UCSF-Chimera/C2/Surface-Properties/Tamil

From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 16:29, 15 January 2018 by Priyacst (Talk | contribs)

(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Time
Narration
00:01 Chimeraவில், Surface Propertyகள், குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:06 இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது, protein மற்றும் DNA structureகளுக்கு, surfaceகளை காட்டுவது.
00:12 Amino acid hydrophobicity மற்றும்Electrostatic Potentialஆல், வண்ணம் பூசப்பட்ட, protein surface ன் imageகளை உருவாக்குவது.
00:22 இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, Chimera interface பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும்.
00:33 இங்கு, நான், Ubuntu OS பதிப்பு 14.04, Chimera பதிப்பு 1.10.2,
00:42 Mozilla firefox browser 42.0, மற்றும், ஒரு இணைய இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன்.
00:49 இங்கு, ஒரு Chimera windowஐ நான் திறந்துள்ளேன்.
00:52 Command lineஐ பயன்படுத்தி, RTX CPD toxinன் ஒரு structureஐ திறக்கவும்.
00:58 Favorites menuஐ பயன்படுத்தி, Command Lineஐ திறக்கவும்.
01:02 Command line text boxல், டைப் செய்க: Open space 3eeb.
01:10 3eeb , RTX CPD toxin.க்கான, pdb code ஆகும். Enterஐ அழுத்தவும்.
01:18 Protein structure, panelலில் காட்டப்படுகிறது. அது, proteinனின் இரண்டு பிரதிகளைக் கொண்டிருக்கிறது.
01:26 பிரதிகளின் ஒன்றான, அதாவது, chain A ஐ நீக்க, command lineல், commandகளை டைப் செய்யவும்.
01:33 Command line text boxல், டைப் செய்க: delete colon dot a.. Enterஐ அழுத்தவும்.
01:43 Panelஐ கவனிக்கவும். Enzymeன் பிரதிகளில் ஒன்று, நீக்கப்பட்டுவிட்டது.
01:48 Protease domain , ligand inositol hexakisphosphate. உடன் பிணைக்கப்படுகிறது. சுருக்கமாக, IHP மற்றும்Sodium ion.
01:58 அடுத்து, ligandக்கு அருகே, சிவப்பு புள்ளிகளாக இருக்கின்ற, solvent moleculeகளை நீக்கவும். டைப் செய்க: delete space solvent. Enterஐ அழுத்தவும்.
02:09 Ligandஉடன் இருக்கின்ற, sodium ionஐ நீக்க, டைப் செய்க: delete ions. Enterஐ அழுத்தவும்.
02:19 இப்போது, Presets optionஐ பயன்படுத்தி, proteinனின் structureஐ நாம் காட்டலாம்.
02:25 Menu barல் இருக்கின்ற, Presets optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
02:29 Interactive 3, hydrophobicity surfaceஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
02:34 இது, amino acid hydrophobicity. ஆல், color-code செய்யப்பட்ட, ஒரு molecular surfaceஐ காட்டும்.
02:41 பெரும்பாலான polar residueகளுக்கு, நீல நிறம்.
02:45 பெரும்பாலானhydrophobic.க்கு, செம்மஞ்சள் சிவப்பு. Neutral residueகளுக்கு, வெள்ளை.
02:52 வழக்கமாக, தங்கள் surface பகுதிகள் மூலம், proteinகள், மற்ற proteinகள் மற்றும் moleculeகளுடன் தொடர்பு கொள்கின்றன.
02:59 ஒரு proteinஐ , அதன் molecular surfaceன் மூலம் வர்ணிப்பது, பின்வருவனவற்றிற்கு உதவுகிறது: Protein folding பற்றிய ஆய்வு.
03:06 Biomolecular recognitionன் கணிப்பு.
03:09 drug binding cavityகளை துப்பறிதல், மற்றும், Molecular Graphics.
03:15 Chimera windowக்கு திரும்பவும்.
03:18 அடுத்து, proteinக்கான, electrostatic potential surfaceஐ காட்ட:
03:24 Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். Surface\Binding Analysis. க்கு scroll செய்யவும்.
03:30 Sub-menuவில் இருந்து, coulombic surface coloringஐ தேர்வு செய்யவும்.
03:36 ஒரு Coulombic Surface 'Coloring dialog box திறக்கிறது.
03:41 நிறங்கள், மற்றும், அதற்கு தொடர்புடைய மதிப்புகளை மாற்றலாம்.
03:45 பெரும்பாலான சமயம், default settingகள், சிறப்பாக வேலை செய்கின்றன. OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
03:51 Panelலில், electrostatic potential surface.ஐ காட்டுகின்ற proteinஐ நாம் கொண்டிருக்கிறோம்.
03:57 Negative potentialக்கு, சிவப்பு நிறம். Positive potentialக்கு, நீலம். Neutralக்கு, வெள்ளை.
04:07 இப்போது, வெளியீடு, விளக்கக்காட்சிகளுக்கு, உயர் தர imageகளை எப்படி உருவாக்குவதென காண்போம்:
04:14 Command Set attributeஐ பயன்படுத்தி, inositol ligandன் stickகளை சிறிது தடிப்பாக்கவும்: setattr space m space stickScale 2. Enterஐ அழுத்தவும்.
04:35 நல்ல image settingகளுக்கு, publication presetஐ பயன்படுத்தவும்.
04:40 மீண்டும், Presets menuவில் கீழே scroll செய்து, Publication 1ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
04:45 வெள்ளை பின்னணி, கருப்பு outlineகள், அதிக மென்மையுடைய முனைகளைக் கொண்ட, ஒரு imageஐ இது உருவாக்கும்.
04:54 வரியின் தடிப்பு, lightning போன்ற மற்ற parameterகளை, இவ்விடத்தில் நாம் சரிசெய்யலாம்.
05:02 Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். கீழே scroll செய்து, Viewing Controls.ஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:08 Sub-menuவில் இருந்து, lightingஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:11 வெவ்வேறு viewing settingகளை மாற்ற, tabகளுடன் கூடிய ஒரு Viewing window, திறக்கிறது:
05:16 Camera, Sideview, Rotation, Effects, Lighting, போன்றவை.
05:23 Lightings optionனின் கீழ்: ஒரு எளிய line drawing தோற்றத்தை காண, mode பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். பட்டியலில் இருந்து, ambientஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
05:34 Panelஐ கவனிக்கவும்.
05:36 முன்னிருப்பான lighting mode ஐ திருப்பிக்கொடுக்க: Two-point optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
05:42 Windowஐ மூட, close பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
05:46 File menuவில் இருக்கின்ற, Save image optionஐ பயன்படுத்தி, imageஐ சேமிக்கவும்.
05:51 இப்போது, ஒரு DNA structure க்கான, surface representationஐ காண்போம்.
05:56 தற்போதைய அமர்வை மூடவும். File menuஐ க்ளிக் செய்யவும். கீழே scroll செய்து, Close Session optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
06:04 Graphics windowஐ திறக்கவும். Command lineஐ பயன்படுத்தி, DNAன் structureஐ பெறவும்.
06:11 Command line text boxல், டைப் செய்க: open 1d86 . Enterஐ அழுத்தவும்.
06:20 ஒரு molecule, netropsin உடன் பிணைக்கப்பட்ட, ஒரு double helical DNA னின் structure தெரிகிறது.
06:27 Netropsin, antibiotic மற்றும்antiviral propertyகளை கொண்ட, ஒரு polyamide ஆகும்.
06:34 தொடக்கத்தில், இந்த structure, ribbonகளாக காட்டப்படுகிறது.
06:39 Nucleic acid sugarகள் மற்றும்baseகள், tube மற்றும் slab representationகளாக காட்டப்படுகின்றன.
06:46 Presets menu வில், கீழே scroll செய்து, interactive 2 optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
06:53 இது, DNAஐ wireஆகவும், netropsinsphereகளாகவும் காட்டுகிறது.
06:59 Solventஐ நீக்க, commandஐ டைப் செய்யவும். delete space solvent . Enterஐ அழுத்தவும்.
07:09 இந்த structureக்கான, surfaceஐ காட்ட, Actions menuவில், கீழே scroll செய்து, surfaceஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். Sub-menuவில் இருந்து, showஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
07:20 Panelஐ கவனிக்கவும். DNA structure, இப்போது, surface.உடன் காட்டப்படுகிறது.
07:27 இப்படத்தில், Major groove மற்றும் minor groove, தெளிவாகத் தெரிகிறது.
07:33 ligand, netropsin, minor grooveஉடன் பிணைக்கப்பட்டிருப்பது தெரிகிறது.
07:38 Surfaceகளைக் காட்ட, 3 வெவ்வேறு வழிகள் இருக்கின்றன.
07:41 Actions menuவில், கீழே scroll செய்து, surfaceஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.Sub-menu, 3 optionகளைக் கொண்டிருக்கிறது: Solid, mesh மற்றும்dot.
07:52 முன்னிருப்பாக, surface, solidஆக காட்டப்படுகிறது.
07:57 Mesh surfaceஐ காட்ட, meshஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:02 Dot surfaceஐ காட்ட, dotஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:07 Solid surfaceக்கு திரும்பி வர, solidஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:11 Solid surfaceக்கான, transparencyன் degreeஐ நாம் சரிசெய்யலாம்.
08:16 மீண்டும், Actions menuக்கு சென்று, Surfaceஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:20 Transparency optionஐ தேர்ந்தெடுத்து, percentage option ஐ தேர்வு செய்யவும்.
08:25 விளக்கத்திற்கு, நான் 50%ஐ தேர்வு செய்கிறேன்.
08:29 Panelஐ கவனிக்கவும்.
08:31 Surfaceக்கு, ஒரு வேறுபட்ட நிறத்தை கொடுக்க: Actions menuவில் இருக்கின்ற, Color optionஐ க்ளிக் செய்யவும். கீழே scroll செய்து, all optionsஐ க்ளிக் செய்யவும்.
08:41 ஒரு color Actions dialog box திறக்கிறது.
08:45 coloring applies to” settingஐ , surfaces.க்கு மாற்றவும்.
08:51 surfaces'க்கு அடுத்து இருக்கின்ற, radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
08:55 Color panelல் இருந்து, உங்களுக்கு விருப்பமான நிறத்தை க்ளிக் செய்யவும். நான் dim grayஐ தேர்வு செய்கிறேன்.
09:02 Panelஐ கவனிக்கவும். Surfaceன் நிறம், இப்போது, dim gray.க்கு மாறியிருப்பதை கவனிக்கவும். Dialog boxஐ மூடவும்.
09:11 File menuவில் இருக்கின்ற, Save image optionஐ பயன்படுத்தி, imageஐ சேமிக்கவும்.
09:16 சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, protein மற்றும்DNA structureகளுக்கு,Amino acid hydrophobicity surface மற்றும்Electrostatic Potential surfaceஐ காட்டுவது.
09:30 வெவ்வேறு viewing settingகளை பயன்படுத்தி, வெளியிடுவதற்கு, உயர் தர imageகளை உருவாக்குவது.
09:37 இப்போது, பயிற்சியாக, human hemoglobin (pdb code: 2dn1)ன் structureக்கு, amino acid hydrophobicity surface மற்றும்electrostatic potential surfaceஐ காட்டவும்.
09:51 hem ligandஐ பச்சை நிறமாக்கவும். நிறைவுபெற்ற உங்கள் பயிற்சி, பின்வருமாறு காணப்பட வேண்டும்.
10:11 பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கிக் காணவும்.
10:18 ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.
10:28 ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.
10:39 இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது சண்முகபிரியா.

Contributors and Content Editors

Jayashree, Priyacst, Venuspriya