चर से solvent अणुओं को हटाने के लिए मैं टाइप करुँगी कमांड “del solvent”. एंटर दबाएँ।
01:32	यह स्ट्रक्चर सब्सट्रेट एनालॉग Farnesyl thiopyrophosphate, शोर्ट में FPS तक सिमित होता है।
01:40	हम दो समान प्रोटीन्स को उनके सेकेंडरी स्ट्रक्चर्स की तुलना करने के लिए सुपरइम्पोज़ करेंगे।
01:46	इसके लिए हम बिना ससब्सट्रेट के समान एंजाइम का स्ट्रक्चर ढूँढेंगे।
01:52	कमांड लाइन पर टाइप करें “open 2zco”, एंटर दबाएँ।
02:02	नया स्ट्रक्चर नीले रंग में है।
02:05	अब ये दोनों स्ट्रक्चर्स सुपरइम्पोज़ होने के लिए तैयार हैं।
02:10	Superimposition या Structural alignment दो या अधिक प्रोटीन स्ट्रक्चर्स के लिए तुलना करने वाला टूल हैं।
02:18	वह अलाइनमेंट उनकी आकृति और तीन-डाईमेन्शनल कोन्फोरमेशन पर आधारित है।
02:24	सुपरइम्पोज़िंग शुरू करने से पहले हम टूल बार में कुछ आइकन्स रखते हैं।
02:30	Favorites मेन्यू पर क्लिक करें।
02:32	Add to favorites/Tool bar विकल्प तक नीचे जाएँ।
02:37	Preferences डायलॉग बॉक्स खुलता है।
02:40	Category ड्राप-डाउन से Tools चुनें।
02:44	Settings शीर्षक में On Tool bar कॉलम में बॉक्सेस चेक करें।
02:53	निम्न के लिए बॉक्सेस चेक करें Command line , Model Panel, Side View
02:59	नीचे जाएँ और MatchMaker और Match-Align पर क्लिक करें।
03:05	आप अपनी ख़ुद की टूलबार कस्टमाइज़ कर सकते हैं।
03:08	अपनी ज़रुरत के अनुसार टूल्स चुनें।
03:12	पैनल का निरिक्षण करें।
03:14	पैनल में सबसे ऊपर Tool bar पर आइकन्स जुड़ गए हैं।
03:19	Tool bar की स्थिति बदलने के लिए Toolbar placement बटन पर क्लिक करें।
03:25	और ड्राप-डाउन मेन्यू से विकल्प चुनें।
03:29	जब आप टूल बार पर सभी आइकन्स जोड़ लें तो Save बटन पर क्लिक करें।
03:35	और डायलॉग बॉक्स को बंद करने के लिए Close पर क्लिक करें।
03:39	अब स्ट्रक्चर्स विभिन्न स्थितियों में हैं।
03:43	अब हम MatchMaker फंक्शन उपयोग करके उन स्ट्रक्चर्स को सुपरइम्पोज़ करते हैं।
03:48	Tool bar पर MatchMaker टूल पर क्लिक करें।
03:53	MatchMaker डायलॉग बॉक्स खुलता है।
03:56	Reference structure में 3w7f पर क्लिक करें।
04:01	अभी के लिए डिफ़ॉल्ट सेटिंग्स के साथ जारी रखें। OK बटन दबाएँ।
04:07	पैनल का निरिक्षण करें।
04:09	दो स्ट्रक्चर्स एक दूसरे पर सुपरइम्पोज़ होते हैं।
04:13	दो स्ट्रक्चर्स एक दूसरे पर करीब-करीब पूरी तरह से सुपरइम्पोज़ेबल हैं।
04:19	एक छोटे से भाग को छोड़कर जो नॉन- सुपरइम्पोज़ेबल है।
04:23	इस नॉन- सुपरइम्पोज़ेबल भाग में शामिल फ्रेग्मेंट एमिनो एसिड नंबर 53 से एमिनो एसिड नंबर 57 तक शुरू होता है।
04:34	MatchMaker, रेसीड्यू टाइप्स और सेकेंड्री स्ट्रक्चर उपयोग करके सीक्वेंस अलाइनमेंट बनाता है।
04:40	और फिर सीक्वेंस-अलाइंड रेसीड्यूज़ को 3D में फिट करता है।
04:44	अब Match-Align टूल को जाँचें।
04:48	टूल बार से Match-Align टूल पर क्लिक करें। एक डायलॉग बॉक्स खुलता है।
04:55	चेन्स को चुनने के लिए उनके pdb Ids पर क्लिक करें।
04:59	OK बटन पर क्लिक करें।
05:03	sequence alignment डायलॉग बॉक्स खुलता है।
05:05	इस बॉक्स में अंतिम बॉक्स में फिट हुए एमिनो एसिड युग्म हलके नारंगी बॉक्सेस जैसे दिखते हैं।
05:13	रेसीड्यू 52-54 पर लूप को छोड़कर स्ट्रक्चर्स लगभग समान हैं।
05:21	कर्सर को सम्बंधित एक अक्षर कोड पर रखें।
05:25	52 से 54 तक रेसीड्यूज़ सीक्वेंस में अन्तराल होने के कारण शिफ्ट होते हैं।
05:33	कर्सर उपयोग करके इस भाग को चुनें।
05:38	पैनल का निरिक्षण करें।
05:41	सीक्वेंस का वह चयनित भाग हाईलाइट होता है।
05:45	यह उस संरचना के नॉन-सुपरइम्पोज़ेबल भाग से मेल खाता है।
05:50	आप Actions मेन्यू उपयोग करके इस नॉन-सुपरइम्पोज़िंग भागों के रंग बदल सकते हैं।
05:55	Actions मेन्यू पर क्लिक करें।
05:57	Color तक स्क्रॉल करें। orange-red विकल्प पर क्लिक करें।
06:02	अब यह भाग हाईलाइट हो गया है।
06:05	सिलेक्शन को क्लियर करें और डायलॉग बॉक्स बंद करें।
06:10	अब दिखाते हैं कि कॉनफॉरमेशन को कैसे मॉर्फ़ (रूप) करते हैं और ट्रेजेक्ट्री (वक्र-पाथ) कैसे बनाते हैं।
06:15	मॉर्फिंग, वास्तविक इनपुट स्ट्रक्चर्स के बीच इंटरमीडिएट स्ट्रक्चर्स की श्रंखला की गणना करने में शामिल होता है।
06:23	बने हुए इंटरमीडिएट स्ट्रक्चर्स की श्रंखला को Molecular Dynamics Movie शार्ट में MD Movie की तरह सेव किया जा सकता है।
06:32	पैनल पर वापस जाएँ।
06:34	Tools मेन्यू से मॉर्फिंग टूल शुरू करें।
06:37	Tools मेन्यू पर क्लिक करें। Structure Comparison तक स्क्रॉल करें।
06:42	Morph conformations विकल्प पर क्लिक करें।
06:46	Morph conformations डायलॉग बॉक्स खुलता है।
06:50	Add पर क्लिक करें।
06:52	Models डायलॉग बॉक्स की परिणामी सूची में कॉन्फोरमेशन्स में जोड़ने के लिए मॉडल नंबर ज़ीरो यानि 3w7f पर डबल क्लिक करें।
07:03	अगला मॉडल नंबर 1 यानि 2zco पर क्लिक करें।
07:10	फिर 3w7f यानि मॉडल नंबर ज़ीरो पर दोबारा क्लिक करें।
07:16	यह सीक्वेंस एक लिगेंड के मॉर्फ़ ट्रेजेक्ट्री से सम्बंधित है जो स्ट्रक्चर से खोखले स्ट्रक्चर तक और फिर वापस, से जुड़ा है।
07:26	model list डायलॉग बंद करें।
07:29	Morph conformations डायलॉग बॉक्स में Create पर क्लिक करें।
07:34	कुछ सेकेंड बाद एक MD Movie बनती है।
07:39	स्क्रीन पर डायलॉग बॉक्स दिखता है।
07:42	डायलॉग बॉक्स में मूवी को चलाने के लिए प्ले या पॉज़ बटन्स हैं।
07:42	प्ले करने के लिए एरो पर क्लिक करें।
07:50	पैनल का निरिक्षण करें।
07:52	कॉनफोर्मेशन्स की मॉर्फिंग मूवी की तरह प्ले की जा रही है।
07:57	मूवी को पॉज़ करें और MD movie डायलॉग बॉक्स बंद करें।
08:02	अब सारांशित करते हैं कि हमने क्या सीखा
08:05	इस ट्यूटोरियल में हमने सीखा एक ही प्रोटीन के लिए भिन्न-भिन्न स्ट्रक्चर्स को सुपरइम्पोज़ और तुलना करना।
08:12	कॉनफॉरमेशन को मॉर्फ़ (रूप) करना और ट्रेजेक्ट्री (वक्र-पाथ) बनाना।
08:16	ट्रेजेक्ट्री को Molecular Dynamics Movie की तरह सेव करना।
08:20	नियत कार्य में PDB कोड 1TAG और 1TND के साथ GTP बाईंडिंग प्रोटीन्स के स्ट्रक्चर्स खोलें।
08:31	MatchMaker टूल उपयोग करके स्ट्रक्चर्स को सुपरइम्पोज़ करना।
08:34	Sequence Alignment टूल उपयोग करके असमान क्षेत्रों का पता लगाएँ।
08:41	निम्न लिंक पर उपलब्ध विडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है। इसे डाउनलोड करके देखें।
08:48	स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टीम कार्यशालाएं आयोजित करती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को प्रमाणपत्र देती है। अधिक जानकारी के लिए हमें लिखें।
08:57	स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट NMEICT, MHRD भारत सरकार द्वारा निधिबद्ध है। इस मिशन पर अधिक जानकारी दर्शाए लिंक पर उपलब्ध है।
09:09	आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद।

Contributors and Content Editors

Jayarastogi, Shruti arya