UCSF-Chimera/C2/Writing-Commands/Hindi

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Revision as of 12:54, 20 March 2018 by Jayarastogi (Talk | contribs)

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Narration
00:01 Chimera में Writing Commands ट्यूटोरियल पर आपका स्वागत है।
00:06 इस ट्यूटोरियल में हम कमांड्स टाइप करेंगे display को परमाणुओं में बदलने के लिए
00:12 ribbons को दर्शाने और छिपाने के लिए
00:14 amino acid residues का रंग बदलने के लिए
00:18 एक एक residues को लेबल करने के लिए।
00:21 solvent अणुओं को हटाने के लिए और इमेज को भिन्न-भिन्न फॉर्मेट में सेव करने के लिए।
00:28 इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको स्नातक स्तर की Biochemistry का ज्ञान होना चाहिए।
00:34 Structural Biology और Chimera interface से अवश्य परिचित होने चाहियें।
00:40 संबधित ट्यूटोरियल्स के लिए कृपया हमारी वेबसाइट पर जाएँ।
00:44 इस ट्यूटोरियल को रिकॉर्ड करने के लिए मैं Ubuntu Linux ओ एस वर्जन 14.04 और chimera वर्जन 1.10.2 का उपयोग कर रही हूँ।
00:53 Mozilla firefox ब्राउज़र 42.0 और एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन।
01:00 Chimera विंडो को खोलने के लिए Chimera आइकॉन पर डबल क्लिक करें।
01:06 graphics window को खोलने के लिए lightning bolt icon पर क्लिक करें।
01:10 इस ट्यूटोरियल में हम दर्शाएंगे कि संरचना में बदलाव लाने के लिए commands को कैसे प्रयोग करना है।
01:16 Favorites मेनू का प्रयोग करके Command Line खोलें।
01:20 Chimera विंडो के तल में एक command text box दिखाई देता है।
01:25 menus से होने वाली टास्कस को commands द्वारा किया जा सकता है।
01:31 Chimera Commands के बारे में
01:34 Chimera commands, Command line पर प्रविष्ट किये जाते हैं।
01:38 semicolon सेपरेटर से विभिन्न commands एक लाइन में संयुक्त किये जा सकते हैं।
01:43 command को निष्पादित करने के लिए Enter key दबाएँ।
01:47 पहले वाले commands पर command History से जाया जा सकता है।
01:51 commands की अधिक जानकारी दिए हुए लिंक पर दर्शायी गयी है।
01:56 Chimera विंडो पर वापस जाएँ। आइये अब एक command टाइप करके leucine zipper का एक मॉडल खोलते हैं।
02:03 command एक command वर्ड से शुरू होता है।
02:06 command line टेक्स्ट बॉक्स पर, open space 1zik टाइप करें।
02:13 आपको एक एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन की जरुरत होती है।
02:17 command को निष्पादित करने के लिए Enter दबाएँ।
02:20 संरचना स्क्रीन पर दिखाई देती है।
02:23 ribbons डिस्प्ले को atoms में बदलने के लिए command line text box में टाइप करें: The command word display और एंटर दबाएँ।
02:34 अब हमारे पास atoms display में protein की संरचना है।
02:38 ये संरचना आंशिक रूप से ribbons की तरह प्रदर्शित होती है।
02:42 ribbons छुपाने के लिए – टाइप करें wave symbol जो tilda की तरह भी जाना जाता है। उसके बाद command वर्ड ribbon टाइप करें।
02:51 tilda के साथ कमांड रिवर्स फंक्शन को दिखाता है।
02:55 यहाँ, संकेत tilda इसके बाद ribbon keyword ribbons को छुपा देता है।

एंटर दबाएँ।

03:03 हम atoms, bonds, surfaces को रंगीन बनाने के लिए color command का उपयोग कर सकते हैं।
03:10 उदहारण के लिए सारे leucines का रंग बदलने के लिए टाइप करें: Color space yellow space colon और इसके बाद amino acid के लिए तीन अक्षर का लघु रूप।
03:24 leucine के लिए, मैं टाइप करुँगी leu.
03:28 यहाँ color yellow argument के साथ command word है और संरचना के सारे leucines टारगेट है।
03:37 यदि आप टारगेट का विशेष विवरण नहीं देते हैं तो पूरी संरचना पीले रंग में रंगी होगी।

एंटर दबाएँ।

03:45 panel का निरिक्षण करें, सारे leucines अब पीले रंग में हैं।
03:51 हम एक विशेष स्थान के amino acid को एक खास रंग से रंग सकते हैं।
03:56 उदहारण के लिए histidine का रंग बदलने के लिए, जो की chain B पर स्थान 18 पर उपस्थित है, टाइप करें:

color space red space colon18.B और एंटर दबाएँ।

04:13 पेनल का निरिक्षण करें, histidine अब लाल हो गया है।
04:19 पूरी संरचना के डिस्प्ले को CPK spacefill में बदलने के लिए, rep टाइप करें।
04:26 rep कीवर्ड represent का संक्षिप्त रूप है, rep space sphere; एंटर दबाएँ।
04:37 पेनल का निरिक्षण करें।
04:39 संरचना को stick डिस्प्ले पर वापस लाने के लिए, पुन्हा टाइप करें rep space stick और एंटर दबाएँ।
04:50 solvent अणुओं को संरचना से छुपाने के लिए, टाइप करें- del (मिटाने के लिए) space solvent.

एंटर दबाएँ।

05:02 चुनाव के लिए residues को सक्रिय करने के लिए, वर्ड select command का उपयोग करें।
05:08 command line टेक्स्ट बॉक्स पर टाइप करें, select space colon उसके बाद रेज़िडियु की संख्या एवं chain
05:18 उदहारण के लिए chain B पर स्थान 28 पर उपस्थित lysine को सक्रिय करने के लिए, टाइप करें, select space colon उसके बाद 28 dot B. एंटर दबाएँ।
05:34 अब चुने हुए residue का label दिखाने के लिए, टाइप करें rlabel space sel

एंटर दबाएँ।

05:44 पेनल का निरिक्षण करें, चुने हुए residue का residue label प्रदर्शित होता है।
05:51 पहले चुने हुए residue को अचयनित करने के लिए, select command पाने के लिए अप एरो की को दबाएँ।
05:59 command की शुरुआत में tilda symbol टाइप करें। एंटर दबाएँ।
06:05 Help menu में keywords और command index की सूची उपलब्ध है।
06:09 Help menu पर क्लिक करें, मेनू में नीचे जाएँ और Commands index पर क्लिक करें।
06:16 commands लिखने के लिए keywords की सूची के साथ एक web-page खुलता है।
06:22 Chimera विंडो पर वापस जाएँ।
06:25 यदि आप पृष्ठदृश्य यानि बैकग्राउंड के रंग को काले से नीला करना चाहते हैं, टाइप करें: background space solid space blue

एंटर दबाएँ।

06:38 अब पेनल का रंग नीला है।
06:41 Command का पुनरावृत्त करने के लिए, Command line के दाहिनी तरफ उपस्थित काले त्रिकोण पर क्लिक करें।
06:48 Command history पहले उपयोग किये हुए commands को सूचीबद्ध करती है।
06:53 Commands, Command पर क्लिक करके फिर से निष्पादित किये जा सकते हैं।
06:57 Command line छुपाने के लिए, ड्राप-डाउन मेनू में Hide command line विकल्प पर क्लिक करें।
07:03 आपकी बनायी हुई संरचना को save करने के अनेक विकल्प होते हैं, File menu को खोलें।
07:09 आप ये कर सकते हैं: Restore a Session, Save a Session
07:14 इमेज को JPEG या PNG फॉर्मेट में सेव करें।
07:19 इमेज को PDB या Mol2 फाइल्स में सेव करें, दृश्य इत्यादि को Export करें।
07:27 दर्शाने के लिए, मैं इमेज को JPEG फॉर्मेट में सेव करती हूँ।
07:33 Save image विकल्प पर क्लिक करें एक Save image' डायलॉग बॉक्स खुलता है।
07:40 फाइल लोकेशन के लिए डेस्कटॉप को चुनें।
07:44 File name को 1zik की तरह टाइप करें File type को JPEG की तरह चुनें।
07:52 इमेज के आकार को अपनी जरुरत के हिसाब से निश्चित करें।
07:56 दर्शाने के लिए, मैं चौड़ाई को 800 और ऊंचाई को 600 टाइप करुँगी।
08:05 Save बटन पर क्लिक करें इमेज डेस्कटॉप पर 1zik.jpg में सेव होती है।
08:15 सारांशित करते हैं कि हमने क्या सीखा है
08:17 इस ट्यूटोरियल में हमने कमांड्स टाइप किये, display को atoms में बदलने के लिए
08:22 ribbons को दर्शाने और छुपाने के लिए
08:25 amino acid residues का रंग बदलने के लिए
08:28 अलग-अलग residues को लेबल करने के लिए
08:31 solvent molecules को हटाने के लिए, इमेज को भिन्न-भिन्न फॉर्मेट में सेव करने के लिए।
08:38 अब Assignment के लिए

Human oxy-hemoglobin (PDB code: 2dn1) की संरचना लोड करने के लिए कमांड्स टाइप करें।

08:48 डिस्प्ले को atoms में बदलें और ribbons को छुपायें।
08:52 सारे histidine residues को हरे रंग में रंगें
08:56 solvent molecules को हटायें और इमेज को JPEG फॉर्मेट में सेव करें।
09:03 आपका पूरा किया असाइनमेंट निम्न प्रकार दिखना चाहिए।
09:12 निम्न लिंक का वीडीयो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है।

कृपया इसको डाउनलोड करें और देखें।

09:19 स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टीम कार्यशालाएं चलाती है और उनको सर्टिफिकेट देती है जो ऑनलाइन टेस्ट पास करते हैं।

ज्यादा जानकारी के लिए हमें लिखें।

09:29 स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट की वित्तीय सहायता NMEICT, MHRD, भारत सरकार द्वारा दी गयी है।
09:35 इस मिशन पर अधिक जानकारी दिए हुए लिंक पर उपलब्ध है।
09:40 आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य अब आपसे विदा लेती हूँ। हमें जुड़ने के लिए धन्यवाद।

Contributors and Content Editors

Jayarastogi, Shruti arya