Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C3/Structure-Analysis/Hindi"
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Latest revision as of 18:07, 29 January 2018
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| 00:01 | Structure Analysis पर स्पोकन ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है। |
| 00:05 | इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे: स्ट्रक्चर में परमाणुओं के बीच की दूरी नापना, हाइड्रोजन बांड्स दिखाना, नॉन-पोलर इंटरेक्शन्स पहचानना। |
| 00:16 | और विभिन्न rotamers प्राप्त करने के लिए रेसीड्यूज़ में बांड्स को घुमाना। |
| 00:21 | इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको Chimera इंटरफ़ेस से परिचित होना चाहिए, यदि नहीं तो सम्बंधित ट्यूटोरियल्स के लिए हमारी वेबसाइट पर जाएँ। |
| 00:30 | यहाँ मैं उपयोग कर रही हूँ Ubuntu OS वर्जन 14.04,Chimeraवर्जन 1.10.2, Mozilla firefox ब्राउज़र 42.0, और एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन। |
| 00:46 | यहाँ मैंने एक Chimera विंडो खोली है। |
| 00:49 | कमांड लाइन उपयोग करकेSqualene Synthase का एक स्ट्रक्चर खोलें.यह pdbकोड 3w7f के साथ एक Transferace एंजाइम है। |
| 01:00 | कमांड लाइन पर टाइप करें Open space 3w7f एंटर दबाएँ। |
| 01:09 | एंजाइम का एक मॉडल पैनल पर दिखता है। |
| 01:12 | Presets मेन्यु उपयोग करके डिस्प्ले को Interactive 1 में बदलें। |
| 01:18 | प्रोटीन दो कॉपीज़ की तरह दिखता है। |
| 01:21 | किसी भी एक कॉपी को मिटाने के लिए टाइप करें delete colon dot a एंटर दबाएँ। |
| 01:29 | स्ट्रक्चर से साल्वेंट अणुओं को मिटने के लिए टाइप करें delete solvent एंटर दबाएँ। |
| 01:37 | इस स्ट्रक्चर में ligand, farnesylthiopyrophosphate है। |
| 01:43 | कमांड्स उपयोग करके ligand रेसीड्यूज़ को लेबल करें.टाइप करें rlabelस्पेस ligand एंटर दबाएँ। |
| 01:53 | दो farnesylthiopyrophosphate हैं जोकि इस स्ट्रक्चर में शोर्ट में FPS है। |
| 02:01 | स्ट्रक्चर्स sticks डिस्प्ले में दिखते हैं। |
| 02:05 | स्ट्रक्चर को घुमाएं और ज़ूम इन करें। |
| 02:08 | बहुत सी साइड चेन्स हैं जो हाइड्रोजन बांड्स को FPS के phosphate oxygens में डोनेट कर सकता है। |
| 02:15 | कर्सर को साइड चेन रेसीड्यू में परमाणुओं पर रखें। |
| 02:21 | Serine 21 रेसीड्यू पर जाएँ। |
| 02:23 | अब Serine 21 के ऑक्सीजन और करीबी FPS के phosphate oxygen के बीच की दूरी नापते हैं। |
| 02:32 | दूरी नापने के लिए Serine 21 रेसीड्यू के ऑक्सीजन को चुनें। |
| 02:37 | CTRL key दबाकर रखें और Serine 21 के साइड चेन ऑक्सीजन पर क्लिक करें। |
| 02:43 | एक साथ CTRL और Shift कीज़ दबाते हुए FPS के करीबी फॉस्फेट ऑक्सीजन पर डबल क्लिक करें। |
| 02:52 | कॉन्टेक्स्ट मेन्यु से Show Distance चुनें। |
| 02:56 | पैनल का निरिक्षण करें.दोनों परमाणुओं के बीच की दूरी दिखती है। सिलेक्शन क्लियर करें। |
| 03:04 | उसी प्रकार Tyrosine के साइड चेन ऑक्सीजन और FPS के उसी फॉस्फेट ऑक्सीजन के बीच की दूरी नापें। |
| 03:15 | हाइड्रोजन बांड्स के साथ दूरियाँ एक सी दिखती है। |
| 03:20 | हाइड्रोजन बांड्स डोनर और एक्सेप्टर दूरियों के आधार पर इस प्रकार वर्गीकृत किये गए हैं: 2.2 से 2.5 Angstroms मज़बूत, 2.5 से 3.2 सामान्य, 3.2 से 4.0 कमज़ोर। |
| 03:36 | अब Select मेन्यु उपयोग करके ligand चुनें। |
| 03:40 | रेसीड्यू विकल्प तक नीचे जाएँ सब-मेन्यु से FPS पर क्लिक करें। |
| 03:46 | FPS से बने हाइड्रोजन बांड्स को खोजने का आसान तरीका Tools मेन्यु से Find Hydrogen bond विशेषता उपयोग करना है। |
| 03:55 | Structure Analysis विकल्प में FindHbond पर क्लिक करें। |
| 04:01 | H-Bond Parameters डायलॉग खुलता है। |
| 04:05 | रंगीन बॉक्स पर क्लिक करके हाइड्रोजन बांड के रंग को फिक्स करें। |
| 04:09 | लाइन की चौड़ाई मोटी लाइन के लिए 3.0 फिक्स करें। |
| 04:13 | Label Hydrogen bond with distance के सामने वाले चेक बॉक्स पर क्लिक करें। |
| 04:21 | Only find H-bonds with at least one end selected पर क्लिक करें। |
| 04:26 | और Write information to reply log पर क्लिक करें। |
| 04:31 | OK बटन पर क्लिक करें। |
| 04:33 | पैनल का निरिक्षण करें. हाइड्रोजन बांड्स उल्लिखित रंग और लाइन की चौड़ाई के साथ pseudo बांड्स की तरह दिखते हैं। |
| 04:42 | बांड्स का विवरण Reply log पर देखा जा सकता है। |
| 04:45 | Favorites मेन्यु उपयोग करके Reply log खोलें। |
| 04:49 | प्रत्येक हाइड्रोजन बांड के बारे में जानकारी यहाँ दी गयी है। |
| 04:53 | डायलॉग बॉक्स बंद करें। |
| 04:55 | यदि आप स्ट्रक्चर से हाइड्रोजन बांड्स हटाना चाहते हैं तो कमांड लाइन पर टाइप करें: Tilda सिंबल के बाद hbond एंटर दबाएँ। |
| 05:07 | Structure Analysisविकल्प में Tools मेन्यू में एक अन्य विशेषता है। |
| 05:13 | यह Findclashes/contacts है.एक डायलॉग बॉक्स खुलता है। |
| 05:19 | यह विशेषता नॉन-पोलर इंटरेक्शन्स जैसे Clashes और Contacts को पहचानती है। |
| 05:26 | Clashes प्रतिकूल इंटरेक्शन्स होती हैं जहाँ परमाणु एक दुसरे से बहुत करीब होते हैं। |
| 05:33 | Contacts सभी सीधे इंटरेक्शन्स होते हैं: पोलर और नॉन-पोलर, अनुकूल और प्रतिकूल (clashes सहित) |
| 05:43 | अब सभी अन्य परमाणुओं के साथ FPS रेसीड्यूज़ के contacts की पहचान करें। |
| 05:48 | मेन्यु उपयोग करके FPS रेसीड्यू चुनें। |
| 05:52 | Find Clashes/Contacts डायलॉग बॉक्स में Designate पर क्लिक करें। |
| 05:58 | यह 48 atoms designated दिखाता है। |
| 06:02 | “All other atoms” के सामने वाले रेडियो बटन पर क्लिक करें। |
| 06:06 | Clash/Contact Parameters को defaultकांटेक्ट पर सेट करें। |
| 06:11 | Treatment of Clash/Contact Atoms में निम्न चेक बॉक्सेस पर क्लिक करें Select, Draw pseudo-bonds, If endpoint atom hidden और Write information to reply log. |
| 06:27 | OK बटन पर क्लिक करें.पैनल का निरिक्षण करें। |
| 06:32 | रेसीड्यूज़ के सभी कॉन्टेक्ट्स दिखते हैं। |
| 06:37 | Reply Log खोलें। Atom-atom contacts यहाँ सूचीबद्ध हैं। |
| 06:44 | डायलॉग बॉक्स बंद करें। |
| 06:46 | अब कुछ clashes दिखाते हैं। |
| 06:49 | अब Tyrosine 248 रेसीड्यू पर फोकस करें। |
| 06:54 | कमांड लाइन पर टाइप करें: focus space colon 248, एंटर दबाएँ। |
| 07:03 | चयन को clear करें। |
| 07:06 | अब Tyrosine 248 रेसीड्यू चुनें। |
| 07:10 | CTRL key दबाते हुए Tyrosine 248 में एक अन्य परमाणु पर क्लिक करें। |
| 07:15 | पूरे अणु को चुनने के लिए कीबोर्ड पर अप एरो की दबाएँ। |
| 07:20 | अब हम एक दुसरे को प्रभावित करते हुए Tyrosine 248 साइड चेन को घुमाएंगे और Clashes के लिए चेक करेंगे। |
| 07:27 | Tyrosine 248 के 4 Angstroms के अन्दर रेसीड्यूज़ दिखाएँ। |
| 07:32 | कमांड लाइन पर टाइप करें डिस्प्ले disp स्पेस कोलन 248 स्पेस z less than four(disp :248 z<4),एंटर दबाएँ। |
| 07:45 | clashes को दिखाने के लिए Tools मेन्यू से FindClashes/Contacts विकल्प चुनें। |
| 07:53 | Designate पर क्लिक करें। |
| 07:55 | “All other atoms” के सामने वाले बटन पर क्लिक करें। |
| 07:59 | Clash के लिए Clash/Contact Parameters सेट करें।Treatment of Clash/Contact Atoms को Select, Draw pseudobonds, If end point atom hidden सेट करें। |
| 08:11 | और Frequency of Checking को Continuously सेट करें। |
| 08:15 | डायलॉग बॉक्स को हटायें। |
| 08:18 | Tyrosine 248 की साइड चेन को एक दुसरे से प्रभावित करते हुए घुमाने के लिए। |
| 08:22 | CTRL key दबाते हुएribbon से जुड़े हुए बांड पर डबल क्लिक करें। |
| 08:29 | कॉन्टेक्स्ट मेन्यू से rotate bond विकल्प चुनें। |
| 08:33 | Build structureडायलॉग खुलता है। |
| 08:36 | डायल पर पॉइंटर को ड्रैग करके बांड को घुमाएं। |
| 08:41 | वैकल्पिक रूप से एंगल वैल्यूज़ को एडिट करने के लिए काले एरोहेड्स पर क्लिक करें। |
| 08:47 | पैनल का निरिक्षण करें.जैसे-जैसे साइड चेन घूमती है नए pseudo-bonds बनते हैं या गायब हो जाते हैं। |
| 08:55 | बांड को वापस वास्तविक स्थिति में लाने के लिए: Bond में प्रविष्टि पर क्लिक करें। Revert चुनें। |
| 09:03 | बांड को ज्यादा देर तक न घुमाने के लिए फिर से bond पर क्लिक करें फिर Deactivateपर क्लिक करें। |
| 09:09 | डायलॉग बॉक्स बंद करें। |
| 09:11 | Tools मेन्यू में विकल्प उपयोग करके हम Tyrosine 248 के सभी rotamers की तुलना कर सकते हैं। |
| 09:18 | पहले Tryrosine 248 चुनें। |
| 09:22 | Tools मेन्यू पर क्लिक करें, Structure editing तक नीचे जाएँ। |
| 09:26 | Rotamers विकल्प पर क्लिक करें। |
| 09:29 | Rotamer डायलॉग बॉक्स में, rotamer library से Dunbrack चुनें। |
| 09:36 | OK बटन पर क्लिक करें। |
| 09:38 | पैनल पर rotamers वायर प्रदर्शन की तरह दिखते हैं। |
| 09:43 | एक अन्य डायलॉग खुलता है.rotamer को दिखाने के लिए डायलॉग बॉक्स में लाइन्स पर क्लिक करें। पैनल का निरिक्षण करें। |
| 09:52 | हम rotamers के लिए Clash और hydrogen bonds का भी पता लगा सकते हैं। |
| 09:58 | Columns पर क्लिक करें, फिर Add. Clashes चुनें। |
| 10:03 | डायलॉग बॉक्स में OK पर क्लिक करें। |
| 10:06 | अब हाइड्रोजन बांड्स जोड़ने के लिए Columns पर क्लिक करें, Add तक नीचे जाएँ और hydrogen bonds चुनें। |
| 10:15 | Hydrogen bonds डायलॉग बॉक्स में OK पर क्लिक करें। |
| 10:19 | डायलॉग का निरिक्षण करें दो नए कॉलम्स जुड़ गए हैं। |
| 10:24 | प्रत्येक rotamer कुछ Clashes बनाते हैं लेकिन hydrogen bonds नहीं बनाते। |
| 10:30 | भिन्न-भिन्न रेसीड्यू में बांड्स को घुमाकर rotamers को ढूँढने की कोशिश करें। |
| 10:35 | इसे सारांशित करते हैं। इस ट्यूटोरियल में हमने सीखा: स्ट्रक्चर में परमाणुओं के बीच की दूरी नापना। |
| 10:43 | Hydrogen bonds दिखाना। नॉन-पोलर इंटरेक्शन्स पहचानना। |
| 10:48 | clashes और contacts ढूँढने के लिए रेसीड्यूज़ में बांड्स को घुमाना और भिन्न-भिन्न rotamers की तुलना करना। |
| 10:56 | नियत कार्य में Squalene Synthasepdb code 3w7f का एक स्ट्रक्चर खोलें। |
| 11:03 | Clashes और Contacts को निर्धारित करने के लिए Tyrosine 41 रेसीड्यू में बांड्स को घुमाएं। और rotamers की तुलना करें। |
| 11:11 | निम्न लिंक पर उपलब्ध विडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है। डाउनलोड करें और देखें। |
| 11:17 | स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टीम कार्यशालाएं चलाती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को प्रमाणपत्र देती है। अधिक जानकारी के लिए हमसे संपर्क करें। |
| 11:27 | स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट NMEICT, MHRD भारत सरकार द्वारा वित्त-पोषित है। इस मिशन पर अधिक जानकारी दिए लिंक पर उपलब्ध है। |
| 11:37 | आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद। |
