Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Tamil

From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 11:44, 5 May 2017 by Priyacst (Talk | contribs)

(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Time
Narration
00:01 Biopythonக்கு அறிமுகம் குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:05 இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: Biopythonனின் முக்கிய அம்சங்கள்
00:10 Linux Operating Systemல் Download மற்றும் நிறுவுவது தொடர்புடைய தகவல்
00:15 Biopython toolகளை பயன்படுத்தி ஒரு DNA sequenceஐ, ஒரு protein sequence ஆக்க translation செய்வது.
00:22 இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள, பின்வருவன பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும்-
00:25 இளங்கலை Biochemistry அல்லது Bioinformatics
00:29 அடிப்படை Python programming.
00:31 அதற்கு, கொடுக்கப்பட்டுள்ள இணைப்பில் உள்ள Python டுடொரியல்களை பார்க்கவும்.
00:35 இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய, நான் பயன்படுத்துவது: Ubuntu OS பதிப்பு 12.04
00:41 Python பதிப்பு 2.7.3
00:44 Ipython பதிப்பு 0.12.1
00:48 Biopython பதிப்பு 1.58.
00:51 Biopython என்பது, computational biologyக்கான, moduleகளின் ஒரு தொகுப்பு ஆகும்.
00:57 Bioinformaticsக்கு தேவையான, மிக அடிப்படை முதல் மேம்பட்ட பணிகள் வரை இதனால் செய்ய முடியும்.
01:03 Biopython toolகள் பின்வருவனவற்றிற்கு பயன்படுகின்றன:
01:05 Parsing, அதாவது, FASTA, Genbank போன்ற பல்வேறு file formatகளில் இருந்து, தகவலை extract செய்வது
01:14 NCBI, ExPASY போன்ற database வலைத்தளங்களிலிருந்து, dataஐ download செய்வது
01:22 BLAST போன்ற Bioinformatic algorithmகளை Run செய்வது
01:26 Sequenceகளின் மேல், பொது செயல்பாடுகளை செய்வதற்கான toolகளை இது கொண்டுள்ளது
01:31 உதாரணத்திற்கு பின்வருவனவற்றை பெற- complementகள், transcription, translation
01:38 Alignmentகளை கையாளுவதற்கான code
01:40 பணிகளை , தனித்தனி செயல்முறைகளாக பிரிப்பதற்கு வேண்டிய code.
01:46 Download க்கு தொடர்புடைய தகவல்:
01:48 Biopython package, Python distributionன் ஒரு பகுதி அல்ல; அது தனியாக download செய்யப்பட வேண்டும்.
01:54 மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.
01:59 Linux systemல் நிறுவுதல்:
02:02 Synaptic Package Managerஐ பயன்படுத்தி, Python, Ipython மற்றும் Biopython packageகளை நிறுவவும்.
02:08 முன்நிபந்தனையான software, தானாக நிறுவப்படும்.
02:13 graphic outputகள் மற்றும் plotகளுக்கு, கூடுதல் packageகள் நிறுவப்பட வேண்டும்.
02:18 Ctrl, Alt மற்றும் T keyகளை ஒன்றாக அழுத்தி, terminalஐ திறக்கவும்.
02:24 என் கணிணியில், Python, Ipython மற்றும் Biopythonஐ நான் ஏற்கெனவே நிறுவி விட்டேன்.
02:30 Ipython interpreterஐ தொடங்க, டைப் செய்க: ipython, பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
02:35 IPython prompt திரையில் தோன்றும்
02:38 Biopythonன் நிறுவுதலை சரி பார்க்க- promptல் டைப் செய்க: "import Bio", பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
02:48 Error message எதுவும் கிடைக்கவில்லையெனில், Biopython நிறுவப்பட்டுவிட்டது என்று பொருள்.
02:54 இங்கு, Python language, case sensitive என்பதை உங்களுக்கு நினைவு படுத்துகிறேன்.
02:59 Keywordகள், variableகள் அல்லது functionகளை டைப் செய்யும் போது, முன்னெச்சரிக்கையாக இருக்கவும்.
03:04 உதாரணத்திற்கு, மேலுள்ள வரியில், importல், “i” என்பது lowercaseலும், Bioல், “B” என்பது uppercaseலும் உள்ளது.
03:12 இந்த டுடோரியலில், ஒரு DNA sequenceஐ translate செய்ய, Biopython moduleகளை நாம் பயன்படுத்துவோம்.
03:19 பின்வரும் படிகளை அது கொண்டிருக்கும்.
03:22 முதலில், coding DNA strandக்கான, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்கவும்.
03:27 அடுத்து, coding DNA strandஐ, mRNAஆக்க, transcription செய்யவும்.
03:32 இறுதியாக, mRNAஐ, ஒரு protein sequence ஆக்க, translation செய்யவும்.
03:37 உதாரணமாக, இந்த slideல் காட்டப்படும், coding DNA strandஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.
03:42 அது ஒரு சிறிய protein sequenceக்கு code செய்கிறது.
03:46 முதல் படி, மேலுள்ள coding DNA strandக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்குவது.
03:52 Terminalக்கு திரும்பவும்.
03:55 ஒரு sequence objectஐ உருவாக்க, Bio packageல் இருந்து, Seq module ஐ import செய்யவும்.
04:02 Sequence objectகளை சேமித்து, செயல்படுத்த, Seq module, methodகளை தருகிறது.
04:08 Promptல் டைப் செய்க: "'from Bio dot Seq import Seq ", பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
04:17 அடுத்து, உங்கள் sequence objectஐ உருவாக்கும் போது, strandல், alphabetகளை வெளிப்படையாக குறிப்பிடவும்.
04:24 அதாவது, அந்த alphabetகளின் sequence, nucleotideகள் அல்லது amino acidகளுக்கு உண்டான codeஆ என குறிப்பிடவும்.
04:32 அதற்கு, Alphabet packageல் இருந்து, IUPAC moduleஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.
04:38 Promptல் டைப் செய்க: "' from Bio dot Alphabet import IUPAC", பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
04:48 "Seq" மற்றும் IUPAC" moduleகளை load செய்ய, import' மற்றும் from statementகளை நாம் பயன்படுத்தியுள்ளோம் என்பதை கவனிக்கவும்.
04:56 cdna என்ற variableன் உள், sequence objectஐ சேமிக்கவும்.
05:01 Promptல், சாதாரண stringகளின் உள் எழுதுவது போல், டைப் செய்க: cdna equal to Seq.
05:08 Sequenceஐ, இரட்டை மேற்கோள்கள் மற்றும் அடைப்புக் குறிகளினுள் எழுதவும்.
05:13 நமது sequence, ஒரு DNAன் துண்டு என்று நாம் அறிவோம். அதனால், டைப் செய்க: argumentஆக unambiguous DNA alphabet object.
05:21 Outputக்கு, டைப் செய்க: "'cdna'"
05:26 DNA sequenceஐ, ஒரு sequence objectஆக output காட்டும்.
05:30 Coding DNA strandஐ, அதற்கு தொடர்புடைய mRNAஆக்க, transcribe செய்யவும்.
05:35 Seq moduleன், built-in “transcribe” methodஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.
05:39 பின்வரும் code ஐ டைப் செய்யவும்.
05:41 Variable mrnaன் உள், output ஐ சேமிக்கவும்.
05:45 Promptல் டைப் செய்க: "'mrna equal to cdna dot transcribe open மற்றும் close parentheses'", பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
05:55 Outputக்கு, டைப் செய்க: "'mrna'", பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
06:01 Output ஐ கவனிக்கவும். DNA sequenceல், Thiaminக்கு பதிலாக, Uraciltranscribe method வைக்கிறது.
06:09 அடுத்து, இந்த mRNAஐ, அதற்கு தொடர்புடைய protein sequence ஆக்க,translate method ஐ பயன்படுத்தவும்.
06:16 பின்வரும் code ஐ டைப் செய்க: protein equal to mrna dot translate open மற்றும் close parentheses. பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
06:27 RNA அல்லது DNA sequenceஐ, சரியாக குறிப்பிடவில்லை எனில், நிலையான genetic codeஐ பயன்படுத்தி, translate method, translate செய்கிறது.
06:36 Output, ஒரு amino acid sequenceஐ காட்டுகிறது.
06:40 Translate செய்யப்பட்ட sequenceல், stop codonகளின் இருப்பு பற்றிய தகவலையும் output காட்டுகிறது.
06:47 Protein sequenceன் இறுதியில் இருக்கும் asteriskஐ கவனிக்கவும். அது stop codonஐ குறிக்கிறது.
06:53 மேலுள்ள codeல், transcriptionக்கு, ஒரு coding DNA strandஐ, நாம் பயன்படுத்தியுள்ளோம்.
06:59 Biopythonல், coding DNA strandல் மட்டுமே transcribe method வேலை செய்கிறது.
07:04 ஆனால், உண்மையான உயிரியல் அமைப்புகளில், transcription செயல்முறை, ஒரு template strandஉடன் தொடங்குகிறது.
07:11 நீங்கள் template strandஉடன் தொடங்கினால், terminalலில் காட்டப்பட்டுள்ளபடி, reverse complement methodஐ பயன்படுத்தி, அதை coding strandஆக மாற்றவும்.
07:20 Coding strandக்கு, மேலே காட்டப்பட்டுள்ளபடி, அடுத்து வரும் codeஐ பின்பற்றவும்.
07:24 Biopythonல் உள்ள methodகளை பயன்படுத்தி, ஒரு DNA sequenceஐ, ஒரு protein sequenceஆக மாற்றியுள்ளோம்.
07:31 இந்த codeஐ பயன்படுத்தி, எந்த அளவுள்ள, DNA sequenceஐயும், ஒரு protein sequenceஆக translate செய்ய முடியும்.
07:37 சுருங்கசொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது:
07:41 Biopythonனின் முக்கிய அம்சங்கள்
07:43 Linux OSல் download மற்றும் நிறுவுதலுக்கு தொடர்புடைய தகவல்
07:48 DNA strandக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்குவது
07:52 DNA sequenceஐ, mRNA ஆக்க, Transcription செய்வது
07:56 mRNAஐ, protein sequence ஆக்க, Translation செய்வது.
08:00 பயிற்சியாக-
08:02 கொடுக்கப்பட்டுள்ள DNA sequenceஐ, protein sequenceஆக translate செய்யவும்.
08:06 Output ஐ கவனிக்கவும்.
08:08 Protein sequence, தன்னுள் stop codonஐ கொண்டுள்ளது.
08:11 இயற்கையில் நடப்பது போல், frameல், முதல் stop codon வரை, DNAஐ translate செய்யவும்.
08:17 நீங்கள் செய்த பயிற்சி, பின்வரும் codeஐ கொண்டிருக்க வேண்டும்.
08:20 translate() methodல், to underscore stop argumentஐ நாம் பயன்படுத்தி இருப்பதை கவனிக்கவும். Output ஐ கவனிக்கவும்.
08:27 stop codon, translate செய்யப்படவில்லை
08:31 உங்கள் protein sequenceன் இறுதியில், stop symbol, சேர்க்கப்படவில்லை.
08:36 இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடொரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.
08:39 உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில், அதை தரவிறக்கி காணவும்.
08:43 ஸ்போகன் டுடொரியல் திட்டக்குழு செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது.
08:50 மேலும் விவரங்களுக்கு எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.
08:53 இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD, ஸ்போகன் டுடொரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு அளிக்கிறது.
08:59 மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.
09:03 இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேயில் இருந்து பிரியா. நன்றி.

Contributors and Content Editors

Priyacst